BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200E19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 14,200,988 - 14,321,062
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArid4b, LOC100039916, Hecw1
Upstream geneLOC434483, LOC674723, Prl2c5, LOC630611, LOC100039786, LOC385049, LOC630663, LOC100040108, Gpr137b, LOC664960, Nid1, Lyst, LOC100039831, Gng4, EG665000, EG665008, LOC630894, LOC100040205, B3galnt2, Tbce, Ggps1, LOC100040243
Downstream geneMrpl32, Psma2, AW209491, EG665099, LOC670994
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200E19.bB6Ng01-200E19.g
ACCGA021402GA021403
length1,1381,143
definitionB6Ng01-200E19.b B6Ng01-200E19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,200,988 - 14,202,143)(14,319,924 - 14,321,062)
sequence
gaattctcacctgaggaataccgaatggctgagaagcacctgaaaaaatg
ttcagcatccttaatcatctgggaaatgcaaatcaaagcaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgctggta
ggattgcaggcttgtacaaccactctggaaatcagttttgcagttcctcg
gaaaactggacatagtactactggaagatccagcaataccactcctgggc
atgtatccagaagatgctccaacttgtaatggggacacatgctccactat
ggtcatagcagccttgtttataatagccagtttatgtttttaatctacca
gggtattgtgcttcctgttagaaggtaacttttgtatatcctaaccaaat
aatgacttgggtttttgttgtgttttgttattctcgagccagggtctcac
tgtgtctcaggtctttgtataacaagtatttccagaaattcttttgtgtg
taggtggtattgcaatagtgaggttcaaaaaggtaaataagatgatcttt
catctgcaggcaactcattctaaagcatcagttctcaacctatgggcctg
gtccccccaaatgcctcacagatatcctgtagtcaaatgaaataattgtg
ttaaagggacacagcattaggaagactgagagctactgttctagaggatg
ggtgggaatcactgaaatacagagagaaggacctggaagcatagttatgg
gactaaacccatgtgaatccctgtgttcagtactcagtgctaccaaaagc
aaacgaagaatgtcccatctacagaatgggacacatgggcagttatgcag
tagtggcttctgatggttactattgcctaccttgacaccttgggggcaag
cctctgagcaggtcagagagggattatctgtttatgctatcgagacagga
aaatctatttaaatatggccccagattctgggcatgtaaacatttggtgg
tctgggtatggacgcagtgtgctacatgacttctgatctgatgaccatac
tcatagtagaccttttgttagttagctttatgtcactg
gaattcatcttatacatacataaaaacctcacaaaaaaattcaaccattc
aagttttttaccactgacttgccatacattgaaaaggagaatgttgttca
aatgtaggaagctgctcctgaagagctttacaatttgcagaaatgagaca
atctattaaatagattaatatatagtctaccaacatacagaaggaagaaa
ttttcttagaaatgacatgtgaataagaaactcagataaatgcattttta
aattaatttttagttatacctctacccttatgcaaggttctacacaaatc
ccaagagcaatagcatttctaacatactcgttttaattatttgaagttat
tgcgatgtatttcaatcatattcacctaacactcttctccctaactcctt
gttcattcactccccaatattccattccttctcagtgtcatgtcattttt
taatgacccattgagtccaatttgtgctgtttgtccatatcttaaattag
tatgaggtcatcccctggaagatataaatgtatcattttgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtacatacacatatacatatttgattgtcatagccggccgcag
tggtgcacctttatggcattaaaatgcctttaatcccagcacttggaagg
cagaggcaggcagcgctctgtgagttcaatgccaatctggtcaacagagc
aaattccagatcatccagagttacctagtaagactctaaaaaaaaaaaaa
aaaaagacaaaaggaaagaaagaaaactgactcttagcagctatcgggct
gtcaatagctcctcagatagggctggggacttgtgaaccccttctttata
tactaatagtattctagaaaaattaaaaatgtcatttatactgacacaaa
agttgctgagaagaatgtaagcttgctttgcagagcccacacgtgacttc
agccctttcatggaagaagggaaaacaaatggggagagggagctcaaaaa
gcccagtcatggataagaacacggtcccacttcatcatgagaaacatgaa
aattatgtctatcattatatatgcatatgacatatactatatatgtttat
atggtattgtgcatacattacatgtaacgaaaatgctgtagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_14200988_14202143
seq2: B6Ng01-200E19.b_44_1181

seq1  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50

seq1  TTCAGCATCCTTAATCATCTGGGAAATGCAAATCAAAGCAACCCTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATCCTTAATCATCTGGGAAATGCAAATCAAAGCAACCCTGAGAT  100

seq1  TCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGC  150

seq1  AGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGCTGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGCTGGTA  200

seq1  GGATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTTTTGCAGTTCCTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTTTTGCAGTTCCTCG  250

seq1  GAAAACTGGACATAGTACTACTGGAAGATCCAGCAATACCACTCCTGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTGGACATAGTACTACTGGAAGATCCAGCAATACCACTCCTGGGC  300

seq1  ATGTATCCAGAAGATGCTCCAACTTGTAATGGGGACACATGCTCCACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCCAGAAGATGCTCCAACTTGTAATGGGGACACATGCTCCACTAT  350

seq1  GGTCATAGCAGCCTTGTTTATAATAGCCAGTTTATGTTTTTAATCTACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAGCAGCCTTGTTTATAATAGCCAGTTTATGTTTTTAATCTACCA  400

seq1  GGGTATTGTGCTTCCTGTTAGAAGGTAACTTTTGTATATCCTAACCAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTGTGCTTCCTGTTAGAAGGTAACTTTTGTATATCCTAACCAAAT  450

seq1  AATGACTTGGGTTTTTGTTGTGTTTTGTTATTCTCGAGCCAGGGTCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTTGGGTTTTTGTTGTGTTTTGTTATTCTCGAGCCAGGGTCTCAC  500

seq1  TGTGTCTCAGGTCTTTGTATAACAAGTATTTCCAGAAATTCTTTTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTCAGGTCTTTGTATAACAAGTATTTCCAGAAATTCTTTTGTGTG  550

seq1  TAGGTGGTATTGCAATAGTGAGGTTCAAAAAGGTAAATAAGATGATCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGTATTGCAATAGTGAGGTTCAAAAAGGTAAATAAGATGATCTTT  600

seq1  CATCTGCAGGCAACTCATTCTAAAGCATCAGTTCTCAACCTATGGGCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCAGGCAACTCATTCTAAAGCATCAGTTCTCAACCTATGGGCCTG  650

seq1  GTCCCCCCAAATGCCTCACAGATATCCTGTAGTCAAATGAAATAATTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCCCAAATGCCTCACAGATATCCTGTAGTCAAATGAAATAATTGTG  700

seq1  TTAAAGGGACACAGCATTAGGAAGACTGAGAGCTACTGTTCTAGAGGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGGACACAGCATTAGGAAGACTGAGAGCTACTGTTCTAGAGGATG  750

seq1  GGTGGGAATCACTGAAATACAGAGAGAAGGACCTGGAAGCATAGTTATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAATCACTGAAATACAGAGAGAAGGACCTGGAAGCATAGTTATGG  800

seq1  GACTAAACCCATGTGAATCCCTGTGTTCAGTACTCAGTGCTACCAAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAACCCATGTGAATCCCTGTGTTCAGTACTCAGTGCTACCAAAAGC  850

seq1  AAACGAAGAATGTCCCATCTACAGAATGGGACACATGGGCAGTAATGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAACGAAGAATGTCCCATCTACAGAATGGGACACATGGGCAGTTATGCAG  900

seq1  TAGTGGCTTCTGATGGTTACTATTGCCTACCTTGACACCTTGGGGGCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGCTTCTGATGGTTACTATTGCCTACCTTGACACCTTGGGGGCAAG  950

seq1  CCTCTGAGCAGGTCAGAGAGGGATTATCTTGTTTATGCTAATCGAGACAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  CCTCTGAGCAGGTCAGAGAGGGATTATC-TGTTTATGCT-ATCGAGACAG  998

seq1  GAAAATCTATTTAAAATTATGGGCCCCAGATTCTGGGCCATGTAAAACAT  1050
      |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| 
seq2  GAAAATCTATTTAAA--TAT-GGCCCCAGATTCTGGG-CATGT-AAACA-  1042

seq1  TTTGGTGGTTCTGGGTATTGAACGCAGGGTGTGCCTACATGAC-TCTGAT  1099
      |||||||| |||||||| || |||||| |||   ||||||||| ||||||
seq2  TTTGGTGG-TCTGGGTA-TGGACGCAGTGTG---CTACATGACTTCTGAT  1087

seq1  CTGAGTGACATTACTCATAAGTAGACCCTTTTGTTTAGTAAAGTTTTAAT  1149
      |||| ||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||| |  |||  ||
seq2  CTGA-TGACCATACTCAT-AGTAGA-CCTTTTG-TTAGTTAGCTTT--AT  1131

seq1  GTCACTG  1156
      |||||||
seq2  GTCACTG  1138

seq1: chr13_14319924_14321062
seq2: B6Ng01-200E19.g_65_1207 (reverse)

seq1  TTCTACAGCATTTTCCTTACATGTAAATGTATACACATATA-CATATAAA  49
      ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||
seq2  TTCTACAGCATTTTCGTTACATGT-AATGTATGCACA-ATACCATATAAA  48

seq1  CATATATAGTTATATGTCCATATGCATATATAATGAATTAGACATAATTT  99
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  CATATATAG-TATATGT-CATATGCATATATAATGA--TAGACATAATTT  94

seq1  CAATG-TTCTCATGGATGAAGTGGGA-CGTGT--CTATCCATGACTGG--  143
        ||| ||||||| |||||||||||| |||||   |||||||||||||  
seq2  TCATGTTTCTCAT-GATGAAGTGGGACCGTGTTCTTATCCATGACTGGGC  143

seq1  CTTTTGAGCT-CCTCTCCCC-TTTGTTTTCCCTTCTTCCATGAAA-GGCT  190
       ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTTTGAGCTCCCTCTCCCCATTTGTTTTCCCTTCTTCCATGAAAGGGCT  193

seq1  GAAGTCACGTGTTGGGCTCTGCAAAGCAAGCTTTACATTC-TCTCAGCAA  239
      ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  GAAGTCACGTG-TGGGCTCTGCAAAGCAAGC-TTACATTCTTCTCAGCAA  241

seq1  CTTTGGTGTCAGTATAAATGACATTTTTAATTTTTCTAGAATACTATTAG  289
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTGTCAGTATAAATGACATTTTTAATTTTTCTAGAATACTATTAG  291

seq1  TATATAAAG-AGGGGTTCACAAGTCCCCAGCCCTATCTGAGGAGCTATTG  338
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAGAAGGGGTTCACAAGTCCCCAGCCCTATCTGAGGAGCTATTG  341

seq1  ACAG-CCGATAGCTGCTAAGAGTCAGTTTTCTTTCTTTCCTTTTGTCTTT  387
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCGATAGCTGCTAAGAGTCAGTTTTCTTTCTTTCCTTTTGTCTTT  391

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTAGAGTCTTACTAGGTAACTCTGGATGATCTGGAAT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTAGAGTCTTACTAGGTAACTCTGGATGATCTGGAAT  441

seq1  TTGCTCTGTTGACCAGATTGGCATTGAACTCACAGAGCGCTGCCTGCCTC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTGTTGACCAGATTGGCATTGAACTCACAGAGCGCTGCCTGCCTC  491

seq1  TGCCTTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATTTTAATGCCATAAAGGTGCAC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATTTTAATGCCATAAAGGTGCAC  541

seq1  CACTGCGGCCGGCTATGACAATCAAATATGTATATGTGTATGTACACACA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCGGCCGGCTATGACAATCAAATATGTATATGTGTATGTACACACA  591

seq1  CACACACACACACAAAATGATACATTTATATCTTCCAGGGGATGACCTCA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACAAAATGATACATTTATATCTTCCAGGGGATGACCTCA  641

seq1  TACTAATTTAAGATATGGACAAACAGCACAAATTGGACTCAATGGGTCAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATTTAAGATATGGACAAACAGCACAAATTGGACTCAATGGGTCAT  691

seq1  TAAAAAATGACATGACACTGAGAAGGAATGGAATATTGGGGAGTGAATGA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATGACATGACACTGAGAAGGAATGGAATATTGGGGAGTGAATGA  741

seq1  ACAAGGAGTTAGGGAGAAGAGTGTTAGGTGAATATGATTGAAATACATCG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAGTTAGGGAGAAGAGTGTTAGGTGAATATGATTGAAATACATCG  791

seq1  CAATAACTTCAAATAATTAAAACGAGTATGTTAGAAATGCTATTGCTCTT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACTTCAAATAATTAAAACGAGTATGTTAGAAATGCTATTGCTCTT  841

seq1  GGGATTTGTGTAGAACCTTGCATAAGGGTAGAGGTATAACTAAAAATTAA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTTGTGTAGAACCTTGCATAAGGGTAGAGGTATAACTAAAAATTAA  891

seq1  TTTAAAAATGCATTTATCTGAGTTTCTTATTCACATGTCATTTCTAAGAA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAATGCATTTATCTGAGTTTCTTATTCACATGTCATTTCTAAGAA  941

seq1  AATTTCTTCCTTCTGTATGTTGGTAGACTATATATTAATCTATTTAATAG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTTCCTTCTGTATGTTGGTAGACTATATATTAATCTATTTAATAG  991

seq1  ATTGTCTCATTTCTGCAAATTGTAAAGCTCTTCAGGAGCAGCTTCCTACA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTCATTTCTGCAAATTGTAAAGCTCTTCAGGAGCAGCTTCCTACA  1041

seq1  TTTGAACAACATTCTCCTTTTCAATGTATGGCAAGTCAGTGGTAAAAAAC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACAACATTCTCCTTTTCAATGTATGGCAAGTCAGTGGTAAAAAAC  1091

seq1  TTGAATGGTTGAATTTTTTTGTGAGGTTTTTATGTATGTATAAGATGAAT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGGTTGAATTTTTTTGTGAGGTTTTTATGTATGTATAAGATGAAT  1141

seq1  TC  1139
      ||
seq2  TC  1143