BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-182M15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 71,504,513 - 71,621,867
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC627230
Upstream geneEG633042, BC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik
Downstream geneLOC100042360, Irx1, LOC100042828, LOC100042832, LOC100042836
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-182M15.bB6Ng01-182M15.g
ACCGA008587GA008588
length1,2131,085
definitionB6Ng01-182M15.b B6Ng01-182M15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,504,513 - 71,505,712)(71,620,772 - 71,621,867)
sequence
gaattccaagataccaacattttcttttctcctaagcctgaaatgcacaa
agattttctgtgcgatggccaaggccacatatatggcaaaatgatggggt
acagttttaaggctcacatctctcagtcaaaaaagaaaaagcaacattca
gaccagttttaattttttttccaaataaaatatttttatacccaattatg
gaatatgtagctgctccattgtgatatttttgaattgtcttgaatgccat
tcaggtttgcaatcatgttatgctctcagaaattatgtctaatgaaagaa
caacttttctaattttttttcaatttgtttatgaaaaagttacacataac
aaacatcagtttcgggctgaagacagttaattctatggtcacactttatg
gcaaaggcaataaatcacatttatagtggaaaacctgacacaatatattc
tgtgctcactcagtccacaacagagaggacttaaagagttttgaaatgtt
ttcaagtgaaagcatcaacagcagtacattcaaagccacttccaatgaat
tctgtctcctgaaatcaccacaaaaaaataacaggtaactttcatatcct
ggccacatgtattcaatcttctcctaagtattttcaccccaacatgacag
acttttcttccagtgcatctcatgtgtgctactgtgttttataagattgc
acctagagcttgctcatggacctgggacagagctttctaaagcttcctga
gagcacagtggtaacctaattctgtctactctaagaggaagctcagactc
caaatagggatgttgtatggaggaggctgggaaaagctggtgtggattct
aggttcctcggtttgtagatgccgctggcttcctctgttatgggtattct
tctaccttaccccaagaagaacaaaatagtatagagataaataggctgag
catgctcactgtctgcctgactccagaactccatcctcattctatactgg
agctaggaattcctgctgggatgcactattagacacaaacagaattacac
acatgttgctttgctgagaggagctcataaattattaacaccaatcaggc
caaagacttggtattcttcttcctgggtggaaatttgcggagccagaaga
agagattaattccacccaggtgtttagaacacaattgggtagccaggtgt
ttaatttaagaga

gaattcatatgagttgtaaatattggtatgtgggtgatgcttacatggac
gactgccttttattgttgcaataaatatctttgaagtttttctataaaat
taaatactgcaatccccatggcaaaatagttatgtttgaatatggcttta
aatgagtaaattgttaaaatacccctcagatgtgtgaagcgctccaacca
tgaagaattggagatgtctatgcctcagccttttctatagctgtagctgt
attttccatgttcaacctgatgttcaatgcctcgtgtgaccagtgggtgc
tggtgggcagagagcttcctggctataccccacattgttgaatcaggaat
ctggggaagtagtgttgacatctcaagttctaatgaactttcctgcttaa
cttttatttatgtctgggattgagaatattggtctttggaaatcaaaagt
atcctcaagggctgttgtgagacagaaggacaccccaccttactcccagt
acagacattcatacctgtaaggaccaggatactcttaaagccctgggaaa
tgttcatgtttctcctgaggctcttgtcacctgagccctagaaaggaggg
cacgaagctgggagtgaaagccacaggcatatgaactataggtaaagaca
atacatggtttattcagaaaggattagtgtctcccagatcctggaggaag
actgaggctgggagcaggcataggctaggccttgagaaatccattttctc
atgcatggtacctgtgccatattcatgagtattatgcccttagagagaca
ttcaagccatggatgttgtctgcctatggcatctggagtgaacccctcag
ctccaggtgccccgactctacatcctcctctgcatccatctgcctctgtg
cactcgccctctaccagacacgtggatcagaaaaaacacacaccagctac
cactggtcacatagacacagccatcagcagagcttcttccctgcggtgtg
accattgggctttgctagttcatgattctcagggagaattctcttcactt
cttatcccttccatctgacgagtgtcacagccaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71504513_71505712
seq2: B6Ng01-182M15.b_43_1255

seq1  GAATTCCAAGATACCAACATTTTCTTTTCTCCTAAGCCTGAAATGCACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGATACCAACATTTTCTTTTCTCCTAAGCCTGAAATGCACAA  50

seq1  AGATTTTCTGTGCGATGGCCAAGGCCACATATATGGCAAAATGATGGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTCTGTGCGATGGCCAAGGCCACATATATGGCAAAATGATGGGGT  100

seq1  ACAGTTTTAAGGCTCACATCTCTCAGTCAAAAAAGAAAAAGCAACATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTTAAGGCTCACATCTCTCAGTCAAAAAAGAAAAAGCAACATTCA  150

seq1  GACCAGTTTTAATTTTTTTTCCAAATAAAATATTTTTATACCCAATTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTTTTAATTTTTTTTCCAAATAAAATATTTTTATACCCAATTATG  200

seq1  GAATATGTAGCTGCTCCATTGTGATATTTTTGAATTGTCTTGAATGCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGTAGCTGCTCCATTGTGATATTTTTGAATTGTCTTGAATGCCAT  250

seq1  TCAGGTTTGCAATCATGTTATGCTCTCAGAAATTATGTCTAATGAAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTTGCAATCATGTTATGCTCTCAGAAATTATGTCTAATGAAAGAA  300

seq1  CAACTTTTCTAATTTTTTTTCAATTTGTTTATGAAAAAGTTACACATAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTTCTAATTTTTTTTCAATTTGTTTATGAAAAAGTTACACATAAC  350

seq1  AAACATCAGTTTCGGGCTGAAGACAGTTAATTCTATGGTCACACTTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCAGTTTCGGGCTGAAGACAGTTAATTCTATGGTCACACTTTATG  400

seq1  GCAAAGGCAATAAATCACATTTATAGTGGAAAACCTGACACAATATATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGCAATAAATCACATTTATAGTGGAAAACCTGACACAATATATTC  450

seq1  TGTGCTCACTCAGTCCACAACAGAGAGGACTTAAAGAGTTTTGAAATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCACTCAGTCCACAACAGAGAGGACTTAAAGAGTTTTGAAATGTT  500

seq1  TTCAAGTGAAAGCATCAACAGCAGTACATTCAAAGCCACTTCCAATGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTGAAAGCATCAACAGCAGTACATTCAAAGCCACTTCCAATGAAT  550

seq1  TCTGTCTCCTGAAATCACCACAAAAAAATAACAGGTAACTTTCATATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCCTGAAATCACCACAAAAAAATAACAGGTAACTTTCATATCCT  600

seq1  GGCCACATGTATTCAATCTTCTCCTAAGTATTTTCACCCCAACATGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATGTATTCAATCTTCTCCTAAGTATTTTCACCCCAACATGACAG  650

seq1  ACTTTTCTTCCAGTGCATCTCATGTGTGCTACTGTGTTTTATAAGATTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTTCCAGTGCATCTCATGTGTGCTACTGTGTTTTATAAGATTGC  700

seq1  ACCTAGAGCTTGCTCATGGACCTGGGACAGAGCTTTCTAAAGCTTCCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAGCTTGCTCATGGACCTGGGACAGAGCTTTCTAAAGCTTCCTGA  750

seq1  GAGCACAGTGGTAACCTAATTCTGTCTACTCTAAGAGGAAGCTCAGACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGTGGTAACCTAATTCTGTCTACTCTAAGAGGAAGCTCAGACTC  800

seq1  CAAATAGGGATGTTGTATGGAGGAGGCTGGGAAAAGCTGGTGTGGATTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGGGATGTTGTATGGAGGAGGCTGGGAAAAGCTGGTGTGGATTCT  850

seq1  AGGTTCCTCGGTTTGTAGATGCCGCTGGCTTCCTCTGTTATGGGTATTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTCGGTTTGTAGATGCCGCTGGCTTCCTCTGTTATGGGTATTCT  900

seq1  TCTACCTTACCCCAAGAAGAACAAAATAGTATAGAGATAAATAGGCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTTACCCCAAGAAGAACAAAATAGTATAGAGATAAATAGGCTGAG  950

seq1  CATGCTCACTGTCTGCCTGACTCCAGAACTCCATCCTCATTCTATACTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCACTGTCTGCCTGACTCCAGAACTCCATCCTCATTCTATACTGG  1000

seq1  AGCTAGGAATTCCTGCTGGGATGCACTA-TAGACCACAAACAGAATTACC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |
seq2  AGCTAGGAATTCCTGCTGGGATGCACTATTAGA-CACAAACAGAATTA-C  1048

seq1  ACACATG-TGCTTTGCTGAAGAGGAGCTCCATAAATTA-TAACAACCATC  1097
      ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| | |||
seq2  ACACATGTTGCTTTGCTG-AGAGGAGCT-CATAAATTATTAACACCAATC  1096

seq1  AGGCCAAAGACTTGTTATTC-TCTTC--TGGTGG-AATTTGCGGAGCC--  1141
      |||||||||||||| ||||| |||||   ||||| |||||||||||||  
seq2  AGGCCAAAGACTTGGTATTCTTCTTCCTGGGTGGAAATTTGCGGAGCCAG  1146

seq1  -AGAAGAGAGTATATCCACCCAGTTGTTTAG-ACACA--TGGGTAG-CAG  1186
       |||||||| ||  ||||||||| ||||||| |||||  ||||||| |||
seq2  AAGAAGAGATTAATTCCACCCAGGTGTTTAGAACACAATTGGGTAGCCAG  1196

seq1  GTGTT--ATTT-AGAGA  1200
      |||||  |||| |||||
seq2  GTGTTTAATTTAAGAGA  1213


seq1: chr13_71620772_71621867
seq2: B6Ng01-182M15.g_63_1147 (reverse)

seq1  TCTGTGCTGTGACACTTCCTGTCAGATGAAAGAGATAAGAAGTGGAAAGA  50
      |||| |||||||||||    |||||||| ||| |||||||||||  ||||
seq2  TCTG-GCTGTGACACT---CGTCAGATGGAAGGGATAAGAAGTG--AAGA  44

seq1  GATTTCTCCCTGGAGATCATGAAACTAGCAAAAGCCCAATGGTCACACCC  100
      || |||||||||   |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  GAATTCTCCCTGAGAATCATG-AACTAGC-AAAGCCCAATGGTCACA-CC  91

seq1  GCAGGG-AGAAGCTCTGCTGATGGCTGTGTTCTATGTTGACCAGTGGTAG  149
      |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  GCAGGGAAGAAGCTCTGCTGATGGCTGTG-TCTATG-TGACCAGTGGTAG  139

seq1  CTGGTGTGTGTTTTTTTCTGATCCACGTGTCTGGTAGAGGGCGAGTGCAC  199
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTGTG-TTTTTTCTGATCCACGTGTCTGGTAGAGGGCGAGTGCAC  188

seq1  AGAGGCAGATGGATGCAGAGGAGGATGTAGAGTCGGGGCACCTGGAGCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGATGGATGCAGAGGAGGATGTAGAGTCGGGGCACCTGGAGCTG  238

seq1  AGGGGTTCACTCCAGATGCCATAGGCAGACAACATCCATGGCTTGAATGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTCACTCCAGATGCCATAGGCAGACAACATCCATGGCTTGAATGT  288

seq1  CTCTCTAAGGGCATAATACTCATGAATATGGCACAGGTACCATGCATGAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTAAGGGCATAATACTCATGAATATGGCACAGGTACCATGCATGAG  338

seq1  AAAATGGATTTCTCAAGGCCTAGCCTATGCCTGCTCCCAGCCTCAGTCTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGATTTCTCAAGGCCTAGCCTATGCCTGCTCCCAGCCTCAGTCTT  388

seq1  CCTCCAGGATCTGGGAGACACTAATCCTTTCTGAATAAACCATGTATTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGGATCTGGGAGACACTAATCCTTTCTGAATAAACCATGTATTGT  438

seq1  CTTTACCTATAGTTCATATGCCTGTGGCTTTCACTCCCAGCTTCGTGCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCTATAGTTCATATGCCTGTGGCTTTCACTCCCAGCTTCGTGCCC  488

seq1  TCCTTTCTAGGGCTCAGGTGACAAGAGCCTCAGGAGAAACATGAACATTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTAGGGCTCAGGTGACAAGAGCCTCAGGAGAAACATGAACATTT  538

seq1  CCCAGGGCTTTAAGAGTATCCTGGTCCTTACAGGTATGAATGTCTGTACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGCTTTAAGAGTATCCTGGTCCTTACAGGTATGAATGTCTGTACT  588

seq1  GGGAGTAAGGTGGGGTGTCCTTCTGTCTCACAACAGCCCTTGAGGATACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTAAGGTGGGGTGTCCTTCTGTCTCACAACAGCCCTTGAGGATACT  638

seq1  TTTGATTTCCAAAGACCAATATTCTCAATCCCAGACATAAATAAAAGTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTCCAAAGACCAATATTCTCAATCCCAGACATAAATAAAAGTTA  688

seq1  AGCAGGAAAGTTCATTAGAACTTGAGATGTCAACACTACTTCCCCAGATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAAGTTCATTAGAACTTGAGATGTCAACACTACTTCCCCAGATT  738

seq1  CCTGATTCAACAATGTGGGGTATAGCCAGGAAGCTCTCTGCCCACCAGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATTCAACAATGTGGGGTATAGCCAGGAAGCTCTCTGCCCACCAGCA  788

seq1  CCCACTGGTCACACGAGGCATTGAACATCAGGTTGAACATGGAAAATACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGGTCACACGAGGCATTGAACATCAGGTTGAACATGGAAAATACA  838

seq1  GCTACAGCTATAGAAAAGGCTGAGGCATAGACATCTCCAATTCTTCATGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGCTATAGAAAAGGCTGAGGCATAGACATCTCCAATTCTTCATGG  888

seq1  TTGGAGCGCTTCACACATCTGAGGGGTATTTTAACAATTTACTCATTTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCGCTTCACACATCTGAGGGGTATTTTAACAATTTACTCATTTAA  938

seq1  AGCCATATTCAAACATAACTATTTTGCCATGGGGATTGCAGTATTTAATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATATTCAAACATAACTATTTTGCCATGGGGATTGCAGTATTTAATT  988

seq1  TTATAGAAAAACTTCAAAGATATTTATTGCAACAATAAAAGGCAGTCGTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAAAAACTTCAAAGATATTTATTGCAACAATAAAAGGCAGTCGTC  1038

seq1  CATGTAAGCATCACCCACATACCAATATTTACAACTCATATGAATTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAGCATCACCCACATACCAATATTTACAACTCATATGAATTC  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |