BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163D05
Chromosome13 (Build37)
Map Location 50,130,656 - 50,162,665
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC676907, LOC667546
Upstream geneWnk2, Ninj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3, Bicd2, Ippk, Cenpp, Tes3-ps, Ecm2, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars, LOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099, LOC625110
Downstream geneLOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712, LOC676997, EG667717
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163D05.bB6Ng01-163D05.g
ACCDH955847DH955848
length1,1571,143
definitionDH955847|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163D05, 5' end.DH955848|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163D05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,130,656 - 50,131,812)(50,161,517 - 50,162,665)
sequence
gaattcctctacttgcaaaggagacattctttggtaacagctctagtcaa
taattcttatccatctaggaaatcactagcctcttccaaacgattatttg
gtccttgatttacaccaaataaatatgagctgcctctgtgaagctaatcc
tgaaagtctgtcatgtatccagggccatccaaatcctgttctttgactct
gtccattcatgtggcagcagcctccagggagaatggagaaccacagaatg
tagtatataagagaaatctataagaaagctagtcaaacgtacaatgatag
aaaaaatatttaaattcccattcctcaggtactgacagagaatggaatag
ttaagaaaactggactccagaagaagggatgtaaactttatcagattagg
tgtcaatagaatgtctttccaggagatttaccatccacccttcttcctaa
gttgccagtgacaaactaaggcaggatctacttttggagccaaggagctt
ttaggcattatttacagagcataggttagggattactcacagaggtgcaa
gtgatcctccctacaaaattgcaccagaaatgttattacccagtgaggtt
gatgtcttctctaagcctacactgatggaggcccccttgcctagtctttc
ctggcttgtatactccaactccactgccaggccacgtgcaattagggcag
agttgcacacatgactgggttgtgctgaggtctctgttcctagtttgcag
atggtcctcttgtatttgtagacatgtctgataaaaggaaacaaagataa
aggtgcacacacacacacacacacacacacacacacactacccatagatg
acagagcacataaaagttcctctcttctattaaggtatctgtctaattgg
gaggtttcatgctagtcatctaattatgtcacaaagcccatatcacagga
ggaatggagtttcagtgtgaagtggttgatcaaggatagcacatgccgtt
cctaacaacagaatctgtaagaaaatgagctgagagaactctgagaagtg
accaaatagccttgttagctgttcatattgcagcaaataaaaatgttttt
cccatatataaaaaagaatcttagttaccttgttttgaccggtggtgtgc
taagaaa
gaattcctaaaactgggatgacctacatggcctcctctcccatccctgca
catgaaccagctgtagaatattttgctgcctccagatgtgtatgcatgaa
tccctgtgcactgaagcttcagtggggggctaccattctttaaagccatt
gacctgaatccaaataaaaaggaatcgcatacctagagtaaagagaagga
cgagatctgtacatgttaaattatgacagttttagggcccaagtcttaag
accactgaagcacttacactcaatctgtaataagtaaatgccagtgcatt
taacccagggaaacacacagctgcctgagtctatcattagcaggattact
aatgctttcattaataaagtgaaaagggtctgttttatggtgatgttaaa
aatcctttacttattcatgtatttgtatctttggtccccattaggtatca
ctgttttaggaagctgggaaacccttgaatgtggagcgtagctgctaata
ctgggcttctgggaagtcaaagcagtgttaaccaactgcctcacctctgc
tgccagtgacaccagctgagactaccaccatattgtccctgccctcagaa
agcctaagctgaaataaactcttccttctctgtgccatgtcttgtcatgg
tgatgtgaccagccatgagaaaataacttgagacagaagacagtcacgtg
ggttataacttcccatgtttggcctatttttggtgtgacctcacaaggag
ccatcatgagtagctacaggaacctgctcatatgagacattggctctggc
tggctttgtgcttatacttcagagaagctgtttgttgcttggagagaact
tggtcttggatgttggtgttggaaaacctgagcattcctgattgatcagt
tggacggtgacatagtacacttgtcagctcattgatttttgatgttgtct
ttttgctttattttgtgtctctgagactctagctcctggctggctcaaaa
ctatatagccagattgtcttggagctctactatgtaagaggtggcctgga
gctcacagctatcatttaccctgcttgtaagaatgattggaataaaagac
acaaaccactaagctggtctgtttagtatttacaatttttatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_50130656_50131812
seq2: B6Ng01-163D05.b_47_1203

seq1  GAATTCCTCTACTTGCAAAGGAGACATTCTTTGGTAACAGCTCTAGTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTACTTGCAAAGGAGACATTCTTTGGTAACAGCTCTAGTCAA  50

seq1  TAATTCTTATCCATCTAGGAAATCACTAGCCTCTTCCAAACGATTATTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTTATCCATCTAGGAAATCACTAGCCTCTTCCAAACGATTATTTG  100

seq1  GTCCTTGATTTACACCAAATAAATATGAGCTGCCTCTGTGAAGCTAATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGATTTACACCAAATAAATATGAGCTGCCTCTGTGAAGCTAATCC  150

seq1  TGAAAGTCTGTCATGTATCCAGGGCCATCCAAATCCTGTTCTTTGACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCTGTCATGTATCCAGGGCCATCCAAATCCTGTTCTTTGACTCT  200

seq1  GTCCATTCATGTGGCAGCAGCCTCCAGGGAGAATGGAGAACCACAGAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTCATGTGGCAGCAGCCTCCAGGGAGAATGGAGAACCACAGAATG  250

seq1  TAGTATATAAGAGAAATCTATAAGAAAGCTAGTCAAACGTACAATGATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATATAAGAGAAATCTATAAGAAAGCTAGTCAAACGTACAATGATAG  300

seq1  AAAAAATATTTAAATTCCCATTCCTCAGGTACTGACAGAGAATGGAATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATATTTAAATTCCCATTCCTCAGGTACTGACAGAGAATGGAATAG  350

seq1  TTAAGAAAACTGGACTCCAGAAGAAGGGATGTAAACTTTATCAGATTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAAACTGGACTCCAGAAGAAGGGATGTAAACTTTATCAGATTAGG  400

seq1  TGTCAATAGAATGTCTTTCCAGGAGATTTACCATCCACCCTTCTTCCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATAGAATGTCTTTCCAGGAGATTTACCATCCACCCTTCTTCCTAA  450

seq1  GTTGCCAGTGACAAACTAAGGCAGGATCTACTTTTGGAGCCAAGGAGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCAGTGACAAACTAAGGCAGGATCTACTTTTGGAGCCAAGGAGCTT  500

seq1  TTAGGCATTATTTACAGAGCATAGGTTAGGGATTACTCACAGAGGTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCATTATTTACAGAGCATAGGTTAGGGATTACTCACAGAGGTGCAA  550

seq1  GTGATCCTCCCTACAAAATTGCACCAGAAATGTTATTACCCAGTGAGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCCTCCCTACAAAATTGCACCAGAAATGTTATTACCCAGTGAGGTT  600

seq1  GATGTCTTCTCTAAGCCTACACTGATGGAGGCCCCCTTGCCTAGTCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTTCTCTAAGCCTACACTGATGGAGGCCCCCTTGCCTAGTCTTTC  650

seq1  CTGGCTTGTATACTCCAACTCCACTGCCAGGCCACGTGCAATTAGGGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTGTATACTCCAACTCCACTGCCAGGCCACGTGCAATTAGGGCAG  700

seq1  AGTTGCACACATGACTGGGTTGTGCTGAGGTCTCTGTTCCTAGTTTGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCACACATGACTGGGTTGTGCTGAGGTCTCTGTTCCTAGTTTGCAG  750

seq1  ATGGTCCTCTTGTATTTGTAGACATGTCTGATAAAAGGAAACAAAGATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCTCTTGTATTTGTAGACATGTCTGATAAAAGGAAACAAAGATAA  800

seq1  AGGTGCACACACACACACACACACACACACACACACACTACCCATAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCACACACACACACACACACACACACACACACACTACCCATAGATG  850

seq1  ACAGAGCACATAAAAGTTCCTCTCTTCTATTAAGGTATCTGTCTAATTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCACATAAAAGTTCCTCTCTTCTATTAAGGTATCTGTCTAATTGG  900

seq1  GAGGTTTCATGCTAGTCATCTAATTATGTCACAAAGCCCATATCACAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTCATGCTAGTCATCTAATTATGTCACAAAGCCCATATCACAGGA  950

seq1  GGGAATGGAGTTTCAGTGTGAAGTGGGTTGATCAAGGATAGCACATGCCG  1000
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGAATGGAGTTTCAGTGTGAAGT-GGTTGATCAAGGATAGCACATGCCG  998

seq1  TTCCTAACAACAGAATCTGTAAGAAAATGAGCTGAGAGGAAAACTCTGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TTCCTAACAACAGAATCTGTAAGAAAATGAGCTGAGAG---AACTCTGAG  1045

seq1  AAGTGACCAAATAGCC-TGTTAGCTGTTCAATATGCAGCAA--TAAAATG  1097
      |||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||   ||||||
seq2  AAGTGACCAAATAGCCTTGTTAGCTGTTCATATTGCAGCAAATAAAAATG  1095

seq1  TTTTTTCCATATATAAAAAAGAATCTTAGTTACCTTG-TTTGACC-GTGG  1145
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  TTTTTCCCATATATAAAAAAGAATCTTAGTTACCTTGTTTTGACCGGTGG  1145

seq1  TGTGCTAGGAAA  1157
      ||||||| ||||
seq2  TGTGCTAAGAAA  1157

seq1: chr13_50161517_50162665
seq2: B6Ng01-163D05.g_66_1208 (reverse)

seq1  AATAAAAATTGTAAAAACTAAAACAGACCAGCTTAAGTGGTTTGTGTC-T  49
      ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  AATAAAAATTGTAAATACT-AAACAGACCAGCTT-AGTGGTTTGTGTCTT  48

seq1  TTAATCCCATCATTC-TACAAGCAGGGTAAATGGATAGCTGTGAGCTCCA  98
      ||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTATTCCAATCATTCTTACAAGCAGGGTAAAT-GATAGCTGTGAGCTCCA  97

seq1  GGCCAGCCTTCTTTACATAGT-GAGCTCCAGGACAATCTGGCCTATATAG  147
      ||||| |||   ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GGCCA-CCT--CTTACATAGTAGAGCTCCAAGACAATCTGG-CTATATAG  143

seq1  TTTTGAGCCAGCCCAGGAGCTAGAGTCTCAGAGACAACAAAATAAAGCAA  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCCAG-CCAGGAGCTAGAGTCTCAGAGAC-ACAAAATAAAGCAA  191

seq1  AAAGACAACATCAAAAATCAATGAGCTGACAAGTGTACTATGTCACCGTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAACATCAAAAATCAATGAGCTGACAAGTGTACTATGTCACCGTC  241

seq1  CAACTGATCAATCAGGAATGCTCAGGTTTTCCAACACCAACATCCAAGAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGATCAATCAGGAATGCTCAGGTTTTCCAACACCAACATCCAAGAC  291

seq1  CAAGTTCTCTCCAAGCAACAAACAGCTTCTCTGAAGTATAAGCACAAAGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCTCTCCAAGCAACAAACAGCTTCTCTGAAGTATAAGCACAAAGC  341

seq1  CAGCCAGAGCCAATGTCTCATATGAGCAGGTTCCTGTAGCTACTCATGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGAGCCAATGTCTCATATGAGCAGGTTCCTGTAGCTACTCATGAT  391

seq1  GGCTCCTTGTGAGGTCACACCAAAAATAGGCCAAACATGGGAAGTTATAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTTGTGAGGTCACACCAAAAATAGGCCAAACATGGGAAGTTATAA  441

seq1  CCCACGTGACTGTCTTCTGTCTCAAGTTATTTTCTCATGGCTGGTCACAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACGTGACTGTCTTCTGTCTCAAGTTATTTTCTCATGGCTGGTCACAT  491

seq1  CACCATGACAAGACATGGCACAGAGAAGGAAGAGTTTATTTCAGCTTAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGACAAGACATGGCACAGAGAAGGAAGAGTTTATTTCAGCTTAGG  541

seq1  CTTTCTGAGGGCAGGGACAATATGGTGGTAGTCTCAGCTGGTGTCACTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGAGGGCAGGGACAATATGGTGGTAGTCTCAGCTGGTGTCACTGG  591

seq1  CAGCAGAGGTGAGGCAGTTGGTTAACACTGCTTTGACTTCCCAGAAGCCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGGTGAGGCAGTTGGTTAACACTGCTTTGACTTCCCAGAAGCCC  641

seq1  AGTATTAGCAGCTACGCTCCACATTCAAGGGTTTCCCAGCTTCCTAAAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAGCAGCTACGCTCCACATTCAAGGGTTTCCCAGCTTCCTAAAAC  691

seq1  AGTGATACCTAATGGGGACCAAAGATACAAATACATGAATAAGTAAAGGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATACCTAATGGGGACCAAAGATACAAATACATGAATAAGTAAAGGA  741

seq1  TTTTTAACATCACCATAAAACAGACCCTTTTCACTTTATTAATGAAAGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAACATCACCATAAAACAGACCCTTTTCACTTTATTAATGAAAGCA  791

seq1  TTAGTAATCCTGCTAATGATAGACTCAGGCAGCTGTGTGTTTCCCTGGGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAATCCTGCTAATGATAGACTCAGGCAGCTGTGTGTTTCCCTGGGT  841

seq1  TAAATGCACTGGCATTTACTTATTACAGATTGAGTGTAAGTGCTTCAGTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCACTGGCATTTACTTATTACAGATTGAGTGTAAGTGCTTCAGTG  891

seq1  GTCTTAAGACTTGGGCCCTAAAACTGTCATAATTTAACATGTACAGATCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAGACTTGGGCCCTAAAACTGTCATAATTTAACATGTACAGATCT  941

seq1  CGTCCTTCTCTTTACTCTAGGTATGCGATTCCTTTTTATTTGGATTCAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTTCTCTTTACTCTAGGTATGCGATTCCTTTTTATTTGGATTCAGG  991

seq1  TCAATGGCTTTAAAGAATGGTAGCCCCCCACTGAAGCTTCAGTGCACAGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGCTTTAAAGAATGGTAGCCCCCCACTGAAGCTTCAGTGCACAGG  1041

seq1  GATTCATGCATACACATCTGGAGGCAGCAAAATATTCTACAGCTGGTTCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATGCATACACATCTGGAGGCAGCAAAATATTCTACAGCTGGTTCA  1091

seq1  TGTGCAGGGATGGGAGAGGAGGCCATGTAGGTCATCCCAGTTTTAGGAAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGGGATGGGAGAGGAGGCCATGTAGGTCATCCCAGTTTTAGGAAT  1141

seq1  TC  1149
      ||
seq2  TC  1143