BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213J22
Chromosome13 (Build37)
Map Location 60,019,589 - 60,149,386
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNtrk2, LOC100041533, Agtpbp1, Mak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6
Downstream geneLOC100041267, Gas1, EG328264, Dapk1, LOC218274, BC051665, 2310051M13Rik, 4930486L24Rik, Tpbpb, Ctla2a, Tpbpa, Ctsj, Ctsq
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213J22.bB6Ng01-213J22.g
ACCGA031090GA031091
length1,162810
definitionB6Ng01-213J22.b B6Ng01-213J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,148,226 - 60,149,386)(60,019,589 - 60,020,396)
sequence
gaattccttctccctcctctctcttccctcgcacttgtggcacagagcca
cacttccatgggagccaggctcacccatcccagaaaagcatcagaccaga
gttaaacaagataacaaaaggaaagggagccgaattccctcacagctctg
gaggctgccagaaaggtgtgggaaggtccatgttcccatgcacactccag
ggagggtctgtctgtctccctggctgtggcagcattaccctggtctctgc
ctatgtcttcaactcccctctcatgtatgcctcaatcatctttctcttat
gaagacagctgtccctgaattggagcccaccggggaatctttttcaacct
ctttaactgattgcagctgcaatgaccccttttccaataaagggacagga
gtctacagatccaaaagtccaagagattggccacaagtctttcctgaagc
caccattcaccaaataactgccacagcacacagaaaaacaaccagcaata
acatacattgtagacataacataacatgccagacttgctatgtaggcccc
tcgagtacatagattaaaataactttcccatttgagttacatattccctc
tgtgcttggtactccagggtaggtaatagtggcctctaaagcatagtccc
ctctgccccactcaaaaccaactgtgatgtcacccttgctccaccaaggt
agccaggtagtcctctgagtgagccacattgccacattgcagtgagtagc
ctctcattcatgcccctgcctgaggaagctgtgctcaggcacagttacca
caggtagccagtgtgtagaggagagggcatggtaaaggcagcgggttttg
cctgtcaccagggcagcaatgggaccaggtaccatgtcgacacagccagt
tgcaagactcattaatgacaatttatctgtctggcttcttttatgtgtct
cgcttaacagtggcattagtcccagagtctgggataagaggacagtgtat
aaaactgttttttgcccagctccatgctgtagtgggcactcacagttgca
cagaagaatccttggtatccccttgcaaggctgcatggggaggtggggca
gtactgaggcagagtgtcctatggctggttagcaactactctggtgctgt
cattttataata
gaattcattggaaatcagatcttatgggggtcttggttctgatgacgaca
ctaactccacctgatcagatttccttttggtctggttggttgctaagccc
cttgttctgccgatcccctcagaccaaatcgaggggggacgtttcatggc
taatccttgaacattaaccagctgtgtgcataaaggcctttccattgagt
gttagcagtgggatttttggatggttctgaggcaatttgtaaggagtctg
gaagagcttgcttatgacttaaatacagagaaacctccaagaatctttcc
aagttccccaaggaaaacacaatctcagtttatcttctcatggttgtagt
ggatattttccttgaagagtcatcagtgtcactgttggtcaccttacagg
gacaaagaatgtatgggaaggaagactgttctccagttggttggaacaga
ctttgattgctgcttctagggttctctggtttttctgttgtcttaaccac
catacagtgtgagttaaatacaaagctgtaattaaattcaaacccttttt
tgagggacaatttgggcaactcttcgtataaacagaagcaggaggtgctg
gggtgcagagggctgtgggctgtgagcaggcccgggctgttttcctttcc
actgaaagttgttaggaatacttggtcttttattccagggggtgattaag
gtgtctgtatgtgtgcatgtgtgcatgtatgtgtgtgtgtacgtgtgccc
tgtgtatacacatgtacgtgtgtgcgcacatttatgtggtgtgcgcatgt
gtgtatgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_60148226_60149386
seq2: B6Ng01-213J22.b_46_1207 (reverse)

seq1  TATTATAAAATGACAGCA-CAGAGGTAGTTGCTAACAGGCCTTAGGACAC  49
      |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||||||| 
seq2  TATTATAAAATGACAGCACCAGA-GTAGTTGCTAACCAGCCATAGGACA-  48

seq1  CTCTGCCCTCAGTACTCGCCCA-CTCCCCATGCAGCCTTGCAGGGGGATA  98
      ||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTCTG-CCTCAGTACTGCCCCACCTCCCCATGCAGCCTTGCAAGGGGATA  97

seq1  CC-AGGA-TCTTCTGTGCCACTGTGAGTGCCCACTACAGCATGGAGCTGG  146
      || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGATTCTTCTGTGCAACTGTGAGTGCCCACTACAGCATGGAGCTGG  147

seq1  GC-AAAAACAGTTTTTATACACTGTCCTCCTATCCCAGACTCTGGGACTA  195
      || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAACAG-TTTTATACACTGTCCTCTTATCCCAGACTCTGGGACTA  196

seq1  ATGCCACTGTTAAGCGAGACACATAAAAGAAGCCAGACAGATAAATTGTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACTGTTAAGCGAGACACATAAAAGAAGCCAGACAGATAAATTGTC  246

seq1  ATTAATGAGTCTTGCAACTGGCTGTGTCGACATGGTACCTGGTCCCATTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGAGTCTTGCAACTGGCTGTGTCGACATGGTACCTGGTCCCATTG  296

seq1  CTGCCCTGGTGACAGGCAAAACCCGCTGCCTTTACCATGCCCTCTCCTCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTGGTGACAGGCAAAACCCGCTGCCTTTACCATGCCCTCTCCTCT  346

seq1  ACACACTGGCTACCTGTGGTAACTGTGCCTGAGCACAGCTTCCTCAGGCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGGCTACCTGTGGTAACTGTGCCTGAGCACAGCTTCCTCAGGCA  396

seq1  GGGGCATGAATGAGAGGCTACTCACTGCAATGTGGCAATGTGGCTCACTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATGAATGAGAGGCTACTCACTGCAATGTGGCAATGTGGCTCACTC  446

seq1  AGAGGACTACCTGGCTACCTTGGTGGAGCAAGGGTGACATCACAGTTGGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACTACCTGGCTACCTTGGTGGAGCAAGGGTGACATCACAGTTGGT  496

seq1  TTTGAGTGGGGCAGAGGGGACTATGCTTTAGAGGCCACTATTACCTACCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTGGGGCAGAGGGGACTATGCTTTAGAGGCCACTATTACCTACCC  546

seq1  TGGAGTACCAAGCACAGAGGGAATATGTAACTCAAATGGGAAAGTTATTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTACCAAGCACAGAGGGAATATGTAACTCAAATGGGAAAGTTATTT  596

seq1  TAATCTATGTACTCGAGGGGCCTACATAGCAAGTCTGGCATGTTATGTTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTATGTACTCGAGGGGCCTACATAGCAAGTCTGGCATGTTATGTTA  646

seq1  TGTCTACAATGTATGTTATTGCTGGTTGTTTTTCTGTGTGCTGTGGCAGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACAATGTATGTTATTGCTGGTTGTTTTTCTGTGTGCTGTGGCAGT  696

seq1  TATTTGGTGAATGGTGGCTTCAGGAAAGACTTGTGGCCAATCTCTTGGAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGTGAATGGTGGCTTCAGGAAAGACTTGTGGCCAATCTCTTGGAC  746

seq1  TTTTGGATCTGTAGACTCCTGTCCCTTTATTGGAAAAGGGGTCATTGCAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGATCTGTAGACTCCTGTCCCTTTATTGGAAAAGGGGTCATTGCAG  796

seq1  CTGCAATCAGTTAAAGAGGTTGAAAAAGATTCCCCGGTGGGCTCCAATTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATCAGTTAAAGAGGTTGAAAAAGATTCCCCGGTGGGCTCCAATTC  846

seq1  AGGGACAGCTGTCTTCATAAGAGAAAGATGATTGAGGCATACATGAGAGG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAGCTGTCTTCATAAGAGAAAGATGATTGAGGCATACATGAGAGG  896

seq1  GGAGTTGAAGACATAGGCAGAGACCAGGGTAATGCTGCCACAGCCAGGGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGAAGACATAGGCAGAGACCAGGGTAATGCTGCCACAGCCAGGGA  946

seq1  GACAGACAGACCCTCCCTGGAGTGTGCATGGGAACATGGACCTTCCCACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACAGACCCTCCCTGGAGTGTGCATGGGAACATGGACCTTCCCACA  996

seq1  CCTTTCTGGCAGCCTCCAGAGCTGTGAGGGAATTCGGCTCCCTTTCCTTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTGGCAGCCTCCAGAGCTGTGAGGGAATTCGGCTCCCTTTCCTTT  1046

seq1  TGTTATCTTGTTTAACTCTGGTCTGATGCTTTTCTGGGATGGGTGAGCCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCTTGTTTAACTCTGGTCTGATGCTTTTCTGGGATGGGTGAGCCT  1096

seq1  GGCTCCCATGGAAGTGTGGCTCTGTGCCACAAGTGCGAGGGAAGAGAGAG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCATGGAAGTGTGGCTCTGTGCCACAAGTGCGAGGGAAGAGAGAG  1146

seq1  GAGGGAGAAGGAATTC  1161
      ||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGAAGGAATTC  1162

seq1: chr13_60019589_60020396
seq2: B6Ng01-213J22.g_68_877

seq1  GAATTCATTGGAAATCAGATCTTATGGGGGTCTTGGTTCTGATGACGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGAAATCAGATCTTATGGGGGTCTTGGTTCTGATGACGACA  50

seq1  CTAACTCCACCTGATCAGATTTCCTTTTGGTCTGGTTGGTTGCTAAGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCCACCTGATCAGATTTCCTTTTGGTCTGGTTGGTTGCTAAGCCC  100

seq1  CTTGTTCTGCCGATCCCCTCAGACCAAATCGAGGGGGGACGTTTCATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCTGCCGATCCCCTCAGACCAAATCGAGGGGGGACGTTTCATGGC  150

seq1  TAATCCTTGAACATTAACCAGCTGTGTGCATAAAGGCCTTTCCATTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCTTGAACATTAACCAGCTGTGTGCATAAAGGCCTTTCCATTGAGT  200

seq1  GTTAGCAGTGGGATTTTTGGATGGTTCTGAGGCAATTTGTAAGGAGTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCAGTGGGATTTTTGGATGGTTCTGAGGCAATTTGTAAGGAGTCTG  250

seq1  GAAGAGCTTGCTTATGACTTAAATACAGAGAAACCTCCAAGAATCTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGCTTGCTTATGACTTAAATACAGAGAAACCTCCAAGAATCTTTCC  300

seq1  AAGTTCCCCAAGGAAAACACAATCTCAGTTTATCTTCTCATGGTTGTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCCCAAGGAAAACACAATCTCAGTTTATCTTCTCATGGTTGTAGT  350

seq1  GGATATTTTCCTTGAAGAGTCATCAGTGTCACTGTTGGTCACCTTACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTTTCCTTGAAGAGTCATCAGTGTCACTGTTGGTCACCTTACAGG  400

seq1  GACAAAGAATGTATGGGAAGGAAGACTGTTCTCCAGTTGGTTGGAACAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAGAATGTATGGGAAGGAAGACTGTTCTCCAGTTGGTTGGAACAGA  450

seq1  CTTTGATTGCTGCTTCTAGGGTTCTCTGGTTTTTCTGTTGTCTTAACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTGCTGCTTCTAGGGTTCTCTGGTTTTTCTGTTGTCTTAACCAC  500

seq1  CATACAGTGTGAGTTAAATACAAAGCTGTAATTAAATTCAAACCCTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGTGTGAGTTAAATACAAAGCTGTAATTAAATTCAAACCCTTTTT  550

seq1  TGAGGGACAATTTGGGCAACTCTTCGTATAAACAGAAGCAGGAGGTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGACAATTTGGGCAACTCTTCGTATAAACAGAAGCAGGAGGTGCTG  600

seq1  GGGTGCAGAGGGCTGTGGGCTGTGAGCAGGCCCGGGCTGTTTTCCTTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCAGAGGGCTGTGGGCTGTGAGCAGGCCCGGGCTGTTTTCCTTTCC  650

seq1  ACTGAAAGTTGTTAGGAATACTTGGTCTTTTATTCCAGGGGGTGATTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGTTGTTAGGAATACTTGGTCTTTTATTCCAGGGGGTGATTAAG  700

seq1  GTGTCTGTATGTGTGCATGTGTGCATGTATGTGTGTGTGTACGTGTG-CC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTCTGTATGTGTGCATGTGTGCATGTATGTGTGTGTGTACGTGTGCCC  750

seq1  TGTGTATACACATGTACGTGTGTGCGCACATTTATGT-GTGTGCGCATGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTGTATACACATGTACGTGTGTGCGCACATTTATGTGGTGTGCGCATGT  800

seq1  GTGTATGTGT  808
      ||||||||||
seq2  GTGTATGTGT  810