BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179H09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 82,498,413 - 82,627,102
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC238756
Upstream geneGpr98, Lysmd3, Polr3g, 2900024O10Rik, Cetn3
Downstream geneLOC667018
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179H09.bB6Ng01-179H09.g
ACCGA006174GA006175
length7691,105
definitionB6Ng01-179H09.b B6Ng01-179H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,626,336 - 82,627,102)(82,498,413 - 82,499,502)
sequence
gaattcttccatgtttaaaataatgcattttcccaactactgtgctaaac
ctggcactttctcacaagtacccagctactgatgctagttctttgtagga
aaattatgagagaatagcaaatgtggccagaagagaaaccattatgctaa
aatgggaattttttaaggttattaaacacatttaagactgtaaataagta
taaattgaaataggagcatcatggatccttcgcaatgcattccaagttat
gtttcttaaatattcacactttaatccttacttgggtaaaataaaatgct
cagttggtcactctccgtagagagataaatagaagtcttgaatagcacat
tgaagaagtaatgttcttgggaattaggatgatgctttcagaagacaagg
aaggcaagatgatcaaaacaagaaaatcaacacctttgcatcttattcag
tccaaacagccacaagttaaaataaaattacataacttctcccaactctt
tcctatgtctttctgcccacgtacttgctcttttgaaaatgtatacactt
ttccagaaatacgtgtgtatgtgtttatgaatgtgcatatgtaggtgtat
atgtgtgtgaatatgcatatgtctgtgaatgtatatgtgtctgtttgtga
ttgtgtgtgtgagtgtatgtatgtgaatgttgccaacagtatgtgagtgt
gtgtgagtgtgcatgtgttgtgcatatgtgtttgaatgtatatatgagta
tatgaaatgtgtatgtgag

gaattcagtccagggatataaatctgggaattctgagctcaagaaagcct
ctggatcaggtccaagtgtgtcttcatttatccagcatcccatgaacttg
aaagacaaattttagctgtgctccaccccaaacaaacaatggagcactct
aattaggaagcgaaagcactggaaatagccccatagtccttggttcatgg
caaaactaagggataaaggtaggaaggggcagggtgggagcttccttaat
taggtcatgagtctgctctattcctccacctattgttctcagtgatccta
tgtgaagtggatgtaaaggaatgtgcctgcttaaactatagcaccttgtc
tcagctcacttcctgctcttacaaggctggtagccagggagttgttttga
atattgagcagatgtgatttttttcaatcagtcattctttttttggcaat
gcagtgactttataaacttaataggtttccaatctatatacttccagtaa
gtttctcattctagaagtccacccaaaattaaaatctttttcaggcaatt
cccattaaagttctaagagtctttgctctccatcgcattttctgtctcaa
ttttgtgatttttatcttggggctattacacttgataggtaagagcacat
cctaatttcatctttacagtaaaaatctttatcaactcgtaatacatatt
agagactggtcgcttgttgtgatatggatttcagaagagatagtaggaat
gctcctagaaatatgttagtcatctatatgtgtgatcttcatgcccttgc
agagaggtagctcgtgtttgaatacattattttctttcacattcagtacc
catgaaagagatgtaggtatggcgacactattgctacttgggatctgtga
ggtagagctagggatgctccttgtccatatcaagtgcattaggtaaccct
gttcaacaaaaagaatttgatttatgatcgagaactgctttgcttcaata
acacaaaggtggtcctttagcttttggatacttattagaattttttcaag
gaagttatagaaatatcaaaattatgacttcacctaccttcagatctact
tagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_82626336_82627102
seq2: B6Ng01-179H09.b_41_809 (reverse)

seq1  CTCACATACACA-TTCATATACTCATATATACATTCAAACACATATGCAC  49
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATACACATTTCATATACTCATATATACATTCAAACACATATGCAC  50

seq1  -ACACATGCACACTCACACACACTCACATACTGTTGGCAACATTCACATA  98
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGCACACTCACACACACTCACATACTGTTGGCAACATTCACATA  100

seq1  CATACACTCACACACACAATCACAAACAGACACATATACATTCACAGACA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACTCACACACACAATCACAAACAGACACATATACATTCACAGACA  150

seq1  TATGCATATTCACACACATATACACCTACATATGCACATTCATAAACACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATATTCACACACATATACACCTACATATGCACATTCATAAACACA  200

seq1  TACACACGTATTTCTGGAAAAGTGTATACATTTTCAAAAGAGCAAGTACG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACGTATTTCTGGAAAAGTGTATACATTTTCAAAAGAGCAAGTACG  250

seq1  TGGGCAGAAAGACATAGGAAAGAGTTGGGAGAAGTTATGTAATTTTATTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGAAAGACATAGGAAAGAGTTGGGAGAAGTTATGTAATTTTATTT  300

seq1  TAACTTGTGGCTGTTTGGACTGAATAAGATGCAAAGGTGTTGATTTTCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGTGGCTGTTTGGACTGAATAAGATGCAAAGGTGTTGATTTTCTT  350

seq1  GTTTTGATCATCTTGCCTTCCTTGTCTTCTGAAAGCATCATCCTAATTCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGATCATCTTGCCTTCCTTGTCTTCTGAAAGCATCATCCTAATTCC  400

seq1  CAAGAACATTACTTCTTCAATGTGCTATTCAAGACTTCTATTTATCTCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACATTACTTCTTCAATGTGCTATTCAAGACTTCTATTTATCTCTC  450

seq1  TACGGAGAGTGACCAACTGAGCATTTTATTTTACCCAAGTAAGGATTAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGAGAGTGACCAACTGAGCATTTTATTTTACCCAAGTAAGGATTAAA  500

seq1  GTGTGAATATTTAAGAAACATAACTTGGAATGCATTGCGAAGGATCCATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAATATTTAAGAAACATAACTTGGAATGCATTGCGAAGGATCCATG  550

seq1  ATGCTCCTATTTCAATTTATACTTATTTACAGTCTTAAATGTGTTTAATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCTATTTCAATTTATACTTATTTACAGTCTTAAATGTGTTTAATA  600

seq1  ACCTTAAAAAATTCCCATTTTAGCATAATGGTTTCTCTTCTGGCCACATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAAAAAATTCCCATTTTAGCATAATGGTTTCTCTTCTGGCCACATT  650

seq1  TGCTATTCTCTCATAATTTTCCTACAAAGAACTAGCATCAGTAGCTGGGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTCTCTCATAATTTTCCTACAAAGAACTAGCATCAGTAGCTGGGT  700

seq1  ACTTGTGAGAAAGTGCCAGGTTTAGCACAGTAGTTGGGAAAATGCATTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGAGAAAGTGCCAGGTTTAGCACAGTAGTTGGGAAAATGCATTAT  750

seq1  TTTAAACATGGAAGAATTC  767
      |||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATGGAAGAATTC  769


seq1: chr13_82498413_82499502
seq2: B6Ng01-179H09.g_66_1170

seq1  GAATTCAGTCCAGGGATATAAATCTGGGAATTCTGAGCTCAAGAAAGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCAGGGATATAAATCTGGGAATTCTGAGCTCAAGAAAGCCT  50

seq1  CTGGATCAGGTCCAAGTGTGTCTTCATTTATCCAGCATCCCATGAACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCAGGTCCAAGTGTGTCTTCATTTATCCAGCATCCCATGAACTTG  100

seq1  AAAGACAAATTTTAGCTGTGCTCCACCCCAAACAAACAATGGAGCACTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAAATTTTAGCTGTGCTCCACCCCAAACAAACAATGGAGCACTCT  150

seq1  AATTAGGAAGCGAAAGCACTGGAAATAGCCCCATAGTCCTTGGTTCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGAAGCGAAAGCACTGGAAATAGCCCCATAGTCCTTGGTTCATGG  200

seq1  CAAAACTAAGGGATAAAGGTAGGAAGGGGCAGGGTGGGAGCTTCCTTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTAAGGGATAAAGGTAGGAAGGGGCAGGGTGGGAGCTTCCTTAAT  250

seq1  TAGGTCATGAGTCTGCTCTATTCCTCCACCTATTGTTCTCAGTGATCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCATGAGTCTGCTCTATTCCTCCACCTATTGTTCTCAGTGATCCTA  300

seq1  TGTGAAGTGGATGTAAAGGAATGTGCCTGCTTAAACTATAGCACCTTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGTGGATGTAAAGGAATGTGCCTGCTTAAACTATAGCACCTTGTC  350

seq1  TCAGCTCACTTCCTGCTCTTACAAGGCTGGTAGCCAGGGAGTTGTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCACTTCCTGCTCTTACAAGGCTGGTAGCCAGGGAGTTGTTTTGA  400

seq1  ATATTGAGCAGATGTGATTTTTTTCAATCAGTCATTCTTTTTTTGGCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGAGCAGATGTGATTTTTTTCAATCAGTCATTCTTTTTTTGGCAAT  450

seq1  GCAGTGACTTTATAAACTTAATAGGTTTCCAATCTATATACTTCCAGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGACTTTATAAACTTAATAGGTTTCCAATCTATATACTTCCAGTAA  500

seq1  GTTTCTCATTCTAGAAGTCCACCCAAAATTAAAATCTTTTTCAGGCAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCATTCTAGAAGTCCACCCAAAATTAAAATCTTTTTCAGGCAATT  550

seq1  CCCATTAAAGTTCTAAGAGTCTTTGCTCTCCATCGCATTTTCTGTCTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTAAAGTTCTAAGAGTCTTTGCTCTCCATCGCATTTTCTGTCTCAA  600

seq1  TTTTGTGATTTTTATCTTGGGGCTATTACACTTGATAGGTAAGAGCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGATTTTTATCTTGGGGCTATTACACTTGATAGGTAAGAGCACAT  650

seq1  CCTAATTTCATCTTTACAGTAAAAATCTTTATCAACTCGTAATACATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTTCATCTTTACAGTAAAAATCTTTATCAACTCGTAATACATATT  700

seq1  AGAGACTGGTCGCTTGTTGTGATATGGA-TTCAGAAGAGATAGTAGGAAT  749
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTGGTCGCTTGTTGTGATATGGATTTCAGAAGAGATAGTAGGAAT  750

seq1  GCTCCTAGAAATATGTTAGTCATCTATATGTGTGATCTTCATGCCC-TGC  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCTCCTAGAAATATGTTAGTCATCTATATGTGTGATCTTCATGCCCTTGC  800

seq1  AGAGAGGTAGCTCGTGTTTGAATACATTATTTTCTTTCACATTCAGTACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGTAGCTCGTGTTTGAATACATTATTTTCTTTCACATTCAGTACC  850

seq1  CATGAAAGAGATGTAGGTATGGCGACACTAATGCTAC-TGGGATCTGTGA  897
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  CATGAAAGAGATGTAGGTATGGCGACACTATTGCTACTTGGGATCTGTGA  900

seq1  GGTAGAGCTAGGGATGCTCC-TGTCCATATCAAAGTGCATTAGGTAACCC  946
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGCTAGGGATGCTCCTTGTCCATATC-AAGTGCATTAGGTAACCC  949

seq1  TGTTCAACAAAA--GATTTGA-TTATGATCGAGAACTGCATTGC-TCAAT  992
      ||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  TGTTCAACAAAAAGAATTTGATTTATGATCGAGAACTGCTTTGCTTCAAT  999

seq1  -ACACAAAGTTGGTCCTTAAGCTTTT-GATACT--ATAGAA-TTTTTCAA  1037
       |||||||| |||||||| ||||||| ||||||   ||||| ||||||||
seq2  AACACAAAGGTGGTCCTTTAGCTTTTGGATACTTATTAGAATTTTTTCAA  1049

seq1  -GAAGTTATAGAAATATCAAAA-TATGACTTCA-CTACCTTCAGATCTAC  1084
       ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTATAGAAATATCAAAATTATGACTTCACCTACCTTCAGATCTAC  1099

seq1  TTAGAA  1090
      ||||||
seq2  TTAGAA  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |