BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230K03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 107,754,638 - 107,895,213
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKif2a, LOC100040322
Upstream geneOlfr717-ps1, LOC631097, EG620949, Ipo11, Dimt1
Downstream geneLOC100040350, LOC100040366, Apoo, AI197445, LOC100040820, Zswim6, 3021401N23Rik, 2810008M24Rik, Ndufa12l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230K03.bB6Ng01-230K03.g
ACCGA043445GA043446
length1,1871,120
definitionB6Ng01-230K03.b B6Ng01-230K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,754,638 - 107,755,824)(107,894,098 - 107,895,213)
sequence
gaattctcaaacatacttaaactgatattctcaaaaatgttagtagacat
gtcatctttattcagtcaaatgaaatattttcataaactttattttagct
agggaatgaaccctggcatgctttgtgcaagcatcctactactgaactac
gtcctcagacctgttccttaaatttattattatcctatgtatgcatttgt
ttatttgttctatcccgtttagtcctggctgtccttgaactcacagagat
ctatctgcctctacctctcaagtgctggcattaaaaatgtgagccaccaa
cacccagtctgttcattatactaaagcaaaaccctgtagagagatattta
ctaccacacgccctacaaatacatgcttatacaactaagtaattttcaaa
gtatttggaaagttctgattagtttaaggcctgtttgccagaaggccttt
tcttacatacctggaacactgccctatgatcttccacaacctgctcttcc
atctctaccatctgggagacagcttcatggaaagtgaacagctgtggaga
aacttcttcttccttaaaacacaaagtttaaaaatatgacctagagctta
ttatttttaaatgtcattaagttttatttttacttttctccttccttggg
agccttctcagaaactcatgagcctttaaaaacaactcatattctaccca
ctgagctttaagcccagactcaaaagcaggtttgcagtctttttagaaag
gctttggggacaaatggaaaaaaaaaactattaaaataatagaagaagaa
acgccacaatgtctttctctgggtcaaataatataagtctaattaagtaa
atcaacctactcataagtaaaattaattttcacttaggaacttattatta
tttgcagacataccctaaaaatacctcttgggacagtccagctttttctc
ttaactttgtttcaggttttactagttttggctgatgattttctctaaca
attttctttcatacacatgactttatgacagcatgaaatccacatgcaca
acagaacacggtacttccatttttcttttttgaaaaggagcaggatctgc
tgtcactgctaggccttgaactgcatattatatatatattatattaatga
gctcaaggccctgcaattcaatgctgagatccaggtg
gaattcttacctagaatattcaaaaacctgggttctggcctcaaaactga
acacagacatttcccatgttgtgggggtttgagagagggctcagcaatta
ccagcacttgctgctcttttggaggacccaggttcacccacaccagtggt
tcacaatactggtgatcccagtaccaggagaactgacagccttttctggc
ttcaagggtacctgcattcacacagtacacatacagagaagcaggcacac
gcatacacatgagataaaataaccgttgcttttaatattttactagcaca
gatgagtgtcatgtctatcgcttattgactgaatggagagctcacataga
gtgatctactgttcctgtaagaatgtcctacaatgtttgcacatgtctgt
gcagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agctgtctgctcttcctgctttgaatcccagcatccatgttggttaacaa
ccatctgtatctccagccccagaagacctggcactttctgttggcccata
aaagcacttcatgcatatagtaccctgacatacatgtacacaacacaccc
atacaaaagaaaaaaagaaaaaaaaggaaaaattgtccagccacggagtt
ttcagaaagtgtcccctcattaataagcacacaaatgtgtgtggatgtat
tctgggacggatctgggctacacaaggaagttggggcaagagtttaacac
cacagttctccaattgtccctacattccctttaggactgggagaagtgaa
tccagctggtttagtgtccgtagcaggaggaaaccttgtattttgttact
aaattatatgcagattttagttagcacttccataagatcaaggtttattt
tccgtgtagaaatggcatttaattatcatcaaagggagatcaagtattcc
tttgagagggacttcacagtagaatcatagggttgctaggtgcttatgaa
aggtgagtacacagaaaatggacttaaatggagccaacccaaaaaaagca
ggctaattgggaatcaataacgggcaaaacatttgaaagatttataaacc
tcttaacttctcagggcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_107754638_107755824
seq2: B6Ng01-230K03.b_43_1229

seq1  GAATTCTCAAACATACTTAAACTGATATTCTCAAAAATGTTAGTAGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAACATACTTAAACTGATATTCTCAAAAATGTTAGTAGACAT  50

seq1  GTCATCTTTATTCAGTCAAATGAAATATTTTCATAAACTTTATTTTAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTTTATTCAGTCAAATGAAATATTTTCATAAACTTTATTTTAGCT  100

seq1  AGGGAATGAACCCTGGCATGCTTTGTGCAAGCATCCTACTACTGAACTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATGAACCCTGGCATGCTTTGTGCAAGCATCCTACTACTGAACTAC  150

seq1  GTCCTCAGACCTGTTCCTTAAATTTATTATTATCCTATGTATGCATTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCAGACCTGTTCCTTAAATTTATTATTATCCTATGTATGCATTTGT  200

seq1  TTATTTGTTCTATCCCGTTTAGTCCTGGCTGTCCTTGAACTCACAGAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTTCTATCCCGTTTAGTCCTGGCTGTCCTTGAACTCACAGAGAT  250

seq1  CTATCTGCCTCTACCTCTCAAGTGCTGGCATTAAAAATGTGAGCCACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGCCTCTACCTCTCAAGTGCTGGCATTAAAAATGTGAGCCACCAA  300

seq1  CACCCAGTCTGTTCATTATACTAAAGCAAAACCCTGTAGAGAGATATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGTCTGTTCATTATACTAAAGCAAAACCCTGTAGAGAGATATTTA  350

seq1  CTACCACACGCCCTACAAATACATGCTTATACAACTAAGTAATTTTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACACGCCCTACAAATACATGCTTATACAACTAAGTAATTTTCAAA  400

seq1  GTATTTGGAAAGTTCTGATTAGTTTAAGGCCTGTTTGCCAGAAGGCCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGGAAAGTTCTGATTAGTTTAAGGCCTGTTTGCCAGAAGGCCTTT  450

seq1  TCTTACATACCTGGAACACTGCCCTATGATCTTCCACAACCTGCTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACATACCTGGAACACTGCCCTATGATCTTCCACAACCTGCTCTTCC  500

seq1  ATCTCTACCATCTGGGAGACAGCTTCATGGAAAGTGAACAGCTGTGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTACCATCTGGGAGACAGCTTCATGGAAAGTGAACAGCTGTGGAGA  550

seq1  AACTTCTTCTTCCTTAAAACACAAAGTTTAAAAATATGACCTAGAGCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTTCTTCCTTAAAACACAAAGTTTAAAAATATGACCTAGAGCTTA  600

seq1  TTATTTTTAAATGTCATTAAGTTTTATTTTTACTTTTCTCCTTCCTTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTAAATGTCATTAAGTTTTATTTTTACTTTTCTCCTTCCTTGGG  650

seq1  AGCCTTCTCAGAAACTCATGAGCCTTTAAAAACAACTCATATTCTACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCTCAGAAACTCATGAGCCTTTAAAAACAACTCATATTCTACCCA  700

seq1  CTGAGCTTTAAGCCCAGACTCAAAAGCAGGTTTGCAGTCTTTTTAGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTTTAAGCCCAGACTCAAAAGCAGGTTTGCAGTCTTTTTAGAAAG  750

seq1  GCTTTGGGGACAAATGGAAAAAAAAAACTATTAAAATAATAGAAGAAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGGGGACAAATGGAAAAAAAAAACTATTAAAATAATAGAAGAAGAA  800

seq1  ACGCCACAATGTCTTTCTCTGGGTCAAAATAATATAAGTCTAATTAAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCACAATGTCTTTCTCTGGGTC-AAATAATATAAGTCTAATTAAGTA  849

seq1  AATCAACCTACTCATAAGT-AAATTAATTTTCACTTAGGAACTTATTATT  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACCTACTCATAAGTAAAATTAATTTTCACTTAGGAACTTATTATT  899

seq1  ATTTGCAGACATACCCTAAAAAATACCTCTTGGAACAGTCCAGC-TTTTC  948
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  ATTTGCAGACATACCCT-AAAAATACCTCTTGGGACAGTCCAGCTTTTTC  948

seq1  TCTTAACTTTGTTTCAGGTTTTACTAGTTTT-GCTGATGA-TTTCTCTAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TCTTAACTTTGTTTCAGGTTTTACTAGTTTTGGCTGATGATTTTCTCTAA  998

seq1  CAA-TTTCTTTCATACACATGACTTTATGACAGCATGAAATCAACATGCA  1045
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAATTTTCTTTCATACACATGACTTTATGACAGCATGAAATCCACATGCA  1048

seq1  C-ACAG-ACACCGTACTTCAATTTTTC-TTTTTGAAAAAGAGCAGGATCT  1092
      | |||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| 
seq2  CAACAGAACACGGTACTTCCATTTTTCTTTTTTGAAAAGGAGCAGGATC-  1097

seq1  TGCTGTCACCTGGCTA-GCCTGAGACTGCATATATATATATATATATATA  1141
      |||||||||   |||| ||||   ||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  TGCTGTCAC--TGCTAGGCCTTGAACTGCATAT-TATATATATAT-TATA  1143

seq1  TATAT-AGCTCAGGCGCCCTGCAATTCAAATGCTGAGAATTCAGGTG  1187
      |  || |||||| | |||||||||||| ||||||||| || ||||||
seq2  TTAATGAGCTCAAG-GCCCTGCAATTC-AATGCTGAG-ATCCAGGTG  1187

seq1: chr13_107894098_107895213
seq2: B6Ng01-230K03.g_67_1186 (reverse)

seq1  CCTGCCCTGAG-AGTTTAGAGTTTTAT-AATCCTTCAATGTTTTTGCCTG  48
      ||||||||||| |||| |||| ||||| |||| |||||   ||||||| |
seq2  CCTGCCCTGAGAAGTTAAGAGGTTTATAAATCTTTCAAATGTTTTGCCCG  50

seq1  T--ATGATTCCATATTAGCCTGCTTTTTTTGGTGTTGGCT-CATTTAAGT  95
      |   |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TTATTGATTCCCAATTAGCCTGCTTTTTTTGG-GTTGGCTCCATTTAAGT  99

seq1  -CATTTTCTGTGTACTCA-CTTTCATAAGCACCTAGCAACCCTATGATTC  143
       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTCTGTGTACTCACCTTTCATAAGCACCTAGCAACCCTATGATTC  149

seq1  TACTGTGAAGTCCCTCTCAAAGGAATACTTGATTCTCCCTTTGATGATAA  193
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TACTGTGAAGTCCCTCTCAAAGGAATACTTGA-TCTCCCTTTGATGATAA  198

seq1  TTAAAATGCCATTTCTACAC-GAAAATAAACCTTGATCTTATGGAAGTGC  242
      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-AAATGCCATTTCTACACGGAAAATAAACCTTGATCTTATGGAAGTGC  247

seq1  TAACTAAAATCTGCATATAATTTAGTAACAAAATACAAGGTTTCCCTCCT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAACTAAAATCTGCATATAATTTAGTAACAAAATACAAGGTTT-CCTCCT  296

seq1  GCTACGGACACTAAACCAGCTGGATTCACTTCTCCCAGTCCTAAAGGGAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACGGACACTAAACCAGCTGGATTCACTTCTCCCAGTCCTAAAGGGAA  346

seq1  TGTAGGGACAATTGGAGAACTGTGGTGTTAAACTCTTGCCCCAACTTCCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGACAATTGGAGAACTGTGGTGTTAAACTCTTGCCCCAACTTCCT  396

seq1  TGTGTAGCCCAGATCCGTCCCAGAATACATCCACACACATTTGTGTGCTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGCCCAGATCCGTCCCAGAATACATCCACACACATTTGTGTGCTT  446

seq1  ATTAATGAGGGGACACTTTCTGAAAACTCCGTGGCTGGACAATTTTTCCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGAGGGGACACTTTCTGAAAACTCCGTGGCTGGACAATTTTTCCT  496

seq1  TTTTTTTCTTTTTTTCTTTTGTATGGGTGTGTTGTGTACATGTATGTCAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTTTTTTTCTTTTGTATGGGTGTGTTGTGTACATGTATGTCAG  546

seq1  GGTACTATATGCATGAAGTGCTTTTATGGGCCAACAGAAAGTGCCAGGTC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTATATGCATGAAGTGCTTTTATGGGCCAACAGAAAGTGCCAGGTC  596

seq1  TTCTGGGGCTGGAGATACAGATGGTTGTTAACCAACATGGATGCTGGGAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGGCTGGAGATACAGATGGTTGTTAACCAACATGGATGCTGGGAT  646

seq1  TCAAAGCAGGAAGAGCAGACAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCAGGAAGAGCAGACAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  696

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCACAGACATGTGCAAACATTGTAGGAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCACAGACATGTGCAAACATTGTAGGAC  746

seq1  ATTCTTACAGGAACAGTAGATCACTCTATGTGAGCTCTCCATTCAGTCAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTACAGGAACAGTAGATCACTCTATGTGAGCTCTCCATTCAGTCAA  796

seq1  TAAGCGATAGACATGACACTCATCTGTGCTAGTAAAATATTAAAAGCAAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCGATAGACATGACACTCATCTGTGCTAGTAAAATATTAAAAGCAAC  846

seq1  GGTTATTTTATCTCATGTGTATGCGTGTGCCTGCTTCTCTGTATGTGTAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTTTATCTCATGTGTATGCGTGTGCCTGCTTCTCTGTATGTGTAC  896

seq1  TGTGTGAATGCAGGTACCCTTGAAGCCAGAAAAGGCTGTCAGTTCTCCTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAATGCAGGTACCCTTGAAGCCAGAAAAGGCTGTCAGTTCTCCTG  946

seq1  GTACTGGGATCACCAGTATTGTGAACCACTGGTGTGGGTGAACCTGGGTC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGGATCACCAGTATTGTGAACCACTGGTGTGGGTGAACCTGGGTC  996

seq1  CTCCAAAAGAGCAGCAAGTGCTGGTAATTGCTGAGCCCTCTCTCAAACCC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAAGAGCAGCAAGTGCTGGTAATTGCTGAGCCCTCTCTCAAACCC  1046

seq1  CCACAACATGGGAAATGTCTGTGTTCAGTTTTGAGGCCAGAACCCAGGTT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACATGGGAAATGTCTGTGTTCAGTTTTGAGGCCAGAACCCAGGTT  1096

seq1  TTTGAATATTCTAGGTAAGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATATTCTAGGTAAGAATTC  1120