BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215N16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 13,695,900 - 13,834,573
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLyst
Upstream geneEro1lb, LOC664862, EG238507, LOC100039744, EG630757, Prl2c3, LOC100039999, LOC100039754, Prl2c2, LOC434483, LOC674723, Prl2c5, LOC630611, LOC100039786, LOC385049, LOC630663, LOC100040108, Gpr137b, LOC664960, Nid1
Downstream geneLOC100039831, Gng4, EG665000, EG665008, LOC630894, LOC100040205, B3galnt2, Tbce, Ggps1, LOC100040243, Arid4b, LOC100039916, Hecw1, Mrpl32, Psma2, AW209491
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215N16.bB6Ng01-215N16.g
ACCGA032699GA032700
length1,0241,195
definitionB6Ng01-215N16.b B6Ng01-215N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,695,900 - 13,696,923)(13,833,348 - 13,834,573)
sequence
gaattccatctgtttggttttgggtctgtgcttctgttttggttagctac
taggtggccagatatctggaatgggggatgagacgaggaaagttataaga
tgtctatgggaatgactctagctgaaactcctagcggtgggagctatgga
gcctgatatgacctcctcctgtagtcaggtaggactcccagtggagagac
aaggacaccaacccattcacaaaaccttcaacccaaaatttgtcttgcct
atgaaaactgcaaggacaatgatggagcagagactgaggggatggccaaa
gtgactggtccaacttgagacccaatccatggacaaaaagaactaatcca
tggcactattttttttttttttttttggtttttcgagacagggtttctct
atatagccctggctgtcttggaactcactttgtagaccaggctggcctcg
aactcagaaatctgcctgcctctgcctcccgagtgctgggattaaaggca
tgcaccacctcgcccggctccctggcactattaatgatactctgttatgc
ttacagtcaggaacctagaatgactatcctcccagaggctccactcagct
gctgacaatatcaacttttaatcctaaggtttttttttttaaagataata
aactttgctaaggactttaagagtttgtgtagcacatttcttagtacttc
acagctaactgtggaacaggaaaagtcttttctaagttcatattagagcc
ttagcttgggaaagtttttaaaaaaaatttgcacatttaagtactttcta
tcaaagttaacattaagtgagttggtatttattgacttcttactgtttat
agcattgatgatattttttaaaaataagatctggattaaaaaaaatcctt
ttaacaaagatttaattaaatttaagttttgccctgcatgcatatctgtg
tacaacatgtatgcagtgcttgaagaaaccatgaagaagatgtcaaatct
ttggacagagttaacgatggtggt
gaattccaggacagcgaagactatgcagagaaaccctgtcttgaaaaacc
aaaaccaaccaaacaactacaacaacaacaaaaacaaaaaacactagctg
ctcttccagaggacctagattcaattctcagcactcacatggaggctcac
aattgtctgtaactccagtcctgggagattcaatgctcttctggcctctg
catgtactgcatgcatgtggtacagacacacatgtaggcagaacccccat
acccataaataaaacaataataaaagttattgttttatttacctttaact
aacaggctacaatcttttctatctacgcttttctgggtgtcttatttctc
cattaccgagtggtagtatggaagtgctcagcctgaatctgggtagacaa
agggaagcaagagcagccatttggctggcaaggctaggttagaaaaggta
ctttagcttctgtccccttctcttgggatacttgcctttggagccctgag
tagccaaatagtttgtgaggaagcccaaatcaacctccctgaagaacacc
tctgaaaaagcacagatcaacttaaggaaaggagcagtggatctaccact
cccctgccctatcagcccaagctctgaatgtaaccaaggacacttccttg
acttggacttgcaattaatagcaaatttattgttgctttgagtcactagg
tgttggggtgacttgtcataaagccataataggaatacacatgaagaact
acagacaaaacagaccgtggatgagctctaaactgagatccacatgtgtt
caccccaagctgcaggtgctgatatctgacgtatactttcatactagtac
tgcatactgtgcaccattggagccgcactgaagtgatttcgaatagccaa
catgatgaaacagctccagggcagctagcagattaagtgcattgataatt
caccaaatatcccaaagatagcaaacattctaaggtgttttgtctaaact
gacttacttaagatatatctcacatcatatattcttcagggtccacatga
aattagaagcaactcaagttaccccttcctagagttgctggaactccagt
cagaacaggaaggtagccagtctactcagcattgaagctattctgatgct
gacgtgtatctaggattactaaggagttttcttctttgcattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_13695900_13696923
seq2: B6Ng01-215N16.b_46_1069

seq1  GAATTCCATCTGTTTGGTTTTGGGTCTGTGCTTCTGTTTTGGTTAGCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTGTTTGGTTTTGGGTCTGTGCTTCTGTTTTGGTTAGCTAC  50

seq1  TAGGTGGCCAGATATCTGGAATGGGGGATGAGACGAGGAAAGTTATAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGCCAGATATCTGGAATGGGGGATGAGACGAGGAAAGTTATAAGA  100

seq1  TGTCTATGGGAATGACTCTAGCTGAAACTCCTAGCGGTGGGAGCTATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATGGGAATGACTCTAGCTGAAACTCCTAGCGGTGGGAGCTATGGA  150

seq1  GCCTGATATGACCTCCTCCTGTAGTCAGGTAGGACTCCCAGTGGAGAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATATGACCTCCTCCTGTAGTCAGGTAGGACTCCCAGTGGAGAGAC  200

seq1  AAGGACACCAACCCATTCACAAAACCTTCAACCCAAAATTTGTCTTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACACCAACCCATTCACAAAACCTTCAACCCAAAATTTGTCTTGCCT  250

seq1  ATGAAAACTGCAAGGACAATGATGGAGCAGAGACTGAGGGGATGGCCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACTGCAAGGACAATGATGGAGCAGAGACTGAGGGGATGGCCAAA  300

seq1  GTGACTGGTCCAACTTGAGACCCAATCCATGGACAAAAAGAACTAATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGGTCCAACTTGAGACCCAATCCATGGACAAAAAGAACTAATCCA  350

seq1  TGGCACTATTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTATTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCT  400

seq1  ATATAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCCCTGGCTGTCTTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCG  450

seq1  AACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCA  500

seq1  TGCACCACCTCGCCCGGCTCCCTGGCACTATTAATGATACTCTGTTATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCACCTCGCCCGGCTCCCTGGCACTATTAATGATACTCTGTTATGC  550

seq1  TTACAGTCAGGAACCTAGAATGACTATCCTCCCAGAGGCTCCACTCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGTCAGGAACCTAGAATGACTATCCTCCCAGAGGCTCCACTCAGCT  600

seq1  GCTGACAATATCAACTTTTAATCCTAAGGTTTTTTTTTTTAAAGATAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACAATATCAACTTTTAATCCTAAGGTTTTTTTTTTTAAAGATAATA  650

seq1  AACTTTGCTAAGGACTTTAAGAGTTTGTGTAGCACATTTCTTAGTACTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGCTAAGGACTTTAAGAGTTTGTGTAGCACATTTCTTAGTACTTC  700

seq1  ACAGCTAACTGTGGAACAGGAAAAGTCTTTTCTAAGTTCATATTAGAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAACTGTGGAACAGGAAAAGTCTTTTCTAAGTTCATATTAGAGCC  750

seq1  TTAGCTTGGGAAAGTTTTTAAAAAAAATTTGCACATTTAAGTACTTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTGGGAAAGTTTTTAAAAAAAATTTGCACATTTAAGTACTTTCTA  800

seq1  TCAAAGTTAACATTAAGTGAGTTGGTATTTATTGACTTCTTACTGTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTTAACATTAAGTGAGTTGGTATTTATTGACTTCTTACTGTTTAT  850

seq1  AGCATTGATGATATTTTTTAAAAATAAGATCTGGATTAAAAAAAATC--T  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  AGCATTGATGATATTTTTTAAAAATAAGATCTGGATTAAAAAAAATCCTT  900

seq1  TTAACAAAGATTTAATTAAATTTAAGTTTTG-CCTGCATGCATATCTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAAGATTTAATTAAATTTAAGTTTTGCCCTGCATGCATATCTGTG  950

seq1  TACAACATGTATGCAGTGCTTGAAGAAACCA-GAAGAAGATGTCAAATCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TACAACATGTATGCAGTGCTTGAAGAAACCATGAAGAAGATGTCAAAT-C  999

seq1  TTTGGAACAGGAGTTAACAGATGGTGGT  1024
      ||||| ||| |||||||| |||||||||
seq2  TTTGG-ACA-GAGTTAAC-GATGGTGGT  1024

seq1: chr13_13833348_13834573
seq2: B6Ng01-215N16.g_67_1261 (reverse)

seq1  AAAAAAGCAAAGAAGAAAAACTCTCTTAGTAAAATTCTCTAGTAATCAAC  50
      ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||   || ||||  ||  ||
seq2  AAAAATGCAAAGAAG-AAAACTC-CTTAGTAA---TC-CTAG--ATACAC  42

seq1  GTCAAAGGGCATTCTAGAGGATAGCCTCCAATGCTGTAGTAGACCTTGGC  100
      ||||    ||||     || |||| || |||||||| |||||||  ||||
seq2  GTCA----GCAT----CAGAATAG-CTTCAATGCTG-AGTAGAC--TGGC  80

seq1  TACCCTTTCCTGTTCCCTGACTGAAGGTCTCAGACAACTCT-GGGAGGGG  149
      ||||  ||||||||  ||||||| || || ||| ||||||| || |||||
seq2  TACC--TTCCTGTT--CTGACTGGAGTTC-CAG-CAACTCTAGGAAGGGG  124

seq1  TACTTTTGAGTTGCTTTCCTTAATTTCATGT-GACCCTTGAGAATATATG  198
      ||   |||||||||||    ||||||||||| ||||||  ||||||||||
seq2  TA-ACTTGAGTTGCTT---CTAATTTCATGTGGACCCTGAAGAATATATG  170

seq1  ATGTTGAGATATATCTTTAGGTAAGTCAGTTTTAGACAAAACACCTTAGA  248
      ||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATG-TGAGATATATC-TTAAGTAAGTCAG-TTTAGACAAAACACCTTAGA  217

seq1  ATGTTTGCTATCTTTGGGATATTTGGTGAATTATCAATGCACTTAATCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGCTATCTTTGGGATATTTGGTGAATTATCAATGCACTTAATCTG  267

seq1  CTAGCTGCCCTGGAGCTGTTTCATCATGTTGGCTATTCGAAATCACTTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGCCCTGGAGCTGTTTCATCATGTTGGCTATTCGAAATCACTTCA  317

seq1  GTGCGGCTCCAATGGTGCACAGTATGCAGTACTAGTATGAAAGTATACGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGGCTCCAATGGTGCACAGTATGCAGTACTAGTATGAAAGTATACGT  367

seq1  CAGATATCAGCACCTGCAGCTTGGGGTGAACACATGTGGATCTCAGTTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATCAGCACCTGCAGCTTGGGGTGAACACATGTGGATCTCAGTTTA  417

seq1  GAGCTCATCCACGGTCTGTTTTGTCTGTAGTTCTTCATGTGTATTCCTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCATCCACGGTCTGTTTTGTCTGTAGTTCTTCATGTGTATTCCTAT  467

seq1  TATGGCTTTATGACAAGTCACCCCAACACCTAGTGACTCAAAGCAACAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTTTATGACAAGTCACCCCAACACCTAGTGACTCAAAGCAACAAT  517

seq1  AAATTTGCTATTAATTGCAAGTCCAAGTCAAGGAAGTGTCCTTGGTTACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGCTATTAATTGCAAGTCCAAGTCAAGGAAGTGTCCTTGGTTACA  567

seq1  TTCAGAGCTTGGGCTGATAGGGCAGGGGAGTGGTAGATCCACTGCTCCTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGCTTGGGCTGATAGGGCAGGGGAGTGGTAGATCCACTGCTCCTT  617

seq1  TCCTTAAGTTGATCTGTGCTTTTTCAGAGGTGTTCTTCAGGGAGGTTGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAGTTGATCTGTGCTTTTTCAGAGGTGTTCTTCAGGGAGGTTGAT  667

seq1  TTGGGCTTCCTCACAAACTATTTGGCTACTCAGGGCTCCAAAGGCAAGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTCCTCACAAACTATTTGGCTACTCAGGGCTCCAAAGGCAAGTA  717

seq1  TCCCAAGAGAAGGGGACAGAAGCTAAAGTACCTTTTCTAACCTAGCCTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGAGAAGGGGACAGAAGCTAAAGTACCTTTTCTAACCTAGCCTTG  767

seq1  CCAGCCAAATGGCTGCTCTTGCTTCCCTTTGTCTACCCAGATTCAGGCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCAAATGGCTGCTCTTGCTTCCCTTTGTCTACCCAGATTCAGGCTG  817

seq1  AGCACTTCCATACTACCACTCGGTAATGGAGAAATAAGACACCCAGAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTCCATACTACCACTCGGTAATGGAGAAATAAGACACCCAGAAAA  867

seq1  GCGTAGATAGAAAAGATTGTAGCCTGTTAGTTAAAGGTAAATAAAACAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGATAGAAAAGATTGTAGCCTGTTAGTTAAAGGTAAATAAAACAAT  917

seq1  AACTTTTATTATTGTTTTATTTATGGGTATGGGGGTTCTGCCTACATGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTATTATTGTTTTATTTATGGGTATGGGGGTTCTGCCTACATGTG  967

seq1  TGTCTGTACCACATGCATGCAGTACATGCAGAGGCCAGAAGAGCATTGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTACCACATGCATGCAGTACATGCAGAGGCCAGAAGAGCATTGAA  1017

seq1  TCTCCCAGGACTGGAGTTACAGACAATTGTGAGCCTCCATGTGAGTGCTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAGGACTGGAGTTACAGACAATTGTGAGCCTCCATGTGAGTGCTG  1067

seq1  AGAATTGAATCTAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCTAGTGTTTTTTGTTTTTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGAATCTAGGTCCTCTGGAAGAGCAGCTAGTGTTTTTTGTTTTTG  1117

seq1  TTGTTGTTGTAGTTGTTTGGTTGGTTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGTAGTTGTTTGGTTGGTTTTGGTTTTTCAAGACAGGGTTTCT  1167

seq1  CTGCATAGTCTTCGCTGTCCTGGAATTC  1226
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATAGTCTTCGCTGTCCTGGAATTC  1195