BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189F18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 44,918,818 - 45,039,931
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJarid2, Dtnbp1
Upstream geneLOC100039432, A730030A06, EG637868, EG667157
Downstream geneHsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533, Mylip, Gmpr, Atxn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189F18.bB6Ng01-189F18.g
ACCGA013404GA013405
length9581,087
definitionB6Ng01-189F18.b B6Ng01-189F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,918,818 - 44,919,757)(45,038,869 - 45,039,931)
sequence
gaattcaagaatgcacagaaaaggcagcatggggaaggccttgccgggag
cctgaaggcggtaaatggtgagttgaaagtggaactggatggagtctttc
tgtgccttgttctgacctgggcacaagcaagcttactaagctaagagttt
tggctgtatgaatatatatttcagacatcctattgtatttatagatatat
ttttatgtttctttacaaaataatatttgggaaggtgtgtcagtctgtta
gaggttataaactcaatgtgacatctatttacttatttatcattcatgta
tgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtaatcaatctacccag
tgagtgcataggaacctttaatgatcttgttggaatatggagacttgcac
cctacatgaggaaatattctaaaaacctactgccctttgtgctatgtgct
accaacctgtgagcaccctgctggcttccttgttgaccagtagctacaag
gcctgggtgcctaacagaatgctcagtctcttcctgtgattgtcaaacag
atctggaaaagtggagggaactgaccctcacatttcttactttctctgcc
tctcattcagtagcattttaaaagatgaatgctaaagtaatcagaaaaca
tttggttgttatcttggttctaggtgtgatatatttcataagtctatttg
tatgtttcctttattgcgtatagattagtgaatgaaccgtgtttcatgtt
ccacttttatactttggctaacaacaaacaagaaaaccacaggaagagac
ctttgttgttgttgttgttgtcctaaaggttttggcttttgaaatattgg
aaatcagcacttagagtgttctaacttacctggtcatggttatagcttca
catatggccttcccaaaattttctcttcttgcctccatacaacctccagt
ttatcatg

gaattccagatgaagggagaagtcaggcaccgaccaactgacctaagaaa
cccttggttcttctgtccctgtcccgcccaggactgcccgttgtgtgtct
acaggctgtgagctgtggttgcttccctgtgaggggtcagtggtccccct
gcaataggggagatgaccggagacactggggtctactgacatctgccagc
attctcttctgtgtcagtacaggattacctattgagaagacagatactcc
ttcccacagtgtgaagaaaaggttagcccgtcacggtgcacttaagaaac
catcctgtgagcccatttaaatactttagcagccctcttacagtacagct
ctctgcaaaccttgctgagggccaagttaattttccctggttaatgtctg
acaggagaggctttgtgtcttgtctacacccactctaatttttccagaat
cccgtctgagaccatctttaagaattgtgattactgccaaagttttgaag
ccatttttttttctgctaaatagcattgttgctactgctgttaaaacagg
atctcattgtattccagcctgtcttggaactcattgtaatcctcctgcat
cagccacctaaatcatgattatcatcctctgctatcacacccagctagat
taactatgaagtataatctcacattattaacacctaaaaatttgcttttt
atgcctttgggaatttgggtggtggccaatttggctttatgccaatcata
attacactgtgctaagcatctctgagtacagagtgtttcagagctatagg
tttttacaagtgttgttgttagtgggtgctggccattagctttttgattg
tgaatgggttttgtgtgtaagtgcagtgcccctcgggacagcagaagagg
ctcagaagcttggagtgaacagtcagttgtgagctccttgatacggattg
ctgggaaccaagttcagccctggccactggcttgttggagagagaatgtg
ccagttcacttctcttgactagcacttctgtgaatcattcattgggaaca
gaatgacttgttttggttttggttgacacggtctcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_44918818_44919757
seq2: B6Ng01-189F18.b_44_1001

seq1  GAATTCAAGAATGCACAGAAAAGGCAGCATGGGGAAGGCCTTGCCGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAATGCACAGAAAAGGCAGCATGGGGAAGGCCTTGCCGGGAG  50

seq1  CCTGAAGGCGGTAAATGGTGAGTTGAAAGTGGAACTGGATGGAGTCTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGGCGGTAAATGGTGAGTTGAAAGTGGAACTGGATGGAGTCTTTC  100

seq1  TGTGCCTTGTTCTGACCTGGGCACAAGCAAGCTTACTAAGCTAAGAGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTTGTTCTGACCTGGGCACAAGCAAGCTTACTAAGCTAAGAGTTT  150

seq1  TGGCTGTATGAATATATATTTCAGACATCCTATTGTATTTATAGATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTATGAATATATATTTCAGACATCCTATTGTATTTATAGATATAT  200

seq1  TTTTATGTTTCTTTACAAAATAATATTTGGGAAGGTGTGTCAGTCTGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTTCTTTACAAAATAATATTTGGGAAGGTGTGTCAGTCTGTTA  250

seq1  GAGGTTATAAACTCAATGTGACATCTATTTACTTATTTATCATTCATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTATAAACTCAATGTGACATCTATTTACTTATTTATCATTCATGTA  300

seq1  TGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAATCAATCTACCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAATCAATCTACCCAG  350

seq1  TGAGTGCATAGGAACCTTTAATGATCTTGTTGGAATATGGAGACTTGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCATAGGAACCTTTAATGATCTTGTTGGAATATGGAGACTTGCAC  400

seq1  CCTACATGAGGAAATATTCTAAAAACCTACTGCCCTTTGTGCTATGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATGAGGAAATATTCTAAAAACCTACTGCCCTTTGTGCTATGTGCT  450

seq1  ACCAACCTGTGAGCACCCTGCTGGCTTCCTTGTTGACCAGTAGCTACAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCTGTGAGCACCCTGCTGGCTTCCTTGTTGACCAGTAGCTACAAG  500

seq1  GCCTGGGTGCCTAACAGAATGCTCAGTCTCTTCCTGTGATTGTCAAACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGGTGCCTAACAGAATGCTCAGTCTCTTCCTGTGATTGTCAAACAG  550

seq1  ATCTGGAAAAGTGGAGGGAACTGACCCTCACATTTCTTACTTTCTCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAAAAGTGGAGGGAACTGACCCTCACATTTCTTACTTTCTCTGCC  600

seq1  TCTCATTCAGTAGCATTTTAAAAGATGAATGCTAAAGTAATCAGAAAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCAGTAGCATTTTAAAAGATGAATGCTAAAGTAATCAGAAAACA  650

seq1  TTTGGTTGTTATC-TGGTTCTAGGTGTGATATATTTCAT-AGTCTA-TTG  697
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TTTGGTTGTTATCTTGGTTCTAGGTGTGATATATTTCATAAGTCTATTTG  700

seq1  TATG-TTCCTTTATTGCGTATAGATTAGTGAATGAACCGTG-TTCATGTT  745
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATGTTTCCTTTATTGCGTATAGATTAGTGAATGAACCGTGTTTCATGTT  750

seq1  CCAC-TTTATAC-TTGGCTAACAACAAACAAGAAAACCACAGGAAGAGAC  793
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTTATACTTTGGCTAACAACAAACAAGAAAACCACAGGAAGAGAC  800

seq1  C-TTGTTGTTGTTGTTGTTGTCCTATAGG-TTTGGCTTTGGAAATAGTGG  841
      | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||
seq2  CTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCCTAAAGGTTTTGGCTTTTGAAATATTGG  850

seq1  -AATCAGCACTTAGAGTGTACTAAC-TAGCT-GCCAT-GTTATAGC-TCA  886
       |||||||||||||||||| ||||| || || | ||| |||||||| |||
seq2  AAATCAGCACTTAGAGTGTTCTAACTTACCTGGTCATGGTTATAGCTTCA  900

seq1  CATAT-GCCTT-CCAATATTTCCCCT--CTGCCTCCCTACAACCTCCAGT  932
      ||||| ||||| |||| |||| | ||   ||||||| |||||||||||||
seq2  CATATGGCCTTCCCAAAATTTTCTCTTCTTGCCTCCATACAACCTCCAGT  950

seq1  TTCTCATG  940
      || |||||
seq2  TTATCATG  958


seq1: chr13_45038869_45039931
seq2: B6Ng01-189F18.g_68_1154 (reverse)

seq1  GTGAGACCCTGTCA--CAAAAC--AAACAAGTCAATTCTGT--CCCATG-  43
      |||||||| |||||  ||||||  ||||||||| |||||||  || ||| 
seq2  GTGAGACCGTGTCAACCAAAACCAAAACAAGTC-ATTCTGTTCCCAATGA  49

seq1  ATGA-TCACAG-AGTGCTAGTC-AGAG-AGTGAACTGGCACATTCTCTCT  89
      |||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCACAGAAGTGCTAGTCAAGAGAAGTGAACTGGCACATTCTCTCT  99

seq1  -CAAC-AGCCAGTGGCCAGGGCTG-ACTTGGTTCCCAGC-ATCCGTATCA  135
       |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCAACAAGCCAGTGGCCAGGGCTGAACTTGGTTCCCAGCAATCCGTATCA  149

