BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172J15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 63,248,239 - 63,399,355
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2010111I01Rik
Upstream geneEG630579, EG630594, LOC665455, LOC100041430, LOC100041962, LOC100041437, LOC100041979, LOC100041986, 8430426H19Rik, LOC100041455, 6720457D02Rik, EG665503, LOC100041493, LOC630857, EG630978, EG435366, LOC380850, LOC630951, Fbp2, Fbp1, LOC100042090, EG665524
Downstream geneFancc, Ptch1, C030010C08Rik, 0610007P08Rik, 9330134C04Rik, EG665575, Hsd17b3, Slc35d2, Zfp367, Habp4, Cdc14b, 1110018J18Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172J15.bB6Ng01-172J15.g
ACCGA001173GA001174
length951483
definitionB6Ng01-172J15.b B6Ng01-172J15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,248,239 - 63,249,194)(63,398,867 - 63,399,355)
sequence
gaattcattcatttaattcatgattttttctgtttatactttaaacaaac
atgtcagttgtttgcttagctaacaagctctgccttcattataagccatt
agtggctagtaatcattgaagctgtgtttggattttagaaacacaataag
cctaattaattccaccctccgtaatttggaacttgtagtgactgacactg
tctaggttgaaatgtatgtctctgccctctctgtgaatcatttgcaagtc
ttttcatggctcataaactaaggtgctagaacttatgaaaactaagatgc
ccaaatgcccacaaaggatgaggtgacaaacttaaactagtgccagagga
gggccctcaaagagacctgaatctccactttcaatgaggagaggaatgta
tctctcttttctctatttcctctttaactttatatttaattgctatatta
aaagtatgtgtgtccatgaaactcaggaagaaggaagaccaaaatgtgga
tattttgttccttcttagaatggggaacaaaatacctatggaaggagtta
cggagacaaagtttggagctaagatgaaaggatggaccatccagagactg
ccccacccggggatccatcccataaacatccagcaaacccagacactatt
gcatatgccagcaagattttgctgacaggaccctgatatagctgtctctt
atgaggctatgccagtgcctggcaaatacagaagtagatgctcacaatca
tctattggatggaacacagggcccctaaagaaggagctagagaaagtacc
caagagctaaagaggtcggcaaccctatagaggaacaacatatgaactaa
ctagtaccccccccccccgccccagaagtgtgtctctagttgcataatgt
agcagaagatgtctagtgacatcaatgggaaggaggaggcccttggtctt
t
tcactgagccaacattaaaaaagcagccaattacattctgcaagttctgc
ccgctttcttgttctatggagtttctcaagggttacattctgcttcaaat
tcaagtgtttcaaaggcagcataggataaaaactcagtgtcggcttccaa
agagctttcctgcaggggctgaggcgtggaggtccctgtacagcagacag
catggctatgccagtgagctgctcttagctctgttcctgtctgctttctc
aaacaattcttactccactgtgcaaatgtgacatttctgctgtaaaaaag
tcacatcctttgctttatgggaaaaaccagccctcactttgactctgtca
aaagtccttttgtccaccacacccccactttccatcccattcaaagtggc
tctagcccatcagcccacagtatgcacacaggctagccagaggcgccagt
tggggttgggagtgggacagagtatgggggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_63248239_63249194
seq2: B6Ng01-172J15.b_46_996

seq1  GAATTCATTCATTTAATTCATGATTTTTTCTGTTTATACTTTAAACAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATTTAATTCATGATTTTTTCTGTTTATACTTTAAACAAAC  50

seq1  ATGTCAGTTGTTTGCTTAGCTAACAAGCTCTGCCTTCATTATAAGCCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTTGTTTGCTTAGCTAACAAGCTCTGCCTTCATTATAAGCCATT  100

seq1  AGTGGCTAGTAATCATTGAAGCTGTGTTTGGATTTTAGAAACACAATAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTAGTAATCATTGAAGCTGTGTTTGGATTTTAGAAACACAATAAG  150

seq1  CCTAATTAATTCCACCCTCCGTAATTTGGAACTTGTAGTGACTGACACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTAATTCCACCCTCCGTAATTTGGAACTTGTAGTGACTGACACTG  200

seq1  TCTAGGTTGAAATGTATGTCTCTGCCCTCTCTGTGAATCATTTGCAAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGTTGAAATGTATGTCTCTGCCCTCTCTGTGAATCATTTGCAAGTC  250

seq1  TTTTCATGGCTCATAAACTAAGGTGCTAGAACTTATGAAAACTAAGATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGGCTCATAAACTAAGGTGCTAGAACTTATGAAAACTAAGATGC  300

seq1  CCAAATGCCCACAAAGGATGAGGTGACAAACTTAAACTAGTGCCAGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGCCCACAAAGGATGAGGTGACAAACTTAAACTAGTGCCAGAGGA  350

seq1  GGGCCCTCAAAGAGACCTGAATCTCCACTTTCAATGAGGAGAGGAATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCTCAAAGAGACCTGAATCTCCACTTTCAATGAGGAGAGGAATGTA  400

seq1  TCTCTCTTTTCTCTATTTCCTCTTTAACTTTATATTTAATTGCTATATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTTTCTCTATTTCCTCTTTAACTTTATATTTAATTGCTATATTA  450

seq1  AAAGTATGTGTGTCCATGAAACTCAGGAAGAAGGAAGACCAAAATGTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGTGTGTCCATGAAACTCAGGAAGAAGGAAGACCAAAATGTGGA  500

seq1  TATTTTGTTCCTTCTTAGAATGGGGAACAAAATACCTATGGAAGGAGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTTCCTTCTTAGAATGGGGAACAAAATACCTATGGAAGGAGTTA  550

seq1  CGGAGACAAAGTTTGGAGCTAAGATGAAAGGATGGACCATCCAGAGACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGACAAAGTTTGGAGCTAAGATGAAAGGATGGACCATCCAGAGACTG  600

seq1  CCCCACCCGGGGATCCATCCCATAAACATCCAGCAAACCCAGACACTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCGGGGATCCATCCCATAAACATCCAGCAAACCCAGACACTATT  650

seq1  GCATATGCCAGCAAGATTTTGCTGACAGGACCCTGATATAGCTGTCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGCCAGCAAGATTTTGCTGACAGGACCCTGATATAGCTGTCTCTT  700

seq1  ATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTAGATGCTCACAATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATACAGAAGTAGATGCTCACAATCA  750

seq1  TCTATTGGATGGAACACAGGGCCCCTAAAGAAGGAGCTAGAGAAAGTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGGATGGAACACAGGGCCCCTAAAGAAGGAGCTAGAGAAAGTACC  800

seq1  CAAGGAGCTAAAGAGGTCGGCAACCCTATAGGAGGAACAACAATATGAAC  850
      ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CAA-GAGCTAAAGAGGTCGGCAACCCTATA-GAGGAACAAC-ATATGAAC  847

seq1  TAACTAGTACCCCCCCCCCCCCCGCCCCAGAAGTGTGTCTCTAGTTGCAT  900
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGTA--CCCCCCCCCCCCGCCCCAGAAGTGTGTCTCTAGTTGCAT  895

seq1  -ATGTAGCAGAGGATGGCCTAGTTGACCATCAATGGG-AGGA-GAGGCCC  947
       |||||||||| ||| | |||| ||| |||||||||| |||| |||||||
seq2  AATGTAGCAGAAGAT-GTCTAG-TGA-CATCAATGGGAAGGAGGAGGCCC  942

seq1  TTGGTCTTT  956
      |||||||||
seq2  TTGGTCTTT  951

seq1: chr13_63398867_63399355
seq2: B6Ng01-172J15.g_67_555 (reverse)

seq1  CCTCCCCCATACTCTGTCCCACTCCCAACCCCAACTGGCGCCTCTGGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCATACTCTGTCCCACTCCCAACCCCAACTGGCGCCTCTGGCTA  50

seq1  GCCTGTGTGCATACTGTGGGCTGATGGGCTAGAGCCACTTTGAATGGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTGCATACTGTGGGCTGATGGGCTAGAGCCACTTTGAATGGGAT  100

seq1  GGAAAGTGGGGGTGTGGTGGACAAAAGGACTTTTGACAGAGTCAAAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTGGGGGTGTGGTGGACAAAAGGACTTTTGACAGAGTCAAAGTGA  150

seq1  GGGCTGGTTTTTCCCATAAAGCAAAGGATGTGACTTTTTTACAGCAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGGTTTTTCCCATAAAGCAAAGGATGTGACTTTTTTACAGCAGAAA  200

seq1  TGTCACATTTGCACAGTGGAGTAAGAATTGTTTGAGAAAGCAGACAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACATTTGCACAGTGGAGTAAGAATTGTTTGAGAAAGCAGACAGGAA  250

seq1  CAGAGCTAAGAGCAGCTCACTGGCATAGCCATGCTGTCTGCTGTACAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTAAGAGCAGCTCACTGGCATAGCCATGCTGTCTGCTGTACAGGG  300

seq1  ACCTCCACGCCTCAGCCCCTGCAGGAAAGCTCTTTGGAAGCCGACACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCACGCCTCAGCCCCTGCAGGAAAGCTCTTTGGAAGCCGACACTGA  350

seq1  GTTTTTATCCTATGCTGCCTTTGAAACACTTGAATTTGAAGCAGAATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTATCCTATGCTGCCTTTGAAACACTTGAATTTGAAGCAGAATGTA  400

seq1  ACCCTTGAGAAACTCCATAGAACAAGAAAGCGGGCAGAACTTGCAGAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGAGAAACTCCATAGAACAAGAAAGCGGGCAGAACTTGCAGAATG  450

seq1  TAATTGGCTGCTTTTTTAATGTTGGCTCAGTGAGAATTC  489
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGCTGCTTTTTTAATGTTGGCTCAGTGAGAATTC  489