BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170N15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,979,129 - 35,127,835
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
Upstream geneSerpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik, LOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677
Downstream geneCdyl, Rpp40, LOC100041568, Ppp1r3g, Lyrm4, LOC100042773
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170N15.bB6Ng01-170N15.g
ACCDH961461DH961462
length1,0781,054
definitionDH961461|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170N15, 5' end.DH961462|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170N15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,979,129 - 34,980,224)(35,126,785 - 35,127,835)
sequence
gaattcagttaaaggtctagggagatggctcagctgctctttcagaagac
ccaaatttgggtcccaacgtttatgtcatgtgaccacaaccacatgtaac
tccagctctaggagatacgcagctctgcagataccagttgtacacataca
tgcattcatttaggccctcccaaacaaaacctttaaaacaaattattaaa
gaatttgggttttgctattcccagtcctcatagcctccctcggagtgctg
ggattatatgttgtatcaccatgtctggacacctttctttaatagaatag
attttgaaggtgtcttggtttaagtttcttttactacaatgaaacacagt
gacccaaaaagaaaattggggaggaaaggatttatgcagcttatacttct
gaatctatagtctgtcattgaaggatgtcaggacaaaaaccctaagcagg
gcaggaatctggatgcaggagctgatgcagaagccatggagggatgttgc
ttattggctggcttcccatggcttgctcaggctgccttcttagcgaacct
aggaccaccagcccagcgatggtaccagcctcagtgggctgggccctcct
cccccattgatcactaattgagaaaatgccttatagctggatctcatcga
agcatttcctaaaatggagagccttcctctgatgactttagcttgtgtca
agtagacacacaaaaccagacaatacagaagacataaggttcacagaaaa
attgagcattgagttcaaagtcaccttttattcttccccacacatgctgg
tgtttgctcactttatttgaaacttttacaaatatttatatgtccccttt
tttctttcaatagagataggagccgaagagcagtcacgcttgaggagaag
tctcgatcacgggtggtcataggagaagagcagagcaagtaaggaagata
aatttaaaggagtctctcagaagatgaagttgagcagagtctcatctgat
gatagtaagaacggactgttgcattttcatgaatctaggtatgaaattgg
tgtactggaaggctctcatttctgccta
gtactttgaaatgcaggtgtcaaaaggggccagctgtttccctggccctt
ttagtagccctgtgtggtttagagtgggagagcaaagttgaagaacaaag
agtcaacatgggtgttgaccttgattcctgttactgaaaagtgagggcga
ttcctttatccatgctgggacacagctgagctctggtgctggggcagatg
ttcacagagatgccagagggttatcagaacaaagactggtattagtctaa
gttttcctagaccacaggatcttatgactattacattaggacttgtcccc
agcagccccagagctcttcatcctgcatggtcacatggtccccacagaga
tgacagccttagatgtttctttctttgagctattttttgctttttgagtt
tcatggattccattaacatcccatgtgccagatcacactgggtctctact
attctaaaagtcgggaagaattcacttaaaaatcagtgtgaatctggctg
gcacgtatggagtcacttagcttgcctctccttgcagctcagagccacag
tcaggtttccagcgtggacataacagggcagaacagactccagggagtga
ccatgtaccaggaaaacatcagcagagatgggctgcagaagagatgctga
agtaaacagcactcatctgtttgagggagatgtgatgaccccaggcaagg
gataatctgatattagaggtgatagagctcaagaagaaataagggaaggc
ggagggaggcagcctggtggcagtcagtacatggtataagaggcacaggt
gtctatgcatggtgactgccagcctctgatggctgcaagaaatctggcat
tcatacttactgctgccactgctaatcttcatattttcatacagtctgac
atttcaatttgtgaatctatctgtacatctaatgtgttacagccaactag
cccttatcgcagccttcttcatgcagaagtttatgagcaagaattgtggg
tttgtgttttaataaaaataaaagaagaaggattatgtttgggtggaggt
gtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_34979129_34980224
seq2: B6Ng01-170N15.b_49_1126

seq1  GAATTCAGTTAAAGGTCTAGGGAGATGGCTCAGCTGCTCTTTCAGAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTAAAGGTCTAGGGAGATGGCTCAGCTGCTCTTTCAGAAGAC  50

seq1  CCAAATTTGGGTCCCAACGTTTATGTCATGTGACCACAACCACATGTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTTGGGTCCCAACGTTTATGTCATGTGACCACAACCACATGTAAC  100

seq1  TCCAGCTCTAGGAGATACGCAGCTCTGCAGATACCAGTTGTACACATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTCTAGGAGATACGCAGCTCTGCAGATACCAGTTGTACACATACA  150

seq1  TGCATTCATTTAGGCCCTCCCAAACAAAACCTTTAAAACAAATTATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTCATTTAGGCCCTCCCAAACAAAACCTTTAAAACAAATTATTAAA  200

seq1  GAATTTGGGTTTTGCTATTCCCAGTCCTCATAGCCTCCCTCGGAGTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGGGTTTTGCTATTCCCAGTCCTCATAGCCTCCCTCGGAGTGCTG  250

seq1  GGATTATATGTTGTATCACCATGTCTGGACACCTTTCTTTAATAGAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATATGTTGTATCACCATGTCTGGACACCTTTCTTTAATAGAATAG  300

seq1  ATTTTGAAGGTGTCTTGGTTTAAGTTTCTTTTACTACAATGAAACACAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAGGTGTCTTGGTTTAAGTTTCTTTTACTACAATGAAACACAGT  350

seq1  GACCCAAAAAGAAAATTGGGGAGGAAAGGATTTATGCAGCTTATACTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAAAAGAAAATTGGGGAGGAAAGGATTTATGCAGCTTATACTTCT  400

seq1  GAATCTATAGTCTGTCATTGAAGGATGTCAGGACAAAAACCCTAAGCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTATAGTCTGTCATTGAAGGATGTCAGGACAAAAACCCTAAGCAGG  450

seq1  GCAGGAATCTGGATGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGGATGTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAATCTGGATGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGGATGTTGC  500

seq1  TTATTGGCTGGCTTCCCATGGCTTGCTCAGGCTGCCTTCTTAGCGAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGCTGGCTTCCCATGGCTTGCTCAGGCTGCCTTCTTAGCGAACCT  550

seq1  AGGACCACCAGCCCAGCGATGGTACCAGCCTCAGTGGGCTGGGCCCTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCACCAGCCCAGCGATGGTACCAGCCTCAGTGGGCTGGGCCCTCCT  600

seq1  CCCCCATTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTATAGCTGGATCTCATCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTATAGCTGGATCTCATCGA  650

seq1  AGCATTTCCTAAAATGGAGAGCCTTCCTCTGATGACTTTAGCTTGTGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTCCTAAAATGGAGAGCCTTCCTCTGATGACTTTAGCTTGTGTCA  700

seq1  AGTAGACACACAAAACCAGACAATACAGAAGACATAAGGTTCACAGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACACACAAAACCAGACAATACAGAAGACATAAGGTTCACAGAAAA  750

seq1  ATTGAGCATTGAGTTCAAAGTCACCTTTTATTCTTCCCCACACATGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCATTGAGTTCAAAGTCACCTTTTATTCTTCCCCACACATGCTGG  800

seq1  TGTTTGCTCACTTTATTTGAAACTTTTACAAATATTTATATGTCCCCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCTCACTTTATTTGAAACTTTTACAAATATTTATATGTCCCCTTT  850

seq1  TTTCTTTCAAATAGAGATAGGAGCCGAAGGAGCAGGTCACGCTTGAGGAG  900
      |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TTTCTTTC-AATAGAGATAGGAGCCGAA-GAGCA-GTCACGCTTGAGGAG  897

seq1  AAGGTCTCGATCACGGGGTGGTCATAGGAGAAGGAGCAGAAGCAAAGTAA  950
      || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |
seq2  AA-GTCTCGATCAC-GGGTGGTCATAGGAGAA-GAGCAG-AGC-AAGT-A  941

seq1  AGGAAGATAAATTTAAAGGAAGTCTCTCAGAAGGAATGAAAGTTGAGCAA  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||| |
seq2  AGGAAGATAAATTTAAAGG-AGTCTCTCAGAAG--ATG-AAGTTGAGC-A  986

seq1  GAGTCTTCATCTGATGATAAGTAAGAACGGACTGTTGCCATTTCATGATT  1050
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| |
seq2  GAGTC-TCATCTGATGAT-AGTAAGAACGGACTGTTGCATTTTCATGAAT  1034

seq1  CTAGGTTAGGAAAATTGGTGTACTGGAGGGCT-TCAGTTTCTGCCTA  1096
      ||||||  |  |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||
seq2  CTAGGTATG--AAATTGGTGTACTGGAAGGCTCTCA-TTTCTGCCTA  1078

seq1: chr13_35126785_35127835
seq2: B6Ng01-170N15.g_79_1130 (reverse)

seq1  CCACACCTCCA-CCAAACATATCCCTTCTCTCTTTATTTTTA-TAAAACA  48
      ||||||||||| |||||||||  ||||||   |||||||||| |||||||
seq2  CCACACCTCCACCCAAACATAATCCTTCTTCTTTTATTTTTATTAAAACA  50