seq1  AGGAGCTCACAACTGACTGTTCACTCC-AGCTTCTGGGCCTCTTCTGCTG  184
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  AGGAGCTCACAACTGACTGTTCACTCCAAGCTTCTGAGCCTCTTCTGCTG  199

seq1  T-CCGA-GGGCACTGCACTTACACACAAAA-CCATTCAC-ATCAAAAAGC  230
      | |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TCCCGAGGGGCACTGCACTTACACACAAAACCCATTCACAATCAAAAAGC  249

seq1  TAATGGCCAGCACCCACTAACAAC-ACAC-TGT-AAAACCTATAGCTCTG  277
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||
seq2  TAATGGCCAGCACCCACTAACAACAACACTTGTAAAAACCTATAGCTCTG  299

seq1  AAACACTCTGTACTCAGAGATGCTTAGCACAGTGTAATTATGATTGGCAT  327
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTCTGTACTCAGAGATGCTTAGCACAGTGTAATTATGATTGGCAT  349

seq1  AAAGCCAAATTGGCCACCACCCAAATTCCCAAAGGCAT-AAAAGC-AATT  375
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AAAGCCAAATTGGCCACCACCCAAATTCCCAAAGGCATAAAAAGCAAATT  399

seq1  TTTAGGTGTTAATAATGTGAGATTATACTTCATAGTTAATCTAGCTGGGT  425
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTGTTAATAATGTGAGATTATACTTCATAGTTAATCTAGCTGGGT  449

seq1  GTGATAGCAGAGGATGATAATCATGATTTAGGTGGCTGATGCAGGAGGAT  475
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGCAGAGGATGATAATCATGATTTAGGTGGCTGATGCAGGAGGAT  499

seq1  TACAATGAGTTCCAAGACAGGCTGGAATACAATGAGATCCTGTTTTAACA  525
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGAGTTCCAAGACAGGCTGGAATACAATGAGATCCTGTTTTAACA  549

seq1  GCAGTAGCAACAATGCTATTTAGCAGAAAAAAAAATGGCTTCAAAACTTT  575
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGCAACAATGCTATTTAGCAGAAAAAAAAATGGCTTCAAAACTTT  599

seq1  GGCAGTAATCACAATTCTTAAAGATGGTCTCAGACGGGATTCTGGAAAAA  625
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAATCACAATTCTTAAAGATGGTCTCAGACGGGATTCTGGAAAAA  649

seq1  TTAGAGTGGGTGTAGACAAGACACAAAGCCTCTCCTGTCAGACATTAACC  675
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTGGGTGTAGACAAGACACAAAGCCTCTCCTGTCAGACATTAACC  699

seq1  AGGGAAAATTAACTTGGCCCTCAGCAAGGTTTGCAGAGAGCTGTACTGTA  725
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAATTAACTTGGCCCTCAGCAAGGTTTGCAGAGAGCTGTACTGTA  749

seq1  AGAGGGCTGCTAAAGTATTTAAATGGGCTCACAGGATGGTTTCTTAAGTG  775
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCTGCTAAAGTATTTAAATGGGCTCACAGGATGGTTTCTTAAGTG  799

seq1  CACCGTGACGGGCTAACCTTTTCTTCACACTGTGGGAAGGAGTATCTGTC  825
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTGACGGGCTAACCTTTTCTTCACACTGTGGGAAGGAGTATCTGTC  849

seq1  TTCTCAATAGGTAATCCTGTACTGACACAGAAGAGAATGCTGGCAGATGT  875
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAATAGGTAATCCTGTACTGACACAGAAGAGAATGCTGGCAGATGT  899

seq1  CAGTAGACCCCAGTGTCTCCGGTCATCTCCCCTATTGCAGGGGGACCACT  925
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGACCCCAGTGTCTCCGGTCATCTCCCCTATTGCAGGGGGACCACT  949

seq1  GACCCCTCACAGGGAAGCAACCACAGCTCACAGCCTGTAGACACACAACG  975
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCTCACAGGGAAGCAACCACAGCTCACAGCCTGTAGACACACAACG  999

seq1  GGCAGTCCTGGGCGGGACAGGGACAGAAGAACCAAGGGTTTCTTAGGTCA  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCCTGGGCGGGACAGGGACAGAAGAACCAAGGGTTTCTTAGGTCA  1049

seq1  GTTGGTCGGTGCCTGACTTCTCCCTTCATCTGGAATTC  1063
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCGGTGCCTGACTTCTCCCTTCATCTGGAATTC  1087


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |