BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156A18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 98,382,266 - 98,557,419
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039740
Upstream geneCol4a3bp, Hmgcr, LOC100039456, LOC625662, 1700029F12Rik, EG620648, 5730427N09Rik, LOC100039663, Gfm2, Hexb, Enc1, LOC667676, LOC100039691, LOC100039704, EG328314, LOC100039526
Downstream geneRgnef, LOC667703, Utp15, Ankra2, EG667718, Btf3, Foxd1, LOC100039827, LOC100039665, LOC100039854, LOC218501, Tmem174, Tmem171, LOC669675, Fcho2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156A18.bB6Ng01-156A18.g
ACCDH950657DH950658
length1,1321,011
definitionDH950657|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156A18, 5' end.DH950658|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156A18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,382,266 - 98,383,409)(98,556,408 - 98,557,419)
sequence
gaattccaacaatttcccctctcttctggaacagggatatgctcaccaga
attacaacagctgttctcagatcaggaaatgacgctgagggctggagaga
tggtccagcaggtaagagcactgacttctcttccaaaggtcctgagttca
aatcccagaaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgagatctgac
tctctcttctggtgtatctgaagacagctacagtgtacttagatataata
ataataataataataataataataataataataataataaatcaatcttt
taaaaaaaggaaatgactctgagttaagagcctccatataaggtagaggt
gagaaaattaggaggaaccccagggcctagatggtggcatgtgaatatct
gtcctccctgaatgatggacctcagatcgtcatgctacgtaagagaaaat
aactattatttatgtgattgctatttcagccaaaagatgttttctaacta
ataggatatgtgagggaagttgccaaaattgagatgcattcaaataaact
catttaatgtgtttaaaaattaatgatttcttgtcctttgaagcttccat
ctagtctcttacggttgactgcactgaatataacaacacgatctgtgtgt
aagtctgtgttccagaatcatgcaggatcaaaacatgcagaaatagtatg
agcacgcaagtgttagatgtcagataaagtcagaccacaaggcaggaaag
gggcatgcacgtcctggacgctattgcgaggatttctacactatttaaat
tcaagttgtcagccatcatgttatttcattgaaatcctggtatggaccaa
agaaaggttgaggggggtatagcagtagggatatcatttgggaagccatt
tattaagtcagaggggctgagaacagtggtgggaggggcaatgcagagag
aagaagtcgtcagggtaagatagagtttgcagtggcactgatatttgttg
gttagatgttgaggttgagaatatgaagaccagacgacatgcatgatgca
tctgatgacaaatagcaaatggctgatcctaatggaggacatggagaagg
taggaagaaatctcaggtgatggggagagggg
gaattcttcagctgagggaaaatccatgcgtagacagcattaggaagtct
caagtgagtagcagtaggtgcttgacacacagacatatttcaacaattga
caaatctgtacttatctgaactgtcggaaatgctgaacctcaggatgggt
ggtagtctcgtatttttctctatctctctttagggccaccaaacctttag
ccactatgcttaaagtccatacttctctgtctcattttcagagcagaagg
gtctttcttcatcatatctctaaggtaaatgtcctgaagggtctggtgct
gtgctctcttgagcctgtgtcctccagtggctttctttctctgtatctca
gcccaccccctccttaggacagtagtagaggaggaggacaggtggctgga
aattattcccttccagagcagtgtgaggtttggatctggggagctgtgtt
ggctgacatggattcaacataaacatatgatgactacagaggccaaacag
actctaccctgagctgtgtctttaagtctccaggctaaccagacagatca
tgtctggtgaggcgtttcgggaaataaacagttgcctttgatttttctat
taggatcaaactactccctcagcttgtaaagaggagactgtggttttatg
ggtgtgggatgtttgcatctcttgctccgttctttgtgtgaaaggacgat
gccatcatagtatggcccacggatccaggtgtccaaaccctccacatgaa
catcccggggcttaaacaacctctaagccaattctccttcagattggact
agagaaatggaaacatctaggaaatttgaagtacacgtgatctatagagg
tcattaagcctctgagtcagtagagctcttgatgttagagaaggcttgtt
gttgcaagaagaagtggtagttttgtcatctgacaccagaacattccaag
aacatcttagaggtaacctagtcagagttctcttgtcctgacttgtgtac
aaaggttgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_98382266_98383409
seq2: B6Ng01-156A18.b_40_1171

seq1  GAATTCCAACAATTTCCCCTCTCTTCTGGAACAGGGATATGCTCACCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAATTTCCCCTCTCTTCTGGAACAGGGATATGCTCACCAGA  50

seq1  ATTACAACAGCTGTTCTCAGATCAGGAAATGACGCTGAGGGCTGGAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAACAGCTGTTCTCAGATCAGGAAATGACGCTGAGGGCTGGAGAGA  100

seq1  TGGTCCAGCAGGTAAGAGCACTGACTTCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAGCAGGTAAGAGCACTGACTTCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCA  150

seq1  AATCCCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGAAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATCTGAC  200

seq1  TCTCTCTTCTGGTGTATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTCTGGTGTATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATA  250

seq1  ATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATCAATCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATCAATCTTT  300

seq1  TAAAAAAAGGAAATGACTCTGAGTTAAGAGCCTCCATATAAGGTAGAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAGGAAATGACTCTGAGTTAAGAGCCTCCATATAAGGTAGAGGT  350

seq1  GAGAAAATTAGGAGGAACCCCAGGGCCTAGATGGTGGCATGTGAATATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAATTAGGAGGAACCCCAGGGCCTAGATGGTGGCATGTGAATATCT  400

seq1  GTCCTCCCTGAATGATGGACCTCAGATCGTCATGCTACGTAAGAGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCCTGAATGATGGACCTCAGATCGTCATGCTACGTAAGAGAAAAT  450

seq1  AACTATTATTTATGTGATTGCTATTTCAGCCAAAAGATGTTTTCTAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTATTTATGTGATTGCTATTTCAGCCAAAAGATGTTTTCTAACTA  500

seq1  ATAGGATATGTGAGGGAAGTTGCCAAAATTGAGATGCATTCAAATAAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATATGTGAGGGAAGTTGCCAAAATTGAGATGCATTCAAATAAACT  550

seq1  CATTTAATGTGTTTAAAAATTAATGATTTCTTGTCCTTTGAAGCTTCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATGTGTTTAAAAATTAATGATTTCTTGTCCTTTGAAGCTTCCAT  600

seq1  CTAGTCTCTTACGGTTGACTGCACTGAATATAACAACACGATCTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCTCTTACGGTTGACTGCACTGAATATAACAACACGATCTGTGTGT  650

seq1  AAGTCTGTGTTCCAGAATCATGCAGGATCAAAACATGCAGAAATAGTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGTGTTCCAGAATCATGCAGGATCAAAACATGCAGAAATAGTATG  700

seq1  AGCACGCAAGTGTTAGATGTCAGATAAAGTCAGACCACAAGGCAGGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACGCAAGTGTTAGATGTCAGATAAAGTCAGACCACAAGGCAGGAAAG  750

seq1  GGGCATGCACGTCCTGGACGCTATTGCGAGGATTTCTACACTATTTAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGCACGTCCTGGACGCTATTGCGAGGATTTCTACACTATTTAAAT  800

seq1  TCAAGTTGTCAGCCATCATGTTATTTCATTGAAATCCTGGTATGGACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTGTCAGCCATCATGTTATTTCATTGAAATCCTGGTATGGACCAA  850

seq1  AGAAAGGTTGAGGGGGGTATAGCAGTAGGGATATCATTTGGGAAGCCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGTTGAGGGGGGTATAGCAGTAGGGATATCATTTGGGAAGCCATT  900

seq1  TATTAAGTCAGGAGGGGCTGAGAACAAGGTGGTGGGAGGGGCAATGCAGA  950
      |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGTCA-GAGGGGCTGAGAACA--GTGGTGGGAGGGGCAATGCAGA  947

seq1  GAGAAGAAAGTCGTCCAGGGTAAGATAGAGTTTGCAGGTGGCAACTGATA  1000
      |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  GAGAAG-AAGTCGT-CAGGGTAAGATAGAGTTTGCA-GTGGC-ACTGATA  993

seq1  TTTGTTGGTTAGATGTTGAGGTTGAGAAATATGAAGAACCAAGACGACCA  1050
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||| ||
seq2  TTTGTTGGTTAGATGTTGAGGTTGAG-AATATGAAGA--CCAGACGA-CA  1039

seq1  TGCAATGATGCCATCTGAATGACAAATAGCAGATGGCTGATCCTAATGAA  1100
      ||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TGC-ATGATG-CATCTG-ATGACAAATAGCAAATGGCTGATCCTAATGGA  1086

seq1  GGACATGGAGAAGGTA-GAAGAAATCTCA-GTGTATTGGAGAGGGG  1144
      |||||||||||||||| |||||||||||| |||    |||||||||
seq2  GGACATGGAGAAGGTAGGAAGAAATCTCAGGTGATGGGGAGAGGGG  1132

seq1: chr13_98556408_98557419
seq2: B6Ng01-156A18.g_68_1078 (reverse)

seq1  TTTCAACTCTCGTAC-CAAGTCAGGAC-AGGGAACTCTGACCTAGGTTAC  48
      |||||||  | |||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||
seq2  TTTCAACCTTTGTACACAAGTCAGGACAAGAGAACTCTGA-CTAGGTTAC  49

seq1  CTCTAAGATG-TCTTGGGATGTTCTGGTGTCAGGATGACAAAACTACCAC  97
      |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  CTCTAAGATGTTCTTGGAATGTTCTGGTGTCA-GATGACAAAACTACCA-  97

seq1  CTTCTTCTTGCAACAACAAGGCCTTCTCTAACATCAAGAGCTCTACTGGC  147
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | 
seq2  CTTCTTCTTGCAACAACAA-GCCTTCTCTAACATCAAGAGCTCTACT-GA  145

seq1  CTCAGGGGCCTAATGACCTCTATAGATCACGTGTACTTCAAATTTCCTAG  197
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGCTTAATGACCTCTATAGATCACGTGTACTTCAAATTTCCTAG  195

seq1  ATGTTTCCATTTCTCTAGTCCAATCTGAAGGAGAATTGGCTTAGAGGTTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCCATTTCTCTAGTCCAATCTGAAGGAGAATTGGCTTAGAGGTTG  245

seq1  TTTGAG-CCCGGGATGTTCATGTGGAGGGTTTGGACACCTGGATCCGTGG  296
      ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCCCCGGGATGTTCATGTGGAGGGTTTGGACACCTGGATCCGTGG  295

seq1  GCCATACTATGATGGCATCGTCCTTTCACACAAAGAACGGAGCAAGAGAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACTATGATGGCATCGTCCTTTCACACAAAGAACGGAGCAAGAGAT  345

seq1  GCAAACATCCCACACCCATAAAACCACAGTCTCCTCTTTACAAGCTGAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACATCCCACACCCATAAAACCACAGTCTCCTCTTTACAAGCTGAGG  395

seq1  GAGTAGTTTGATCCTAATAGAAAAATCAAAGGCAACTGTTTATTTCCCGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGTTTGATCCTAATAGAAAAATCAAAGGCAACTGTTTATTTCCCGA  445

seq1  AACGCCTCACCAGACATGATCTGTCTGGTTAGCCTGGAGACTTAAAGACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCTCACCAGACATGATCTGTCTGGTTAGCCTGGAGACTTAAAGACA  495

seq1  CAGCTCAGGGTAGAGTCTGTTTGGCCTCTGTAGTCATCATATGTTTATGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAGGGTAGAGTCTGTTTGGCCTCTGTAGTCATCATATGTTTATGT  545

seq1  TGAATCCATGTCAGCCAACACAGCTCCCCAGATCCAAACCTCACACTGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCATGTCAGCCAACACAGCTCCCCAGATCCAAACCTCACACTGCT  595

seq1  CTGGAAGGGAATAATTTCCAGCCACCTGTCCTCCTCCTCTACTACTGTCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGGGAATAATTTCCAGCCACCTGTCCTCCTCCTCTACTACTGTCC  645

seq1  TAAGGAGGGGGTGGGCTGAGATACAGAGAAAGAAAGCCACTGGAGGACAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGGGGGTGGGCTGAGATACAGAGAAAGAAAGCCACTGGAGGACAC  695

seq1  AGGCTCAAGAGAGCACAGCACCAGACCCTTCAGGACATTTACCTTAGAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCAAGAGAGCACAGCACCAGACCCTTCAGGACATTTACCTTAGAGA  745

seq1  TATGATGAAGAAAGACCCTTCTGCTCTGAAAATGAGACAGAGAAGTATGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGAAGAAAGACCCTTCTGCTCTGAAAATGAGACAGAGAAGTATGG  795

seq1  ACTTTAAGCATAGTGGCTAAAGGTTTGGTGGCCCTAAAGAGAGATAGAGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAAGCATAGTGGCTAAAGGTTTGGTGGCCCTAAAGAGAGATAGAGA  845

seq1  AAAATACGAGACTACCACCCATCCTGAGGTTCAGCATTTCCGACAGTTCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACGAGACTACCACCCATCCTGAGGTTCAGCATTTCCGACAGTTCA  895

seq1  GATAAGTACAGATTTGTCAATTGTTGAAATATGTCTGTGTGTCAAGCACC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTACAGATTTGTCAATTGTTGAAATATGTCTGTGTGTCAAGCACC  945

seq1  TACTGCTACTCACTTGAGACTTCCTAATGCTGTCTACGCATGGATTTTCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTACTCACTTGAGACTTCCTAATGCTGTCTACGCATGGATTTTCC  995

seq1  CTCAGCTGAAGAATTC  1012
      ||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGAAGAATTC  1011