seq1  C-AACACAC-ATTCTTGCTCATAAACTTCTGCATGGAGGAGGCTGGCGAT  96
      | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
seq2  CAAACCCACAATTCTTGCTCATAAACTTCTGCATGAAGAAGGCT-GCGAT  99

seq1  AAGGGCTAGTTGGCTGTAACACATTAGATGTACAGATAGATTCACAAATT  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGGGCTAGTTGGCTGTAACACATTAGATGTACAGATAGATTCACAAA-T  148

seq1  TGAAATGTCAGACTGTATTGAAAATATGAAGATTAGCAGTGGCAGCAGTA  196
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTCAGACTGTA-TGAAAATATGAAGATTAGCAGTGGCAGCAGTA  197

seq1  AGTATGGATGCCAGATTTCTTGCAGCCATCAGAGGCTGGCAGTCACCATG  246
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAATGCCAGATTTCTTGCAGCCATCAGAGGCTGGCAGTCACCATG  247

seq1  CATAGACACCTGTGCCTCTTATACCATGTACTGACTGCCACCAGGCTGCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACACCTGTGCCTCTTATACCATGTACTGACTGCCACCAGGCTGCC  297

seq1  TCCCTCCGCCTTCCCTTATTTCTTCTTGAGCTCTATCACCTCTAATATCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCGCCTTCCCTTATTTCTTCTTGAGCTCTATCACCTCTAATATCA  347

seq1  GATTATCCCTTGCCTGGGGTCATCACATCTCCCTCAAACAGATGAGTGCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCCCTTGCCTGGGGTCATCACATCTCCCTCAAACAGATGAGTGCT  397

seq1  GTTTACTTCAGCATCTCTTCTGCAGCCCATCTCTGCTGATGTTTTCCTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTTCAGCATCTCTTCTGCAGCCCATCTCTGCTGATGTTTTCCTGG  447

seq1  TACATGGTCACTCCCTGGAGTCTGTTCTGCCCTGTTATGTCCACGCTGGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGTCACTCCCTGGAGTCTGTTCTGCCCTGTTATGTCCACGCTGGA  497

seq1  AACCTGACTGTGGCTCTGAGCTGCAAGGAGAGGCAAGCTAAGTGACTCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGACTGTGGCTCTGAGCTGCAAGGAGAGGCAAGCTAAGTGACTCCA  547

seq1  TACGTGCCAGCCAGATTCACACTGATTTTTAAGTGAATTCTTCCCGACTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGCCAGCCAGATTCACACTGATTTTTAAGTGAATTCTTCCCGACTT  597

seq1  TTAGAATAGTAGAGACCCAGTGTGATCTGGCACATGGGATGTTAATGGAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATAGTAGAGACCCAGTGTGATCTGGCACATGGGATGTTAATGGAA  647

seq1  TCCATGAAACTCAAAAAGCAAAAAATAGCTCAAAGAAAGAAACATCTAAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAAACTCAAAAAGCAAAAAATAGCTCAAAGAAAGAAACATCTAAG  697

seq1  GCTGTCATCTCTGTGGGGACCATGTGACCATGCAGGATGAAGAGCTCTGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCATCTCTGTGGGGACCATGTGACCATGCAGGATGAAGAGCTCTGG  747

seq1  GGCTGCTGGGGACAAGTCCTAATGTAATAGTCATAAGATCCTGTGGTCTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTGGGGACAAGTCCTAATGTAATAGTCATAAGATCCTGTGGTCTA  797

seq1  GGAAAACTTAGACTAATACCAGTCTTTGTTCTGATAACCCTCTGGCATCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACTTAGACTAATACCAGTCTTTGTTCTGATAACCCTCTGGCATCT  847

seq1  CTGTGAACATCTGCCCCAGCACCAGAGCTCAGCTGTGTCCCAGCATGGAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAACATCTGCCCCAGCACCAGAGCTCAGCTGTGTCCCAGCATGGAT  897

seq1  AAAGGAATCGCCCTCACTTTTCAGTAACAGGAATCAAGGTCAACACCCAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATCGCCCTCACTTTTCAGTAACAGGAATCAAGGTCAACACCCAT  947

seq1  GTTGACTCTTTGTTCTTCAACTTTGCTCTCCCACTCTAAACCACACAGGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACTCTTTGTTCTTCAACTTTGCTCTCCCACTCTAAACCACACAGGG  997

seq1  CTACTAAAAGGGCCAGGGAAACAGCTGGCCCCTTTTGACACCTGCATTTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAAAAGGGCCAGGGAAACAGCTGGCCCCTTTTGACACCTGCATTTC  1047

seq1  AAAGT  1051
      |||||
seq2  AAAGT  1052