BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217E02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 16,989,075 - 17,153,691
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5033411D12Rik
Upstream geneLOC665157, Inhba, LOC625181, LOC665191
Downstream gene2810021B07Rik, Cdc2l5, Rala, LOC434585, LOC382732, 1600012F09Rik, Vdac3-ps1, LOC625310
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217E02.bB6Ng01-217E02.g
ACCGA033718GA033719
length1,1821,173
definitionB6Ng01-217E02.b B6Ng01-217E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,152,505 - 17,153,691)(16,989,075 - 16,990,251)
sequence
gaattccaacaggctggctgtttataaaagaagaacatggagtctgcgtg
gatgattaagcagttaattcaaataagagatggggaggtcagatcatcag
aacaccgggtagacactgggtgggcttgctggactacctgtaactctagc
cttgaaagacagaattgggatactcagagcaagatatatcaagacaagaa
atgtaggtaagttttggtttgactgggtgagaccctgcttcaaagaataa
agtaaaaaaaacgacagaggatatgtgtacagacatatagtcacacactt
gaaaatagggatatatgcacacacatactgcgcacatataaacatgaaaa
gaagaaggaataattgatacaggaatagatttaaaaactgcacatggcat
tgtataaaaagatgtattggtgattttaaagagtagagtatagaaaatca
tactagtaatataaaagacagaagatggcgtgtgattattcaggagcttt
cttttgccatgcttagatacaatgtaggcacatggtataacactgagtta
tatccccagctttcgaaacaacatctattaaatctagtccatttgaaagg
tagagagcagtgtttgtgctctagaaccaggctgttttaataataaagat
gaaaggaaacctgttctcctgtcaaatacgaatatttaattatgtttctt
gagaatcttctaagagaactaaacataatttctaattcatagataaaata
catattgctgatgtgcatatatgttcacatgtgcagagcccattgagatt
tatagagtaaaatgagcctttaaatctgaatgtttggtttgactgtagac
ctgtgtccttatacctaggaaccccccagagtgctatatgaacaagtgaa
cacgccgtgtgctacggcagtcattgtcaacatgtgggtcacaatccccc
aagacttattggaaaacacagacgtttacatagcattaatgacaatacaa
aattacagttctagaataggaattcgtaactgtagcaacaaaaataattt
gtttccgcggtcagcacaacatggaggacttgtataattgatcaagaaat
taagaaggtagaacactgtgctatagggaaatggtgcgctgtatatagcg
attgatatgaatatgttttctttttgaatctg

gaattctaggaattcaaaaattatctagtaatatcttatttggacatttg
cattgtacaaggtttctccttgccccccagaccctatctatcactaataa
tattgtttctatggggaagtatatttaaggtttcacatgacaaccttcca
aaaaattctaagaaacaaacctatctgtaagtcttccagcacaaattgtt
tccaggcttgctctctctgacctaacctgctctcctatatccaacttctg
ggtggcccaggaaggctatcattcctctgagactacagcagccataagca
atgaagaaaagggaatgtgcctaggttataaagatggaataggagagagg
agaaggcagaattattcaccagacactgaaaactgtgtatgtcactgtat
ttgaagggttataggccatttgtcaaaagtgaatatgcaacttttagaga
ggagaggtgaatgtggacaagaaagtatagactggtgtgaggtaggcctg
ggcatactgtagagcttattagaagttatgagttaaaggtatatttaacc
ttcagaaaggtcacatcttctcaattctaaaattcagacaatgttgacat
ctctaagaatttgtgaaaattaaattactatgcaaatgtgaccagcagaa
tctctggtaaaggaaagtacaaaagaatgctacattctctgggttcctcc
agagaaatgaattaatatatttgtgaatgtctttgtgagcagctgatcaa
taactagtatttatttgctatttgaacaaatatacataagacattaaata
ttagatttttctgtcaagtgctaacttttatttagcaaaagaattcaaag
ataaatctctttatccccctcaccttgcaaatgtattaaaccccactttc
accacacctggtaaaactttagtttatacaagggtcatgctgcattctgg
accttgtgaccactccttcatcttcctttgtttctttgcatcaattcttt
taaattaggccaccaagaaagagtgtgatgtcagacccagttgataggga
agtcatgccttcactgtgttagaaataaaaatcaggtgtggccctttcct
gccaggtgacttggagaagcctcttggttgaccagcatgtgcaccctttc
tatttgtgccttaccattgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_17152505_17153691
seq2: B6Ng01-217E02.b_43_1224 (reverse)

