BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202F07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 106,011,079 - 106,155,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf180
Upstream genePpwd1, Cenpk, Adamts6, LOC667518, Sdccag10, 3110031B13Rik, A930021C24Rik, EG238836, Rgs7bp, 4933425L06Rik, LOC100040646, LOC100040656
Downstream geneHtr1a, EG668025, Olfr717-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202F07.bB6Ng01-202F07.g
ACCGA022851GA022852
length1,0401,040
definitionB6Ng01-202F07.b B6Ng01-202F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,011,079 - 106,012,101)(106,154,950 - 106,155,998)
sequence
gaattcagatctccagagttcccacaaatctgagcacagcagtgttcctc
ctttgacaagattagagtccatatagaccccagaaactaatgtaccaaca
aacaagacatcctgtctcaataaaggaataaaacaagaacagacatgagg
ctgacctctgacctctacatgtgccatgtatatatgcccctcctcccaaa
agataaagtgatctgcaaatatttaaaaactacaattaagtttgctgtac
ataacaaagctgtacttgaagattttcaatggtcttgacgttctttttaa
aaccaagtggtttaataccagtgtgcgcatatgcgagtgggaaagtactt
gagaaaacggttcttctgttagtggcataaagaagtatgtgtatacagac
acaaatgaattcatgaatattcttgtttctaattttgtaatgatttaagt
gtcccttactaatacttctaaatgttgtttctaaacaacttatatataat
aaatttcactttcctgagacagattaatttttttccaaatttttaaaaat
gtattggttcttgtgaatttcacatcatgcaccccggcccactcatctct
ccctgccctggtaccccccctccacccttgcaatctggcccctaacagag
aaaaacaaaaatcgcattgtgggagcctctggtgtgaggcctctggcttc
tgctattctatcagtactgggtcctctctgggactcctcttggatatcct
gttgttgccttgtaacatggagaatctgcagctttggatctgtagaacca
gtctcttcctgcactccagcagttcattgatgaagaaaatgttggggtga
gccaattcaaaagcttggatctgggccagaggggtacctgagctagtcag
ccctccagcccttctgctcttctgccttcagtggtggctccccagcaatc
ctgcaacagggctagctttaccctgctgcccaggggaggtacagagctgc
tctctcagtgttgcagctagtgagaggcatgctagctatc

gaattctagggctttcccctgacattcttctattagaactgtcaagttct
atctttactaccatgaatatctctaataccacagttcatgtagcccaaaa
agaagaactggttctgtaccctgaccatttacacagttttttcttgtgct
agatatcactcaaagtgagcacggatcctgacatcatccgtgattaatgg
tcatagtactatgctgaagtcctactacagagagcattactaagcatttc
tggctcttttatttagagtaaattacaagtcacatcactaaagctttgcc
tttggaccgaatgtctcatgattccaagaattctgctcctaaaactcaca
ggtaacacttgcctgagtcttgtgggactttctcccacctcgtgtgcatg
ggcttagcagtacatccaaaggagtcagaccttattgtccattcgtttct
ttaatttattgccaacaaattatttgataaaagcaaaattcagaagatga
tttttatgtttttaatgtctatattagtttcattgaaggtttatgctttc
atagatttatttcttattgaatattttctttatttacatttcaaatgttt
tcccctttccaggtctccccttcaggaaccccctatcccatcccctcccc
ctgcctctatgagggtgatcccccacccacccactcctgtcctggcattc
ccctatactggggcatcgaacacccacaggaacaagggcctctgctccca
ctgatgtccaacaagatcatcctctgccacatatgcggccagcaccatgg
gtccctccatgtatattctttggtcgatggtccagtccagggagctctgg
gggttctggcctattgacactgtgcttcctccatagggctgtaaacccct
tcagctccttcagtcccttcttcaactctcatcagggaccctgagctcag
tccgttctggctgcaagttccacctctgtacctcagtatatgtctgtctc
tggagactctcagatacagccatattcagcttcagcagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_106011079_106012101
seq2: B6Ng01-202F07.b_46_1065

seq1  GAATTCAGATCTCCAGAGTTCCCACAAATCTGAGCACAGCAGTGTTCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCTCCAGAGTTCCCACAAATCTGAGCACAGCAGTGTTCCTC  50

seq1  CTTTGACAAGATTAGAGTCCATATAGACCCCAGAAACTAATGTACCAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACAAGATTAGAGTCCATATAGACCCCAGAAACTAATGTACCAACA  100

seq1  AACAAGACATCCTGTCTCAATAAAGGAATAAAACAAGAACAGACATGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGACATCCTGTCTCAATAAAGGAATAAAACAAGAACAGACATGAGG  150

seq1  CTGACCTCTGACCTCTACATGTGCCATGTATATATGCCCCTCCTCCCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTCTGACCTCTACATGTGCCATGTATATATGCCCCTCCTCCCAAA  200

seq1  AGATAAAGTGATCTGCAAATATTTAAAAACTACAATTAAGTTTGCTGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAGTGATCTGCAAATATTTAAAAACTACAATTAAGTTTGCTGTAC  250

seq1  ATAACAAAGCTGTACTTGAAGATTTTCAATGGTCTTGACGTTCTTTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAAAGCTGTACTTGAAGATTTTCAATGGTCTTGACGTTCTTTTTAA  300

seq1  AACCAAGTGGTTTAATACCAGTGTGCGCATATGCGAGTGGGAAAGTACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGTGGTTTAATACCAGTGTGCGCATATGCGAGTGGGAAAGTACTT  350

seq1  GAGAAAACGGTTCTTCTGTTAGTGGCATAAAGAAGTATGTGTATACAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAACGGTTCTTCTGTTAGTGGCATAAAGAAGTATGTGTATACAGAC  400

seq1  ACAAATGAATTCATGAATATTCTTGTTTCTAATTTTGTAATGATTTAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGAATTCATGAATATTCTTGTTTCTAATTTTGTAATGATTTAAGT  450

seq1  GTCCCTTACTAATACTTCTAAATGTTGTTTCTAAACAACTTATATATAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTACTAATACTTCTAAATGTTGTTTCTAAACAACTTATATATAAT  500

seq1  AAATTTCACTTTCCTGAGACAGATTAATTTTTTTCCAAATTTTTAAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCACTTTCCTGAGACAGATTAATTTTTTTCCAAATTTTTAAAAAT  550

seq1  GTATTGGTTCTTGTGAATTTCACATCATGCACCCCGGCCCACTCATCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGTTCTTGTGAATTTCACATCATGCACCCCGGCCCACTCATCTCT  600

seq1  CCCTGCCCTGGTACCCCCCCTCCACCCTTGCAATCTGGCCCCTAACAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCCCTGGTACCCCCCCTCCACCCTTGCAATCTGGCCCCTAACAGAG  650

seq1  AAAAACAAAAATCGCATTGTGGGAGCCTCTGGTGTGAGGCCTCTGGCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAAATCGCATTGTGGGAGCCTCTGGTGTGAGGCCTCTGGCTTC  700

seq1  TGCTATTCTATCAGTACTGGGTCCTCTCTGGGACTCCTCTTGGATATCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTCTATCAGTACTGGGTCCTCTCTGGGACTCCTCTTGGATATCCT  750

seq1  GTTGTTGCCTTGTAACATGGAGAATCTGCAGCTTTGGATCTGTAGAACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGCCTTGTAACATGGAGAATCTGCAGCTTTGGATCTGTAGAACCA  800

seq1  GTCTCTTCCTGCACTCCAGCAGTTCATTGATGAAGAAAATGTTGGGGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTCCTGCACTCCAGCAGTTCATTGATGAAGAAAATGTTGGGGTGA  850

seq1  GCCAATTCAAAAGCTTGGATCTGGGCCAGAGGGGTACCTGAGCTAGTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTCAAAAGCTTGGATCTGGGCCAGAGGGGTACCTGAGCTAGTCAG  900

seq1  CCCTCCAGCCCTTCTGCTCTTCTGCCTTCAGTGGTGGCTCCCCAGCAAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCCTCCAGCCCTTCTGCTCTTCTGCCTTCAGTGGTGGCTCCCCAGC-AAT  949

seq1  CCTGCAAACAGGGCTAGCTTTACCCTGCTGCCCAGGGGAGGTACAGAGCC  1000
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCTGC-AACAGGGCTAGCTTTACCCTGCTGCCCAGGGGAGGTACAGAG-C  997

seq1  TGCTCTCTCAGTGTTGCAGCTAG  1023
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTCAGTGTTGCAGCTAG  1020


seq1: chr13_106154950_106155998
seq2: B6Ng01-202F07.g_64_1103 (reverse)

seq1  TGCTGCTGGAAGCCTGATATGGCTGTATCCTGAGAGGTTCTTCCAGAGAC  50
      ||||||| |||||   |||||||||||| |||||||  || |||||||||
seq2  TGCTGCT-GAAGCTGAATATGGCTGTAT-CTGAGAG--TC-TCCAGAGAC  45

seq1  AGACATATACTGAGGTACAGAGGTGGAACCTTGCAGCCAG-ACGGACTGA  99
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  AGACATATACTGAGGTACAGAGGTGGAA-CTTGCAGCCAGAACGGACTGA  94

seq1  GCTCAGGGGTCCCTGATGGAGGAGTTGAAGAAGGGACTGAAGGAGCTGAA  149
      ||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCA-GGGTCCCTGATG--AGAGTTGAAGAAGGGACTGAAGGAGCTGAA  141

seq1  GGGGTTTACAGCCCTATGGAGGAAGCAACAGTGTCAATAGGCCAGAACCC  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTACAGCCCTATGGAGGAAGC-ACAGTGTCAATAGGCCAGAACCC  190

seq1  CCAGAGCTCCCTGGACTGGACCATCGACCAAAGAATATACATGGAGGGAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCTCCCTGGACTGGACCATCGACCAAAGAATATACATGGAGGGAC  240

seq1  CCATGGTGCTGGCCGCATATGTGGCAGAGGATGATCTTGTTGGACATCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTGCTGGCCGCATATGTGGCAGAGGATGATCTTGTTGGACATCAG  290

seq1  TGGGAGCAGAGGCCCTTGTTCCTGTGGGTGTTCGATGCCCCAGTATAGGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCAGAGGCCCTTGTTCCTGTGGGTGTTCGATGCCCCAGTATAGGG  340

seq1  GAATGCCAGGACAGGAGTGGGTGGGTGGGGGATCACCCTCATAGAGGCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCAGGACAGGAGTGGGTGGGTGGGGGATCACCCTCATAGAGGCAG  390

seq1  GGGGAGGGGATGGGATAGGGGGTTCCTGAAGGGGAGACCTGGAAAGGGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGGGATGGGATAGGGGGTTCCTGAAGGGGAGACCTGGAAAGGGGA  440

seq1  AAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATTCAATAAGAAATAAATCTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATTCAATAAGAAATAAATCTAT  490

seq1  GAAAGCATAAACCTTCAATGAAACTAATATAGACATTAAAAACATAAAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATAAACCTTCAATGAAACTAATATAGACATTAAAAACATAAAAA  540

seq1  TCATCTTCTGAATTTTGCTTTTATCAAATAATTTGTTGGCAATAAATTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTCTGAATTTTGCTTTTATCAAATAATTTGTTGGCAATAAATTAA  590

seq1  AGAAACGAATGGACAATAAGGTCTGACTCCTTTGGATGTACTGCTAAGCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACGAATGGACAATAAGGTCTGACTCCTTTGGATGTACTGCTAAGCC  640

seq1  CATGCACACGAGGTGGGAGAAAGTCCCACAAGACTCAGGCAAGTGTTACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACACGAGGTGGGAGAAAGTCCCACAAGACTCAGGCAAGTGTTACC  690

seq1  TGTGAGTTTTAGGAGCAGAATTCTTGGAATCATGAGACATTCGGTCCAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTTTAGGAGCAGAATTCTTGGAATCATGAGACATTCGGTCCAAA  740

seq1  GGCAAAGCTTTAGTGATGTGACTTGTAATTTACTCTAAATAAAAGAGCCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCTTTAGTGATGTGACTTGTAATTTACTCTAAATAAAAGAGCCA  790

seq1  GAAATGCTTAGTAATGCTCTCTGTAGTAGGACTTCAGCATAGTACTATGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTTAGTAATGCTCTCTGTAGTAGGACTTCAGCATAGTACTATGA  840

seq1  CCATTAATCACGGATGATGTCAGGATCCGTGCTCACTTTGAGTGATATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAATCACGGATGATGTCAGGATCCGTGCTCACTTTGAGTGATATCT  890

seq1  AGCACAAGAAAAAACTGTGTAAATGGTCAGGGTACAGAACCAGTTCTTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAAGAAAAAACTGTGTAAATGGTCAGGGTACAGAACCAGTTCTTCT  940

seq1  TTTTGGGCTACATGAACTGTGGTATTAGAGATATTCATGGTAGTAAAGAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGCTACATGAACTGTGGTATTAGAGATATTCATGGTAGTAAAGAT  990

seq1  AGAACTTGACAGTTCTAATAGAAGAATGTCAGGGGAAAGCCCTAGAATTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTGACAGTTCTAATAGAAGAATGTCAGGGGAAAGCCCTAGAATTC  1040


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |