BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189G11
Chromosome13 (Build37)
Map Location 45,545,058 - 45,779,758
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGmpr, Atxn1
Upstream geneJarid2, Dtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533, Mylip
Downstream gene5033430I15Rik, ENSMUSG00000062282, Gm1574, Rbm24, Cap2, C78339, Nup153
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189G11.bB6Ng01-189G11.g
ACCGA013434GA013435
length1,060992
definitionB6Ng01-189G11.b B6Ng01-189G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,545,058 - 45,546,116)(45,778,756 - 45,779,758)
sequence
ggaattccagaaattgcaaagagcaaatcatacatataatgtgtttttcc
tatatctgcatactcctgataaagtttaattagttaggcataataagaga
tgaacaactaatagtaacatagaataagaataacaatatattataatatt
gattattttaaatgtatgaattatctatttctagagttttccacctactc
tgagccaaggtgaactatagttatctaaaaccttggaaaacaggaaacta
gatacaggggggatcgctgtatacctaaaacatgacaacttgaaactttt
tcaattgtctttactgaggctgacacttctggctcactaaagggttttga
aaagaaggaaacttttagaagcaggtcatgtattgaagaacaggctattc
catttggttttgagtggaatcatttctggaacacagaccaaggttatgaa
ataagtcctagcagtatgtaggcattgaaagggttttcctactcagagac
agtcactaaacatggaagcaatgaagccctctagggtcaacttttagcct
tccagaaggaggccattggtagcccaaagtcttggtaggaagccagagta
cacagtcagaagcatcttgtaacatctctctacagatgagtgtgagctgc
acctctggcttctgcccaccagcttgattggggtctttggtaacattcat
tgaatcttggtaccatcccgtccacacgtcttacaaatgacactgactca
tagaaatgggcatctccaagttttaaagaaatgtgcttggtctccactgc
tgtgaacgaatcctggagagaatcagcaatgttcaaggtcaacctctatt
tttctgtcatctgcagcaagtgaaacccaaaaggtcctaggtgtgtgcct
tgggcccagagatcacttcaactctaagagctgtggatacagttaatgaa
ttgcttattgtatcatctaagatcagtcagacctcatgaagaaatttaat
aaatattaatgaattaatgggtggatgaatatgcatggatggatagattg
atggatgcat

gaattctcccttctctcatgtacacacaggtacatacacacatgcatcac
accccagacatcctctgctgaagccctcttggctgcagagagccgagaga
acaccaggaaacaagacaatttgtgttcgttaggcttcctagccttccag
atcttgagttcaatccccagcaaccacatggtggctcatgatcatctaca
gtgtgatctgatgccctcttctggcatgtaggcatacatgcagatagggc
actcatatgcgttaaataagtaaatctttaagaaaagaaacctgaaaact
caaaattagtttctgttattaaattgtgttgttaggttagattgcttagt
ggaaaatgtgcttcttctctgaaagcctcttttcaagtctgtagctatca
ttttttgttgtcctgagaggagactttcagtgagaagggaatgctttaga
atgagagaaaagaaccacgcctgtacccagaggtcatctgtgaaatgcag
aaagcttcaaagtcaaaaggtttgatttcagggcatcccttatgacctct
aggtagacctcagctttctttccctttccaatcacatctggcccctgtgg
atcttatgatgtgatagaatgcatttaacaagtttctgtctctgccattt
ttaagtctccagttcagtggtattgatggtgtttcttcctttcatccact
tatcagtccatccatccatccatcatccacccatccatctatccatccat
cctcccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatccatct
atcctcccatccatccatccatccatccatccatccatccaatccatcca
tctatcctcccatccattccatccattcaatccatcatcctaccatccat
cgtcatccatcatccatccatcctccatcttccattcattcatccaatca
ttcatccatcattcatcatcatccatgcatcatccatctatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_45545058_45546116
seq2: B6Ng01-189G11.b_45_1103

seq1  GAATTCCAGAAATTGCAAAGAGCAAATCATACATATAATGTGTTTTTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAATTGCAAAGAGCAAATCATACATATAATGTGTTTTTCCT  50

seq1  ATATCTGCATACTCCTGATAAAGTTTAATTAGTTAGGCATAATAAGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGCATACTCCTGATAAAGTTTAATTAGTTAGGCATAATAAGAGAT  100

seq1  GAACAACTAATAGTAACATAGAATAAGAATAACAATATATTATAATATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACTAATAGTAACATAGAATAAGAATAACAATATATTATAATATTG  150

seq1  ATTATTTTAAATGTATGAATTATCTATTTCTAGAGTTTTCCACCTACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTAAATGTATGAATTATCTATTTCTAGAGTTTTCCACCTACTCT  200

seq1  GAGCCAAGGTGAACTATAGTTATCTAAAACCTTGGAAAACAGGAAACTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAGGTGAACTATAGTTATCTAAAACCTTGGAAAACAGGAAACTAG  250

seq1  ATACAGGGGGGATCGCTGTATACCTAAAACATGACAACTTGAAACTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGGGGGATCGCTGTATACCTAAAACATGACAACTTGAAACTTTTT  300

seq1  CAATTGTCTTTACTGAGGCTGACACTTCTGGCTCACTAAAGGGTTTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTCTTTACTGAGGCTGACACTTCTGGCTCACTAAAGGGTTTTGAA  350

seq1  AAGAAGGAAACTTTTAGAAGCAGGTCATGTATTGAAGAACAGGCTATTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAAACTTTTAGAAGCAGGTCATGTATTGAAGAACAGGCTATTCC  400

seq1  ATTTGGTTTTGAGTGGAATCATTTCTGGAACACAGACCAAGGTTATGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTTTGAGTGGAATCATTTCTGGAACACAGACCAAGGTTATGAAA  450

seq1  TAAGTCCTAGCAGTATGTAGGCATTGAAAGGGTTTTCCTACTCAGAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTAGCAGTATGTAGGCATTGAAAGGGTTTTCCTACTCAGAGACA  500

seq1  GTCACTAAACATGGAAGCAATGAAGCCCTCTAGGGTCAACTTTTAGCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTAAACATGGAAGCAATGAAGCCCTCTAGGGTCAACTTTTAGCCTT  550

seq1  CCAGAAGGAGGCCATTGGTAGCCCAAAGTCTTGGTAGGAAGCCAGAGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGAGGCCATTGGTAGCCCAAAGTCTTGGTAGGAAGCCAGAGTAC  600

seq1  ACAGTCAGAAGCATCTTGTAACATCTCTCTACAGATGAGTGTGAGCTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCAGAAGCATCTTGTAACATCTCTCTACAGATGAGTGTGAGCTGCA  650

seq1  CCTCTGGCTTCTGCCCACCAGCTTGATTGGGGTCTTTGGTAACATTCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGCTTCTGCCCACCAGCTTGATTGGGGTCTTTGGTAACATTCATT  700

seq1  GAATCTTGGTACCATCCCGTCCACACGTCTTACAAATGACACTGACTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTGGTACCATCCCGTCCACACGTCTTACAAATGACACTGACTCAT  750

seq1  AGAAATGGGCATCTCCAAGTTTTAAAGAAATGTGCTTGGTCTCCACTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGGGCATCTCCAAGTTTTAAAGAAATGTGCTTGGTCTCCACTGCT  800

seq1  GTGAACGAATCCTGGAGAGAATCAGCAATG-TCAAGGTCAACCTCTATTT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTGAACGAATCCTGGAGAGAATCAGCAATGTTCAAGGTCAACCTCTATTT  850

seq1  TTCTGTCATCTGCAGCAAGTGAAACCCAAAAGGTCCTAGGTGTGTGCCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCATCTGCAGCAAGTGAAACCCAAAAGGTCCTAGGTGTGTGCCTT  900

seq1  GGGCCCAGAGATCACTTCAACTCTAAGAGCTGTGGATACAGTTAATGAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCAGAGATCACTTCAACTCTAAGAGCTGTGGATACAGTTAATGAAT  950

seq1  TGCCTATTGTATCATCTAAGATCAGTCAGACTCAATGAAGAAATTTAATA  999
      ||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  TGCTTATTGTATCATCTAAGATCAGTCAGACCTCATGAAGAAATTTAATA  1000

seq1  AATATTAAATGAA-TAATGGGTGGATGAATAATGCATGGATGGATAGATG  1048
      |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  AATATT-AATGAATTAATGGGTGGATGAAT-ATGCATGGATGGATAGATT  1048

seq1  GATGGATGGAT  1059
      |||||||| ||
seq2  GATGGATGCAT  1059


seq1: chr13_45778756_45779758
seq2: B6Ng01-189G11.g_67_1058 (reverse)

seq1  GATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGA  50
      |||||||||||     |||| |||||| ||| |||| || |||||||| |
seq2  GATAGATGGAT-----GATGCATGGAT-GAT-GATGAAT-GATGGATGAA  42

seq1  TGAATGGATGAATGGATGGGAGGATGGGAGGATGGATGGATGGATGGATG  100
      ||| |||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| 
seq2  TGATTGGATGAATGAAT-GGAAGAT-GGAGGATGGATGGAT-GATGGAT-  88

seq1  GACGGATGGATGGTAGGATGGATGGA-TGGATGGATGG-ATGGATGGGAG  148
      ||| ||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||||
seq2  GAC-GATGGATGGTAGGAT-GATGGATTGAATGGATGGAATGGATGGGAG  136

seq1  GATAGATGGATGGA-TGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGG  197
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATGGATGGATTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGG  186

seq1  GAGGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGAT  236

seq1  GGGAGGATGGATGGATAGATGGATGGGTGGATGATGGATGGATGGATGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGATGGATGGATAGATGGATGGGTGGATGATGGATGGATGGATGGA  286

seq1  CTGATAAGTGGATGAAAGGAAGAAACACCATCAATACCACTGAACTGGAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAGTGGATGAAAGGAAGAAACACCATCAATACCACTGAACTGGAG  336

seq1  ACTTAAAAATGGCAGAGACAGAAACTTGTTAAATGCATTCTATCACATCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAAATGGCAGAGACAGAAACTTGTTAAATGCATTCTATCACATCA  386

seq1  TAAGATCCACAGGGGCCAGATGTGATTGGAAAGGGAAAGAAAGCTGAGGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCCACAGGGGCCAGATGTGATTGGAAAGGGAAAGAAAGCTGAGGT  436

seq1  CTACCTAGAGGTCATAAGGGATGCCCTGAAATCAAACCTTTTGACTTTGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAGAGGTCATAAGGGATGCCCTGAAATCAAACCTTTTGACTTTGA  486

seq1  AGCTTTCTGCATTTCACAGATGACCTCTGGGTACAGGCGTGGTTCTTTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTGCATTTCACAGATGACCTCTGGGTACAGGCGTGGTTCTTTTC  536

seq1  TCTCATTCTAAAGCATTCCCTTCTCACTGAAAGTCTCCTCTCAGGACAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCTAAAGCATTCCCTTCTCACTGAAAGTCTCCTCTCAGGACAAC  586

seq1  AAAAAATGATAGCTACAGACTTGAAAAGAGGCTTTCAGAGAAGAAGCACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGATAGCTACAGACTTGAAAAGAGGCTTTCAGAGAAGAAGCACA  636

seq1  TTTTCCACTAAGCAATCTAACCTAACAACACAATTTAATAACAGAAACTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACTAAGCAATCTAACCTAACAACACAATTTAATAACAGAAACTA  686

seq1  ATTTTGAGTTTTCAGGTTTCTTTTCTTAAAGATTTACTTATTTAACGCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGTTTTCAGGTTTCTTTTCTTAAAGATTTACTTATTTAACGCAT  736

seq1  ATGAGTGCCCTATCTGCATGTATGCCTACATGCCAGAAGAGGGCATCAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGCCCTATCTGCATGTATGCCTACATGCCAGAAGAGGGCATCAGA  786

seq1  TCACACTGTAGATGATCATGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGGATTGAACT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTGTAGATGATCATGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGGATTGAACT  836

seq1  CAAGATCTGGAAGGCTAGGAAGCCTAACGAACACAAATTGTCTTGTTTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCTGGAAGGCTAGGAAGCCTAACGAACACAAATTGTCTTGTTTCC  886

seq1  TGGTGTTCTCTCGGCTCTCTGCAGCCAAGAGGGCTTCAGCAGAGGATGTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTCTCTCGGCTCTCTGCAGCCAAGAGGGCTTCAGCAGAGGATGTC  936

seq1  TGGGGTGTGATGCATGTGTGTATGTACCTGTGTGTACATGAGAGAAGGGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGTGATGCATGTGTGTATGTACCTGTGTGTACATGAGAGAAGGGA  986

seq1  GAATTC  1003
      ||||||
seq2  GAATTC  992


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |