BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166A21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 35,601,189 - 35,781,909
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdyl
Upstream gene1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
Downstream geneRpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773, Fars2, LOC100041590, LOC666758
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166A21.bB6Ng01-166A21.g
ACCDH957941DH957942
length1,1031,107
definitionDH957941|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166A21, 5' end.DH957942|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166A21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,780,798 - 35,781,909)(35,601,189 - 35,602,303)
sequence
gaattcacagagatctgcctgcctctgcctcccaagtgctggtattaaag
gcgtacatatgctagcactggctggcttaacctcctttcttatacatccc
aggaccacctgccaagggttgacactgtcagagaaggcggggccctctta
catcaatcataagtgaagattatgattatgaagcccactcatggacatct
tcttacttttagatgactcttgattgtgtaaacttggcaagtgctctatg
actgagccacaccctcagtcctcacattttcgtaccacccaattttctga
gatggcagaccttacaggctgtttggctgatgtctggactggaccttcta
tatcctggtagaaatacctactgtgcaaactctccaggtattgccaagta
ttccttgtgggtgacaattgcccccacttgaaaaccattgatgtgacacg
tgccttcatactgatcaaaggtagcttgttagctgctgtgctggcttggg
gaaaactaccagcttgatggagttgggacccaggattaaagtgcattttg
tttgtctatgcttggtagttgatctagaaaattgctatactgaacacagt
ctccttactggttcatattgctgtacttatggaaagattatttaaaatgc
acacttatttatttttatgtgcatgggtgttttacctgcatatatgtttg
tgtaccacctttatgcttgctatcatttggagctccagatagttgtgaat
tgccctgtggatgttcagaatcaaaccagggtcctctgagccatctctct
acccgatgtgggtagttttcaaaaagtataaaaaataagtaacacttctc
ttgttttctttccagctttcttccacttgatatttgctgtgtgtccagac
cacattccatgttttatttgtcaattgctcattgctatttcaaaatcaac
ttacaggagaaaagctacattttgcttcatggtttgaaatcatggtcacc
tggccctgttgcttttagcctgtggtagaacatgtatcactagagaggct
gtggcagaagaagtctgttcttcctgtcttttcttagtggaagtttacat
tgg
gaattcccaggctttgtaggacaaagtcaccttctcccttagcagattca
gtagtattcacagaggaatctgtaatgtctccatgttcatgttaccttgg
tccacctcactgttggttaaagaacattcgatgtctgctctttggttatc
tgtaaggtttgagatgcatgatgtcactctctgtgccctcaaatcaaaga
aggtaaaaaaaaaaataataattccttataccctgctctaaacatgataa
gacaaacaaacctgttaaatggcgatctatgacacaaacctcacatcttt
agcataagtctccaatctccaccccagctgtcttcaaagaggtagattaa
ttacttccccagctactggggaccaggaaacttgggccatgtttcctgac
tcctcgattaatagagacagaaagcaggccaaaaatacattagcatggtt
aacgagagagtgttggaaattcaaagcattcgagggctttgttctgttct
gttttttatgagaatctattccagacacagtgcacatccgaagatgctga
atccagagtcccagcctcaggatgtgtttgctcatcccatggcttttgag
agaagaatagcagagctaccatggacaatttggtaactaaactttaactc
tgtattccttttctctgtatcttagatttttttctcaaaatagagacctt
aaataacatagggataaagagactgtctttgggcaagtagttttgtgtcc
agaaatgttcaaaccctgattaaagcttcaaatctgcattagtattctaa
aaccatcacaaatgagtggcttcagcatagaaatgtatgtcccttccatt
ccaacactcaaagtccaggaggtgtcagagggtagtaagacccaggtccc
tggatgtttcccatggctttctgacatctgtggcattctttgcatgtagg
tacatagccacactccctggcttcatctacccatgtgtctctctgtggtg
tccatatttctcattacagggacaccagtgtactggctagtttgagttca
cttgacaccagcctgggtttcacagagaaggaccttcagttgaaggaatg
cctccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_35780798_35781909
seq2: B6Ng01-166A21.b_44_1146 (reverse)

seq1  CCAATGTTAAACATTTCCACATAAGAAAAGACATGTAAGAACAGACTTTC  50
      |||||| |||||  |||||| |||||||||||| | ||||||||||||  
seq2  CCAATG-TAAAC--TTCCAC-TAAGAAAAGACA-GGAAGAACAGACTTCT  45

seq1  TCTGCCACATGCTCTCCTAGTGATACACTGGTCTACCACAGGCTAAAAGC  100
      |||||||||  |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCACAGCCTCT-CTAGTGATACA-TGTTCTACCACAGGCTAAAAGC  93

seq1  AACAGGGCCAGGTGACCATGATCTCAAACCATGAAGCAAAATGTAGCTTT  150
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGCCAGGTGACCATGATTTCAAACCATGAAGCAAAATGTAGCTTT  143

seq1  TCTCCCTGTAAGTTGATTTTGAAATAGCAATGAGCAATTGACAAATAAAA  200
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCT-CCTGTAAGTTGATTTTGAAATAGCAATGAGCAATTGACAAATAAAA  192

seq1  CATGGAATGTGGTCTGGACACACAGCAAATATCAAGTGGAAGAAAGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAATGTGGTCTGGACACACAGCAAATATCAAGTGGAAGAAAGCTGG  242

seq1  AAAGAAAACAAGAGAAGTGTTACTTATTTTTTTATACTTTTTGAAAACTA  300
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAACAAGAGAAGTGTTACTTA-TTTTTTATACTTTTTGAAAACTA  291

seq1  CCCACATCGGGTAGAGAGATGGCTCAGAGGACCCTGGTTTGATTCTGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATCGGGTAGAGAGATGGCTCAGAGGACCCTGGTTTGATTCTGAAC  341

seq1  ATCCACAGGGCAATTCACAACTATCTGGAGCTCCAAATGATAGCAAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACAGGGCAATTCACAACTATCTGGAGCTCCAAATGATAGCAAGCAT  391

seq1  AAAGGTGGTACACAAACATATATGCAGGTAAAACACCCATGCACATAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGGTACACAAACATATATGCAGGTAAAACACCCATGCACATAAAA  441

seq1  ATAAATAAGTGTGCATTTTAAATAATCTTTCCATAAGTACAGCAATATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAGTGTGCATTTTAAATAATCTTTCCATAAGTACAGCAATATGA  491

seq1  ACCAGTAAGGAGACTGTGTTCAGTATAGCAATTTTCTAGATCAACTACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTAAGGAGACTGTGTTCAGTATAGCAATTTTCTAGATCAACTACCA  541

seq1  AGCATAGACAAACAAAATGCACTTTAATCCTGGGTCCCAACTCCATCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGACAAACAAAATGCACTTTAATCCTGGGTCCCAACTCCATCAAG  591

seq1  CTGGTAGTTTTCCCCAAGCCAGCACAGCAGCTAACAAGCTACCTTTGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGTTTTCCCCAAGCCAGCACAGCAGCTAACAAGCTACCTTTGATC  641

seq1  AGTATGAAGGCACGTGTCACATCAATGGTTTTCAAGTGGGGGCAATTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAAGGCACGTGTCACATCAATGGTTTTCAAGTGGGGGCAATTGTC  691

seq1  ACCCACAAGGAATACTTGGCAATACCTGGAGAGTTTGCACAGTAGGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAAGGAATACTTGGCAATACCTGGAGAGTTTGCACAGTAGGTATT  741

seq1  TCTACCAGGATATAGAAGGTCCAGTCCAGACATCAGCCAAACAGCCTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCAGGATATAGAAGGTCCAGTCCAGACATCAGCCAAACAGCCTGTA  791

seq1  AGGTCTGCCATCTCAGAAAATTGGGTGGTACGAAAATGTGAGGACTGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGCCATCTCAGAAAATTGGGTGGTACGAAAATGTGAGGACTGAGG  841

seq1  GTGTGGCTCAGTCATAGAGCACTTGCCAAGTTTACACAATCAAGAGTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTCAGTCATAGAGCACTTGCCAAGTTTACACAATCAAGAGTCAT  891

seq1  CTAAAAGTAAGAAGATGTCCATGAGTGGGCTTCATAATCATAATCTTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGTAAGAAGATGTCCATGAGTGGGCTTCATAATCATAATCTTCAC  941

seq1  TTATGATTGATGTAAGAGGGCCCCGCCTTCTCTGACAGTGTCAACCCTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTGATGTAAGAGGGCCCCGCCTTCTCTGACAGTGTCAACCCTTG  991

seq1  GCAGGTGGTCCTGGGATGTATAAGAAAGGAGGTTAAGCCAGCCAGTGCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGGTCCTGGGATGTATAAGAAAGGAGGTTAAGCCAGCCAGTGCTA  1041

seq1  GCATATGTACGCCTTTAATACCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTACGCCTTTAATACCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGAT  1091

seq1  CTCTGTGAATTC  1112
      ||||||||||||
seq2  CTCTGTGAATTC  1103

seq1: chr13_35601189_35602303
seq2: B6Ng01-166A21.g_71_1177

seq1  GAATTCCCAGGCTTTGTAGGACAAAGTCACCTTCTCCCTTAGCAGATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGGCTTTGTAGGACAAAGTCACCTTCTCCCTTAGCAGATTCA  50

seq1  GTAGTATTCACAGAGGAATCTGTAATGTCTCCATGTTCATGTTACCTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATTCACAGAGGAATCTGTAATGTCTCCATGTTCATGTTACCTTGG  100

seq1  TCCACCTCACTGTTGGTTAAAGAACATTCGATGTCTGCTCTTTGGTTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCACTGTTGGTTAAAGAACATTCGATGTCTGCTCTTTGGTTATC  150

seq1  TGTAAGGTTTGAGATGCATGATGTCACTCTCTGTGCCCTCAAATCAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGTTTGAGATGCATGATGTCACTCTCTGTGCCCTCAAATCAAAGA  200

seq1  AGGTAAAAAAAAAAATAATAATTCCTTATACCCTGCTCTAAACATGATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAAAAAAAAATAATAATTCCTTATACCCTGCTCTAAACATGATAA  250

seq1  GACAAACAAACCTGTTAAATGGCGATCTATGACACAAACCTCACATCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACAAACCTGTTAAATGGCGATCTATGACACAAACCTCACATCTTT  300

seq1  AGCATAAGTCTCCAATCTCCACCCCAGCTGTCTTCAAAGAGGTAGATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAAGTCTCCAATCTCCACCCCAGCTGTCTTCAAAGAGGTAGATTAA  350

seq1  TTACTTCCCCAGCTACTGGGGACCAGGAAACTTGGGCCATGTTTCCTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCCCCAGCTACTGGGGACCAGGAAACTTGGGCCATGTTTCCTGAC  400

seq1  TCCTCGATTAATAGAGACAGAAAGCAGGCCAAAAATACATTAGCATGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGATTAATAGAGACAGAAAGCAGGCCAAAAATACATTAGCATGGTT  450

seq1  AACGAGAGAGTGTTGGAAATTCAAAGCATTCGAGGGCTTTGTTCTGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGAGAGTGTTGGAAATTCAAAGCATTCGAGGGCTTTGTTCTGTTCT  500

seq1  GTTTTTTATGAGAATCTATTCCAGACACAGTGCACATCCGAAGATGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTATGAGAATCTATTCCAGACACAGTGCACATCCGAAGATGCTGA  550

seq1  ATCCAGAGTCCCAGCCTCAGGATGTGTTTGCTCATCCCATGGCTTTTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAGTCCCAGCCTCAGGATGTGTTTGCTCATCCCATGGCTTTTGAG  600

seq1  AGAAGAATAGCAGAGCTACCATGGACAATTTGGTAACTAAACTTTAACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATAGCAGAGCTACCATGGACAATTTGGTAACTAAACTTTAACTC  650

seq1  TGTATTCCTTTTCTCTGTATCTTAGATTTTTTTCTCAAAATAGAGACCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCCTTTTCTCTGTATCTTAGATTTTTTTCTCAAAATAGAGACCTT  700

seq1  AAATAACATAGGGATAAAGAGACTGTCTTTGGGCAAGTAGTTTTGTGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACATAGGGATAAAGAGACTGTCTTTGGGCAAGTAGTTTTGTGTCC  750

seq1  AGAAATGTTCAAACCCTGATTAAAGCTTCAAATCTGCATTAGTATTCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTTCAAACCCTGATTAAAGCTTCAAATCTGCATTAGTATTCTAA  800

seq1  AACCATCACAAATGAGTGGCTTCAGCATAGAAATGTATGTCCCTTCCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCACAAATGAGTGGCTTCAGCATAGAAATGTATGTCCCTTCCATT  850

seq1  CCAAACACTCAAAGTCCAGGAGGTGTCAGAGGGTAGTAAGACCCAGGTCC  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-AACACTCAAAGTCCAGGAGGTGTCAGAGGGTAGTAAGACCCAGGTCC  899

seq1  CTGGATGTTTCCCATGGCTTTCTGACATCTGTGGCATTCTTTGCATGTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGTTTCCCATGGCTTTCTGACATCTGTGGCATTCTTTGCATGTAG  949

seq1  GTACATAGCCACACTCCCTGGCTTCATCTACCCATTGTGTTCTCTCTGTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
seq2  GTACATAGCCACACTCCCTGGCTTCATCTACCCA-TGTG-TCTCTCTG-T  996

seq1  GGTGTCCATATTTCTCCATTTACAGGGACACCAGTGTACTGGCTAGTTTT  1050
      ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGTGTCCATATTTCTC--ATTACAGGGACACCAGTGTACTGGCTAG-TTT  1043

seq1  GTGTCAACTTGACA-CAGCTGGGGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTT  1099
      | ||  |||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| ||||||||
seq2  GAGTTCACTTGACACCAGCCTGGGTT-TCACAGAG-AAGGACCTTCAGTT  1091

seq1  GAGGAAATGCCTCCAT  1115
      || | |||||||||||
seq2  GAAGGAATGCCTCCAT  1107