seq1  CAGA-TCAAAAAGAAAACTATA-TCCTATCCACTGGCTATATTACA-AGC  47
      |||| ||||||||||||| ||| || ||| || | |||||| ||||  ||
seq2  CAGATTCAAAAAGAAAAC-ATATTCATAT-CAATCGCTATA-TACAGCGC  47

seq1  ACCACATTCCTATAGCACAGTGGTTCTTAACCTTCCTAATTCTGTGGTCC  97
      ||||  | ||||||||||||| |||||  |||||| |||||   || || 
seq2  ACCATTTCCCTATAGCACAGT-GTTCT--ACCTTCTTAATTTCTTGATCA  94

seq1  ATTAATACAGTTCCT-CATGTTGTGCTGACCGCCGAAAACCAAATTATTT  146
      ||| |||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||
seq2  ATT-ATACAAGTCCTCCATGTTGTGCTGACCGCGGAAA--CAAATTATTT  141

seq1  TTGTTGCTACAGTTACGAATTCCTATTCTAGAACTGTAATTTTGTTATTG  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGTTGCTACAGTTACGAATTCCTATTCTAGAACTGTAATTTTG-TATTG  190

seq1  TCATTAATGCTATGTAAACGTCTGTGTTTTCCAAT-AGTCTTTGGGGATT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TCATTAATGCTATGTAAACGTCTGTGTTTTCCAATAAGTCTTGGGGGATT  240

seq1  GTGACCCACATGTTGACAATGACTGCCGTAGCACACGGCGTGTTCACTTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCACATGTTGACAATGACTGCCGTAGCACACGGCGTGTTCACTTG  290

seq1  TTCATATAGCACTCTGGGGGGTTCCTAGGTATAAGGACACAGGTCTACAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATAGCACTCTGGGGGGTTCCTAGGTATAAGGACACAGGTCTACAG  340

seq1  TCAAACCAAACATTCAGATTTAAAGGCTCATTTTACTCTATAAATCTCAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCAAACATTCAGATTTAAAGGCTCATTTTACTCTATAAATCTCAA  390

seq1  TGGGCTCTGCACATGTGAACATATATGCACATCAGCAATATGTATTTTAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTGCACATGTGAACATATATGCACATCAGCAATATGTATTTTAT  440

seq1  CTATGAATTAGAAATTATGTTTAGTTCTCTTAGAAGATTCTCAAGAAACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAATTAGAAATTATGTTTAGTTCTCTTAGAAGATTCTCAAGAAACA  490

seq1  TAATTAAATATTCGTATTTGACAGGAGAACAGGTTTCCTTTCATCTTTAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAATATTCGTATTTGACAGGAGAACAGGTTTCCTTTCATCTTTAT  540

seq1  TATTAAAACAGCCTGGTTCTAGAGCACAAACACTGCTCTCTACCTTTCAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAACAGCCTGGTTCTAGAGCACAAACACTGCTCTCTACCTTTCAA  590

seq1  ATGGACTAGATTTAATAGATGTTGTTTCGAAAGCTGGGGATATAACTCAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTAGATTTAATAGATGTTGTTTCGAAAGCTGGGGATATAACTCAG  640

seq1  TGTTATACCATGTGCCTACATTGTATCTAAGCATGGCAAAAGAAAGCTCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATACCATGTGCCTACATTGTATCTAAGCATGGCAAAAGAAAGCTCC  690

