BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205O12
Chromosome13 (Build37)
Map Location 43,969,082 - 44,100,555
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039432
Upstream genePhactr1, Tbc1d7, Gfod1, Sirt5, Nol7, Ranbp9, LOC637627, Ccdc90a, Rnf182, LOC100039403, Cd83
Downstream geneA730030A06, EG637868, EG667157, Jarid2, Dtnbp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205O12.bB6Ng01-205O12.g
ACCGA025460GA025461
length1,0831,118
definitionB6Ng01-205O12.b B6Ng01-205O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,969,082 - 43,970,153)(44,099,444 - 44,100,555)
sequence
gaattccactggtcctcaacttagactgcattagtcacctttcagaccga
cctgaaaacaaagtctgccaggggaagaaatcatggccccaaccccaccc
gccaaagaggactccacctcatctttacctaggaagcaagagcatgttca
gggctcctgtgggtgtcatcagttgcactttttattagttggagcttttg
ttaaactcagagtccatgaggcattgtacagtactgcagatcagaaactt
cacactccttcctgctggttttctacccagggcaagagtgatggtcctca
aggtgctacaaaaatccctttaaaaagtcatgttcacttctcaatataaa
aagctcttcctgagctggtgtgccccccactcacgccatccttccagagc
cttggaagtctcttctgttaaggtccctagacacctatatcctagtgttt
gttactggctcctggagaaagagagaatgtcttttcttctttgtcaacct
gaccacgtagtaaagctattacctattaactattagtaattaattgaggc
tagctacatgagctccatgtctgtataaatttatatgtaaacatgtacgg
gttattggcagagaaatgcaattagaccctggtagaagaagaaattagaa
caatcctcttaagtcttcaataggaccctccaagaggacgaaagacctgt
cggccacttggagaaatggggtatattgcgtagaaccatgcaaagcacat
cttgcctttgcctttccgaaaagggaagggaactcctaaggggtatcctc
agctcccgggaactctgcatgtacacatcctgaaatcgccttttacaacc
tttctctgcctggtgtcttacagtcagggccatgtgtgtgctgttttcaa
caaggcttttttttagactatttccggcaagagaatcaaatagttctgag
catcctgtaggtttttctattgctacataccaagtcaaccccaaacagag
atttttatacaagcctttatcacagtttttgatagtcatgatcacagtgt
cgtgggtcaggtcagaatgttttttgggggggg
gaattcattagctgtcagttcatctgagcaaacctttggagggggcaggg
atagcacttcctcctcagcccacagtagaatgagtcctggaagggagaag
acaggctcctgggatgatccagaggtccacacagcatcttcatggtgact
tctgacccaggcaatctctgaagaggaggggcatgaagcaagaaggcctg
agctccacactggattgctgcaacagcagcagcataggaagcacgaagca
gcacttccaagtagcaggcagccccctcgatgcccacgtggagatcagag
acaaggaagtggtgtgtgtggatgatccacttggcacttcttatcaggtg
acatctctcttcatttgagaggtctgacttttccttagtgagcagccaga
ctttcaaaaatccacaaggactgagaggtggctcagaggttaagagcact
cgctgttctttcagaaggacccgagtttggttctcaccatacacatcagg
ttgtccacaatgacctgtaactccagctccaggcgattggatgacttctt
ctggcctccacaatcaacacacagacagacagacaaacagacagacaggc
acacaacacatgcatatagtaatgaaattaaaaacctcatctaataagtg
ctgcaggtgcactgtaattgattgagtcttaccatgcacaaagtcccagc
tttgcataatctgtgtacggccgtgcatgcctgtaattccagcagtattc
agaagtggaggcaggaggatcaaaagtgtaagtcttccttggctatatgt
atctatatcagattggagaccagactgaaatatatgagaccacaactcaa
aaaaaaatcatctaataagttttaaaatgcatgggtcatgtaaattaaat
ggtcttgtctccttaatgttgtttaggattccgtttttcaagttgtgttg
aaagttagttgattttagtgcaagagacagttcagttgacgaagtgcttt
gcataaagacacagggtctaacatcagattccccagttactccacttaag
agcttggtgtgtagcacttgcctctggatgcactagggaaacagaaggaa
gaacatcccggaaggctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_43969082_43970153
seq2: B6Ng01-205O12.b_47_1129

seq1  GAATTCCACTGGTCCTCAACTTAGACTGCATTAGTCACCTTTCAGACCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGGTCCTCAACTTAGACTGCATTAGTCACCTTTCAGACCGA  50

seq1  CCTGAAAACAAAGTCTGCCAGGGGAAGAAATCATGGCCCCAACCCCACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAACAAAGTCTGCCAGGGGAAGAAATCATGGCCCCAACCCCACCC  100

seq1  GCCAAAGAGGACTCCACCTCATCTTTACCTAGGAAGCAAGAGCATGTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGAGGACTCCACCTCATCTTTACCTAGGAAGCAAGAGCATGTTCA  150

seq1  GGGCTCCTGTGGGTGTCATCAGTTGCACTTTTTATTAGTTGGAGCTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCTGTGGGTGTCATCAGTTGCACTTTTTATTAGTTGGAGCTTTTG  200

seq1  TTAAACTCAGAGTCCATGAGGCATTGTACAGTACTGCAGATCAGAAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTCAGAGTCCATGAGGCATTGTACAGTACTGCAGATCAGAAACTT  250

seq1  CACACTCCTTCCTGCTGGTTTTCTACCCAGGGCAAGAGTGATGGTCCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCCTTCCTGCTGGTTTTCTACCCAGGGCAAGAGTGATGGTCCTCA  300

seq1  AGGTGCTACAAAAATCCCTTTAAAAAGTCATGTTCACTTCTCAATATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTACAAAAATCCCTTTAAAAAGTCATGTTCACTTCTCAATATAAA  350

seq1  AAGCTCTTCCTGAGCTGGTGTGCCCCCCACTCACGCCATCCTTCCAGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTTCCTGAGCTGGTGTGCCCCCCACTCACGCCATCCTTCCAGAGC  400

seq1  CTTGGAAGTCTCTTCTGTTAAGGTCCCTAGACACCTATATCCTAGTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGTCTCTTCTGTTAAGGTCCCTAGACACCTATATCCTAGTGTTT  450

seq1  GTTACTGGCTCCTGGAGAAAGAGAGAATGTCTTTTCTTCTTTGTCAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGGCTCCTGGAGAAAGAGAGAATGTCTTTTCTTCTTTGTCAACCT  500

seq1  GACCACGTAGTAAAGCTATTACCTATTAACTATTAGTAATTAATTGAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACGTAGTAAAGCTATTACCTATTAACTATTAGTAATTAATTGAGGC  550

seq1  TAGCTACATGAGCTCCATGTCTGTATAAATTTATATGTAAACATGTACGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACATGAGCTCCATGTCTGTATAAATTTATATGTAAACATGTACGG  600

seq1  GTTATTGGCAGAGAAATGCAATTAGACCCTGGTAGAAGAAGAAATTAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGGCAGAGAAATGCAATTAGACCCTGGTAGAAGAAGAAATTAGAA  650

seq1  CAATCCTCTTAAGTCTTCAATAGGACCCTCCAAGAGGACGAAAGACCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTCTTAAGTCTTCAATAGGACCCTCCAAGAGGACGAAAGACCTGT  700

seq1  CGGCCACTTGGAGAAATGGGGTATATTGCGTAGAACCATGCAAAGCACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCACTTGGAGAAATGGGGTATATTGCGTAGAACCATGCAAAGCACAT  750

seq1  CTTGCCTTTGCCTTTCCGAAAAGGGAAGGGAACTCCTAAGGGGTATCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTTTGCCTTTCCGAAAAGGGAAGGGAACTCCTAAGGGGTATCCTC  800

seq1  AGCTCCCGGGAACTCTGCATGTACACATCCTGAAATCGCC-TTTACAACC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCTCCCGGGAACTCTGCATGTACACATCCTGAAATCGCCTTTTACAACC  850

seq1  -TTCTCTGCCTGGTGTC-TACAGTCAGGGCCATGTGTGTGCTG-TTTCAA  896
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTCTCTGCCTGGTGTCTTACAGTCAGGGCCATGTGTGTGCTGTTTTCAA  900

seq1  CAAGGC-TTTTTTTAGACCA-TTCCGGCAAGAGAATCAAATAG-TCTGAG  943
      |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAAGGCTTTTTTTTAGACTATTTCCGGCAAGAGAATCAAATAGTTCTGAG  950

seq1  CA-CCTGTAGG-TTTTCTATTGCTACATACCAAGTCAACCCCAAACAGAG  991
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTAGGTTTTTCTATTGCTACATACCAAGTCAACCCCAAACAGAG  1000

seq1  A-TTTTATACAAGCCTTTATCACAGTTTTTGATAGTCATGATCACAGTGG  1040
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATTTTTATACAAGCCTTTATCACAGTTTTTGATAGTCATGATCACAGT-G  1049

seq1  TCGTGGGTCAGGGTCAGA---TGTTTTGGGGGGGG  1072
      |||||||||| |||||||   | ||||||||||||
seq2  TCGTGGGTCA-GGTCAGAATGTTTTTTGGGGGGGG  1083

seq1: chr13_44099444_44100555
seq2: B6Ng01-205O12.g_69_1185 (reverse)

seq1  AGCC-TCCGGGATGTTCTTCCTTCTGTTTCCCTAGTGCATCCAGAGGCAA  49
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCCGGGATGTTCTTCCTTCTGTTTCCCTAGTGCATCCAGAGGCAA  50

seq1  GTGCTACCACACCCAGCTTCTTAGGT-GAGT-ACTGGGG-ATCTGATGTT  96
      |||||| |||||| ||| ||||| || |||| ||||||| ||||||||||
seq2  GTGCTA-CACACCAAGC-TCTTAAGTGGAGTAACTGGGGAATCTGATGTT  98

seq1  AGACCCTGTGTCTTTATGGCAAGCACTTCGTCAACTGAACTGTCTCTTGC  146
      ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGTGTCTTTATGCAAAGCACTTCGTCAACTGAACTGTCTCTTGC  148

seq1  ACTAAAATC-ACTAACTTTCAACAC-ACTTGAAAAACGGAATCCTAAACA  194
      ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAATCAACTAACTTTCAACACAACTTGAAAAACGGAATCCTAAACA  198

seq1  ACATTAAGGAGACAAGACCA-TTAATTTACATGA-CCATGCATTTTAAAA  242
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACATTAAGGAGACAAGACCATTTAATTTACATGACCCATGCATTTTAAAA  248

seq1  CTTATTAGATGATTTTTTTTTGAGTTGTGGTCTCATATATTTCAGTCTGG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAGATGATTTTTTTTTGAGTTGTGGTCTCATATATTTCAGTCTGG  298

seq1  TCTCCAATCTGATATAGATACATATAGCCAAGGAAGACTTACACTTTTGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAATCTGATATAGATACATATAGCCAAGGAAGACTTACACTTTTGA  348

seq1  TCCTCCTGCCTCCACTTCCTGAATACTGCTGGAATTACAGGCATGCACGG  392
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGCCTCCACTT-CTGAATACTGCTGGAATTACAGGCATGCACGG  397

seq1  CCGTACACAGATTATGCAAAGCTGGGACTTTGTGCATGGTAAGACTCAAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTACACAGATTATGCAAAGCTGGGACTTTGTGCATGGTAAGACTCAAT  447

seq1  CAATTACAGTGCACCTGCAGCACTTATTAGATGAGGTTTTTAATTTCATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTACAGTGCACCTGCAGCACTTATTAGATGAGGTTTTTAATTTCATT  497

seq1  ACTATATGCATGTGTTGTGTGCCTGTCTGTCTGTTTGTCTGTCTGTCTGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATGCATGTGTTGTGTGCCTGTCTGTCTGTTTGTCTGTCTGTCTGT  547

seq1  GTGTTGATTGTGGAGGCCAGAAGAAGTCATCCAATCGCCTGGAGCTGGAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGATTGTGGAGGCCAGAAGAAGTCATCCAATCGCCTGGAGCTGGAG  597

seq1  TTACAGGTCATTGTGGACAACCTGATGTGTATGGTGAGAACCAAACTCGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGTCATTGTGGACAACCTGATGTGTATGGTGAGAACCAAACTCGG  647

seq1  GTCCTTCTGAAAGAACAGCGAGTGCTCTTAACCTCTGAGCCACCTCTCAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTCTGAAAGAACAGCGAGTGCTCTTAACCTCTGAGCCACCTCTCAG  697

seq1  TCCTTGTGGATTTTTGAAAGTCTGGCTGCTCACTAAGGAAAAGTCAGACC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTGGATTTTTGAAAGTCTGGCTGCTCACTAAGGAAAAGTCAGACC  747

seq1  TCTCAAATGAAGAGAGATGTCACCTGATAAGAAGTGCCAAGTGGATCATC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAATGAAGAGAGATGTCACCTGATAAGAAGTGCCAAGTGGATCATC  797

seq1  CACACACACCACTTCCTTGTCTCTGATCTCCACGTGGGCATCGAGGGGGC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACCACTTCCTTGTCTCTGATCTCCACGTGGGCATCGAGGGGGC  847

seq1  TGCCTGCTACTTGGAAGTGCTGCTTCGTGCTTCCTATGCTGCTGCTGTTG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTACTTGGAAGTGCTGCTTCGTGCTTCCTATGCTGCTGCTGTTG  897

seq1  CAGCAATCCAGTGTGGAGCTCAGGCCTTCTTGCTTCATGCCCCTCCTCTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATCCAGTGTGGAGCTCAGGCCTTCTTGCTTCATGCCCCTCCTCTT  947

seq1  CAGAGATTGCCTGGGTCAGAAGTCACCATGAAGATGCTGTGTGGACCTCT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTGCCTGGGTCAGAAGTCACCATGAAGATGCTGTGTGGACCTCT  997

seq1  GGATCATCCCAGGAGCCTGTCTTCTCCCTTCCAGGACTCATTCTACTGTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATCCCAGGAGCCTGTCTTCTCCCTTCCAGGACTCATTCTACTGTG  1047

seq1  GGCTGAGGAGGAAGTGCTATCCCTGCCCCCTCCAAAGGTTTGCTCAGATG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGGAGGAAGTGCTATCCCTGCCCCCTCCAAAGGTTTGCTCAGATG  1097

seq1  AACTGACAGCTAATGAATTC  1112
      ||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACAGCTAATGAATTC  1117