BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217K17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 66,409,443 - 66,554,334
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041915, 2410141K09Rik
Upstream geneLOC100042347, LOC100042341, LOC665738, EG665742, LOC665750, LOC665753, EG544944, EG665767, LOC665777, EG628648, LOC665809, LOC100042404, LOC628722, LOC665851, Vmn2r-ps99, LOC628794, EG665897, LOC100041855, EG628746, LOC100042434, LOC100041892, EG665974
Downstream geneC330014B19Rik, Mzf6d, Vmn2r-ps106, LOC666027, LOC100042492, LOC100041947, EG382769, LOC666052, EG432768, LOC666061, Uqcrb, Mterfd1, Ptdss1, Zfp712, Zfp708, Zfp759, Rsl1, LOC674699, Zfp455, Zfp458, Zfp457, A230042K10Rik, E130120F12Rik, Zfp456, 2810487A22Rik, Zfp459, C330011K17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217K17.bB6Ng01-217K17.g
ACCGA034009GA034010
length1,1281,062
definitionB6Ng01-217K17.b B6Ng01-217K17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,553,208 - 66,554,334)(66,409,443 - 66,410,492)
sequence
gaattccaagaagagtgagagaaagttctaccaagaacaaatgaaactat
ggcatcaaggttgtcagtgacagacaaaatccactggactgtgtcattat
gtggctcttaactcatataataccaagtgattcaactcaacttaagtaac
cctcagaacaatgctacccataggcatatattacagaccagtgtgggagc
ttcctgtagtagcttaacactccactttatataccacaaggaatgcatta
cattttagttcgttttgttaaataatttacagaatggtaatataatatca
catacatctgagaacatgtcctgaaacaagattaaataacttgctttacc
taggtattatattaatcttaactttaggtttttcaattaagtgtaacttt
ttattttttattagatattttctttatttacatgtcaaatgctttccctt
ttcctcatttgccctccaaacacacccctatcccctcacccctctccctg
ctcaccaacccaaccactcccacttcctggctctggcattcccctacatt
ggggcatcaagcctttacaggaccaagggcctctcccactgatgtgcgac
aaggccatcgtctgctacatatgcatctggagccatgtgtactctttggt
tggtgctttagtccctgggagctctgaggatactggttgattcatattgt
tgttcctcctgtggggctgcaaacccctttggctccatgggtccttactc
tagttcctctattggtgaccctgtcctcagtccaatggttggctgagagc
atccacctctttatttgtcagacactggtagagctccacagaagacagct
atatcaggcccctgtcagcaagcacttgttggcatccaaaaatagtgtct
ggatttggtgactgtatatgggatggatccccatgtggggtagtttctgg
atggcctttccatcagtctctgctcttacactttgtctttgtagtccttc
catgggtattttgttcctgtttatttccatctgtcctcactgtaagggct
tttttttttttagttaggaatggagtttatcccgagcctggggaagggga
gatgaaagaaaggcttatggaccagaga
gaattccactttagtaaaatacatgccacatgttttccagtagaaattac
ccatccccccacccccaccctttcctcactataaatttctagatattttc
ttagaactaattttcaggtaaaaatcttttctcatgaggtttctctcctg
tatgaattctctaatgaatcataagatcatatttgtgagtgaagcatttg
tcacatttactacatttgtaaggcttctttcttgtatgaattatctgatg
actactaggactgtgtttgttgttacagcatttgtcacactcactacatt
tataaggtttctctccagtatgaattctctgatgaatattaagactgtat
ttgtgaaaaaagcatttgtcacattcactacatctgtaaggtttctctcc
tgtatggattctctgatgttgtctaagcttgcatttcttggtgaaacatc
tggcacgttcactacatttgtaaggtttctttccactattggtttgtttc
agcctgagtatttgtgtagagttaaaaactttatcaagcactataccatt
gtgctctttctttcctatgtggattccttgatgtagaccagtgatagaac
acaaatttaaacagtttatacagtttttatgtttgcaaggtcctctggtg
tttccattttgatgactgtttatgtttgatgactcaacatgtgtattcct
gaagttagcttggtaaagtacactttgggtgtattcaggaataatttttg
ccatgctttgacctttgtaagacttctcctgtatattcacacactgggat
gtgttggaccttttaatcattatgcatttatttgtttttaatgaggcttt
actggataaaaatatctttttaaatcatcttcatgttccatgtccatatg
gaaaattcaaatatgtattttatcatatttaaaaagaattagattattgt
tattcttatatagagaggaacaatgtccactatgaataaccatctcctgg
tctagttggtggtaaactctttaaagtattccaaggccggtagttggtgg
ccacactccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_66553208_66554334
seq2: B6Ng01-217K17.b_45_1172 (reverse)

seq1  TCTCT-GTCCATCTGCCTTTCTTTCATCT-CCCTTCCCCATGCTCTGAAT  48
      ||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||| | ||
seq2  TCTCTGGTCCATAAGCCTTTCTTTCATCTCCCCTTCCCCAGGCTCGGGAT  50

seq1  AAACTCCATTCTATACT-AAAAAAAAAAAGCCCCTACAGTGAGGACAGAT  97
      |||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAACTCCATTCCTAACTAAAAAAAAAAAAGCCCTTACAGTGAGGACAGAT  100

seq1  GGATAATAAACAAGGAACAAAATACCCATGGAAGGACTTACAGAGACAAA  147
      ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GGA-AATAAAC-AGGAACAAAATACCCATGGAAGGAC-TACAAAGACAAA  147

seq1  GTGT-AGAGCAGAGACTGATGGAAAGGCCATCCAGAAACTACCCCACATG  196
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGAGCAGAGACTGATGGAAAGGCCATCCAGAAACTACCCCACATG  197

seq1  GGGATCCATCCCATATACAGTCACCAAATCCAGACACTATTTTTGGATGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCATCCCATATACAGTCACCAAATCCAGACACTATTTTTGGATGC  247

seq1  CAACAAGTGCTTGCTGACAGGGGCCTGATATAGCTGTCTTCTGTGGAGCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGTGCTTGCTGACAGGGGCCTGATATAGCTGTCTTCTGTGGAGCT  297

seq1  CTACCAGTGTCTGACAAATAAAGAGGTGGATGCTCTCAGCCAACCATTGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGTGTCTGACAAATAAAGAGGTGGATGCTCTCAGCCAACCATTGG  347

seq1  ACTGAGGACAGGGTCACCAATAGAGGAACTAGAGTAAGGACCCATGGAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGACAGGGTCACCAATAGAGGAACTAGAGTAAGGACCCATGGAGC  397

seq1  CAAAGGGGTTTGCAGCCCCACAGGAGGAACAACAATATGAACCAACCAGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAAGGGGTTTGCAGCCCCACAGGAGGAACAACAATATGAATCAACCAGT  447

seq1  ATCCTCAGAGCTCCCAGGGACTAAAGCACCAACCAAAGAGTACACATGGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAGAGCTCCCAGGGACTAAAGCACCAACCAAAGAGTACACATGGC  497

seq1  TCCAGATGCATATGTAGCAGACGATGGCCTTGTCGCACATCAGTGGGAGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATGCATATGTAGCAGACGATGGCCTTGTCGCACATCAGTGGGAGA  547

seq1  GGCCCTTGGTCCTGTAAAGGCTTGATGCCCCAGTGTAGGGGAATGCCAGA  596
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTGGTCCTGTAAAGGCTTGATGCCCCAATGTAGGGGAATGCCAGA  597

seq1  GCCAGGAAGTGGGAGTGGTTGGGTTGGTGAGCAGGGAGAGGGGTGAGGGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGAAGTGGGAGTGGTTGGGTTGGTGAGCAGGGAGAGGGGTGAGGGG  647

seq1  ATAGGGGTGTGTTTGGAGGGCAAATGAGGAAAAGGGAAAGCATTTGACAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGGTGTGTTTGGAGGGCAAATGAGGAAAAGGGAAAGCATTTGACAT  697

seq1  GTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAAATAAAAAGTTACACTTAATTGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAAATAAAAAGTTACACTTAATTGAA  747

seq1  AAACCTAAAGTTAAGATTAATATAATACCTAGGTAAAGCAAGTTATTTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAAAGTTAAGATTAATATAATACCTAGGTAAAGCAAGTTATTTAA  797

seq1  TCTTGTTTCAGGACATGTTCTCAGATGTATGTGATATTATATTACCATTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTCAGGACATGTTCTCAGATGTATGTGATATTATATTACCATTC  847

seq1  TGTAAATTATTTAACAAAACGAACTAAAATGTAATGCATTCCTTGTGGTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATTATTTAACAAAACGAACTAAAATGTAATGCATTCCTTGTGGTA  897

seq1  TATAAAGTGGAGTGTTAAGCTACTACAGGAAGCTCCCACACTGGTCTGTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTGGAGTGTTAAGCTACTACAGGAAGCTCCCACACTGGTCTGTA  947

seq1  ATATATGCCTATGGGTAGCATTGTTCTGAGGGTTACTTAAGTTGAGTTGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGCCTATGGGTAGCATTGTTCTGAGGGTTACTTAAGTTGAGTTGA  997

seq1  ATCACTTGGTATTATATGAGTTAAGAGCCACATAATGACACAGTCCAGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTGGTATTATATGAGTTAAGAGCCACATAATGACACAGTCCAGTG  1047

seq1  GATTTTGTCTGTCACTGACAACCTTGATGCCATAGTTTCATTTGTTCTTG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTCTGTCACTGACAACCTTGATGCCATAGTTTCATTTGTTCTTG  1097

seq1  TTAGAACTTTCTCTCACTCTTCTTGGAATTC  1127
       ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAACTTTCTCTCACTCTTCTTGGAATTC  1128

seq1: chr13_66409443_66410492
seq2: B6Ng01-217K17.g_69_1130

seq1  GAATTCCACTTTAGTAAAATACATGCCACATGTTTTCCAGTAGAAATTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTTTAGTAAAATACATGCCACATGTTTTCCAGTAGAAATTAC  50

seq1  CCATCCCCCCACCCCCACCCTTTCCTCACTATAAATTTCTAGATATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCCCCACCCCCACCCTTTCCTCACTATAAATTTCTAGATATTTTC  100

seq1  TTAGAACTAATTTTCAGGTAAAAATCTTTTCTCATGAGGTTTCTCTCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACTAATTTTCAGGTAAAAATCTTTTCTCATGAGGTTTCTCTCCTG  150

seq1  TATGAATTCTCTAATGAATCATAAGATCATATTTGTGAGTGAAGCATTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTCTCTAATGAATCATAAGATCATATTTGTGAGTGAAGCATTTG  200

seq1  TCACATTTACTACATTTGTAAGGCTTCTTTCTTGTATGAATTATCTGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTACTACATTTGTAAGGCTTCTTTCTTGTATGAATTATCTGATG  250

seq1  ACTACTAGGACTGTGTTTGTTGTTACAGCATTTGTCACACTCACTACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTAGGACTGTGTTTGTTGTTACAGCATTTGTCACACTCACTACATT  300

seq1  TATAAGGTTTCTCTCCAGTATGAATTCTCTGATGAATATTAAGACTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGTTTCTCTCCAGTATGAATTCTCTGATGAATATTAAGACTGTAT  350

seq1  TTGTGAAAAAAGCATTTGTCACATTCACTACATCTGTAAGGTTTCTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAAAAAGCATTTGTCACATTCACTACATCTGTAAGGTTTCTCTCC  400

seq1  TGTATGGATTCTCTGATGTTGTCTAAGCTTGCATTTCTTGGTGAAACATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGATTCTCTGATGTTGTCTAAGCTTGCATTTCTTGGTGAAACATC  450

seq1  TGGCACGTTCACTACATTTGTAAGGTTTCTTTCCACTATTGGTTTGTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACGTTCACTACATTTGTAAGGTTTCTTTCCACTATTGGTTTGTTTC  500

seq1  AGCCTGAGTATTTGTGTAGAGTTAAAAACTTTATCAAGCACTATACCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAGTATTTGTGTAGAGTTAAAAACTTTATCAAGCACTATACCATT  550

seq1  GTGCTCTTTCTTTCCTATGTGGATTCCTTGATGTAGACCAGTGATAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCTTTCTTTCCTATGTGGATTCCTTGATGTAGACCAGTGATAGAAC  600

seq1  ACAAATTTAAACAGTTTATACAGTTTTTATGTTTGCAAGGTCCTCTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTAAACAGTTTATACAGTTTTTATGTTTGCAAGGTCCTCTGGTG  650

seq1  TTTCCATTTTGATGACTGTTTATGTTTGATGACTCAACACGTGTATTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCCATTTTGATGACTGTTTATGTTTGATGACTCAACATGTGTATTCCT  700

seq1  GAAGTTAGCTTGGTAAAGTACACTTTGGGTGTATTCAGGAATAATTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTAGCTTGGTAAAGTACACTTTGGGTGTATTCAGGAATAATTTTTG  750

seq1  CCATGCTTTGACCTTTGTAAGACTTCTCCTGTATATTCACACACTGGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTTTGACCTTTGTAAGACTTCTCCTGTATATTCACACACTGGGAT  800

seq1  GTGTTGGACCTTTTAATCATTATGCATTTATTTGTTTTTAATGAGGCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGACCTTTTAATCATTATGCATTTATTTGTTTTTAATGAGGCTTT  850

seq1  ACTGGATAAAAATATC-TTTTAAATCATCTTCATGTT-CATGTCCATAT-  897
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  ACTGGATAAAAATATCTTTTTAAATCATCTTCATGTTCCATGTCCATATG  900

seq1  GAAAATTCAAATATGTA-TTTATCATATTT-AAAAGAA-TAGAT--ATGT  942
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||   |||
seq2  GAAAATTCAAATATGTATTTTATCATATTTAAAAAGAATTAGATTATTGT  950

seq1  TATTCTTATATAAGTGAGG-ACAATGTCCACTATGAATAA-CATCTCCTG  990
      ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TATTCTTATAT-AGAGAGGAACAATGTCCACTATGAATAACCATCTCCTG  999

seq1  GTCTAGTT-GTGGTAAACTCTTTAAAAGTAATTC-AGGCCGGT-GGTGGT  1037
      |||||||| |||||||||||||| |||||| | | |||||||| | ||||
seq2  GTCTAGTTGGTGGTAAACTCTTT-AAAGTATTCCAAGGCCGGTAGTTGGT  1048

seq1  GG-CACACTCCTTT  1050
      || |||||||||||
seq2  GGCCACACTCCTTT  1062