BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197O04
Chromosome13 (Build37)
Map Location 44,833,497 - 44,948,623
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJarid2
Upstream geneLOC100039403, Cd83, LOC100039432, A730030A06, EG637868, EG667157
Downstream geneDtnbp1, Hsp25-ps1, LOC100039502, LOC667204, LOC100039533, Mylip, Gmpr, Atxn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197O04.bB6Ng01-197O04.g
ACCGA019630GA019631
length343800
definitionB6Ng01-197O04.b B6Ng01-197O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,948,281 - 44,948,623)(44,833,497 - 44,834,294)
sequence
tatatcaggcaaaaaatactgtgaagtgagaagatgattctattttacca
catatgtacaacccttcacagaataaaatacatgaggctaaaacaaagaa
cagaacctgccactggcagcaaattataaatattaaactctttccagttt
tttgttttttttttaaatgccagggcattagatctaaagcaaagaaagta
accagtgctaaatacacagggcagggtgaaccctttaatctcagcactgg
agaaacacaggcaggtggattccaaatcagtacagagcaagttccaggag
atacataagagacggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattcttgatcctcaagcttttggctcccaaagcaggaattacaggcac
tcactatcatgcagctaaaaaaaaaatttttttttttaaattttatattt
ctccctacctgtacacacatgagacaagtggtgcttggttggtgacaagt
gtctttactcactgaatcatctttctggtcacatgcttatgtcctgtgtt
atagcaactttactgtctgtcccattagatactactgaccgtcttttcca
tttcaaatgcttaaaaatgtacatctgtgtttttaatttccttttgaatc
agggtctcattctgtactccacacgggcctcaaactcatggtgagcctgt
cttgattctaaatcctgggcttagaggcctggctttttgaaaagctaaac
accttcataaagattagtttagttttgatttgggatgaatcctttaggaa
gtgacttgttttgcttctggtgccataatcttgtctgcttccagtacttc
tcttcccgtctccccctttaagctagcttttctgtgtgttgtatgtatgt
atgtatgtatgtatgcatgcgtgtatgcgtgtatgcgtgtatgcgtgtat
gcgtgtatgtgtgtatgtgtgtgtgtctttaagctagcttctctgtgtgt
tgtatgtatgtatgtatgtatgcatgcgtgtatgtgtgtatgtgtgtgtg
tcttttgggtgtgagctatggcatatgtggagatcagaggccaacttggc
aaagctgtgttcttttcctcctatgatgtggatcctgaggatttgaattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_44948281_44948623
seq2: B6Ng01-197O04.b_51_393 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACCCCGTCTCTTATGTATCTCCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACCCCGTCTCTTATGTATCTCCTGG  50

seq1  AACTTGCTCTGTACTGATTTGGAATCCACCTGCCTGTGTTTCTCCAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCTCTGTACTGATTTGGAATCCACCTGCCTGTGTTTCTCCAGTGC  100

seq1  TGAGATTAAAGGGTTCACCCTGCCCTGTGTATTTAGCACTGGTTACTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTAAAGGGTTCACCCTGCCCTGTGTATTTAGCACTGGTTACTTTC  150

seq1  TTTGCTTTAGATCTAATGCCCTGGCATTTAAAAAAAAAACAAAAAACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTAGATCTAATGCCCTGGCATTTAAAAAAAAAACAAAAAACTGG  200

seq1  AAAGAGTTTAATATTTATAATTTGCTGCCAGTGGCAGGTTCTGTTCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTTTAATATTTATAATTTGCTGCCAGTGGCAGGTTCTGTTCTTTG  250

seq1  TTTTAGCCTCATGTATTTTATTCTGTGAAGGGTTGTACATATGTGGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCCTCATGTATTTTATTCTGTGAAGGGTTGTACATATGTGGTAAA  300

seq1  ATAGAATCATCTTCTCACTTCACAGTATTTTTTGCCTGATATA  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATCATCTTCTCACTTCACAGTATTTTTTGCCTGATATA  343


seq1: chr13_44833497_44834294
seq2: B6Ng01-197O04.g_66_865

seq1  GAATTCTTGATCCTCAAGCTTTTGGCTCCCAAAGCAGGAATTACAGGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATCCTCAAGCTTTTGGCTCCCAAAGCAGGAATTACAGGCAC  50

seq1  TCACTATCATGCAGCTAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTAAATTTTATATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTATCATGCAGCTAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTAAATTTTATATTT  100

seq1  CTCCCTACCTGTACACACATGAGACAAGTGGTGCTTGGTTGGTGACAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTACCTGTACACACATGAGACAAGTGGTGCTTGGTTGGTGACAAGT  150

seq1  GTCTTTACTCACTGAATCATCTTTCTGGTCACATGCTTATGTCCTGTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTACTCACTGAATCATCTTTCTGGTCACATGCTTATGTCCTGTGTT  200

seq1  ATAGCAACTTTACTGTCTGTCCCATTAGATACTACTGACCGTCTTTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAACTTTACTGTCTGTCCCATTAGATACTACTGACCGTCTTTTCCA  250

seq1  TTTCAAATGCTTAAAAATGTACATCTGTGTTTTTAATTTCCTTTTGAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATGCTTAAAAATGTACATCTGTGTTTTTAATTTCCTTTTGAATC  300

seq1  AGGGTCTCATTCTGTACTCCACACGGGCCTCAAACTCATGGTGAGCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTCATTCTGTACTCCACACGGGCCTCAAACTCATGGTGAGCCTGT  350

seq1  CTTGATTCTAAATCCTGGGCTTAGAGGCCTGGCTTTTTGAAAAGCTAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTCTAAATCCTGGGCTTAGAGGCCTGGCTTTTTGAAAAGCTAAAC  400

seq1  ACCTTCATAAAGATTAGTTTAGTTTTGATTTGGGATGAATCCTTTAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCATAAAGATTAGTTTAGTTTTGATTTGGGATGAATCCTTTAGGAA  450

seq1  GTGACTTGTTTTGCTTCTGGTGCCATAATCTTGTCTGCTTCCAGTACTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTGTTTTGCTTCTGGTGCCATAATCTTGTCTGCTTCCAGTACTTC  500

seq1  TCTTCCCGTCTCCCCCTTTAAGCTAGCTTTTCTGTGTGTTGTATGTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCCGTCTCCCCCTTTAAGCTAGCTTTTCTGTGTGTTGTATGTATGT  550

seq1  ATGTATGTATGTATGCATGCGTGTATGCGTGTATGCGTGTATGCGTGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTATGCATGCGTGTATGCGTGTATGCGTGTATGCGTGTAT  600

seq1  GCGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTGTCTTTAAGCTAGCTTCTCTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTGTCTTTAAGCTAGCTTCTCTGTGTGT  650

seq1  TGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCGTGTATGTGTGTATGTGTGTGTG  700

seq1  TC-TTTGGGTGTGAGCTATGGCATATGTGGAGATCAGAGGCCAACTTGGC  749
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGGGTGTGAGCTATGGCATATGTGGAGATCAGAGGCCAACTTGGC  750

seq1  AGAGCTGTGTTC-TTTCCTCCTATGATGTGGATCCTGAGGATTTGAATTC  798
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGTGTTCTTTTCCTCCTATGATGTGGATCCTGAGGATTTGAATTC  800


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |