BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182A19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 17,430,271 - 17,518,225
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5033411D12Rik
Upstream geneLOC665191
Downstream gene2810021B07Rik, Cdc2l5, Rala, LOC434585, LOC382732, 1600012F09Rik, Vdac3-ps1, LOC625310, 4930448F12Rik, Pou6f2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182A19.bB6Ng01-182A19.g
ACCGA008046GA008047
length1,1241,135
definitionB6Ng01-182A19.b B6Ng01-182A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,517,091 - 17,518,225)(17,430,271 - 17,431,417)
sequence
gaattcactttttaaaaagggaataatttagttttaccagctgtcattat
cctagaaatttatgtgtaataggaagctgcttttttttgtaatgtgtaga
ttagcacaataatagagaagaaagagaactctagaagttctcaaaggaaa
caacttcttgtatgatgcagaccagtaatacatagatgagataaaatctc
aggaaaacctacaagacatagattaccaatttatgaactgaaatctttaa
gtttcatgttttacatgtatataatgaattatgatcatatctaccattgc
tctcccttttcagtcctttatggacaatcccaacagatactcctcttatt
tcatttccttttattgttttataaacactgtgtccaatcagcaaagccta
tatgaacctggctctgggcaatgatggagcccaagatgaggaatggttca
ctttctggattggacctccttgaaggaccatcatggtcaatgttgcctgc
cactgaaggccatgtgtgagtcaatggtcctgatgtgaccgagctctgtg
ttgtctgtgacccatgttaccattgaagaaggccttgtggatgtttgtgg
tctgtgctgccgcatgaagccatgttgatgtctgtgggctgtgctggggt
catattaatgtgagtgacctccattgccacctgagtccatattgatacct
gtggtacaagctaattctgagagcacatgtcatcattaatagaaagttgg
tggaaatgtagatggtgtaatacattctggggaggtatcagatagaagaa
acaggaacaagccactgacaattagagaaaagtcagttaaaaaagtgtca
tagacctttgctagattgtgtttgagcaccctcagaagtagaatttgtga
tccttaaaacttaagctgtggagattttaaataaaatttaagatttggcc
tgaatcatcctgactcttttattaaaactagagaaaaagtttaactgaga
aacactgtagcaaaaaatatgctgaaccttaaagaaacatacaattgctc
acatagaagagatgggggctagagcgagtaagcctatggactgtgtgtcc
tcaattcatgatatttacgtattt

gaattctttcaaaaagcaacaaccaacttgttaggaaaaattagaagaaa
caggttccacaaatccaaaaaggaatttcttcaaagaggacatttccaga
aacataaaacacttataaagcacattaatttgcctgtttaaacataccaa
acctgtgacattagcaggtgaaaaatacaaatggactgattcccagaaat
gtagttatgaaatgaaaggggtcctatgcttcgttaacaattatgtagtg
ttcacagaaatttgttcgccaattgtgatctttttttgttgaaagccaca
tctggagagtcagctcacatacttattttggttatttgaactatattttc
aatctgggcatgatataacagatgaaagcatgtgtaaatatggtagaata
aagctaaactatcatgaactggcaaggagcttatatttggagtaaaagtt
ggttttattttctatgttaaaagctgaatatgttaataataaggtgtcta
gacattttgctaattttaatttcttaataattagtgatttggatgtaaac
cacatactcattggccaaacttcaaagattaagaaatagaagaatacaag
caaacatttgataaggtgatgctactgagttaacagaagcactaacttct
aatccacagaactatttcatcatagctgtgttactcaaaatattaggcaa
attgttaaacttcttatcttcagtttctccagatatgcagggaaacatgc
ctcctataacagagcagtcatgaagatcaatgcagcactaacatgagaat
ggttcttctggacaatagtgctttggaactttcctgttaactcatctgtg
gaaaaatatcaaaccaaccctcatgatcacagtgttatatttattgcagt
aaatttttaatgccagtctgtttcctaaactcattaataacaggtgaatg
gtagttcttgaagtctagatacttcataaattatgtttcttcttctggca
agtaaacatcagaactgatattagtgtagcagttaatacctgtatataca
ctttacatgaaaaatgaggctatcatgacagaaaatcttatttggcgatg
gctacatttaaatgttctctagctctgatgtactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_17517091_17518225
seq2: B6Ng01-182A19.b_44_1167 (reverse)

seq1  AAATACGTAAATATAAATGAAATGAAGGACA-ACAGTTCATAGGCTTACT  49
      ||||||||||||||  ||||| || |||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AAATACGTAAATAT-CATGAATTG-AGGACACACAGTCCATAGGCTTACT  48

seq1  CGCTCTACCCCCCCTTCTCTCTAATGTGAGCAATTTGTATGTTTCTTTAA  99
      |||||||  ||||| |||||   |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CGCTCTA-GCCCCCATCTCTTCTATGTGAGCAA-TTGTATGTTTCTTTAA  96

seq1  GGTTCAGCATATTTTTTGCTTAACAGTGTTTCTTCAGTTAAACTTTTTCT  149
      ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  GGTTCAGCATATTTTTTGCT--ACAGTGTTTC-TCAGTTAAACTTTTTC-  142

seq1  TCTAGTTTTAATAAAAGAGTCAGGATGATTCAGGCCAAATCTTAAAATTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TCTAGTTTTAATAAAAGAGTCAGGATGATTCAGGCCAAATCTTAAA--TT  190

seq1  TTATTTAAAAATCTCCACAGCTTAAGTTTTAAGGATCACAAATTCTACCT  249
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTATTT-AAAATCTCCACAGCTTAAGTTTTAAGGATCACAAATTCTA-CT  238

seq1  TCTGAGGGTGCTCAAACACAATCTAGCAAAGGTCTATGACACTTTTTTAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGGTGCTCAAACACAATCTAGCAAAGGTCTATGACACTTTTTTAA  288

seq1  CTGACTTTTCTCTAATTGTCAGTGGCTTGTTCCTGTTTCTTCTATCTGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTTTCTCTAATTGTCAGTGGCTTGTTCCTGTTTCTTCTATCTGAT  338

seq1  ACCTCCCCAGAATGTATTACACCATCTACATTTCCACCAACTTTCTATTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCAGAATGTATTACACCATCTACATTTCCACCAACTTTCTATTA  388

seq1  ATGATGACATGTGCTCTCAGAATTAGCTTGTACCACAGGTATCAATATGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACATGTGCTCTCAGAATTAGCTTGTACCACAGGTATCAATATGG  438

seq1  ACTCAGGTGGCAATGGAGGTCACTCACATTAATATGACCCCAGCACAGCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGTGGCAATGGAGGTCACTCACATTAATATGACCCCAGCACAGCC  488

seq1  CACAGACATCAACATGGCTTCATGCGGCAGCACAGACCACAAACATCCAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACATCAACATGGCTTCATGCGGCAGCACAGACCACAAACATCCAC  538

seq1  AAGGCCTTCTTCAATGGTAACATGGGTCACAGACAACACAGAGCTCGGTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTTCTTCAATGGTAACATGGGTCACAGACAACACAGAGCTCGGTC  588

seq1  ACATCAGGACCATTGACTCACACATGGCCTTCAGTGGCAGGCAACATTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGGACCATTGACTCACACATGGCCTTCAGTGGCAGGCAACATTGA  638

seq1  CCATGATGGTCCTTCAAGGAGGTCCAATCCAGAAAGTGAACCATTCCTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGGTCCTTCAAGGAGGTCCAATCCAGAAAGTGAACCATTCCTCA  688

seq1  TCTTGGGCTCCATCATTGCCCAGAGCCAGGTTCATATAGGCTTTGCTGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGCTCCATCATTGCCCAGAGCCAGGTTCATATAGGCTTTGCTGAT  738

seq1  TGGACACAGTGTTTATAAAACAATAAAAGGAAATGAAATAAGAGGAGTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACACAGTGTTTATAAAACAATAAAAGGAAATGAAATAAGAGGAGTAT  788

seq1  CTGTTGGGATTGTCCATAAAGGACTGAAAAGGGAGAGCAATGGTAGATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGGATTGTCCATAAAGGACTGAAAAGGGAGAGCAATGGTAGATAT  838

seq1  GATCATAATTCATTATATACATGTAAAACATGAAACTTAAAGATTTCAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATAATTCATTATATACATGTAAAACATGAAACTTAAAGATTTCAGT  888

seq1  TCATAAATTGGTAATCTATGTCTTGTAGGTTTTCCTGAGATTTTATCTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAATTGGTAATCTATGTCTTGTAGGTTTTCCTGAGATTTTATCTCA  938

seq1  TCTATGTATTACTGGTCTGCATCATACAAGAAGTTGTTTCCTTTGAGAAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTATTACTGGTCTGCATCATACAAGAAGTTGTTTCCTTTGAGAAC  988

seq1  TTCTAGAGTTCTCTTTCTTCTCTATTATTGTGCTAATCTACACATTACAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAGTTCTCTTTCTTCTCTATTATTGTGCTAATCTACACATTACAA  1038

seq1  AAAAAAGCAGCTTCCTATTACACATAAATTTCTAGGATAATGACAGCTGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGCAGCTTCCTATTACACATAAATTTCTAGGATAATGACAGCTGG  1088

seq1  TAAAACTAAATTATTCCCTTTTTAAAAAGTGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTAAATTATTCCCTTTTTAAAAAGTGAATTC  1124


seq1: chr13_17430271_17431417
seq2: B6Ng01-182A19.g_60_1194

seq1  GAATTCTTTCAAAAAGCAACAACCAACTTGTTAGGAAAAATTAGAAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAAAAAGCAACAACCAACTTGTTAGGAAAAATTAGAAGAAA  50

seq1  CAGGTTCCACAAATCCAAAAAGGAATTTCTTCAAAGAGGACATTTCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCCACAAATCCAAAAAGGAATTTCTTCAAAGAGGACATTTCCAGA  100

seq1  AACATAAAACACTTATAAAGCACATTAATTTGCCTGTTTAAACATACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAAACACTTATAAAGCACATTAATTTGCCTGTTTAAACATACCAA  150

seq1  ACCTGTGACATTAGCAGGTGAAAAATACAAATGGACTGATTCCCAGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGACATTAGCAGGTGAAAAATACAAATGGACTGATTCCCAGAAAT  200

seq1  GTAGTTATGAAATGAAAGGGGTCCTATGCTTCGTTAACAATTATGTAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTATGAAATGAAAGGGGTCCTATGCTTCGTTAACAATTATGTAGTG  250

seq1  TTCACAGAAATTTGTTCGCCAATTGTGATCTTTTTTTGTTGAAAGCCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGAAATTTGTTCGCCAATTGTGATCTTTTTTTGTTGAAAGCCACA  300

seq1  TCTGGAGAGTCAGCTCACATACTTATTTTGGTTATTTGAACTATATTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAGTCAGCTCACATACTTATTTTGGTTATTTGAACTATATTTTC  350

seq1  AATCTGGGCATGATATAACAGATGAAAGCATGTGTAAATATGGTAGAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGGCATGATATAACAGATGAAAGCATGTGTAAATATGGTAGAATA  400

seq1  AAGCTAAACTATCATGAACTGGCAAGGAGCTTATATTTGGAGTAAAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAACTATCATGAACTGGCAAGGAGCTTATATTTGGAGTAAAAGTT  450

seq1  GGTTTTATTTTCTATGTTAAAAGCTGAATATGTTAATAATAAGGTGTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTATTTTCTATGTTAAAAGCTGAATATGTTAATAATAAGGTGTCTA  500

seq1  GACATTTTGCTAATTTTAATTTCTTAATAATTAGTGATTTGGATGTAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTTGCTAATTTTAATTTCTTAATAATTAGTGATTTGGATGTAAAC  550

seq1  CACATACTCATTGGCCAAACTTCAAAGATTAAGAAATAGAAGAATACAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACTCATTGGCCAAACTTCAAAGATTAAGAAATAGAAGAATACAAG  600

seq1  CAAACATTTGATAAGGTGATGCTACTGAGTTAACAGAAGCACTAACTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATTTGATAAGGTGATGCTACTGAGTTAACAGAAGCACTAACTTCT  650

seq1  AATCCACAGAACTATTTCATCATAGCTGTGTTACTCAAAATATTAGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACAGAACTATTTCATCATAGCTGTGTTACTCAAAATATTAGGCAA  700

seq1  ATTGTTAAACTTCTTATCTTCAGTTTCTCCAGATATGCAGGGAAACATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTAAACTTCTTATCTTCAGTTTCTCCAGATATGCAGGGAAACATGC  750

seq1  CTCCTATAACAGAGCAGTCATGAAGATCAATGCAGCACTAACATGAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATAACAGAGCAGTCATGAAGATCAATGCAGCACTAACATGAGAAT  800

seq1  GGTTCTTCTGGACAATAGTGCTTTGGAACTTTCCTGTTAACTCATCTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTCTGGACAATAGTGCTTTGGAACTTTCCTGTTAACTCATCTGTG  850

seq1  GAAAAATATCAAACCAA-CCTCATGATCACAGTGTTATATTTATTGCAGT  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATATCAAACCAACCCTCATGATCACAGTGTTATATTTATTGCAGT  900

seq1  AAATTTTTAATGCCAGTCTGTTTCCTAAACTCATTAATAACAGGTGGAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAATTTTTAATGCCAGTCTGTTTCCTAAACTCATTAATAACAGGT-GAAT  949

seq1  GGTAGTTCTTGAAGTCTTAGGAATACTTCATAAATTAATGTTTC-TCTTC  998
      |||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  GGTAGTTCTTGAAGTC-TAG--ATACTTCATAAATT-ATGTTTCTTCTTC  995

seq1  TGGCAAGTAAACCATCAAGAACTGAATATAGTGTAGCAGTTAATAACCTG  1048
      ||||||||||| |||| ||||||||   |||||||||||||||| |||||
seq2  TGGCAAGTAAA-CATC-AGAACTGATATTAGTGTAGCAGTTAAT-ACCTG  1042

seq1  TAATATACACTTTACATGAAAAAATGAGGGCTATCCATTGACAGAAAATC  1098
      | |||||||||||||||| |||||||| |||||||   ||||||||||||
seq2  T-ATATACACTTTACATG-AAAAATGA-GGCTATC--ATGACAGAAAATC  1087

seq1  -TATTT-GCGATGCCTACATTTAAATG-TCTCTAAGCTCTGATGGTTTAC  1145
       ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||   |||
seq2  TTATTTGGCGATGGCTACATTTAAATGTTCTCT-AGCTCTGATG---TAC  1133

seq1  TT  1147
      ||
seq2  TT  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |