BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156E07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 37,321,609 - 37,489,857
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLy86
Upstream geneFars2, LOC666758, Nrn1, F13a1
Downstream geneLOC100042794, LOC100042800, LOC100042802, LOC100041624, Rreb1, Ssr1, Cage1, Riok1, Dsp, 6530403A03Rik, Bmp6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156E07.bB6Ng01-156E07.g
ACCDH950817DH950818
length1,1391,121
definitionDH950817|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156E07, 5' end.DH950818|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156E07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,321,609 - 37,322,764)(37,488,728 - 37,489,857)
sequence
gaattctaaagtgagagaatgaagggaagtcacagaagtgtgacacagga
agcagcattcacatacaatcatagacagtctgtattccaagatgaatgca
gattcttcattcagtgatgctcacagacacccattagagaaccctccctg
actatgagcccatccccacagaaccagagcctctattccatactcaagta
ccccatgtctttatcatggcactcaccatttctcaaggctgtattcttta
caattatgttttccttgtttattgaccttcactgtctgaggggtctaact
tttaccatgtttacttgtggtggcccatggtggctagagcaacaccatgc
acatagcatgttcttagaaagtactactcccatggaatgccaattgcttc
aaactgcaaaagtcaagatggactttatctcagactcaagaaattgaagt
ttgggaaacacaagagtcagaaaggtatggatcaatgttctgaatacaac
gggacaaagaagagtctggatagcaactaaaggctgatagaaacaaaggc
ctcattggccaatggaaagtaaagaacagagctatgtgtgatggtgcatg
cctctggttgtagtattctaaagaaaggaagaagagtcatgagtttgagt
ctatctttgactacatagggagttcaagaccagctgggttatgtgaaacc
ttgtcttcaaaaagaaggaagaggaggaggagaaaagaggaaggagctag
ggattagaccagtaaacaaaatggaaatatacataaaacatgagtcctat
aacctcttggaaagcatcttgaatcttgggtaatacataattgcctggtc
tcttgattgttccaaataatgatggccaaaggtaaaagttaccaacactc
atatccaggcagggctggacccatgataaaactcctgactctacagtctt
aattttattttcactaaatagttgatgaaataaatgaacaagtgtgttag
gcttctcaaagccaccatgctctacttctgatacacaagctgcactatgc
acaggcttggagcagcaataataccacctctaaattcctgcaaccaagca
ttctggggataaatattagtactaagtgaaaaaaactgg
gaattcaacttggtcattattttcctctcctcctacaaacccattcttcg
atttctgtagactctaaataccacagtcaaatttcaccttatcagttggt
ggagtggttggagttccgggtaaagaaagaagaacatgggagataagaaa
ggggcttgatctgcagaaacctgggcagggctggcaagcatgtcgtggct
gagaattcaacataagcatttaggaggtctatgtgtcttggcccaggaag
ctctgtggccctgcagagtggagccctaggaaatgtttagttagttaaaa
tgcaaataccagcaaccttagggtcagattggggtagaatggaggagctg
agagttgtccttttaaattagcttcctaaatgattattgcatggaagtgt
gtgagtcactgagttagatttatggaagttcataactggctaaggactcg
gaaagaagctgagcattgtcttcgaaaattaaagttgcttctggtcctag
gctgtcattagccttacgagactgggctcaaaccgaacaaattgactgat
gttaaaagacagttttaaccccagactggatcatttgcaactggtacttg
aacttgaggatggagacaaacaccagaacagcaccattccttaacaacca
gggtctctcctttaattttaacaaggaagagtcccccttggcttggtcat
tgcccatagcctctctttgatggccattattcttaggtctgtgccctgca
gtccaagagtgcagttctactcatccgttaaagagcctattgctttgttg
attcttccatgaatttgcagcagcagtggctgctgaggaaacccagagct
acttaaaaatgcttcaaacaaggaataaaacatgaagatgagaaaggttg
aagcaaagtgacagaaatgcaaatggggctctccccagggtttaggaagg
cagggagacatcactgacctctggggaatatggaggcttggaccaagcat
ttatttccttgctacctggtgaggaaaagaggtcagctttctaagccctt
aggcctcagtgatcttccagggctccgttagaattcgaatctcccctgga
actgatgagtcctgagagtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_37321609_37322764
seq2: B6Ng01-156E07.b_46_1184

seq1  GAATTCTAAAGTGAGAGAATGAAGGGAAGTCACAGAAGTGTGACACAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAGTGAGAGAATGAAGGGAAGTCACAGAAGTGTGACACAGGA  50

seq1  AGCAGCATTCACATACAATCATAGACAGTCTGTATTCCAAGATGAATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCATTCACATACAATCATAGACAGTCTGTATTCCAAGATGAATGCA  100

seq1  GATTCTTCATTCAGTGATGCTCACAGACACCCATTAGAGAACCCTCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTCATTCAGTGATGCTCACAGACACCCATTAGAGAACCCTCCCTG  150

seq1  ACTATGAGCCCATCCCCACAGAACCAGAGCCTCTATTCCATACTCAAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAGCCCATCCCCACAGAACCAGAGCCTCTATTCCATACTCAAGTA  200

seq1  CCCCATGTCTTTATCATGGCACTCACCATTTCTCAAGGCTGTATTCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGTCTTTATCATGGCACTCACCATTTCTCAAGGCTGTATTCTTTA  250

seq1  CAATTATGTTTTCCTTGTTTATTGACCTTCACTGTCTGAGGGGTCTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATGTTTTCCTTGTTTATTGACCTTCACTGTCTGAGGGGTCTAACT  300

seq1  TTTACCATGTTTACTTGTGGTGGCCCATGGTGGCTAGAGCAACACCATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCATGTTTACTTGTGGTGGCCCATGGTGGCTAGAGCAACACCATGC  350

seq1  ACATAGCATGTTCTTAGAAAGTACTACTCCCATGGAATGCCAATTGCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCATGTTCTTAGAAAGTACTACTCCCATGGAATGCCAATTGCTTC  400

seq1  AAACTGCAAAAGTCAAGATGGACTTTATCTCAGACTCAAGAAATTGAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCAAAAGTCAAGATGGACTTTATCTCAGACTCAAGAAATTGAAGT  450

seq1  TTGGGAAACACAAGAGTCAGAAAGGTATGGATCAATGTTCTGAATACAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAACACAAGAGTCAGAAAGGTATGGATCAATGTTCTGAATACAAC  500

seq1  GGGACAAAGAAGAGTCTGGATAGCAACTAAAGGCTGATAGAAACAAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAAGAAGAGTCTGGATAGCAACTAAAGGCTGATAGAAACAAAGGC  550

seq1  CTCATTGGCCAATGGAAAGTAAAGAACAGAGCTATGTGTGATGGTGCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGGCCAATGGAAAGTAAAGAACAGAGCTATGTGTGATGGTGCATG  600

seq1  CCTCTGGTTGTAGTATTCTAAAGAAAGGAAGAAGAGTCATGAGTTTGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGTTGTAGTATTCTAAAGAAAGGAAGAAGAGTCATGAGTTTGAGT  650

seq1  CTATCTTTGACTACATAGGGAGTTCAAGACCAGCTGGGTTATGTGAAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTGACTACATAGGGAGTTCAAGACCAGCTGGGTTATGTGAAACC  700

seq1  TTGTCTTCAAAAAGAAGGAAGAGGAGGAGGAGAAAAGAGGAAGGAGCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCAAAAAGAAGGAAGAGGAGGAGGAGAAAAGAGGAAGGAGCTAG  750

seq1  GGATTAGACCAGTAAACAAAATGGAAATATACATAAAACATGAGTCCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGACCAGTAAACAAAATGGAAATATACATAAAACATGAGTCCTAT  800

seq1  AACCTCTTGGAAAGCATCTTGAATCTTGGGTAATACATAATTGCCTGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTTGGAAAGCATCTTGAATCTTGGGTAATACATAATTGCCTGGTC  850

seq1  TCTTGATTGTTCCAAATAATGATGGCCAAAGGTAAAAGTTACCAACACTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATTGTTCCAAATAATGATGGCCAAAGGTAAAAGTTACCAACACTC  900

seq1  ATATCCAGGCAGGGCTGGACCCATGATAAAACTCCTGACTCTACAGTCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAGGCAGGGCTGGACCCATGATAAAACTCCTGACTCTACAGTCTT  950

seq1  AATTTTATTTTCACTAAATAGTTGATGAAATAAATGAACAGGTGGTGTCA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |
seq2  AATTTTATTTTCACTAAATAGTTGATGAAATAAATGAACAAGT-GTGTTA  999

seq1  GGCTTCTTCAAAGCCACCATGCCTCTAC-TCTGATACACAAGGCTGCACC  1049
      |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |
seq2  GGCTTC-TCAAAGCCACCATG-CTCTACTTCTGATACACAA-GCTGCA-C  1045

seq1  TATGCACAGGGCCTTGGAGGCAGCAATAATAACCACTCTAATTTTCCTGC  1099
      ||||||||||  |||||| |||||||||||| |  ||||||  |||||||
seq2  TATGCACAGG--CTTGGA-GCAGCAATAATACCACCTCTAA-ATTCCTGC  1091

seq1  AACCAAAAGCATTCTTGGAGAATAAAATATTAAGTACTAAAGTTGAAAAA  1149
      ||||  |||||||| ||| ||   ||||||| |||||| ||||   ||||
seq2  AACC--AAGCATTC-TGGGGA--TAAATATT-AGTACT-AAGT--GAAAA  1132

seq1  AAACTGG  1156
      |||||||
seq2  AAACTGG  1139

seq1: chr13_37488728_37489857
seq2: B6Ng01-156E07.g_68_1188 (reverse)

seq1  AGACTCTCAGGACTCATCAGTCTCAGGGTGGAAGTCTGAATCTTAACGAG  50
      |||||||||||||||||||||  ||||  |||  |  ||||  |||||  
seq2  AGACTCTCAGGACTCATCAGTTCCAGG--GGAGATTCGAATTCTAACGGA  48

seq1  GCACCTGGAGAGTCACTAGAGGCCT-AGGGCTTAG-AAGCTGAACCTCTT  98
      || ||||||   ||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||| |
seq2  GC-CCTGGAAGATCACT-GAGGCCTAAGGGCTTAGAAAGCTG-ACCTC-T  94

seq1  TTTCCTCA-CAGGTAGCAAGAAAATAAATGCCTTTGGTCCAAGCCTCCAT  147
      |||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCACCAGGTAGCAAGGAAATAAATGC--TTGGTCCAAGCCTCCAT  142

seq1  ATTCCCCAGAGGTCAGTGATGTCTCCCTGGCCTTCCTAAACCCTGGGGAG  197
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCAGAGGTCAGTGATGTCTCCCT-GCCTTCCTAAACCCTGGGGAG  191

seq1  AGCCCCATTTGCATTTCTGTCACTTTGCTTTCAACCTTTTCTCATCTTCA  247
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  AGCCCCATTTGCATTTCTGTCACTTTGC-TTCAACC-TTTCTCATCTTCA  239

seq1  TGTTTTATTCCTTGTTTGCAGCCTTTTTTAAGTAGCTCTGGGTTTCCTCA  297
      |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATTCCTTGTTTGAAG-CATTTTTAAGTAGCTCTGGGTTTCCTCA  288

seq1  GCAGCCACTGCTGCTGCAAATTCATGG-AGAATCAACAAAAGCAATAGGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAGCCACTGCTGCTGCAAATTCATGGAAGAATCAAC-AAAGCAATAGGC  337

seq1  TCTTTAACGGATGAGTAGAACTGCACTCTTGGACTGCAGGGCACAGACCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAACGGATGAGTAGAACTGCACTCTTGGACTGCAGGGCACAGACCT  387

seq1  AAGAATAATGGCCATCAAAGAGAGGCTATGGGCAATGACCAAGCCAAGGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAATGGCCATCAAAGAGAGGCTATGGGCAATGACCAAGCCAAGGG  437

seq1  GGACTCTTCCTTGTTAAAATTAAAGGAGAGACCCTGGTTGTTAAGGAATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTTCCTTGTTAAAATTAAAGGAGAGACCCTGGTTGTTAAGGAATG  487

seq1  GTGCTGTTCTGGTGTTTGTCTCCATCCTCAAGTTCAAGTACCAGTTGCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTTCTGGTGTTTGTCTCCATCCTCAAGTTCAAGTACCAGTTGCAA  537

seq1  ATGATCCAGTCTGGGGTTAAAACTGTCTTTTAACATCAGTCAATTTGTTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCAGTCTGGGGTTAAAACTGTCTTTTAACATCAGTCAATTTGTTC  587

seq1  GGTTTGAGCCCAGTCTCGTAAGGCTAATGACAGCCTAGGACCAGAAGCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAGCCCAGTCTCGTAAGGCTAATGACAGCCTAGGACCAGAAGCAA  637

seq1  CTTTAATTTTCGAAGACAATGCTCAGCTTCTTTCCGAGTCCTTAGCCAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTTTCGAAGACAATGCTCAGCTTCTTTCCGAGTCCTTAGCCAGT  687

seq1  TATGAACTTCCATAAATCTAACTCAGTGACTCACACACTTCCATGCAATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACTTCCATAAATCTAACTCAGTGACTCACACACTTCCATGCAATA  737

seq1  ATCATTTAGGAAGCTAATTTAAAAGGACAACTCTCAGCTCCTCCATTCTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTAGGAAGCTAATTTAAAAGGACAACTCTCAGCTCCTCCATTCTA  787

seq1  CCCCAATCTGACCCTAAGGTTGCTGGTATTTGCATTTTAACTAACTAAAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAATCTGACCCTAAGGTTGCTGGTATTTGCATTTTAACTAACTAAAC  837

seq1  ATTTCCTAGGGCTCCACTCTGCAGGGCCACAGAGCTTCCTGGGCCAAGAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTAGGGCTCCACTCTGCAGGGCCACAGAGCTTCCTGGGCCAAGAC  887

seq1  ACATAGACCTCCTAAATGCTTATGTTGAATTCTCAGCCACGACATGCTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGACCTCCTAAATGCTTATGTTGAATTCTCAGCCACGACATGCTTG  937

seq1  CCAGCCCTGCCCAGGTTTCTGCAGATCAAGCCCCTTTCTTATCTCCCATG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTGCCCAGGTTTCTGCAGATCAAGCCCCTTTCTTATCTCCCATG  987

seq1  TTCTTCTTTCTTTACCCGGAACTCCAACCACTCCACCAACTGATAAGGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTCTTTACCCGGAACTCCAACCACTCCACCAACTGATAAGGTG  1037

seq1  AAATTTGACTGTGGTATTTAGAGTCTACAGAAATCGAAGAATGGGTTTGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGACTGTGGTATTTAGAGTCTACAGAAATCGAAGAATGGGTTTGT  1087

seq1  AGGAGGAGAGGAAAATAATGACCAAGTTGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGAGGAAAATAATGACCAAGTTGAATTC  1121