BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173D20
Chromosome13 (Build37)
Map Location 46,946,563 - 47,130,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKif13a, LOC544928, Nhlrc1, Tpmt
Upstream geneAtxn1, 5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24, Cap2, C78339, Nup153
Downstream geneAof1, Dek, LOC100039761, Ibrdc2, 4931429P17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173D20.bB6Ng01-173D20.g
ACCGA001639GA001640
length538998
definitionB6Ng01-173D20.b B6Ng01-173D20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,946,563 - 46,947,106)(47,129,957 - 47,130,942)
sequence
tttgcctaccaagcactgacctctcctcctcgagccgggggatctcctgg
atttcacaaacgctggtcctaggcacttaggatagtgatcccagcaagcc
agatatggagtgtgggcttttatttcagtaaacatttagaaggaagaagt
ctggagtctgactcatctcactctatataagacgccatgcatcatactgg
agacctgtattgttctaggactaactccttccgttggagtccctaatggc
tactccacagctcgtggtgaagccgattgtatcctcactccaaagtcggt
gatgggagacaccgaaagcctgcatacaaccgaacaaatgcatacagatg
gaggctgggtgtgggagctcaaacctgggatctcagcacttgggaggccg
aggcaggaggattgccacaagtcttatgcctgtgtgagtgacatagtaag
ttctgggtcagcatgggatgcctctaaatgactcaacagcaaacacacac
atagaaagaaaagagggaaggagggagggagggaggga

agtctaggctaacgtagtgagatttgtctcaaaacaaaagatgattgatt
gatatgatatattaaagataaatggtagaattggagctaagcatatagat
gatagattggtacatagatgatagataatagctacattgatattagaaat
agatttatagatggtagaatatatatctgtgtgcatatactgtgatgcac
atgtgcaggttagaggatagcttgtaggagtccgttctctccttccacca
tgtaggctcagggattaaacccagcctgcctggcttagctgcaagcacct
taccctctgagccattgggctggcccccatccaggttttaaaagaaaaca
taaggtccagttaaagcctaatgaactttattgtgtttaatgtgtgtccc
ctatctccctggctttgtctgagtcccgtttccttaccttgatcatttaa
agacttcctaattaagtataaaaaacctgttctttgttgtttcattacag
agttcttcagggagcatttccttatactgctgcagcatatttgatcttcc
taggtaggaccgagtgctctctgtgtatctgcaccatcatgtgagtatgt
gggtgagtgtggcagcgagtgtttgtgtaagtgtgagtgtgactgggtga
tacctttgcaccgttgtgtgtgagtacgtgagcatgtgtatgtgagagag
agagtgaatgggcatgtgtgtgtaaccgtcagcccatgacgtgtgagtat
gtcagggtgaactatgtgtggatgttagcatgtgttgtctgtgtgggctg
gctgctctgtctgcaccatttgtgcggtgtggagtgtacgtgactgagta
tggcgtgagagtgtgagttgtatgttcgagtgtgtgctgcagtggcacaa
tgagtcaatcagaggacaacccttagctgccagttcttgcctttctaccc
tggtctgagacagaagtatccacagccgctttggtctcaactggaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_46946563_46947106
seq2: B6Ng01-173D20.b_46_589

seq1  GAATTCTTTGCCTACCAAGCACTGACCTCTCCTCCTCGAGCCGGGGGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCCTACCAAGCACTGACCTCTCCTCCTCGAGCCGGGGGATC  50

seq1  TCCTGGATTTCACAAACGCTGGTCCTAGGCACTTAGGATAGTGATCCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATTTCACAAACGCTGGTCCTAGGCACTTAGGATAGTGATCCCAG  100

seq1  CAAGCCAGATATGGAGTGTGGGCTTTTATTTCAGTAAACATTTAGAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAGATATGGAGTGTGGGCTTTTATTTCAGTAAACATTTAGAAGGA  150

seq1  AGAAGTCTGGAGTCTGACTCATCTCACTCTATATAAGACGCCATGCATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTGGAGTCTGACTCATCTCACTCTATATAAGACGCCATGCATCA  200

seq1  TACTGGAGACCTGTATTGTTCTAGGACTAACTCCTTCCGTTGGAGTCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGAGACCTGTATTGTTCTAGGACTAACTCCTTCCGTTGGAGTCCCT  250

seq1  AATGGCTACTCCACAGCTCGTGGTGAAGCCGATTGTATCCTCACTCCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCTACTCCACAGCTCGTGGTGAAGCCGATTGTATCCTCACTCCAAA  300

seq1  GTCGGTGATGGGAGACACCGAAAGCCTGCATACAACCGAACAAATGCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGTGATGGGAGACACCGAAAGCCTGCATACAACCGAACAAATGCATA  350

seq1  CAGATGGAGGCTGGGTGTGGGAGCTCAAACCTGGGATCTCAGCACTTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGAGGCTGGGTGTGGGAGCTCAAACCTGGGATCTCAGCACTTGGG  400

seq1  AGGCCGAGGCAGGAGGATTGCCACAAGTCTTATGCCTGTGTGAGTGACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGAGGCAGGAGGATTGCCACAAGTCTTATGCCTGTGTGAGTGACAT  450

seq1  AGTAAGTTCTGGGTCAGCATGGGATGCCTCTAAATGACTCAACAGCAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTCTGGGTCAGCATGGGATGCCTCTAAATGACTCAACAGCAAAC  500

seq1  ACACACATAGAAAGAAAAGAGGGAAGGAGGGAGGGAGGGAGGGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATAGAAAGAAAAGAGGGAAGGAGGGAGGGAGGGAGGGA  544


seq1: chr13_47129957_47130942
seq2: B6Ng01-173D20.g_78_1075 (reverse)

seq1  AAGTCCAGTTTGAGA-CAAAGCGGCTGT-GAAAC-TCTGTCTCA-AACAG  46
      || ||||| |||||| |||||||||||| || || ||||||||| | |||
seq2  AATTCCAG-TTGAGACCAAAGCGGCTGTGGATACTTCTGTCTCAGACCAG  49

seq1  GGT-GGAAGGCAAGAACTGGCAGCTAA-GGTTGTCCTCTGACTGACTCA-  93
      ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| 
seq2  GGTAGAAAGGCAAGAACTGGCAGCTAAGGGTTGTCCTCTGATTGACTCAT  99

seq1  TGTGCCACTGCATGCACACACTCAAACATAC-ACTCACACTCTCACG-CA  141
      |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  TGTGCCACTGCA-GCACACACTCGAACATACAACTCACACTCTCACGCCA  148

seq1  TACTCAGTCACGTACACT-CACA-CGCAC-AATGGTGCAGACAGAGCAGC  188
      |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGTCACGTACACTCCACACCGCACAAATGGTGCAGACAGAGCAGC  198

seq1  CAG-CCACACAGAC-ACACATGCTAACATCCACACATAGTTCACCCTGAC  236
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCACACAGACAACACATGCTAACATCCACACATAGTTCACCCTGAC  248

seq1  ATACTCACACGTCATGGGCTGACGGTTACACACACATGCCCATTCACTCT  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCACACGTCATGGGCTGACGGTTACACACACATGCCCATTCACTCT  298

seq1  CTCTCTCACATACACATGCTCACGTACTCACACACAACGGTGCAAAGGTA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCACATACACATGCTCACGTACTCACACACAACGGTGCAAAGGTA  348

seq1  TCACCCAGTCACACTCACACTTACACAAACACTCGCTGCCACACTCACCC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAGTCACACTCACACTTACACAAACACTCGCTGCCACACTCACCC  398

seq1  ACATACTCACATGATGGTGCAGATACACAGAGAGCACTCGGTCCTACCTA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTCACATGATGGTGCAGATACACAGAGAGCACTCGGTCCTACCTA  448

seq1  GGAAGATCAAATATGCTGCAGCAGTATAAGGAAATGCTCCCTGAAGAACT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATCAAATATGCTGCAGCAGTATAAGGAAATGCTCCCTGAAGAACT  498

seq1  CTGTAATGAAACAACAAAGAACAGGTTTTTTATACTTAATTAGGAAGTCT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATGAAACAACAAAGAACAGGTTTTTTATACTTAATTAGGAAGTCT  548

seq1  TTAAATGATCAAGGTAAGGAAACGGGACTCAGACAAAGCCAGGGAGATAG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGATCAAGGTAAGGAAACGGGACTCAGACAAAGCCAGGGAGATAG  598

seq1  GGGACACACATTAAACACAATAAAGTTCATTAGGCTTTAACTGGACCTTA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACACATTAAACACAATAAAGTTCATTAGGCTTTAACTGGACCTTA  648

seq1  TGTTTTCTTTTAAAACCTGGATGGGGGCCAGCCCAATGGCTCAGAGGGTA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTTTTAAAACCTGGATGGGGGCCAGCCCAATGGCTCAGAGGGTA  698

seq1  AGGTGCTTGCAGCTAAGCCAGGCAGGCTGGGTTTAATCCCTGAGCCTACA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTTGCAGCTAAGCCAGGCAGGCTGGGTTTAATCCCTGAGCCTACA  748

seq1  TGGTGGAAGGAGAGAACGGACTCCTACAAGCTATCCTCTAACCTGCACAT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAAGGAGAGAACGGACTCCTACAAGCTATCCTCTAACCTGCACAT  798

seq1  GTGCATCACAGTATATGCACACAGATATATATTCTACCATCTATAAATCT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCACAGTATATGCACACAGATATATATTCTACCATCTATAAATCT  848

seq1  ATTTCTAATATCAATGTAGCTATTATCTATCATCTATGTACCAATCTATC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAATATCAATGTAGCTATTATCTATCATCTATGTACCAATCTATC  898

seq1  ATCTATATGCTTAGCTCCAATTCTACCATTTATCTTTAATATATCATATC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATGCTTAGCTCCAATTCTACCATTTATCTTTAATATATCATATC  948

seq1  AATCAATCATCTTTTGTTTTGAGACAAATCTCACTACGTTAGCCTAGACT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATCATCTTTTGTTTTGAGACAAATCTCACTACGTTAGCCTAGACT  998


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |