BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225A14
Chromosome13 (Build37)
Map Location 95,541,538 - 95,665,283
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbca, Otp
Upstream geneArsb, Cycs-ps3, Lhfpl2, Scamp1, LOC435378, ENSMUSG00000042857, Ap3b1
Downstream geneWdr41, Pde8b, Zbed3, Aggf1, Crhbp, S100z, F2rl1, F2r, Iqgap2, F2rl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225A14.bB6Ng01-225A14.g
ACCGA039333GA039334
length9771,139
definitionB6Ng01-225A14.b B6Ng01-225A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,541,538 - 95,542,366)(95,664,141 - 95,665,283)
sequence
gaattccatgctctgtgtcttttagtgaattctattactctgatatttag
tttatatttatttatatataatatattatatgtcataataatatagacta
atatgtaattttaatacaccgatattatatttatagatatttataaataa
atatttatttatgcaggtaggaaaggtaagacaatgtctcatgtagccta
gtgtggcctcagctatccttaaatactctttatcatcatggatgaccttg
aactctgaccctactgcctccactcccctgctcatcatggttggctcgga
cttctgtttgtttttttaactttttaaaaattgattgattgattgattga
ttgattttacatccacagttttccttccctcccctcttcctaggccctcc
ccaccacctgcttccttactccccaatctactcctgttctgtttctcttc
aggaaagaatcggtctcccatgggtttcaaaacaccatgatatatagcac
ttcctttcctattaaggctggaggaagccccctagtaggagaaaagtgtc
ccaaaggcaggcaacagagtcagaggcagcccctgctcccactgtgagga
gtcccacaagaagaccaagctacacaactgtaacatgtgtgcagggggcc
taggtcagtcccaggcagtctccctgtttgtggttggttcagtctctgtg
agccccaggttcgttgattctctgggttttcttgtggtgtccttgagccc
tctagttcctgctatctttcctcctcctcttctgcaggattctctcagct
ccacataaatgtttggctgtgggtctctgcttctgtttctatcagttgct
ggatgaagcctctctgatgacaattggatcagggactaatctatgaatat
agcagaatattattaggaatcatttcattaacttttttccagtcatattg
gctccacccaggtctctgggctaccca
gaattcagtggatgcctctcaggttcgaatcattttctcctactgcagag
tgcctgagtgcacttaacctcaatatgcttgcaagtttttttttagattg
attaaaataaaaacatactttccacactaatattaaagtttaaaattgta
ggtcactttattgttataaattcagtcaaaatgtatataatccaaataat
ttgctgtttttaaaaaagggaaagactttgaaagatatggtcttatgacc
ccacaaatacttaaggaggaaagaaagccggctgaactattaacctcatg
cacaaagaagaagaggtttggaagagctgcttcctgaccagtaaacatgt
gtttgccccacaaccatcaggctgcccttgctgttcaagcaaccacgaag
ccgtgcactctttccatcctcttatgtgacctcaaacacctgccattgcc
ttggtaactcagtagatatgtcatcaccaccctactctgcttctaagtgt
ttgccagctgccaagctaactttccacaagaaattgagcggaatccacct
aagcaaaaatgagtgctgtgtgaagacatgtacaggttgttctttcactc
caatttctccctttagactaagactgtggaatagccatactcaccaggtg
atgcacaaacccaaggctgttggtgatttctggatctcccgagaaaagtt
gcactcctacattttcccaccatagctgccaaacatagaacacagttcct
ctgttcgtccacctccctctctggatcctgctccaaggaggctgggctgt
tgtcagagacacaacttttcaacagagcattgatgctataagcttgcctt
tctaaccccttgccaacacactggcatgactcagaatccatccctatccc
tagaggaaaggacaaaaaagaaaatcaaataacacccagcccagacacag
atcacaaggcatttttaactcatcttgccttatattaatcagcagcacca
gagtactgtcttgctagaaaatgactgggcccaggatcacacggtcacta
ttggtcaccaggactacagttacatttgcaagcatgctacaattcttctg
agtcccagcatctcaaatagcaccggacgactgttctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_95541538_95542366
seq2: B6Ng01-225A14.b_50_878

seq1  GAATTCCATGCTCTGTGTCTTTTAGTGAATTCTATTACTCTGATATTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTCTGTGTCTTTTAGTGAATTCTATTACTCTGATATTTAG  50

seq1  TTTATATTTATTTATATATAATATATTATATGTCATAATAATATAGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTATTTATATATAATATATTATATGTCATAATAATATAGACTA  100

seq1  ATATGTAATTTTAATACACCGATATTATATTTATAGATATTTATAAATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAATTTTAATACACCGATATTATATTTATAGATATTTATAAATAA  150

seq1  ATATTTATTTATGCAGGTAGGAAAGGTAAGACAATGTCTCATGTAGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATTTATGCAGGTAGGAAAGGTAAGACAATGTCTCATGTAGCCTA  200

seq1  GTGTGGCCTCAGCTATCCTTAAATACTCTTTATCATCATGGATGACCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCCTCAGCTATCCTTAAATACTCTTTATCATCATGGATGACCTTG  250

seq1  AACTCTGACCCTACTGCCTCCACTCCCCTGCTCATCATGGTTGGCTCGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGACCCTACTGCCTCCACTCCCCTGCTCATCATGGTTGGCTCGGA  300

seq1  CTTCTGTTTGTTTTTTTAACTTTTTAAAAATTGATTGATTGATTGATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTTGTTTTTTTAACTTTTTAAAAATTGATTGATTGATTGATTGA  350

seq1  TTGATTTTACATCCACAGTTTTCCTTCCCTCCCCTCTTCCTAGGCCCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTTACATCCACAGTTTTCCTTCCCTCCCCTCTTCCTAGGCCCTCC  400

seq1  CCACCACCTGCTTCCTTACTCCCCAATCTACTCCTGTTCTGTTTCTCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCTGCTTCCTTACTCCCCAATCTACTCCTGTTCTGTTTCTCTTC  450

seq1  AGGAAAGAATCGGTCTCCCATGGGTTTCAAAACACCATGATATATAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAATCGGTCTCCCATGGGTTTCAAAACACCATGATATATAGCAC  500

seq1  TTCCTTTCCTATTAAGGCTGGAGGAAGCCCCCTAGTAGGAGAAAAGTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTCCTATTAAGGCTGGAGGAAGCCCCCTAGTAGGAGAAAAGTGTC  550

seq1  CCAAAGGCAGGCAACAGAGTCAGAGGCAGCCCCTGCTCCCACTGTGAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGCAGGCAACAGAGTCAGAGGCAGCCCCTGCTCCCACTGTGAGGA  600

seq1  GTCCCACAAGAAGACCAAGCTACACAACTGTAACATGTGTGCAGGGGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACAAGAAGACCAAGCTACACAACTGTAACATGTGTGCAGGGGGCC  650

seq1  TAGGTCAGTCCCAGGCAGTCTCCCTGTTTGTGGTTGGTTCAGTCTCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCAGTCCCAGGCAGTCTCCCTGTTTGTGGTTGGTTCAGTCTCTGTG  700

seq1  AGCCCCAGGTTCGTTGATTCTCTGGGTTTTCTTGTGGTGTCCTTGAGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGGTTCGTTGATTCTCTGGGTTTTCTTGTGGTGTCCTTGAGCCC  750

seq1  TCTAGTTCCTGCTATCTTTCCTCCTCCTCTTCTGCAGGATTCTCTCAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTCCTGCTATCTTTCCTCCTCCTCTTCTGCAGGATTCTCTCAGCT  800

seq1  CCACATAAATGTTTGGCTGTGGGTCTCTG  829
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAAATGTTTGGCTGTGGGTCTCTG  829

seq1: chr13_95664141_95665283
seq2: B6Ng01-225A14.g_66_1204 (reverse)

seq1  AGAGAAACAGTTCTGTCCGGTTGCTATTTTGAGATGCTGGGGACTCAGAA  50
      |||| ||||||   |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAG-AACAGT--CGTCCGG-TGCTA-TTTGAGATGCT-GGGACTCAGAA  44

seq1  GAATTGTAGCATGCTTTGCCAAATGTAACTGTAGTCCTTGGTTGACCATT  100
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||  | |||||| |
seq2  GAATTGTAGCATGCTT--GCAAATGTAACTGTAGTCCT--GGTGACCAAT  90

seq1  AGTGACCGTGTGATCCT-GGCCCAGTCA-TTTCTAGCAAGACAGTACTCT  148
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACCGTGTGATCCTGGGCCCAGTCATTTTCTAGCAAGACAGTACTCT  140

seq1  -GTGCTGCTGATTAATATAAGGCAAGATGAGTT-AAAATG-CTTGTGATC  195
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  GGTGCTGCTGATTAATATAAGGCAAGATGAGTTAAAAATGCCTTGTGATC  190

seq1  TGTGTCTGGGCT-GGTGTTATTTGATTTTCTTTTTTGTCCTTTCCTCTAG  244
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGGGCTGGGTGTTATTTGATTTTCTTTTTTGTCCTTTCCTCTAG  240

seq1  GGATAGGGATGGATTCTGAGTCATGCCAGTGTGTTGGCAAGGGGTTAGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGGATGGATTCTGAGTCATGCCAGTGTGTTGGCAAGGGGTTAGAA  290

seq1  AGGCAAGCTTATAGCATCAATGCTCTGTTGAAAAGTTGTGTCTCTGACAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGCTTATAGCATCAATGCTCTGTTGAAAAGTTGTGTCTCTGACAA  340

seq1  CAGCCCAGCCTCCTTGGAGCAGGATCCAGAGAGGGAGGTGGACGAACAGA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAGCCTCCTTGGAGCAGGATCCAGAGAGGGAGGTGGACGAACAGA  390

seq1  GGAACTGTGTTCTATGTTTGGCAGCTATGGTGGGAAAATGTAGGAGTGCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGTGTTCTATGTTTGGCAGCTATGGTGGGAAAATGTAGGAGTGCA  440

seq1  ACTTTTCTCGGGAGATCCAGAAATCACCAACAGCCTTGGGTTTGTGCATC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTCGGGAGATCCAGAAATCACCAACAGCCTTGGGTTTGTGCATC  490

seq1  ACCTGGTGAGTATGGCTATTCCACAGTCTTAGTCTAAAGGGAGAAATTGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGTGAGTATGGCTATTCCACAGTCTTAGTCTAAAGGGAGAAATTGG  540

seq1  AGTGAAAGAACAACCTGTACATGTCTTCACACAGCACTCATTTTTGCTTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAGAACAACCTGTACATGTCTTCACACAGCACTCATTTTTGCTTA  590

seq1  GGTGGATTCCGCTCAATTTCTTGTGGAAAGTTAGCTTGGCAGCTGGCAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATTCCGCTCAATTTCTTGTGGAAAGTTAGCTTGGCAGCTGGCAAA  640

seq1  CACTTAGAAGCAGAGTAGGGTGGTGATGACATATCTACTGAGTTACCAAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGAAGCAGAGTAGGGTGGTGATGACATATCTACTGAGTTACCAAG  690

seq1  GCAATGGCAGGTGTTTGAGGTCACATAAGAGGATGGAAAGAGTGCACGGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGCAGGTGTTTGAGGTCACATAAGAGGATGGAAAGAGTGCACGGC  740

seq1  TTCGTGGTTGCTTGAACAGCAAGGGCAGCCTGATGGTTGTGGGGCAAACA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGGTTGCTTGAACAGCAAGGGCAGCCTGATGGTTGTGGGGCAAACA  790

seq1  CATGTTTACTGGTCAGGAAGCAGCTCTTCCAAACCTCTTCTTCTTTGTGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTACTGGTCAGGAAGCAGCTCTTCCAAACCTCTTCTTCTTTGTGC  840

seq1  ATGAGGTTAATAGTTCAGCCGGCTTTCTTTCCTCCTTAAGTATTTGTGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGTTAATAGTTCAGCCGGCTTTCTTTCCTCCTTAAGTATTTGTGGG  890

seq1  GTCATAAGACCATATCTTTCAAAGTCTTTCCCTTTTTTAAAAACAGCAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAAGACCATATCTTTCAAAGTCTTTCCCTTTTTTAAAAACAGCAAA  940

seq1  TTATTTGGATTATATACATTTTGACTGAATTTATAACAATAAAGTGACCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGGATTATATACATTTTGACTGAATTTATAACAATAAAGTGACCT  990

seq1  ACAATTTTAAACTTTAATATTAGTGTGGAAAGTATGTTTTTATTTTAATC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTTAAACTTTAATATTAGTGTGGAAAGTATGTTTTTATTTTAATC  1040

seq1  AATCTAAAAAAAAACTTGCAAGCATATTGAGGTTAAGTGCACTCAGGCAC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAAAAAAAAACTTGCAAGCATATTGAGGTTAAGTGCACTCAGGCAC  1090

seq1  TCTGCAGTAGGAGAAAATGATTCGAACCTGAGAGGCATCCACTGAATTC  1143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGTAGGAGAAAATGATTCGAACCTGAGAGGCATCCACTGAATTC  1139