BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165O24
Chromosome13 (Build37)
Map Location 27,693,106 - 27,815,746
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrl7b1, Prl7a1, Prl7a2, RP23-135A24.2-001, Prl7d1
Upstream geneLOC100042191, Hdgfl1, LOC100040939, LOC100040945, LOC100040957, Prl, Prl3d1, Prl3d2, Prl3d3, Prl3c1, Prl3b1, Prl3a1, Prl6a1, Prl8a2, Prl2b1, Prl8a6, Prl8a8, Prl8a9, Prl8a1
Downstream genePrl7c1, Prl2a1, OTTMUSG00000000651, LOC666321, LOC195243, LOC100041036, Prl4a1, Prl5a1, LOC100042388, LOC100042393, LOC100042399, Ppia-ps13_297.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165O24.bB6Ng01-165O24.g
ACCDH957858DH957859
length9641,092
definitionDH957858|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165O24, 5' end.DH957859|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165O24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,814,799 - 27,815,746)(27,693,106 - 27,694,204)
sequence
gaattcttttgcaatattaaaaagaaaaaaaaatgtatgcttcctgtctc
ctaagagtcaaagtgtcaggtcttgggatgcttgctgattcataagataa
tcaagaggaaagcctgaagtaaatgactggattgatatataaaataaaat
actggacctcttttctgcagaagatgagctattcagataaattttttaga
attaaaaggacagaactggttggagaacatggacacacaagttgaggctg
gtccttgcaccctcacccaatccctcttgttcccataccacctagcccca
gttcatcctcaaaatcaattgtccttccttcccagtgttgtgcccagatt
gcaaaatccccaaggagaccaccaggaaccactactccaaagcaaagtct
ttagaaggtgtttccaagccttggtaagaggtttatggggaagttgattg
gtttattttaggtgccaaggccacaaaaggctctggcccagttgggagag
gagtaattagtaccctttgtggtatttccataaacagtgctttgtgactt
ccaagggtcatttgggtgggggagggttgctaggaagtgatatctactaa
gtgcagaaaagtatgtatcaggactggtgactcccagcagctgcagctgg
ccggacgtttcacacaaggacttggttctttgtttaatacttgttactgg
tcctccactttaggtctatcaccaggaagatcctcggtgtttctcttttc
tgacctttcttgttacttagccttttcttggtctatggactgtaacatgt
tttgtcatttacttatagccaattaaccacagaacatgtttgattctttc
tgtgatgctatttctcaagatccattccacttgcatgttaaattcattga
tgttattattgtttaacagcagggtaatactccctttgtgttaatggacc
atatttttatcagt
gaattccaggaaaactaggcatgtataataaatccctgttttgaaaaaca
aacaaacaaataaacaaaaaatcaaattgtaggctataggggtctaaaca
aagaattctcaaaagaagaaatatatttgtctaagaaatgtctcaaaaaa
gtgtttaacatctttatcaaggtcattcaaaaaatacttgattatttatc
ttactgctttcaaaattggtgagatgaaggaaaccattgacaattaacac
tgttaatgaaagggactcttcatactgttaccaaaattgaaaataaattc
agccactcatgactcaatgtgaaaaagtctccttttttttttaaatttga
ggaataaatactaatattgtttgaacgaaaattcccaggacaggcaagat
aaaagtttccagcaactgtctgaattataccaatggatgataaatgacat
taacttactatgattcttctgtcaattgcctctcttgccattaaagcatc
tcttctttatgttagaaaagtatccatgctattaatgtaattattactaa
atgaatcaacatactgacaaatgcattgttatatttggatatatctaaag
catttattttttatttgcttatgaagggttgtgttacataaagggatagc
ttcaaatgggagaaaattaaaagaaactttgaagaaactgattagagaag
attaatttggtttactgagtcttggcacatgtaaccatcaaaataccgac
acttcaagtgcttaagataatgttcaaccttatctgtgtcaacaaatagg
caataggacaatttataaagagcaaaaaatcttgattcttcattggctga
ctgtaaggatgcaagctctgaccaagcagatacacttcattttcttcaaa
tccatatttaacctaatgagaaatgatagttatatgattactctttctgt
ttaactgtcctttacatgtttggattatattactatatgttgatttatat
actaataatgtcaacatgtaaactttattagtgttcaataagattttatg
tgtccaaactccagtaaaatatcctatcacctccaactgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_27814799_27815746
seq2: B6Ng01-165O24.b_47_1010 (reverse)

seq1  ACTGAT-AAAATATGGTCCATTTACAC-AATGGAGTATTACCCTGCTGTT  48
      |||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAAAAATATGGTCCATTAACACAAAGGGAGTATTACCCTGCTGTT  50

seq1  -AACAATAATAACATC-ATGAATTT-ACATGCAAGTGG-ATGGATCTTGA  94
       ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  AAACAATAATAACATCAATGAATTTAACATGCAAGTGGAATGGATCTTGA  100

seq1  G-AATAGCATCACAGAAAG-ATC-AACATGTTCTGTGGTT-ATTGGCTAT  140
      | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAATAGCATCACAGAAAGAATCAAACATGTTCTGTGGTTAATTGGCTAT  150

seq1  AAGTAAATGAC-AAACATGTTACAGTCCATAGACCAAG-AAAGGCTAAGT  188
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAGTAAATGACAAAACATGTTACAGTCCATAGACCAAGAAAAGGCTAAGT  200

seq1  AACAAG-AAGGTCAG-AAAGAGAAACA-CGAGGATCTTCCTGGTGATAGA  235
      |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAAAGGTCAGAAAAGAGAAACACCGAGGATCTTCCTGGTGATAGA  250

seq1  CCT-AAGTGGAGGACCAGTAACAAGTATTAAACAAAGAACCAAGTCCTTG  284
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGTGGAGGACCAGTAACAAGTATTAAACAAAGAACCAAGTCCTTG  300

seq1  TGTGAAACGTCCGGCCAGCTGCAGCTGCTGGGAGTCACCAGTCCTGATAC  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAACGTCCGGCCAGCTGCAGCTGCTGGGAGTCACCAGTCCTGATAC  350

seq1  ATACTTTTCTGCACTTAGTAGATATCACTTCCTAGCAACCCTCCCCCACC  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTCTGCACTTAGTAGATATCACTTCCTAGCAACCCTCCCCCACC  400

seq1  CAAATGACCCTTGGAAGTCACAAAGCACTGTTTATGGAAATACCACAAAG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGACCCTTGGAAGTCACAAAGCACTGTTTATGGAAATACCACAAAG  450

seq1  GGTACTAATTACTCCTCTCCCAACTGGGCCAGAGCCTTTTGTGGCCTTGG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTAATTACTCCTCTCCCAACTGGGCCAGAGCCTTTTGTGGCCTTGG  500

seq1  CACCTAAAATAAACCAATCAACTTCCCCATAAACCTCTTACCAAGGCTTG  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAAAATAAACCAATCAACTTCCCCATAAACCTCTTACCAAGGCTTG  550

seq1  GAAACACCTTCTAAAGACTTTGCTTTGGAGTAGTGGTTCCTGGTGGTCTC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACCTTCTAAAGACTTTGCTTTGGAGTAGTGGTTCCTGGTGGTCTC  600

seq1  CTTGGGGATTTTGCAATCTGGGCACAACACTGGGAAGGAAGGACAATTGA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGATTTTGCAATCTGGGCACAACACTGGGAAGGAAGGACAATTGA  650

seq1  TTTTGAGGATGAACTGGGGCTAGGTGGTATGGGAACAAGAGGGATTGGGT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGATGAACTGGGGCTAGGTGGTATGGGAACAAGAGGGATTGGGT  700

seq1  GAGGGTGCAAGGACCAGCCTCAACTTGTGTGTCCATGTTCTCCAACCAGT  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGCAAGGACCAGCCTCAACTTGTGTGTCCATGTTCTCCAACCAGT  750

seq1  TCTGTCCTTTTAATTCTAAAAAATTTATCTGAATAGCTCATCTTCTGCAG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTTTTAATTCTAAAAAATTTATCTGAATAGCTCATCTTCTGCAG  800

seq1  AAAAGAGGTCCAGTATTTTATTTTATATATCAATCCAGTCATTTACTTCA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGGTCCAGTATTTTATTTTATATATCAATCCAGTCATTTACTTCA  850

seq1  GGCTTTCCTCTTGATTATCTTATGAATCAGCAAGCATCCCAAGACCTGAC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCCTCTTGATTATCTTATGAATCAGCAAGCATCCCAAGACCTGAC  900

seq1  ACTTTGACTCTTAGGAGACAGGAAGCATACATTTTTTTTTCTTTTTAATA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGACTCTTAGGAGACAGGAAGCATACATTTTTTTTTCTTTTTAATA  950

seq1  TTGCAAAAGAATTC  948
      ||||||||||||||
seq2  TTGCAAAAGAATTC  964

seq1: chr13_27693106_27694204
seq2: B6Ng01-165O24.g_69_1160

seq1  GAATTCCAGGAAAACTAGGCATGTATAATAAATCCCTGTTTTGAAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAAACTAGGCATGTATAATAAATCCCTGTTTTGAAAAACA  50

seq1  AACAAACAAATAAACAAAAAATCAAATTGTAGGCTATAGGGGTCTAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAATAAACAAAAAATCAAATTGTAGGCTATAGGGGTCTAAACA  100

seq1  AAGAATTCTCAAAAGAAGAAATATATTTGTCTAAGAAATGTCTCAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTCTCAAAAGAAGAAATATATTTGTCTAAGAAATGTCTCAAAAAA  150

seq1  GTGTTTAACATCTTTATCAAGGTCATTCAAAAAATACTTGATTATTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTAACATCTTTATCAAGGTCATTCAAAAAATACTTGATTATTTATC  200

seq1  TTACTGCTTTCAAAATTGGTGAGATGAAGGAAACCATTGACAATTAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTTTCAAAATTGGTGAGATGAAGGAAACCATTGACAATTAACAC  250

seq1  TGTTAATGAAAGGGACTCTTCATACTGTTACCAAAATTGAAAATAAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATGAAAGGGACTCTTCATACTGTTACCAAAATTGAAAATAAATTC  300

seq1  AGCCACTCATGACTCAATGTGAAAAAGTCTCCTTTTTTTTTTAAATTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTCATGACTCAATGTGAAAAAGTCTCCTTTTTTTTTTAAATTTGA  350

seq1  GGAATAAATACTAATATTGTTTGAACGAAAATTCCCAGGACAGGCAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAATACTAATATTGTTTGAACGAAAATTCCCAGGACAGGCAAGAT  400

seq1  AAAAGTTTCCAGCAACTGTCTGAATTATACCAATGGATGATAAATGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTCCAGCAACTGTCTGAATTATACCAATGGATGATAAATGACAT  450

seq1  TAACTTACTATGATTCTTCTGTCAATTGCCTCTCTTGCCATTAAAGCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTACTATGATTCTTCTGTCAATTGCCTCTCTTGCCATTAAAGCATC  500

seq1  TCTTCTTTATGTTAGAAAAGTATCCATGCTATTAATGTAATTATTACTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTATGTTAGAAAAGTATCCATGCTATTAATGTAATTATTACTAA  550

seq1  ATGAATCAACATACTGACAAATGCATTGTTATATTTGGATATATCTAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCAACATACTGACAAATGCATTGTTATATTTGGATATATCTAAAG  600

seq1  CATTTATTTTTTATTTGCTTATGAAGGGTTGTGTTACATAAAGGGATAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATTTTTTATTTGCTTATGAAGGGTTGTGTTACATAAAGGGATAGC  650

seq1  TTCAAATGGGAGAAAATTAAAAGAAACTTTGAAGAAACTGATTAGAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATGGGAGAAAATTAAAAGAAACTTTGAAGAAACTGATTAGAGAAG  700

seq1  ATTAATTTGGTTTACTGAGTCTTGGCACATGTAACCATCAAAATACCGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTTGGTTTACTGAGTCTTGGCACATGTAACCATCAAAATACCGAC  750

seq1  ACTTCAAGTGCTTAAGATAATGTTCAACCTTATCTGTGTCAACAAATAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAGTGCTTAAGATAATGTTCAACCTTATCTGTGTCAACAAATAGG  800

seq1  CAATAGGACAATTTATAAAGAGCAAAAAATCTTGATTCTTCATTGGCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGGACAATTTATAAAGAGCAAAAAATCTTGATTCTTCATTGGCTGA  850

seq1  CTGTAAGGATGCAAGCTCTGACCAAGCAGGATACACTTCATTTTCTTCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGGATGCAAGCTCTGACCAAGCA-GATACACTTCATTTTCTTCAA  899

seq1  ATCCATATTTAACCTAATGAGAAATGATAGTTATATGATTACTCTTTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATATTTAACCTAATGAGAAATGATAGTTATATGATTACTCTTTCTG  949

seq1  TTTAACTGTTCCTTTACATGTTTGGATTTATATTACTATATGTTGATTTA  1000
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTG-TCCTTTACATGTTTGGA-TTATATTACTATATGTTGATTTA  997

seq1  TATTACT-ATAATGTCAACAATGTAAACTTTAATTAGTG-TCAAT-AGAT  1047
      || |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  TA-TACTAATAATGTCAAC-ATGTAAACTTT-ATTAGTGTTCAATAAGAT  1044

seq1  TTTATGTGTCCAAACTCAAGTAAAATATCCCTTAATCACCTCCAAACTGT  1097
      ||||||||||||||||| ||||||||||||    ||||||||| ||||||
seq2  TTTATGTGTCCAAACTCCAGTAAAATATCC---TATCACCTCC-AACTGT  1090

seq1  AG  1099
      ||
seq2  AG  1092