BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215E21
Chromosome13 (Build37)
Map Location 34,275,356 - 34,440,209
singlet/doubletdoublet
Overlap gene3110004L20Rik
Upstream geneSerpinb9d, Serpinb9e, Serpinb9f, OTTMUSG00000000724, Serpinb9g, LOC100041370, EG619715, LOC382743, OTTMUSG00000000712, LOC193403, Vmn2r-ps94, OTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1, Bphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik
Downstream geneLOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215E21.bB6Ng01-215E21.g
ACCGA032312GA032313
length1,222376
definitionB6Ng01-215E21.b B6Ng01-215E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,275,356 - 34,276,571)(34,439,828 - 34,440,209)
sequence
gaattcagacatgggagggagctttaagaataattaatattagaggtagt
caagaggttaggccccctgtgacagcaattttataaagcctttagaagga
gaggagaagcctgagctagcatatttactgggtcaccactatcttgatgc
cctgcactgtcttgggattctgcagaatccccattatctagggtcctcac
catgtacaaccccttaccttgaacctctcagcctccaggaccatagcgga
ataaactgtattctttataaattgtcaattactacaatggagagtggatc
gaggcactaaggaagttcagcctctgtattgggccctactctggttggtt
ccacctagtaaatcccataggtttgatatcccaagctactttcatcttgg
ctgtatctgaattcctgcaactttgagctcagatgggccaaagtcaaagt
gtgagtcatttatctctattcctctgccaagtgaggaacccttgagaaga
cacgtaacattttagcacccctcctttcgtgtctctatcttctctacttt
gacatgaaaacattccaggggctgaggtgctctgtaggtactaagaaaga
ggtacagtgttggggtgagaccatagtgttcaggtaatgggccagaaaac
tgcctggtccccagtccccaggcccaagggacagattgaggtggttttat
cttcagaaggaggaatacagtagcctgcctacctgtaagaacatcaggga
gaatatacagggatgtggacttcaggaacaaccaggtctttccacctatg
gtaagtggatttcaacaaagacacacaccatggggcaaagggcagctgta
caacaagcagtgttggtgcagcagggtagtttgagtgcaaacgaatgaag
gcagagccccctttcataaggcacaaaataaactgagtcccagaaaaaca
tcaaggaagattgttgtgactttggggtcacctgggatttcttacaaatg
cagtccacagccacagaagctgaccagctagacttaatcaaataataggt
ttttaaaaactcttcagaagacctatttcagaggtagaaggccacaacag
tcagggtcagatgcttccaaaggcctgcctcttgacaggaattgttctat
tgactcactggccttccaaacactttgagaaagctcctggagttaaggaa
cgaacaacctggtttggtgaga
ttaagttggctcagctgaacacttgcttgagagattaaacaaatatgaaa
agcttgcttaatgacttaagagtcaaggtaaagcctttgtagatcttaac
agaggacatcatcagatgatcacagctgggtgtactcagtcactccgcaa
ggacacactgagaatctcacatgtgcagatattgttatcacttccgggaa
cactgctgagcaagggaactactaggtgcttacattctggaggtggaagg
taaagccagtatgtaagtaagtaagtcaaacaacggctaacagcaaaggc
catccaaaaaatacggggtggggttgttgctagttgaaaacaaccaactt
ctgtatactagctggggggggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_34275356_34276571
seq2: B6Ng01-215E21.b_45_1266

seq1  GAATTCAGACATGGGAGGGAGCTTTAAGAATAATTAATATTAGAGGTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACATGGGAGGGAGCTTTAAGAATAATTAATATTAGAGGTAGT  50

seq1  CAAGAGGTTAGGCCCCCTGTGACAGCAATTTTATAAAGCCTTTAGAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGTTAGGCCCCCTGTGACAGCAATTTTATAAAGCCTTTAGAAGGA  100

seq1  GAGGAGAAGCCTGAGCTAGCATATTTACTGGGTCACCACTATCTTGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAAGCCTGAGCTAGCATATTTACTGGGTCACCACTATCTTGATGC  150

seq1  CCTGCACTGTCTTGGGATTCTGCAGAATCCCCATTATCTAGGGTCCTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACTGTCTTGGGATTCTGCAGAATCCCCATTATCTAGGGTCCTCAC  200

seq1  CATGTACAACCCCTTACCTTGAACCTCTCAGCCTCCAGGACCATAGCGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACAACCCCTTACCTTGAACCTCTCAGCCTCCAGGACCATAGCGGA  250

seq1  ATAAACTGTATTCTTTATAAATTGTCAATTACTACAATGGAGAGTGGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTGTATTCTTTATAAATTGTCAATTACTACAATGGAGAGTGGATC  300

seq1  GAGGCACTAAGGAAGTTCAGCCTCTGTATTGGGCCCTACTCTGGTTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACTAAGGAAGTTCAGCCTCTGTATTGGGCCCTACTCTGGTTGGTT  350

seq1  CCACCTAGTAAATCCCATAGGTTTGATATCCCAAGCTACTTTCATCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAGTAAATCCCATAGGTTTGATATCCCAAGCTACTTTCATCTTGG  400

seq1  CTGTATCTGAATTCCTGCAACTTTGAGCTCAGATGGGCCAAAGTCAAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTGAATTCCTGCAACTTTGAGCTCAGATGGGCCAAAGTCAAAGT  450

seq1  GTGAGTCATTTATCTCTATTCCTCTGCCAAGTGAGGAACCCTTGAGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCATTTATCTCTATTCCTCTGCCAAGTGAGGAACCCTTGAGAAGA  500

seq1  CACGTAACATTTTAGCACCCCTCCTTTCGTGTCTCTATCTTCTCTACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTAACATTTTAGCACCCCTCCTTTCGTGTCTCTATCTTCTCTACTTT  550

seq1  GACATGAAAACATTCCAGGGGCTGAGGTGCTCTGTAGGTACTAAGAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAAAACATTCCAGGGGCTGAGGTGCTCTGTAGGTACTAAGAAAGA  600

seq1  GGTACAGTGTTGGGGTGAGACCATAGTGTTCAGGTAATGGGCCAGAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGTGTTGGGGTGAGACCATAGTGTTCAGGTAATGGGCCAGAAAAC  650

seq1  TGCCTGGTCCCCAGTCCCCAGGCCCAAGGGACAGATTGAGGTGGTTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGTCCCCAGTCCCCAGGCCCAAGGGACAGATTGAGGTGGTTTTAT  700

seq1  CTTCAGAAGGAGGAATACAGTAGCCTGCCTACCTGTAAGAACATCAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAAGGAGGAATACAGTAGCCTGCCTACCTGTAAGAACATCAGGGA  750

seq1  GAATATACAGGGATGTGGACTTCAGGAACAACCAGGTCTTTCCACCTATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATACAGGGATGTGGACTTCAGGAACAACCAGGTCTTTCCACCTATG  800

seq1  GTAAGTGGATTTCAACAAAGACACACACCATGGGGCAAAGGGCAGCTGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGGATTTCAACAAAGACACACACCATGGGGCAAAGGGCAGCTGTA  850

seq1  CAACAAGCAGTGTTGGTGCAGCAGGGTAGTTTGAGTGCAAACGAATGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGCAGTGTTGGTGCAGCAGGGTAGTTTGAGTGCAAACGAATGAAG  900

seq1  GCAGAGCCCCC-TTCATAAGGCACAAAATAAACTGAGTCCCAG-AAAACA  948
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCAGAGCCCCCTTTCATAAGGCACAAAATAAACTGAGTCCCAGAAAAACA  950

seq1  TCAGGGAAGATTGTTGTGACTTT-GGGTCACCTGGGATTTCTTACAAATG  997
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAAGATTGTTGTGACTTTGGGGTCACCTGGGATTTCTTACAAATG  1000

seq1  CAG-CCACAG-CACAGAAGCTGACCAGCTAGACTTAATCAAAATTAATAG  1045
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  CAGTCCACAGCCACAGAAGCTGACCAGCTAGACTTAATCAAA--TAATAG  1048

seq1  GTTTTTAAAAAACCCTTCAGAAGACATAATTCAGAAGTAGAA-GCCAC-A  1093
      |||||| |||||| ||||||||||| || |||||| |||||| ||||| |
seq2  GTTTTT-AAAAACTCTTCAGAAGACCTATTTCAGAGGTAGAAGGCCACAA  1097

seq1  CAGCCAGGGGCAGATGCTTCCAAA-GCCTGCCTC-TGACAAAGGATATGT  1141
      ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||  |||
seq2  CAGTCAGGGTCAGATGCTTCCAAAGGCCTGCCTCTTGAC--AGGAATTGT  1145

seq1  CCTATTGAACTCAACTTGGCTTCAAAACACCTTTGAGAAAG--CCTGGAG  1189
       |||||| |||| ||| | |||| ||||| |||||||||||  |||||||
seq2  TCTATTG-ACTC-ACTGGCCTTCCAAACA-CTTTGAGAAAGCTCCTGGAG  1192

seq1  -TAAAGACAGAACAACATG--TTGGTGAGA  1216
       ||| ||  ||||||| ||  |||||||||
seq2  TTAAGGAACGAACAACCTGGTTTGGTGAGA  1222

seq1: chr13_34439828_34440209
seq2: B6Ng01-215E21.g_66_447 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCCAGCTAGTATACAGAAGTTGGTTGTTTTCAACTAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCAGCTAGTATACAGAAGTTGGTTGTTTTCAACTAGCAA  50

seq1  CAACCCCACCCCGTATTTTTTGGATGGCCTTTGCTGTTAGCCGTTGTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCACCCCGTATTTTTTGGATGGCCTTTGCTGTTAGCCGTTGTTTG  100

seq1  ACTTACTTACTTACATACTGGCTTTACCTTCCACCTCCAGAATGTAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTACTTACATACTGGCTTTACCTTCCACCTCCAGAATGTAAGCA  150

seq1  CCTAGTAGTTCCCTTGCTCAGCAGTGTTCCCGGAAGTGATAACAATATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTAGTTCCCTTGCTCAGCAGTGTTCCCGGAAGTGATAACAATATCT  200

seq1  GCACATGTGAGATTCTCAGTGTGTCCTTGCGGAGTGACTGAGTACACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGTGAGATTCTCAGTGTGTCCTTGCGGAGTGACTGAGTACACCCA  250

seq1  GCTGTGATCATCTGATGATGTCCTCTGTTAAGATCTACAAAGGCTTTACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGATCATCTGATGATGTCCTCTGTTAAGATCTACAAAGGCTTTACC  300

seq1  TTGACTCTTAAGTCATTAAGCAAGCTTTTCATATTTGTTTAATCTCTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCTTAAGTCATTAAGCAAGCTTTTCATATTTGTTTAATCTCTCAA  350

seq1  GCAAGTGTTCAGCTGAGCCAACTTAAGAATTC  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGTTCAGCTGAGCCAACTTAAGAATTC  382