BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-227N02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 98,480,738 - 98,606,636
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039740
Upstream geneLOC100039456, LOC625662, 1700029F12Rik, EG620648, 5730427N09Rik, LOC100039663, Gfm2, Hexb, Enc1, LOC667676, LOC100039691, LOC100039704, EG328314, LOC100039526
Downstream geneRgnef, LOC667703, Utp15, Ankra2, EG667718, Btf3, Foxd1, LOC100039827, LOC100039665, LOC100039854, LOC218501, Tmem174, Tmem171, LOC669675, Fcho2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-227N02.bB6Ng01-227N02.g
ACCGA041388GA041389
length1,1271,075
definitionB6Ng01-227N02.b B6Ng01-227N02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,480,738 - 98,481,846)(98,605,563 - 98,606,636)
sequence
gaattcagcctcaaggaccaaacaactaccagtccctcagcctctcagga
atgagcataagcttttattatttaatgaagcttacaggatagattctttt
aatatagtttcattctttttggttctattcctctacagaacgccgactac
accttcctttcaaatgcccagctcaatcttactgcacataaccctgtctt
cccactgtagttcatgccccctctttcccttggcagttacttacaagctc
tgacatttcccaggccactcgcccgcttgacactggcaggtattgcctac
ccaggatctaggctaatctgttctatgcttcctggatctgcattattcct
agacattcaaatccacgggtctgcttctggacctaccgacttaggaactc
cactagtgggctcaactctctgccttttagaacaccctccaagtggaggt
tgatgcccgctcaagttccaaaaccattgttctaagatgagacattctgg
aaccagatccccagtcttgtcctcctgggccagggttacaaaaggaccac
cctgtggtttcgtgcagcaggagaacatgtctggaattgatcccgataat
cctggctttttcatttggtagtgtctttggctaactctttgaaatgaagc
tcagagttcttcacactaagataaagcacttgagtaagtacatggccaga
aggtgacatgttttccttacataaaacacactaggctcttcaaatccttt
tagtgtgtctgtgcatgtgtgtgtgtgcatgtgtgagtacacgtgtgtgt
gtgtgttgtggtctgtgttttaatacagcccccaaatagattactgctag
ggagccaagagtgcaatctgtattttctgtaacaaactgctaggcttaaa
tctcatgatcataatgaatgtgctgagtttgcagaatttatgctgagaat
atcccattttttcttcttttggaggctttcatcaagattcagtgagctgg
tttcatgcttataattcctagccaaataggaacgctgagccaaggaggat
ttgtcacaagtttgagaattctagactacatagccagatttccaggctta
gtttaggcttagagttgagatctgctt
gaattcagtcaccctccagttcctaacctctcttagaagaacttcaggga
atatgctcaaaacactgaactttagtgaagaaagtagtgattcacaaaag
taaacttaccgacttcaaccacattgtgaggtctctggacactttcttga
tcagaagcaaaagagcaaaacctctcagtgtgaaaagaccactttccatg
tccccagaccccttgtggggagataactctatagagtaatggctgcacac
agacccgagtttggatactcacacccatgtaaagagttgagctggtggca
agcatgcatatgcccagcactagagtttgatggggacaagcaggttcctg
gaacttgctggctagccaacctagccaaattagtgaattcaaggttcagc
aggaggtcctatctccaaaaataaagtggagtacaagtagggaagaccct
gtacataaacttctggcttctacaggcatgcacacccacatacacacata
catgtacacatacatatatgtacacacacatacatgtacacatacacaca
caataaacagaagaaccccactttatgttgaaggcttgtttccagaccag
ttcttgtcttggttctgaggatctgagcaggattgagtcatgatcaatgt
caagccacactatattggccttagtcagctgctttaatacattgatgcat
tgcttgttaaagaaagaaaaaagaaacatgaataaacacacacacacata
tagattcttaaaagaaaaaatggaaagctttatttttaataatttattca
atgcttttgggggggaccaccctgaaattgtgtcctattattaaaaaaat
gtttatagattgttagtgggtgactttagtgagaactcctcccaatcctg
tttaattgcttgatagtcatttaacaagtcttcattgtttctgctattca
tgccagaaaactgggaaaataagtaactataatgccaaattatttttgca
ggctatgtgggtcaggttctttgattgataagggctagagagtatgtttc
acctccgtgtgttttttaagttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_98480738_98481846
seq2: B6Ng01-227N02.b_47_1173

seq1  GAATTCAGCCTCAAGGACCAAACAACTACCAGTCCCTCAGCCTCTCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTCAAGGACCAAACAACTACCAGTCCCTCAGCCTCTCAGGA  50

seq1  ATGAGCATAAGCTTTTATTATTTAATGAAGCTTACAGGATAGATTCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCATAAGCTTTTATTATTTAATGAAGCTTACAGGATAGATTCTTTT  100

seq1  AATATAGTTTCATTCTTTTTGGTTCTATTCCTCTACAGAACGCCGACTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTTTCATTCTTTTTGGTTCTATTCCTCTACAGAACGCCGACTAC  150

seq1  ACCTTCCTTTCAAATGCCCAGCTCAATCTTACTGCACATAACCCTGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCTTTCAAATGCCCAGCTCAATCTTACTGCACATAACCCTGTCTT  200

seq1  CCCACTGTAGTTCATGCCCCCTCTTTCCCTTGGCAGTTACTTACAAGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTAGTTCATGCCCCCTCTTTCCCTTGGCAGTTACTTACAAGCTC  250

seq1  TGACATTTCCCAGGCCACTCGCCCGCTTGACACTGGCAGGTATTGCCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTCCCAGGCCACTCGCCCGCTTGACACTGGCAGGTATTGCCTAC  300

seq1  CCAGGATCTAGGCTAATCTGTTCTATGCTTCCTGGATCTGCATTATTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATCTAGGCTAATCTGTTCTATGCTTCCTGGATCTGCATTATTCCT  350

seq1  AGACATTCAAATCCACGGGTCTGCTTCTGGACCTACCGACTTAGGAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTCAAATCCACGGGTCTGCTTCTGGACCTACCGACTTAGGAACTC  400

seq1  CACTAGTGGGCTCAACTCTCTGCCTTTTAGAACACCCTCCAAGTGGAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGTGGGCTCAACTCTCTGCCTTTTAGAACACCCTCCAAGTGGAGGT  450

seq1  TGATGCCCGCTCAAGTTCCAAAACCATTGTTCTAAGATGAGACATTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCGCTCAAGTTCCAAAACCATTGTTCTAAGATGAGACATTCTGG  500

seq1  AACCAGATCCCCAGTCTTGTCCTCCTGGGCCAGGGTTACAAAAGGACCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGATCCCCAGTCTTGTCCTCCTGGGCCAGGGTTACAAAAGGACCAC  550

seq1  CCTGTGGTTTCGTGCAGCAGGAGAACATGTCTGGAATTGATCCCGATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGTTTCGTGCAGCAGGAGAACATGTCTGGAATTGATCCCGATAAT  600

seq1  CCTGGCTTTTTCATTTGGTAGTGTCTTTGGCTAACTCTTTGAAATGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTTTTCATTTGGTAGTGTCTTTGGCTAACTCTTTGAAATGAAGC  650

seq1  TCAGAGTTCTTCACACTAAGATAAAGCACTTGAGTAAGTACATGGCCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTTCTTCACACTAAGATAAAGCACTTGAGTAAGTACATGGCCAGA  700

seq1  AGGTGACATGTTTTCCTTACATAAAACACACTAGGCTCTTCAAATCCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACATGTTTTCCTTACATAAAACACACTAGGCTCTTCAAATCCTTT  750

seq1  TAGTGTGTCTGTGCATGTGTGTGTGTGCATGTGTGAGTACACGTGTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGTCTGTGCATGTGTGTGTGTGCATGTGTGAGTACACGTGTGTGT  800

seq1  GTGTGTTGTGGTCTGTGTTTTAATACAG-CCCCAAATAGATTACTGCTAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTGTGGTCTGTGTTTTAATACAGCCCCCAAATAGATTACTGCTAG  850

seq1  GGAGCCAAGAGTGCAATCTGTATTTTCTGTAACAAACTGCTAGGCTTAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAAGAGTGCAATCTGTATTTTCTGTAACAAACTGCTAGGCTTAAA  900

seq1  TCTCATGATCATAAATGAATGTGCTGAGTTTGCAGAATTTATGCTGAGAA  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGATCAT-AATGAATGTGCTGAGTTTGCAGAATTTATGCTGAGAA  949

seq1  TATCCATTTTTCTC----TTTGGAAGC-TTCATCAAGAATCAGTGAGCTG  994
      |||||  |||| ||    |||||| || |||||||||| |||||||||||
seq2  TATCCCATTTTTTCTTCTTTTGGAGGCTTTCATCAAGATTCAGTGAGCTG  999

seq1  G-TTCATGCTTATAA-TCCTAG-CAAATAGG-ACGCTGAGGCAAG--AGA  1038
      | ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||   ||
seq2  GTTTCATGCTTATAATTCCTAGCCAAATAGGAACGCTGAGCCAAGGAGGA  1049

seq1  ATTGTCACAAGTTTGAGA--TCTAGACTACATAG-CAGATTT-CAGGC-T  1083
       |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| ||||| |
seq2  TTTGTCACAAGTTTGAGAATTCTAGACTACATAGCCAGATTTCCAGGCTT  1099

seq1  AGTTTAGGC-TAGAGTT-AGATCTGCTT  1109
      ||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  AGTTTAGGCTTAGAGTTGAGATCTGCTT  1127

seq1: chr13_98605563_98606636
seq2: B6Ng01-227N02.g_66_1140 (reverse)

seq1  TATAACCT-AAAAACACAC-GAGGTGAAACATAACTCTTCTAAGCCCTAT  48
      |||||| | |||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||  
seq2  TATAACTTAAAAAACACACGGAGGTGAAACAT-ACTC-TCT-AGCCCTTA  47

seq1  TCAAATCAAAGAACTGGAACCCACATAGCTTGC-AAAATAATTTGGCATT  97
      || |||||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  TC-AATCAAAGAACCTG-ACCCACATAGCCTGCAAAAATAATTTGGCATT  95

seq1  ATAGTTACTTATTTTCCCAG-TTTCTGGCATGAATAGCAGAAACAATGAA  146
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACTTATTTTCCCAGTTTTCTGGCATGAATAGCAGAAACAATGAA  145

seq1  GACTTGTTAAATGACTATCAAGCAATTAAACAGGATTGGGAGGAGTTCTC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTTAAATGACTATCAAGCAATTAAACAGGATTGGGAGGAGTTCTC  195

seq1  ACTAAAGTCACCCACTAACAATCTATAAACATTTTTTTAATAATAGGACA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGTCACCCACTAACAATCTATAAACATTTTTTTAATAATAGGACA  245

seq1  CAATTTCAGGGTGGT-CCCCCCAAAAGCATTGAATAAATTATTAAAAATA  295
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCAGGGTGGTCCCCCCCAAAAGCATTGAATAAATTATTAAAAATA  295

seq1  AAGCTTTCCA-TTTTTCTTTTAAGAATCTATATGTGTGTGTGTGTTTATT  344
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTCCATTTTTTCTTTTAAGAATCTATATGTGTGTGTGTGTTTATT  345

seq1  CATGTTTCTTTTTTCTTTCTTTAACAAGCAATGCATCAATGTATTAAAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTCTTTTTTCTTTCTTTAACAAGCAATGCATCAATGTATTAAAGC  395

seq1  AGCTGACTAAGGCCAATATAGTGTGGCTTGACATTGATCATGACTCAATC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACTAAGGCCAATATAGTGTGGCTTGACATTGATCATGACTCAATC  445

seq1  CTGCTCAGATCCTCAGAACCAAGACAAGAACTGGTCTGGAAACAAGCCTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGATCCTCAGAACCAAGACAAGAACTGGTCTGGAAACAAGCCTT  495

seq1  CAACATAAAGTGGGGTTCTTCTGTTTATTGTGTGTGTATGTGTACATGTA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATAAAGTGGGGTTCTTCTGTTTATTGTGTGTGTATGTGTACATGTA  545

seq1  TGTGTGTGTACATATATGTATGTGTACATGTATGTGTGTATGTGGGTGTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTACATATATGTATGTGTACATGTATGTGTGTATGTGGGTGTG  595

seq1  CATGCCTGTAGAAGCCAGAAGTTTATGTACAGGGTCTTCCCTACTTGTAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGTAGAAGCCAGAAGTTTATGTACAGGGTCTTCCCTACTTGTAC  645

seq1  TCCACTTTATTTTTGGAGATAGGACCTCCTGCTGAACCTTGAATTCACTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTTATTTTTGGAGATAGGACCTCCTGCTGAACCTTGAATTCACTA  695

seq1  ATTTGGCTAGGTTGGCTAGCCAGCAAGTTCCAGGAACCTGCTTGTCCCCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTAGGTTGGCTAGCCAGCAAGTTCCAGGAACCTGCTTGTCCCCA  745

seq1  TCAAACTCTAGTGCTGGGCATATGCATGCTTGCCACCAGCTCAACTCTTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTCTAGTGCTGGGCATATGCATGCTTGCCACCAGCTCAACTCTTT  795

seq1  ACATGGGTGTGAGTATCCAAACTCGGGTCTGTGTGCAGCCATTACTCTAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGTGTGAGTATCCAAACTCGGGTCTGTGTGCAGCCATTACTCTAT  845

seq1  AGAGTTATCTCCCCACAAGGGGTCTGGGGACATGGAAAGTGGTCTTTTCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTATCTCCCCACAAGGGGTCTGGGGACATGGAAAGTGGTCTTTTCA  895

seq1  CACTGAGAGGTTTTGCTCTTTTGCTTCTGATCAAGAAAGTGTCCAGAGAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGAGGTTTTGCTCTTTTGCTTCTGATCAAGAAAGTGTCCAGAGAC  945

seq1  CTCACAATGTGGTTGAAGTCGGTAAGTTTACTTTTGTGAATCACTACTTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAATGTGGTTGAAGTCGGTAAGTTTACTTTTGTGAATCACTACTTT  995

seq1  CTTCACTAAAGTTCAGTGTTTTGAGCATATTCCCTGAAGTTCTTCTAAGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTAAAGTTCAGTGTTTTGAGCATATTCCCTGAAGTTCTTCTAAGA  1045

seq1  GAGGTTAGGAACTGGAGGGTGACTGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTAGGAACTGGAGGGTGACTGAATTC  1075