BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160N13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 85,336,990 - 85,435,260
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcnh, Rasa1
Upstream geneTmem161b, LOC666795, LOC667111, LOC382786, LOC100042841, LOC100042851, LOC100042857, LOC100042862
Downstream geneLOC435373, LOC675662, Cox7c, LOC100042887, LOC100042893
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160N13.bB6Ng01-160N13.g
ACCDH954114DH954115
length1,195979
definitionDH954114|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160N13, 5' end.DH954115|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,336,990 - 85,338,194)(85,434,264 - 85,435,260)
sequence
gaattcaatgtgtctagtccccagtttgttggaaatcttcgagagagtcc
tcttggacaggagagggcactggaacagattttggaatatgaactactac
ttatacaacaacttaattttcaccttattgtccacaatccatacagacca
tttgaaggcttcctcatcgatataaaggtaaacctgctgataggaaatta
gctagtagagctaattctttgttattgtttgctaaaacgaattgaaaact
tcataatcagtaatagactaactcgtacaacacaggtgcaacctgagagt
ctagggtaatagttttcaaacctcagtgtgcattagagtacacctggaga
gtttgtttcttaagattattggataagagttccctggtttctggtttagt
aactttctataatagattatgagattatagtaatgtcattaaagaattat
tgtaactcttgtaaccgatatatatggtcatagatctaggcctagtgact
tatagaacctcaaaaaagtcttaatattaaactaaaatataaattgatct
tattttaaatgttttatgtactcagttcacaaataaaagcaccaaaatta
taagtacatagatgagacctgtattttcagagcctcaggaagtttaggtg
ggaggaccactttgaatctaggagtttgagactagcctggcaatttagta
tgagtacaccacaaaacttgtaacacaaatatgtgcacgtgtacatttaa
tgtatagaatttatacctatgtatttacatgtgccacatattaatacata
tgttaatatgacgtagtcaatttaagttgttaatagtctaagtaaagtca
aagaacagtcgagactggtttattttcaagtgagcagttgtagttattct
gtttatgctaaacaggttttggggtgcaaccttagaaagaagacaggaac
catgaaaactttcatggaccttagataactatgactgtgggtaattttta
tatagggaaatcaaatattctattagagatggcagattgaaagcaagaaa
taacctgtttggagaaagcataatggagtgaaattcgatcagagtagcca
atatagttaaggaggaattccacccagagacttcctctgtagagcttgac
ctcacagcccaccttagaaatgagagcttgaatagagggaaagag
gaattctttaacacagttgtgagcactttattgcttctcgcctaatgatc
ccacaatcaattcttcctatatttgcttaagcacattcagcattcatact
ctgctatgctcaatgagttttttatcaatttgataacagaagatgcaaaa
ataggttggagtgagttacattaatatttgagatggcaatgaaatgagaa
taaataactttgacttattacaaatttgcaatatttccttatgaatacct
tttcctaggtttctaagatttatcattaaatatatttactaatactaaat
gactaaagttatttttgtaaaatcacaaatgtaatgaattattttattga
atttagaagctattctgccttccagcaccttgctgtttagtactatctgt
gaatttaattaagactgtttacttccctttgttaactgatgttacataag
atcatacagaacagcacttcctgcgaaatccttgtcacttccctctccaa
acaaataattccattttaaaaatttttttttactttttaaatatatttat
tttattatattcaacacaatatacatttttataccaatcatagaaatgat
ggacattttattaaatgaacataaatagatgtctttttgtttacttgttt
gttttatttttagtagagcttaaaatcttggcttgtactgtggtacaaac
ccaaaataagaacaacttttagacattggagttcatagtaataaggctgt
acttcagtgtccctcacatcaccaaggattttacctccatagtagctaag
ctgagagttgacagttcggctacgcaagaatgaattgtagtcacgattat
ttagatacagatttctgctatgtcaagctgttgactgagtgatgttgtca
tctcagcttcagaaaacagttacattcatttagagtggtgtgtgtattag
atgtctatcatgagtcatcatcagctgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_85336990_85338194
seq2: B6Ng01-160N13.b_47_1241

seq1  GAATTCAATGTGTCTAGTCCCCAGTTTGTTGGAAATCTTCGAGAGAGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGTGTCTAGTCCCCAGTTTGTTGGAAATCTTCGAGAGAGTCC  50

seq1  TCTTGGACAGGAGAGGGCACTGGAACAGATTTTGGAATATGAACTACTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGACAGGAGAGGGCACTGGAACAGATTTTGGAATATGAACTACTAC  100

seq1  TTATACAACAACTTAATTTTCACCTTATTGTCCACAATCCATACAGACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAACAACTTAATTTTCACCTTATTGTCCACAATCCATACAGACCA  150

seq1  TTTGAAGGCTTCCTCATCGATATAAAGGTAAACCTGCTGATAGGAAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGGCTTCCTCATCGATATAAAGGTAAACCTGCTGATAGGAAATTA  200

seq1  GCTAGTAGAGCTAATTCTTTGTTATTGTTTGCTAAAACGAATTGAAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTAGAGCTAATTCTTTGTTATTGTTTGCTAAAACGAATTGAAAACT  250

seq1  TCATAATCAGTAATAGACTAACTCGTACAACACAGGTGCAACCTGAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATCAGTAATAGACTAACTCGTACAACACAGGTGCAACCTGAGAGT  300

seq1  CTAGGGTAATAGTTTTCAAACCTCAGTGTGCATTAGAGTACACCTGGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGTAATAGTTTTCAAACCTCAGTGTGCATTAGAGTACACCTGGAGA  350

seq1  GTTTGTTTCTTAAGATTATTGGATAAGAGTTCCCTGGTTTCTGGTTTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTCTTAAGATTATTGGATAAGAGTTCCCTGGTTTCTGGTTTAGT  400

seq1  AACTTTCTATAATAGATTATGAGATTATAGTAATGTCATTAAAGAATTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCTATAATAGATTATGAGATTATAGTAATGTCATTAAAGAATTAT  450

seq1  TGTAACTCTTGTAACCGATATATATGGTCATAGATCTAGGCCTAGTGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTCTTGTAACCGATATATATGGTCATAGATCTAGGCCTAGTGACT  500

seq1  TATAGAACCTCAAAAAAGTCTTAATATTAAACTAAAATATAAATTGATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAACCTCAAAAAAGTCTTAATATTAAACTAAAATATAAATTGATCT  550

seq1  TATTTTAAATGTTTTATGTACTCAGTTCACAAATAAAAGCACCAAAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAATGTTTTATGTACTCAGTTCACAAATAAAAGCACCAAAATTA  600

seq1  TAAGTACATAGATGAGACCTGTATTTTCAGAGCCTCAGGAAGTTTAGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACATAGATGAGACCTGTATTTTCAGAGCCTCAGGAAGTTTAGGTG  650

seq1  GGAGGACCACTTTGAATCTAGGAGTTTGAGACTAGCCTGGCAATTTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACCACTTTGAATCTAGGAGTTTGAGACTAGCCTGGCAATTTAGTA  700

seq1  TGAGTACACCACAAAACTTGTAACACAAATATGTGCACGTGTACATTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACACCACAAAACTTGTAACACAAATATGTGCACGTGTACATTTAA  750

seq1  TGTATAGAATTTATACCTATGTATTTACATGTGCCACATATTAATACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGAATTTATACCTATGTATTTACATGTGCCACATATTAATACATA  800

seq1  TGTTAATATGACGTAGTCAATTTAAGTTGTTAATAGTCTAAGTAAAGTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATATGACGTAGTCAATTTAAGTTGTTAATAGTCTAAGTAAAGTCA  850

seq1  AAGAACAGTCGAGAACTGG-TTATTTTCAGGTGAGCAGTTGTAGATATTC  899
      ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  AAGAACAGTCGAG-ACTGGTTTATTTTCAAGTGAGCAGTTGTAGTTATTC  899

seq1  TGTTTATGCTAAACAGGTTTTGGGGTGCAACC-TAGAAAGAAGACAGGAA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGCTAAACAGGTTTTGGGGTGCAACCTTAGAAAGAAGACAGGAA  949

seq1  CCATGACAACTTTCATGGACCTTAGATAACTATGACTGT-GGTAAATTTT  997
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  CCATGAAAACTTTCATGGACCTTAGATAACTATGACTGTGGGTAATTTTT  999

seq1  ATATAGGGAAATCAAAATATTCTATTAGAAGATGGCAGATTGAAAAGCAA  1047
      ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  ATATAGGGAAATC-AAATATTCTATTAG-AGATGGCAGATTG-AAAGCAA  1046

seq1  GGAAAACACTGTT--GAGAAAGCATCAGTGGAAGTGAAATTCAGATCAAG  1095
      | || |  |||||  |||||||||| | ||| |||||||||| |||| ||
seq2  GAAATAACCTGTTTGGAGAAAGCAT-AATGG-AGTGAAATTC-GATC-AG  1092

seq1  AGTAGC--AAATAGGTAAGGAGGGAACATTCCACCCAGAGACCTTCCTCG  1143
      ||||||  | |||| ||||||||    |||||||||||||| ||||||| 
seq2  AGTAGCCAATATAGTTAAGGAGG---AATTCCACCCAGAGA-CTTCCTC-  1137

seq1  TCAGGAGCTCAGACTCACAGCCCACTTAAGAAATGAAGAGCCTGGAGATG  1193
      |   |||||    |||||||||||| | ||||||| ||||| ||   || 
seq2  TGTAGAGCTTGACCTCACAGCCCACCTTAGAAATG-AGAGCTTG--AATA  1184

seq1  GAGGGGAAAGAG  1205
      || |||||||||
seq2  GA-GGGAAAGAG  1195

seq1: chr13_85434264_85435260
seq2: B6Ng01-160N13.g_68_1046 (reverse)

seq1  AACAGCTGATGAATGACTTCATGGATAGACCATCTTAATACACACACCAC  50
      ||||||||||| ||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||
seq2  AACAGCTGATG-ATGAC-TCAT-GATAGA-CATC-TAATACACACACCAC  45

seq1  TTCTTAAATGAATGTAACCTGTTTCTGAAGGCTGAGAATGACAACAATCA  100
      |   ||||||||||||||   |||||||| |||||| |||||||| ||||
seq2  T--CTAAATGAATGTAACTGTTTTCTGAA-GCTGAG-ATGACAAC-ATCA  90

seq1  CTCAAGTCAAACAGCTTTGACCATAGCAGGAAATCTGTATCTAAATAATC  150
      ||| |||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTC-AGTC-AACAGC-TTGA-CATAGCA-GAAATCTGTATCTAAATAATC  135

seq1  GTGACTACAATTCATTCCTTGGCGTAGCCGAACTGTCAACTCTCAGCTTA  200
      |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTACAATTCATTC--TTGCGTAGCCGAACTGTCAACTCTCAGCTTA  183

seq1  GCTACTATGGAGGTAAAATCCCTTGGTGATGTGAGGGACACTGAAGTACA  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTATGGAGGTAAAAT-CCTTGGTGATGTGAGGGACACTGAAGTACA  232

seq1  GCCTTATTACTATGAACTCCAATGTCTAAAAGTTGTTCTTATTTTGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATTACTATGAACTCCAATGTCTAAAAGTTGTTCTTATTTTGGGTT  282

seq1  TGTACCACAGTACAAGCCAAGATTTTAAGCTCTACTAAAAATAAAACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCACAGTACAAGCCAAGATTTTAAGCTCTACTAAAAATAAAACAAA  332

seq1  CAAGTAAACAAAAAGACATCTATTTATGTTCATTTAATAAAATGTCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAACAAAAAGACATCTATTTATGTTCATTTAATAAAATGTCCATC  382

seq1  ATTTCTATGATTGGTATAAAAATGTATATTGTGTTGAATATAATAAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTATGATTGGTATAAAAATGTATATTGTGTTGAATATAATAAAATA  432

seq1  AATATATTTAAAAAGTAAAAAAAAATTTTTAAAATGGAATTATTTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATTTAAAAAGTAAAAAAAAATTTTTAAAATGGAATTATTTGTTTG  482

seq1  GAGAGGGAAGTGACAAGGATTTCGCAGGAAGTGCTGTTCTGTATGATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGAAGTGACAAGGATTTCGCAGGAAGTGCTGTTCTGTATGATCTT  532

seq1  ATGTAACATCAGTTAACAAAGGGAAGTAAACAGTCTTAATTAAATTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACATCAGTTAACAAAGGGAAGTAAACAGTCTTAATTAAATTCACA  582

seq1  GATAGTACTAAACAGCAAGGTGCTGGAAGGCAGAATAGCTTCTAAATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTACTAAACAGCAAGGTGCTGGAAGGCAGAATAGCTTCTAAATTCA  632

seq1  ATAAAATAATTCATTACATTTGTGATTTTACAAAAATAACTTTAGTCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAATTCATTACATTTGTGATTTTACAAAAATAACTTTAGTCATT  682

seq1  TAGTATTAGTAAATATATTTAATGATAAATCTTAGAAACCTAGGAAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTAGTAAATATATTTAATGATAAATCTTAGAAACCTAGGAAAAGG  732

seq1  TATTCATAAGGAAATATTGCAAATTTGTAATAAGTCAAAGTTATTTATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATAAGGAAATATTGCAAATTTGTAATAAGTCAAAGTTATTTATTC  782

seq1  TCATTTCATTGCCATCTCAAATATTAATGTAACTCACTCCAACCTATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCATTGCCATCTCAAATATTAATGTAACTCACTCCAACCTATTTT  832

seq1  TGCATCTTCTGTTATCAAATTGATAAAAAACTCATTGAGCATAGCAGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTTCTGTTATCAAATTGATAAAAAACTCATTGAGCATAGCAGAGT  882

seq1  ATGAATGCTGAATGTGCTTAAGCAAATATAGGAAGAATTGATTGTGGGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGCTGAATGTGCTTAAGCAAATATAGGAAGAATTGATTGTGGGAT  932

seq1  CATTAGGCGAGAAGCAATAAAGTGCTCACAACTGTGTTAAAGAATTC  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGCGAGAAGCAATAAAGTGCTCACAACTGTGTTAAAGAATTC  979