BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164F21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 49,652,758 - 49,828,590
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCenpp, Aspn, Omd, Ogn, Nol8, Iars
Upstream geneAW456874, Barx1, Phf2, EG667415, BC010304, C030044B11Rik, Wnk2, Ninj1, 1110007C09Rik, Susd3, Fgd3, Bicd2, Ippk, Tes3-ps, Ecm2
Downstream geneLOC667488, LOC670357, EG638833, Gm272, EG667503, EG667507, LOC100040099, LOC625110, LOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164F21.bB6Ng01-164F21.g
ACCDH956713DH956714
length1,1631,076
definitionDH956713|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164F21, 5' end.DH956714|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164F21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,652,758 - 49,653,937)(49,827,517 - 49,828,590)
sequence
gaattcatgataataaagttaagaagatacaaaaggacacgttcaaggga
atgaatgctttacatgttttgggtaagttttcccaaagaatgggacatct
tgaaattgtaattaatagccaaatttaggctattcatgttctaagtaatt
tcaaaaattcatatttgaacctgttaatttattaataaacagattatatg
tgaaaaattataggatagaaagttttgtgatgttctctctttttcaacaa
tctcctgacacacttggctctatttttagaaactgaaccctaattaataa
aacctatgctattaaatttaaaggttgtattttaatgtattatataaatt
attaaaacatgatgtacacaattaattcttttattatttggaatacaaac
ctaattttggctatctattttttaaataatatgaagaatattttattgta
caatttgaatctcactattttatttgttatgcctgtcatgcaactatgca
atctccccgtaacagctattcaaacacctaagcacggttcatgtccatac
actcaattcaaccaaatgcctagcatttatgaaatagcttgttactgaca
tttcttttaagttagatttgtattaattatataatttataattgacatat
actatttttaaaataagaggtagggctagggagatagcgcagtcagtaaa
gtgtataagaacctgagtttgatgttcagaatcctcattaaaatgttgga
catggtagtgtatacctgtaatcccagcactggagaagcagagatgggca
gctacctatggttcagtggtcagctagcctagcctacttgccaacaaaca
aaaacaaaacaacaacaacaaccaccaaacccaaccaaacccatcttaac
aaacaaaccaatctaagatagttatgtgtattactttatgtcaacttaaa
acaccatgaaaaaatcgggagcacctcaggatgacatccaagagtacctc
tggcctcatgaatgctgcacacgcacccaaactgtttgagaggtacaaat
gcaacaaatacccttaattatgtaaaagtcctttccccctgctgcttata
attataatggacaaaacatcatgcttatgtacagttgaagtaatgtcatc
cacctcagttggt
gaattcctagtgacctcccattttgccttcacagctcgtcctctggttag
ctctggttggtataataaccagtttgtgagtatggtgcctgttagtgagt
ctgtgaatatgagggtggattgaggaaatgcctgaggttatgttggcatt
agaagtggtgatggcagcacacagacaccgccccccatgcccgcatcata
catataataaacctaggcatagcatagtcagactgcagagcaccagagac
aaggggaaaccctgaaagaagcaaaagtaagaaagagggatcagcctgaa
atagagaggcattgagaaacatgtcaactcttgttcacgatctttgggtg
ttctgtgggaaatgcatgcagcatgcttagactgaaaagagatgggatca
gctggactatcagctaaacgtttctaatcagagttgactcttgaagagac
tgcttttaaatttaaaatcattaaatatagtactttacctagaagtgtaa
atgttcaggttatttctaaagaaatgaaatcttatccccactttaatttg
ctaggcaggcgctctacgctcagcgacacttctctgttaggttactgtta
tttttaactacattatggttaacttctgaagaaactgcaaaaatgaacaa
aacaagacaaatactcaaaactttttccccacctactggcaccactgaca
cctttcagagaccgtcacggccgcctcaccttgtgtttgagtctcattca
ggaacagccttagcctcctgctcctcagtccgaacaccttggctgcttca
tgcacaagccctttggtgggtgaggccgttctgtccgagtgggttttcaa
gcaggagggtgcccacagttcctgtaaacactctagggaaaaaggaagaa
agtgggttattcccaaggactcatgttccacaccagcagcgactgtagac
agcaccaaacggcaatgaggaaggttgtgaagtgggtgcagagcttaagc
tgaaggctcagaatgtacagagttatctttaaaacagttcatagaagggt
gaggaagaagggggactcgagagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_49652758_49653937
seq2: B6Ng01-164F21.b_46_1208

seq1  GAATTCATGATAATAAAGTTAAGAAGATACAAAAGGACACGTTCAAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATAATAAAGTTAAGAAGATACAAAAGGACACGTTCAAGGGA  50

seq1  ATGAATGCTTTACATGTTTTGGGTAAGTTTTCCCAAAGAATGGGACATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGCTTTACATGTTTTGGGTAAGTTTTCCCAAAGAATGGGACATCT  100

seq1  TGAAATTGTAATTAATAGCCAAATTTAGGCTATTCATGTTCTAAGTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTGTAATTAATAGCCAAATTTAGGCTATTCATGTTCTAAGTAATT  150

seq1  TCAAAAATTCATATTTGAACCTGTTAATTTATTAATAAACAGATTATATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATTCATATTTGAACCTGTTAATTTATTAATAAACAGATTATATG  200

seq1  TGAAAAATTATAGGATAGAAAGTTTTGTGATGTTCTCTCTTTTTCAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATTATAGGATAGAAAGTTTTGTGATGTTCTCTCTTTTTCAACAA  250

seq1  TCTCCTGACACACTTGGCTCTATTTTTAGAAACTGAACCCTAATTAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGACACACTTGGCTCTATTTTTAGAAACTGAACCCTAATTAATAA  300

seq1  AACCTATGCTATTAAATTTAAAGGTTGTATTTTAATGTATTATATAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATGCTATTAAATTTAAAGGTTGTATTTTAATGTATTATATAAATT  350

seq1  ATTAAAACATGATGTACACAATTAATTCTTTTATTATTTGGAATACAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACATGATGTACACAATTAATTCTTTTATTATTTGGAATACAAAC  400

seq1  CTAATTTTGGCTATCTATTTTTTAAATAATATGAAGAATATTTTATTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTTGGCTATCTATTTTTTAAATAATATGAAGAATATTTTATTGTA  450

seq1  CAATTTGAATCTCACTATTTTATTTGTTATGCCTGTCATGCAACTATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGAATCTCACTATTTTATTTGTTATGCCTGTCATGCAACTATGCA  500

seq1  ATCTCCCCGTAACAGCTATTCAAACACCTAAGCACGGTTCATGTCCATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCGTAACAGCTATTCAAACACCTAAGCACGGTTCATGTCCATAC  550

seq1  ACTCAATTCAACCAAATGCCTAGCATTTATGAAATAGCTTGTTACTGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAATTCAACCAAATGCCTAGCATTTATGAAATAGCTTGTTACTGACA  600

seq1  TTTCTTTTAAGTTAGATTTGTATTAATTATATAATTTATAATTGACATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTAAGTTAGATTTGTATTAATTATATAATTTATAATTGACATAT  650

seq1  ACTATTTTTAAAATAAGAGGTAGGGCTAGGGAGATAGCGCAGTCAGTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTTTAAAATAAGAGGTAGGGCTAGGGAGATAGCGCAGTCAGTAAA  700

seq1  GTGTATAAGAACCTGAGTTTGATGTTCAGAATCCTCATTAAAATGTTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAAGAACCTGAGTTTGATGTTCAGAATCCTCATTAAAATGTTGGA  750

seq1  CATGGTAGTGTATACCTGTAATCCCAGCACTGGAGAAGCAGAGATGGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAGTGTATACCTGTAATCCCAGCACTGGAGAAGCAGAGATGGGCA  800

seq1  GCTACCTATGGTTCAGTGGTCAGCTAGCCTAGCCTACTTGCCAACAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTATGGTTCAGTGGTCAGCTAGCCTAGCCTACTTGCCAACAAACA  850

seq1  AAAACAAAACAACAACAACAACCACCAAACCCAACCAAACCCATCTTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACAACAACAACAACCACCAAACCCAACCAAACCCATCTTAAC  900

seq1  AAACAAACCAATCTAAGATAGTTATGTGTAATTACTTTATGTCAACTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACCAATCTAAGATAGTTATGTGT-ATTACTTTATGTCAACTTAA  949

seq1  AACACCATGAAAAAAATCGGGGAGCACCTCAGGAATGACATCCAAGAGTA  1000
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AACACCATG-AAAAAATC-GGGAGCACCTCAGG-ATGACATCCAAGAGT-  995

seq1  ACCTCTGGCCTCCATGAATGCGTGCACACGCACCCAAACTGTTTGAGAGG  1050
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGGCCT-CATGAATGC-TGCACACGCACCCAAACTGTTTGAGAGG  1043

seq1  TAACAAAATGGCAAACACAAATACCCTTAATTATGTAAAAAGTTCTTTCC  1100
      | |||||   |||   |||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  T-ACAAA--TGCA---ACAAATACCCTTAATTATGT-AAAAGTCCTTTCC  1086

seq1  CCCTGCTGCATTATTATTATAAATGGACAAACCATCATGCTTATGGTACA  1150
      ||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  CCCTGCTGC-TTATAATTAT-AATGGACAAAACATCATGCTTAT-GTACA  1133

seq1  GTGGAAAGTAATGTCAT-CAACTCAGTTGGT  1180
      || | |||||||||||| || ||||||||||
seq2  GTTG-AAGTAATGTCATCCACCTCAGTTGGT  1163

seq1: chr13_49827517_49828590
seq2: B6Ng01-164F21.g_67_1142 (reverse)

seq1  TTTCTCTC-CGTCCCCC-TCTTCCTCACC--TCTATGAACTGTTTTAAGA  46
      ||||||||  ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  
seq2  TTTCTCTCGAGTCCCCCTTCTTCCTCACCCTTCTATGAACTGTTTTAAAG  50

seq1  TTACCTCTGTACATCCTGTGCCTCCAGCTTAAGCTCCTGCACCCACTTCA  96
       || |||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATAACTCTGTACATTCTGAGCCTTCAGCTTAAGCT-CTGCACCCACTTCA  99

seq1  CAACCTTCCTCATTGCCGTTTGGTGCTGTCTACAGTCGCTGCTGGTGTTG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAACCTTCCTCATTGCCGTTTGGTGCTGTCTACAGTCGCTGCTGGTG-TG  148

seq1  GAACATGAGTCCTTGGGAATAACCCACTTTCTTCCTTTTTCCCTAGAGTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGAGTCCTTGGGAATAACCCACTTTCTTCCTTTTTCCCTAGAGTG  198

seq1  TTTAACAGGAACTGTGGGCACCCTCCTGCTTGAAAACCCACTCGGACAGA  246
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT-ACAGGAACTGTGGGCACCCTCCTGCTTGAAAACCCACTCGGACAGA  247

seq1  ACGGCCTCACCCACC-AAGGGCTTGTGCATGAAGCAGCCAAGGTGTTCGG  295
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCCTCACCCACCAAAGGGCTTGTGCATGAAGCAGCCAAGGTGTTCGG  297

seq1  ACTGAGGAGCAGGAGGCTAAGGCTGTTCCTGAATGAGACTCAAACACAAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGAGCAGGAGGCTAAGGCTGTTCCTGAATGAGACTCAAACACAAG  347

seq1  GTGAGGCGGCCGTGACGGTCTCTGAAAGGTGTCAGTGGTGCCAGTAGGTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCGGCCGTGACGGTCTCTGAAAGGTGTCAGTGGTGCCAGTAGGTG  397

seq1  GGGAAAAAGTTTTGAGTATTTGTCTTGTTTTGTTCATTTTTGCAGTTTCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAGTTTTGAGTATTTGTCTTGTTTTGTTCATTTTTGCAGTTTCT  447

seq1  TCAGAAGTTAACCATAATGTAGTTAAAAATAACAGTAACCTAACAGAGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGTTAACCATAATGTAGTTAAAAATAACAGTAACCTAACAGAGAA  497

seq1  GTGTCGCTGAGCGTAGAGCGCCTGCCTAGCAAATTAAAGTGGGGATAAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCGCTGAGCGTAGAGCGCCTGCCTAGCAAATTAAAGTGGGGATAAGA  547

seq1  TTTCATTTCTTTAGAAATAACCTGAACATTTACACTTCTAGGTAAAGTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTCTTTAGAAATAACCTGAACATTTACACTTCTAGGTAAAGTAC  597

seq1  TATATTTAATGATTTTAAATTTAAAAGCAGTCTCTTCAAGAGTCAACTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAATGATTTTAAATTTAAAAGCAGTCTCTTCAAGAGTCAACTCT  647

seq1  GATTAGAAACGTTTAGCTGATAGTCCAGCTGATCCCATCTCTTTTCAGTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAAACGTTTAGCTGATAGTCCAGCTGATCCCATCTCTTTTCAGTC  697

seq1  TAAGCATGCTGCATGCATTTCCCACAGAACACCCAAAGATCGTGAACAAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGCTGCATGCATTTCCCACAGAACACCCAAAGATCGTGAACAAG  747

seq1  AGTTGACATGTTTCTCAATGCCTCTCTATTTCAGGCTGATCCCTCTTTCT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGACATGTTTCTCAATGCCTCTCTATTTCAGGCTGATCCCTCTTTCT  797

seq1  TACTTTTGCTTCTTTCAGGGTTTCCCCTTGTCTCTGGTGCTCTGCAGTCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTGCTTCTTTCAGGGTTTCCCCTTGTCTCTGGTGCTCTGCAGTCT  847

seq1  GACTATGCTATGCCTAGGTTTATTATATGTATGATGCGGGCATGGGGGGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGCTATGCCTAGGTTTATTATATGTATGATGCGGGCATGGGGGGC  897

seq1  GGTGTCTGTGTGCTGCCATCACCACTTCTAATGCCAACATAACCTCAGGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTGTGTGCTGCCATCACCACTTCTAATGCCAACATAACCTCAGGC  947

seq1  ATTTCCTCAATCCACCCTCATATTCACAGACTCACTAACAGGCACCATAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTCAATCCACCCTCATATTCACAGACTCACTAACAGGCACCATAC  997

seq1  TCACAAACTGGTTATTATACCAACCAGAGCTAACCAGAGGACGAGCTGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACTGGTTATTATACCAACCAGAGCTAACCAGAGGACGAGCTGTG  1047

seq1  AAGGCAAAATGGGAGGTCACTAGGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAAATGGGAGGTCACTAGGAATTC  1076