seq1  TGAATAATCACACGCCATCTTCTGTCTTTTATATTACTAGTATGATTTTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAATCACACGCCATCTTCTGTCTTTTATATTACTAGTATGATTTTC  740

seq1  TATACTCTACTCTTTAAAATCACCAATACATCTTTTTATACAATGCCATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCTACTCTTTAAAATCACCAATACATCTTTTTATACAATGCCATG  790

seq1  TGCAGTTTTTAAATCTATTCCTGTATCAATTATTCCTTCTTCTTTTCATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTTTTAAATCTATTCCTGTATCAATTATTCCTTCTTCTTTTCATG  840

seq1  TTTATATGTGCGCAGTATGTGTGTGCATATATCCCTATTTTCAAGTGTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGTGCGCAGTATGTGTGTGCATATATCCCTATTTTCAAGTGTGT  890

seq1  GACTATATGTCTGTACACATATCCTCTGTCGTTTTTTTTACTTTATTCTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATATGTCTGTACACATATCCTCTGTCGTTTTTTTTACTTTATTCTT  940

seq1  TGAAGCAGGGTCTCACCCAGTCAAACCAAAACTTACCTACATTTCTTGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGGGTCTCACCCAGTCAAACCAAAACTTACCTACATTTCTTGTC  990

seq1  TTGATATATCTTGCTCTGAGTATCCCAATTCTGTCTTTCAAGGCTAGAGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATATCTTGCTCTGAGTATCCCAATTCTGTCTTTCAAGGCTAGAGT  1040

seq1  TACAGGTAGTCCAGCAAGCCCACCCAGTGTCTACCCGGTGTTCTGATGAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTAGTCCAGCAAGCCCACCCAGTGTCTACCCGGTGTTCTGATGAT  1090

seq1  CTGACCTCCCCATCTCTTATTTGAATTAACTGCTTAATCATCCACGCAGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTCCCCATCTCTTATTTGAATTAACTGCTTAATCATCCACGCAGA  1140

seq1  CTCCATGTTCTTCTTTTATAAACAGCCAGCCTGTTGGAATTC  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGTTCTTCTTTTATAAACAGCCAGCCTGTTGGAATTC  1182


seq1: chr13_16989075_16990251
seq2: B6Ng01-217E02.g_64_1236

seq1  GAATTCTAGGAATTCAAAAATTATCTAGTAATATCTTATTTGGACATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGAATTCAAAAATTATCTAGTAATATCTTATTTGGACATTTG  50

seq1  CATTGTACAAGGTTTCTCCTTGCCCCCCAGACCCTATCTATCACTAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTACAAGGTTTCTCCTTGCCCCCCAGACCCTATCTATCACTAATAA  100

seq1  TATTGTTTCTATGGGGAAGTATATTTAAGGTTTCACATGACAACCTTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTCTATGGGGAAGTATATTTAAGGTTTCACATGACAACCTTCCA  150

seq1  AAAAATTCTAAGAAACAAACCTATCTGTAAGTCTTCCAGCACAAATTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCTAAGAAACAAACCTATCTGTAAGTCTTCCAGCACAAATTGTT  200

seq1  TCCAGGCTTGCTCTCTCTGACCTAACCTGCTCTCCTATATCCAACTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCTTGCTCTCTCTGACCTAACCTGCTCTCCTATATCCAACTTCTG  250

seq1  GGTGGCCCAGGAAGGCTATCATTCCTCTGAGACTACAGCAGCCATAAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCCCAGGAAGGCTATCATTCCTCTGAGACTACAGCAGCCATAAGCA  300

seq1  ATGAAGAAAAGGGAATGTGCCTAGGTTATAAAGATGGAATAGGAGAGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAAAGGGAATGTGCCTAGGTTATAAAGATGGAATAGGAGAGAGG  350

seq1  AGAAGGCAGAATTATTCACCAGACACTGAAAACTGTGTATGTCACTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAGAATTATTCACCAGACACTGAAAACTGTGTATGTCACTGTAT  400

seq1  TTGAAGGGTTATAGGCCATTTGTCAAAAGTGAATATGCAACTTTTAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGGGTTATAGGCCATTTGTCAAAAGTGAATATGCAACTTTTAGAGA  450

seq1  GGAGAGGTGAATGTGGACAAGAAAGTATAGACTGGTGTGAGGTAGGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTGAATGTGGACAAGAAAGTATAGACTGGTGTGAGGTAGGCCTG  500

seq1  GGCATACTGTAGAGCTTATTAGAAGTTATGAGTTAAAGGTATATTTAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACTGTAGAGCTTATTAGAAGTTATGAGTTAAAGGTATATTTAACC  550

seq1  TTCAGAAAGGTCACATCTTCTCAATTCTAAAATTCAGACAATGTTGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAAGGTCACATCTTCTCAATTCTAAAATTCAGACAATGTTGACAT  600

seq1  CTCTAAGAATTTGTGAAAATTAAATTACTATGCAAATGTGACCAGCAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGAATTTGTGAAAATTAAATTACTATGCAAATGTGACCAGCAGAA  650

seq1  TCTCTGGTAAAGGAAAGTACAAAAGAATGCTACATTCTCTGGGTTCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTAAAGGAAAGTACAAAAGAATGCTACATTCTCTGGGTTCCTCC  700

seq1  AGAGAAATGAATTAATATATTTGTGAATGTCTTTGTGAGCAGCTGATCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATGAATTAATATATTTGTGAATGTCTTTGTGAGCAGCTGATCAA  750

seq1  TAACTAGTATTTATTTGCTATTTGAACAAATATACATAAGACATTAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGTATTTATTTGCTATTTGAACAAATATACATAAGACATTAAATA  800

seq1  TTAGATTTTTCTGTCAAGTGCTAACTTTTATTTAGCAAAAAGAATTCAAA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTAGATTTTTCTGTCAAGTGCTAACTTTTATTTAGC-AAAAGAATTCAAA  849

seq1  GATAAATCTCTTTATCCCCCTCACCTTGCAAATGTATTAAACCCCACTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATCTCTTTATCCCCCTCACCTTGCAAATGTATTAAACCCCACTTT  899

seq1  CACCACACCTGGTAAAACTTTAGTTTATACAAAGGTCATGCTGCATTCTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  CACCACACCTGGTAAAACTTTAGTTTATACAAGGGTCATGCTGCATTCT-  948

seq1  GGACCTTGTGACCAACTCCTTTCATCTTTCCTTTGTTTCCTTTGCATCAA  1000
      ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GGACCTTGTGACC-ACTCC-TTCATC-TTCCTTTGTTT-CTTTGCATCAA  994

seq1  TTCTTTTAAAATTAGGCAACCAAGAAAGAGTGTGATGTCAGACCCCAGTG  1050
      ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TTCTTTT-AAATTAGGCCACCAAGAAAGAGTGTGATGTCAGA-CCCAGTT  1042

seq1  GATAGGGAAGTCATG-CTTCACTGTGTTAG-AATAAAAATCA--AGTGGC  1096
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||   |||||
seq2  GATAGGGAAGTCATGCCTTCACTGTGTTAGAAATAAAAATCAGGTGTGGC  1092

seq1  CC-TTCCTGCCCCAGTGAGCTTTGAGA--GCTC-TGTTTGAACCAGCATT  1142
      || |||||| ||  |||| ||| ||||   ||| || ||| |||||||  
seq2  CCTTTCCTG-CCAGGTGA-CTTGGAGAAGCCTCTTGGTTG-ACCAGCA--  1137

seq1  TGTGCACCCTTTCTATTTGTGCCTTA-CATTGTGTG  1177
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGCACCCTTTCTATTTGTGCCTTACCATTGTGTG  1173


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |