BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198B09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 39,928,562 - 40,101,865
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlc35b3, EG666867, LOC100041779, LOC382747, A230103O09Rik
Downstream geneOfcc1, LOC666894, LOC100039048, Tcfap2a, EG621629, EG637157, LOC100039105, Gcnt2, Pak1ip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198B09.bB6Ng01-198B09.g
ACCGA019774GA019775
length1,0491,179
definitionB6Ng01-198B09.b B6Ng01-198B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,100,815 - 40,101,865)(39,928,562 - 39,929,701)
sequence
gaattcattaaggaatgcatgtaactatagcattcgtaacatgtttttga
ctaggacatttgagtgaaataaataatggtagaaacgatacaaattaaaa
cgcagactaagatctctctgtggtcacattgcagttaatgggaaacaaag
tgtccttaggctgagccagtcctgaaatgacaccaaaatgtttctttagc
aggtgtggtcctggctagttacatttttattctctctcccttaaacctgg
cagcttgtacctcgcctgtgcatgtccagcactttatacaagtgtgtttg
ggtactttacctggcagccttaacaagggctatcagagcatctgtaattg
tcagagccaattagaagaacgtggataactcaaaatctacagttggtggt
ctaggaccccaagtaggaattatccagataggagccagggttcttaaacc
tgcagcaaataatatcactaccactatcacttccttccatccttcctaat
gctgtgaccaccatgtgtgtgggcacatgtacttggagaccagtgtgaaa
gtgaagtgtctgctctagtactgaagcagggtctctctcacttgagccca
aagtttgccaatttagctagcttacctagttaccttgttccagggagcac
caatctttgtctagcaagtgctgggattacaggcagacacacatgcacat
cacacacatacgcacatgtaacttaaaggaaactgtcctttactctctgt
gaggtgagagctgtgacttataccacagggtaagaaaaatcacaggtgcc
aggcagtggtggcacacgcctttaatcctggcatttgggaggcagaggca
gagacagaggcaggtgaatctctgagttcaagattagcttggtctaaaaa
gtaagttctaggacaaccagcactacacagagaaaccacgtttcgaaaaa
ccaaccaattgaccaatcaaatagataggtagatagatagatagatagat
agatagatagatagatagatcgatgatgatcgatttttaaactgaggtt
gaattccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaac
ccataaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatag
cctctattataggaaatatcttcccgttgtcctttgacatcttactgtct
ttaatgtcatacatcagcatggctcataaaaacaaaaaggcgttgttaaa
cgggacaggttaacacccattaataagcagaaatgtttctttatacaaaa
tcgtatttggtccattttgactgaataacatttgcatatatgtaaataca
tagttaaatatagataactttttctgaatgtaattatatacatattttat
atgtatgcatattttatgcagataggtgcacgtaatctgtctataaaaac
ctctttctgtgaaattttaagagacgttaagtctcctaaaccagccttcg
ctgcttgtgttcagccaaagcctgcaaagccaccttctacatagtggttc
ccagtcgatgttgctatgagagaccatcatagtcgtccgttatcataaga
gcagacaggaggggtagaagaaattctccttgtcctgaaactcatgctgc
atcctgatcacatgggtagccacctgaataccagacttaagaaaggagcc
ttattgattgtacaacctgaacccctcaaacatgcaagtgtcatcgttag
aaacagaggagatggctcaaaggcaacctgggaccatcattcaaatcatc
agacggcatttttataaaggcagtgagagtctgcagctggttaacacaca
gctacagagaaggagcctcagaatggtgatatttaagtgcaatcataaac
acacaaagccccagaacctcatgttttaagaaaacaaatgatctatgacc
cacctgagcaagagatgcttggataagaaaaattcttgtatatcagaacc
tcatcagccctaaaatagtaattcaggggagaaatttaaatgggattttt
ttaaaaaatcagttaaacataatgattacctatttaaaatttcttttcat
gggagcaaataggaagaacttaattttcctcgtgaaggccaatttcatgc
cccccaaaagtttataactaaaggacacaccaaatgggatgatgctatac
tgaaggaaccgcttcacccttttcagtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_40100815_40101865
seq2: B6Ng01-198B09.b_49_1097 (reverse)

seq1  AACCTCATTTTAAAAATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  50
      ||||||| |||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  AACCTCAGTTTAAAAATCGATC-ATC-ATCGATCTATCTATCTATCTATC  48

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTACCTATCTATTTGATTGGTCAATTGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTACCTATCTATTTGATTGGTCAATTGGTTG  98

seq1  GTTTTTCGAAACGTGGTTTCTCTGTGTAGTGCTGGTTGTCCTAGAACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCGAAACGTGGTTTCTCTGTGTAGTGCTGGTTGTCCTAGAACTTA  148

seq1  CTTTTTAGACCAAGCTAATCTTGAACTCAGAGATTCACCTGCCTCTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAGACCAAGCTAATCTTGAACTCAGAGATTCACCTGCCTCTGTCT  198

seq1  CTGCCTCTGCCTCCCAAATGCCAGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTGCCTCCCAAATGCCAGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACTGCC  248

seq1  TGGCACCTGTGATTTTTCTTACCCTGTGGTATAAGTCACAGCTCTCACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCTGTGATTTTTCTTACCCTGTGGTATAAGTCACAGCTCTCACCT  298

seq1  CACAGAGAGTAAAGGACAGTTTCCTTTAAGTTACATGTGCGTATGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGAGTAAAGGACAGTTTCCTTTAAGTTACATGTGCGTATGTGTGT  348

seq1  GATGTGCATGTGTGTCTGCCTGTAATCCCAGCACTTGCTAGACAAAGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCATGTGTGTCTGCCTGTAATCCCAGCACTTGCTAGACAAAGATT  398

seq1  GGTGCTCCCTGGAACAAGGTAACTAGGTAAGCTAGCTAAATTGGCAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCCCTGGAACAAGGTAACTAGGTAAGCTAGCTAAATTGGCAAACT  448

seq1  TTGGGCTCAAGTGAGAGAGACCCTGCTTCAGTACTAGAGCAGACACTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTCAAGTGAGAGAGACCCTGCTTCAGTACTAGAGCAGACACTTCA  498

seq1  CTTTCACACTGGTCTCCAAGTACATGTGCCCACACACATGGTGGTCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACACTGGTCTCCAAGTACATGTGCCCACACACATGGTGGTCACAG  548

seq1  CATTAGGAAGGATGGAAGGAAGTGATAGTGGTAGTGATATTATTTGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGAAGGATGGAAGGAAGTGATAGTGGTAGTGATATTATTTGCTGC  598

seq1  AGGTTTAAGAACCCTGGCTCCTATCTGGATAATTCCTACTTGGGGTCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAAGAACCCTGGCTCCTATCTGGATAATTCCTACTTGGGGTCCTA  648

seq1  GACCACCAACTGTAGATTTTGAGTTATCCACGTTCTTCTAATTGGCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCAACTGTAGATTTTGAGTTATCCACGTTCTTCTAATTGGCTCTG  698

seq1  ACAATTACAGATGCTCTGATAGCCCTTGTTAAGGCTGCCAGGTAAAGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTACAGATGCTCTGATAGCCCTTGTTAAGGCTGCCAGGTAAAGTAC  748

seq1  CCAAACACACTTGTATAAAGTGCTGGACATGCACAGGCGAGGTACAAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACACACTTGTATAAAGTGCTGGACATGCACAGGCGAGGTACAAGCT  798

seq1  GCCAGGTTTAAGGGAGAGAGAATAAAAATGTAACTAGCCAGGACCACACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTTTAAGGGAGAGAGAATAAAAATGTAACTAGCCAGGACCACACC  848

seq1  TGCTAAAGAAACATTTTGGTGTCATTTCAGGACTGGCTCAGCCTAAGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAAGAAACATTTTGGTGTCATTTCAGGACTGGCTCAGCCTAAGGAC  898

seq1  ACTTTGTTTCCCATTAACTGCAATGTGACCACAGAGAGATCTTAGTCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTTTCCCATTAACTGCAATGTGACCACAGAGAGATCTTAGTCTGC  948

seq1  GTTTTAATTTGTATCGTTTCTACCATTATTTATTTCACTCAAATGTCCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAATTTGTATCGTTTCTACCATTATTTATTTCACTCAAATGTCCTA  998

seq1  GTCAAAAACATGTTACGAATGCTATAGTTACATGCATTCCTTAATGAATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAACATGTTACGAATGCTATAGTTACATGCATTCCTTAATGAATT  1048

seq1  C  1051
      |
seq2  C  1049

seq1: chr13_39928562_39929701
seq2: B6Ng01-198B09.g_63_1241

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAC  50

seq1  CCATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAG  100

seq1  CCTCTATTATAGGAAATATCTTCCCGTTGTCCTTTGACATCTTACTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATTATAGGAAATATCTTCCCGTTGTCCTTTGACATCTTACTGTCT  150

seq1  TTAATGTCATACATCAGCATGGCTCATAAAAACAAAAAGGCGTTGTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTCATACATCAGCATGGCTCATAAAAACAAAAAGGCGTTGTTAAA  200

seq1  CGGGACAGGTTAACACCCATTAATAAGCAGAAATGTTTCTTTATACAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACAGGTTAACACCCATTAATAAGCAGAAATGTTTCTTTATACAAAA  250

seq1  TCGTATTTGGTCCATTTTGACTGAATAACATTTGCATATATGTAAATACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTATTTGGTCCATTTTGACTGAATAACATTTGCATATATGTAAATACA  300

seq1  TAGTTAAATATAGATAACTTTTTCTGAATGTAATTATATACATATTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAATATAGATAACTTTTTCTGAATGTAATTATATACATATTTTAT  350

seq1  ATGTATGCATATTTTATGCAGATAGGTGCACGTAATCTGTCTATAAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCATATTTTATGCAGATAGGTGCACGTAATCTGTCTATAAAAAC  400

seq1  CTCTTTCTGTGAAATTTTAAGAGACGTTAAGTCTCCTAAACCAGCCTTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTGTGAAATTTTAAGAGACGTTAAGTCTCCTAAACCAGCCTTCG  450

seq1  CTGCTTGTGTTCAGCCAAAGCCTGCAAAGCCACCTTCTACATAGTGGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGTGTTCAGCCAAAGCCTGCAAAGCCACCTTCTACATAGTGGTTC  500

seq1  CCAGTCGATGTTGCTATGAGAGACCATCATAGTCGTCCGTTATCATAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCGATGTTGCTATGAGAGACCATCATAGTCGTCCGTTATCATAAGA  550

seq1  GCAGACAGGAGGGGTAGAAGAAATTCTCCTTGTCCTGAAACTCATGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACAGGAGGGGTAGAAGAAATTCTCCTTGTCCTGAAACTCATGCTGC  600

seq1  ATCCTGATCACATGGGTAGCCACCTGAATACCAGACTTAAGAAAGGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATCACATGGGTAGCCACCTGAATACCAGACTTAAGAAAGGAGCC  650

seq1  TTATTGATTGTACAACCTGAACCCCTCAAACATGCAAGTGTCATCGTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATTGTACAACCTGAACCCCTCAAACATGCAAGTGTCATCGTTAG  700

seq1  AAACAGAGGAGATGGCTCAAAGGCAACCTGGGACCATCATTCAAATCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGGAGATGGCTCAAAGGCAACCTGGGACCATCATTCAAATCATC  750

seq1  AGACGGCATTTTCATAAAGGCAGTGAGAGTCTGCAGCTGGTTAACACACA  800
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGGCATTTTTATAAAGGCAGTGAGAGTCTGCAGCTGGTTAACACACA  800

seq1  GCTACAGAGAAGGAGCCTCAGAATGGTGATATTTAAGTGCAATCATAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGAGAAGGAGCCTCAGAATGGTGATATTTAAGTGCAATCATAAAC  850

seq1  ACACAAAG-CCCAGAACCTCATGTTTTAAGAAA--CAATGATCTATGA-C  896
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |
seq2  ACACAAAGCCCCAGAACCTCATGTTTTAAGAAAACAAATGATCTATGACC  900

seq1  CACCTGAGCAAGAGATGC-TGGATA--GAAAATTCTGTAATATCAGAA-C  942
      |||||||||||||||||| ||||||   ||||||||   ||||||||| |
seq2  CACCTGAGCAAGAGATGCTTGGATAAGAAAAATTCTTGTATATCAGAACC  950

seq1  TCATCAG-CCTAAAATAG-AATTCA-GGGAGAAA-TTAAAT-GGATTTTT  987
      ||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||
seq2  TCATCAGCCCTAAAATAGTAATTCAGGGGAGAAATTTAAATGGGATTTTT  1000

seq1  ---AAAAATCAGTT-AACATAATGTATTACTTATT--AAATT--CTTTCA  1029
         ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||  |||||   |||||
seq2  TTAAAAAATCAGTTAAACATAATG-ATTACCTATTTAAAATTTCTTTTCA  1049

seq1  T-GGAGCAAATA-GAAGA--CTAATTT--CTCTGGA--GCCA--TTCATG  1069
      | |||||||||| |||||   ||||||  |||  ||  ||||  ||||||
seq2  TGGGAGCAAATAGGAAGAACTTAATTTTCCTCGTGAAGGCCAATTTCATG  1099

seq1  -CCCCCAAAAG-TTATAATTAAAG---ACA-CAAATTGAATGATGTTAAT  1113
       |||||||||| |||||| |||||   ||| ||||| | |||||| | ||
seq2  CCCCCCAAAAGTTTATAACTAAAGGACACACCAAATGGGATGATGCT-AT  1148

seq1  AATG-ATGAAC--GTTCA-CCTTTTCAGTGC  1140
      | || | ||||   |||| ||||||||||||
seq2  ACTGAAGGAACCGCTTCACCCTTTTCAGTGC  1179