BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182K22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 5,600,694 - 5,735,109
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAkr1e1, EG432721, EG432723
Downstream gene1700016G22Rik, Klf6, LOC100039388, LOC100039395, Pitrm1, Pfkp, LOC100039532
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182K22.bB6Ng01-182K22.g
ACCGA008509GA008510
length1,1041,080
definitionB6Ng01-182K22.b B6Ng01-182K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,734,013 - 5,735,109)(5,600,694 - 5,601,768)
sequence
gaattctgggaaaagggtgtttgtctccagtcatattgcagaaagagctt
cctacacagtagtttctgtttccaggactttatccttttcatgatctgtt
caaatttgaagatcttctctaccagaggaagcatgccaacctaagggatt
tttatttgacttaggttggtgctcccagcagcaagcatgtcaactgccat
ttagtatttagagggatcattgtctttaagggaaaagattgagccattga
aaggagcacacatggactctgggtcaatattcaaaactgcaaatgcaaga
aaagaacttgcttggtgtaaatcttggaagaagaactgggggtcaaagga
gaagctagctgagttggaaatgaagtgccttgtggaagacatacacatgt
gggtggggccaaagagactgtcacagactcagtggtgggactttctcaac
aggctgccttagttggaaagagtatactatgttgttctttcttcaccata
ctagaaagatggacagaacttaggttttcccagggagatctgcaaaaatg
atgaatattggttgagcaatagaccacaagatttgttagcttgagagtca
gaataccctgcccttgagcagactaaattgcctgtgatctttgcctctct
attgaggtctgaccaacaggaagtaagacatacaggaaaacattattaga
cagcttctagatgggacctttaacaatttccactggagcatttagctaaa
caatttcttagaggcagaagtttgaactgagtagtagtagggtttatcta
agatcttgaagtctgggattgtttatcttaaaagagggtacgataaagaa
taaggagtgataagccataataaatatattaactagaatgtaacacttac
aagtgttagatactgactgcaatgtataaaatacctttattaatatgatc
tttcttttaatgcaagttccagtatatatgtatgtatgtatgcatgtatg
tatgtatgcatgttagatgatgatatgtatccatctcatattatgagtat
tgtgagaaaaagccaaaattagaggcactttctccaaggtccaatacatg
gatg

gaattcaaggtcaaccactacaacataaaaagtttggggccagcctgtac
tacatgacacccatatcaaaaaagtgtaaataaacatataaagtatcaag
tatgcatgcattcatagaataaccctaacggtaaaatatattcctattct
tcacactggatatgaccttctggaaaggtttagttcaagcaggaccttaa
ggcaggttgttctttctgggtaaggaatttcttataaaagttaatgccct
cggtagagagaagcatggcataacctctaaggagagctcaagcctttgtg
aagtagttcagtcaatctcttcttacaggctgcagagaaagggaaaggtt
ccatgccacatgactgatgagaacaagttgcatccactctgcttatgagt
cagctatgaggatgggtacagcaaagatctagagaaacaaggcagttgat
tccatgaagtcactatagtttcaagagttatcctaattcaaccagaatgc
aagagcttcacaaaacaacagagccctggctcacatctctaattaaattt
tagtttttatttgatgaataataatttatataatatactgttggtttgat
cacaatgatcattcaatctggaaaatgtaacatttagagctatgtagtca
taatttgaatacttcatttctaataagtatatttttatagaatagattac
aaaataatgaaaagattaaaaaaatcaagaacactgttatatttaggaaa
aatttattacaaacaaattaaatgagttcaacaaataaatacaacaatgt
ccagtttcataccacggcaagaattcttggcacacttctctgtaataatt
gtcagtgacaagtcatagtttcattaaacatcactgactacatttaaaag
agcaattttataattttgggttaggtttgtggttgttctttttttttttt
tttttgagaactatttcttattatgatgaccatggactgaaatttgcata
ttttgtaattatgtgaatttccttgagatataattatttaacagtcctat
gttgattccatttaatgatccagaaaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_5734013_5735109
seq2: B6Ng01-182K22.b_46_1149 (reverse)

seq1  CATCAATGTAT--GACCTT-GAAAAAGT-CCTCTGATTTTGAC-TTTTCT  45
      |||| ||||||  |||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||||
seq2  CATCCATGTATTGGACCTTGGAGAAAGTGCCTCTAATTTTGGCTTTTTCT  50

seq1  CACATTTCTCAT-ATATGAGATGGGATACATTATCATCATCT-ACATGCA  93
      |||| | ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CACAATACTCATAATATGAGAT-GGATACA-TATCATCATCTAACATGCA  98

seq1  TACATACATACATGCATACATACATACATATATACTGGAACTTGCATTAA  143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACATGCATACATACATACATATATACTGGAACTTGCATTAA  148

seq1  A--GAAGATCATATTAATAAAGGTATTTTATACATTGCAGTCAGTATCTA  191
      |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGATCATATTAATAAAGGTATTTTATACATTGCAGTCAGTATCTA  198

seq1  ACACTTGTAAGTGTTACATTCTAGTTAATATATTTATTATGGCTTATCAC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTGTAAGTGTTACATTCTAGTTAATATATTTATTATGGCTTATCAC  248

seq1  TCCTTATTCTTTATCGTACCCTCTTTTAAGATAAACAATCCCAGACTTCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATTCTTTATCGTACCCTCTTTTAAGATAAACAATCCCAGACTTCA  298

seq1  AGATCTTAGATAAACCCTACTACTACTCAGTTCAAACTTCTGCCTCTAAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTAGATAAACCCTACTACTACTCAGTTCAAACTTCTGCCTCTAAG  348

seq1  AAATTGTTTAGCTAAATGCTCCAGTGGAAATTGTTAAAGGTCCCATCTAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTTAGCTAAATGCTCCAGTGGAAATTGTTAAAGGTCCCATCTAG  398

seq1  AAGCTGTCTAATAATGTTTTCCTGTATGTCTTACTTCCTGTTGGTCAGAC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTCTAATAATGTTTTCCTGTATGTCTTACTTCCTGTTGGTCAGAC  448

seq1  CTCAATAGAGAGGCAAAGATCACAGGCAATTTAGTCTGCTCAAGGGCAGG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATAGAGAGGCAAAGATCACAGGCAATTTAGTCTGCTCAAGGGCAGG  498

seq1  GTATTCTGACTCTCAAGCTAACAAATCTTGTGGTCTATTGCTCAACCAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTGACTCTCAAGCTAACAAATCTTGTGGTCTATTGCTCAACCAAT  548

seq1  ATTCATCATTTTTGCAGATCTCCCTGGGAAAACCTAAGTTCTGTCCATCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCATTTTTGCAGATCTCCCTGGGAAAACCTAAGTTCTGTCCATCT  598

seq1  TTCTAGTATGGTGAAGAAAGAACAACATAGTATACTCTTTCCAACTAAGG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTATGGTGAAGAAAGAACAACATAGTATACTCTTTCCAACTAAGG  648

seq1  CAGCCTGTTGAGAAAGTCCCACCACTGAGTCTGTGACAGTCTCTTTGGCC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGTTGAGAAAGTCCCACCACTGAGTCTGTGACAGTCTCTTTGGCC  698

seq1  CCACCCACATGTGTATGTCTTCCACAAGGCACTTCATTTCCAACTCAGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACATGTGTATGTCTTCCACAAGGCACTTCATTTCCAACTCAGCT  748

seq1  AGCTTCTCCTTTGACCCCCAGTTCTTCTTCCAAGATTTACACCAAGCAAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTCCTTTGACCCCCAGTTCTTCTTCCAAGATTTACACCAAGCAAG  798

seq1  TTCTTTTCTTGCATTTGCAGTTTTGAATATTGACCCAGAGTCCATGTGTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCTTGCATTTGCAGTTTTGAATATTGACCCAGAGTCCATGTGTG  848

seq1  CTCCTTTCAATGGCTCAATCTTTTCCCTTAAAGACAATGATCCCTCTAAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCAATGGCTCAATCTTTTCCCTTAAAGACAATGATCCCTCTAAA  898

seq1  TACTAAATGGCAGTTGACATGCTTGCTGCTGGGAGCACCAACCTAAGTCA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATGGCAGTTGACATGCTTGCTGCTGGGAGCACCAACCTAAGTCA  948

seq1  AATAAAAATCCCTTAGGTTGGCATGCTTCCTCTGGTAGAGAAGATCTTCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAATCCCTTAGGTTGGCATGCTTCCTCTGGTAGAGAAGATCTTCA  998

seq1  AATTTGAACAGATCATGAAAAGGATAAAGTCCTGGAAACAGAAACTACTG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAACAGATCATGAAAAGGATAAAGTCCTGGAAACAGAAACTACTG  1048

seq1  TGTAGGAAGCTCTTTCTGCAATATGACTGGAGACAAACACCCTTTTCCCA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAAGCTCTTTCTGCAATATGACTGGAGACAAACACCCTTTTCCCA  1098

seq1  GAATTC  1097
      ||||||
seq2  GAATTC  1104


seq1: chr13_5600694_5601768
seq2: B6Ng01-182K22.g_73_1152

seq1  GAATTCAAGGTCAACCACTACAACATAAAAAGTTTGGGGCCAGCCTGTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTCAACCACTACAACATAAAAAGTTTGGGGCCAGCCTGTAC  50

seq1  TACATGACACCCATATCAAAAAAGTGTAAATAAACATATAAAGTATCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGACACCCATATCAAAAAAGTGTAAATAAACATATAAAGTATCAAG  100

seq1  TATGCATGCATTCATAGAATAACCCTAACGGTAAAATATATTCCTATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGCATTCATAGAATAACCCTAACGGTAAAATATATTCCTATTCT  150

seq1  TCACACTGGATATGACCTTCTGGAAAGGTTTAGTTCAAGCAGGACCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGGATATGACCTTCTGGAAAGGTTTAGTTCAAGCAGGACCTTAA  200

seq1  GGCAGGTTGTTCTTTCTGGGTAAGGAATTTCTTATAAAAGTTAATGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTTGTTCTTTCTGGGTAAGGAATTTCTTATAAAAGTTAATGCCCT  250

seq1  CGGTAGAGAGAAGCATGGCATAACCTCTAAGGAGAGCTCAAGCCTTTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAGAGAGAAGCATGGCATAACCTCTAAGGAGAGCTCAAGCCTTTGTG  300

seq1  AAGTAGTTCAGTCAATCTCTTCTTACAGGCTGCAGAGAAAGGGAAAGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGTTCAGTCAATCTCTTCTTACAGGCTGCAGAGAAAGGGAAAGGTT  350

seq1  CCATGCCACATGACTGATGAGAACAAGTTGCATCCACTCTGCTTATGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCACATGACTGATGAGAACAAGTTGCATCCACTCTGCTTATGAGT  400

seq1  CAGCTATGAGGATGGGTACAGCAAAGATCTAGAGAAACAAGGCAGTTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTATGAGGATGGGTACAGCAAAGATCTAGAGAAACAAGGCAGTTGAT  450

seq1  TCCATGAAGTCACTATAGTTTCAAGAGTTATCCTAATTCAACCAGAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGAAGTCACTATAGTTTCAAGAGTTATCCTAATTCAACCAGAATGC  500

seq1  AAGAGCTTCACAAAACAACAGAGCCCTGGCTCACATCTCTAATTAAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTCACAAAACAACAGAGCCCTGGCTCACATCTCTAATTAAATTT  550

seq1  TAGTTTTTATTTGATGAATAATAATTTATATAATATACTGTTGGTTTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTTATTTGATGAATAATAATTTATATAATATACTGTTGGTTTGAT  600

seq1  CACAATGATCATTCAATCTGGAAAATGTAACATTTAGAGCTATGTAGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGATCATTCAATCTGGAAAATGTAACATTTAGAGCTATGTAGTCA  650

seq1  TAATTTGAATACTTCATTTCTAATAAGTATATTTTTATAGAATAGATTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGAATACTTCATTTCTAATAAGTATATTTTTATAGAATAGATTAC  700

seq1  AAAATAATGAAAAGATTAAAAAAATCAAGAACACTGTTATATTTAGGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATGAAAAGATTAAAAAAATCAAGAACACTGTTATATTTAGGAAA  750

seq1  AATTTATTACAAACAAATTAAATGAGTTCAACAAATAAATACAACAATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTACAAACAAATTAAATGAGTTCAACAAATAAATACAACAATGT  800

seq1  CCAGTTTCATACCACGGCAAGAATTCTTGGCACACTTCTCTGTAATAAAT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCAGTTTCATACCACGGCAAGAATTCTTGGCACACTTCTCTGTAAT-AAT  849

seq1  TGTCAGTGACAAGTCATAGTTTCATTAAAACATCACTGACTACATTTAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTGACAAGTCATAGTTTCATT-AAACATCACTGACTACATTTAAA  898

seq1  AGAGCAATTTTATAATTTTGGGTTAGGTTTTGTTGTTGTTC--TTTTTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||
seq2  AGAGCAATTTTATAATTTTGGGTTAGG-TTTGTGGTTGTTCTTTTTTTTT  947

seq1  TTTTTTTTGAG-ACTATTTCTTATTATGATGACCAT-GACTGAAATTTGC  996
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTTTTTTGAGAACTATTTCTTATTATGATGACCATGGACTGAAATTTGC  997

seq1  ATTATTTGTAATTATGTGAATT--CCTGAGAAAAAAATATATAACAGT-C  1043
      ||  ||||||||||||||||||  | ||||| | || ||| ||||||| |
seq2  ATATTTTGTAATTATGTGAATTTCCTTGAGATATAATTATTTAACAGTCC  1047

seq1  TATGTTGATTTCA-TTAATGATCCAGAAAATGT  1075
      |||||||||| || |||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGATTCCATTTAATGATCCAGAAAATGT  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |