BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231J17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 71,144,630 - 71,323,067
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG620143, LOC100042291, 4930520P13Rik, EG633042, BC018507, EG620473, Adamts16, 8030423J24Rik
Downstream geneLOC627230, LOC100042360, Irx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231J17.bB6Ng01-231J17.g
ACCGA044164GA044165
length1,0571,166
definitionB6Ng01-231J17.b B6Ng01-231J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,322,007 - 71,323,067)(71,144,630 - 71,145,788)
sequence
gaattccttctgtcacactatgagtgtcctgacctctctgaagacacatg
ggcatactgtgctgttacagtgttagtgtccagcccagtcattccaatga
gtgaacagtgacaacagtgggtgctgactcccctccactaactgataacg
aggttggacatcttttaccatgcctattgcctgcttggatattctgtcaa
tcactgacaaccatttggagccttattaaagcttattaaattacttttaa
tactcagatcttttctctgcagtttatggaatgaccagagaaaataaact
tatttcattctcttagaagttaatttcatctatgcttttgttactgttac
ttttcttgactccgtgtctcattttgtagctcaggctggctgctccttct
ccattctcaagtgctggggtcacagacaatcagctcatccttgcttctgt
atgtgacctgtttgtcaagcaccaagggtatgctaccataacaagtgggt
gaaacaggaaagagattgcagacttaccatatattatggagtagctgctg
tatgacctgagcaacacaaaagaggggtgtgctgtatttcttgctgctga
gccactagggcataaagtgggcaggagaaagaccaggtatgggtgatcat
catgaatattgtcttgccaggggattttctttacaagcttgaaggcagga
gtgaatctcaggaaaagaatcatgaaaacagacccaaaggtgaagctgtg
agagtttaaggagatcaccaggtgcccaggaggagacatgagggctcaga
gctttctacatagcaaattaggcaagcctgcaggcttggtatcacaccta
taattctttaagtctaagaaattttcagaacacttacaagaagaagcaaa
tgttctatgagaggtttgtttgttgtttgtttgtctgttttttaagaggc
agaactatgagaaatagaaacccttttaaaatggtttatgatttttttgt
gctcatggttctttgcctgcatgcatatatgtatatgtatgtgtatggtg
tatgatg

gaattcagggcaggcttttgttactctttaaaaggtaaccaaactgcagc
ccaccacagtgaactgcccacagcacagcttccccaggcttgccttccac
acttgctcttggttttagctcttggtccctagctctggctcctggagaca
gggacagctgtgtcttccaggctggagcccctggctgtgcccacgaccag
gaatcctccttctgaatgtcagggtgatcctgtgttcccagccaatcaag
acagtatgatttctttctttttttttcaggacacataattaactgcagag
taaagagaaagattcacttggggctttgcaaaagaacaagaaagaaatga
ttagaaattaaatttgtccaacaaatggtctttattcatctgaaagatat
taatctggtttggataaaagtgtctccattcagagaacacatacatccca
gcccacacgtctccagactgacaaaaccctttacctgcattcactttcct
caatgcctccagtcactttcagggtggtttaatgtaaggccattggtgtc
ttgttcttagctcagcagtgccctcttgtggtatgtagagggctgactct
gaacagcactactcacacctgggggttttgagtaagtatgcctcaaatat
cttcttgcttataacacttgtgagtaacatttacatctaaagagggatag
tttgaaaagcaaagtcatgtcactctgtcagtacagagccaatatcagat
ggaatgctagtagccaatgacggatgccctactatgtattagacagagac
ttcgttggattatttttcctctttttattatagcacttaaaatatattta
ttatttgtgtgcatgtacatatgtgaatataatgtatgaatagtgtatat
atgtatacatgtgggcatcttctgtgtgtggaagccagagatgtatggtg
tatctttccatgaattctcttgggtatctttgctttgtgttgcttgggtt
acagacacacacgactcgaatcacaggcacatacacttgagctacacaca
caacattactcccaattacagaaaccgcaccaccctgttacagaaccaca
cacaatcctggtatgggaacattggcaccttagaactatcaacttagtac
acctctcacacactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_71322007_71323067
seq2: B6Ng01-231J17.b_45_1101 (reverse)

seq1  CATCATACA-CATACACATACATATACATATATGCATGCAGGCAAAGAAC  49
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATACACCATACACATACATATACATATATGCATGCAGGCAAAGAAC  50

seq1  CATGAGCACAAAAAAATCATAAAACCATTTTTAAAAAGGTTTCTATTTCT  99
      |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  CATGAGCACAAAAAAATCAT-AAACCA-TTTTAAAAGGGTTTCTATTTCT  98

seq1  CATAGTTCTGCCTTCTTAAAAAACAGACAAACAAACAAACAAACAAACCT  149
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATAGTTCTGCC-TCTTAAAAAACAGACAAACAAAC-AACAAACAAACCT  146

seq1  CTCATTAGAACATTTGCTTCTTCTTGTAAGTGTTCTGAAAATTTCTTAGA  199
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCA-TAGAACATTTGCTTCTTCTTGTAAGTGTTCTGAAAATTTCTTAGA  195

seq1  CTTAAAGAATTATAGGTGTGATACCAAGCCTGCAGGCTTGCCTAATTTGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGAATTATAGGTGTGATACCAAGCCTGCAGGCTTGCCTAATTTGC  245

seq1  TATGTAGAAAGCTCTGAGCCCTCATGTCTCCTCCTGGGCACCTGGTGATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGAAAGCTCTGAGCCCTCATGTCTCCTCCTGGGCACCTGGTGATC  295

seq1  TCCTTAAACTCTCACAGCTTCACCTTTGGGTCTGTTTTCATGATTCTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAAACTCTCACAGCTTCACCTTTGGGTCTGTTTTCATGATTCTTTT  345

seq1  CCTGAGATTCACTCCTGCCTTCAAGCTTGTAAAGAAAATCCCCTGGCAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGATTCACTCCTGCCTTCAAGCTTGTAAAGAAAATCCCCTGGCAAG  395

seq1  ACAATATTCATGATGATCACCCATACCTGGTCTTTCTCCTGCCCACTTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTCATGATGATCACCCATACCTGGTCTTTCTCCTGCCCACTTTA  445

seq1  TGCCCTAGTGGCTCAGCAGCAAGAAATACAGCACACCCCTCTTTTGTGTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTAGTGGCTCAGCAGCAAGAAATACAGCACACCCCTCTTTTGTGTT  495

seq1  GCTCAGGTCATACAGCAGCTACTCCATAATATATGGTAAGTCTGCAATCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGTCATACAGCAGCTACTCCATAATATATGGTAAGTCTGCAATCT  545

seq1  CTTTCCTGTTTCACCCACTTGTTATGGTAGCATACCCTTGGTGCTTGACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGTTTCACCCACTTGTTATGGTAGCATACCCTTGGTGCTTGACA  595

seq1  AACAGGTCACATACAGAAGCAAGGATGAGCTGATTGTCTGTGACCCCAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTCACATACAGAAGCAAGGATGAGCTGATTGTCTGTGACCCCAGC  645

seq1  ACTTGAGAATGGAGAAGGAGCAGCCAGCCTGAGCTACAAAATGAGACACG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGAATGGAGAAGGAGCAGCCAGCCTGAGCTACAAAATGAGACACG  695

seq1  GAGTCAAGAAAAGTAACAGTAACAAAAGCATAGATGAAATTAACTTCTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAAGAAAAGTAACAGTAACAAAAGCATAGATGAAATTAACTTCTAA  745

seq1  GAGAATGAAATAAGTTTATTTTCTCTGGTCATTCCATAAACTGCAGAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGAAATAAGTTTATTTTCTCTGGTCATTCCATAAACTGCAGAGAA  795

seq1  AAGATCTGAGTATTAAAAGTAATTTAATAAGCTTTAATAAGGCTCCAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCTGAGTATTAAAAGTAATTTAATAAGCTTTAATAAGGCTCCAAAT  845

seq1  GGTTGTCAGTGATTGACAGAATATCCAAGCAGGCAATAGGCATGGTAAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTCAGTGATTGACAGAATATCCAAGCAGGCAATAGGCATGGTAAAA  895

seq1  GATGTCCAACCTCGTTATCAGTTAGTGGAGGGGAGTCAGCACCCACTGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCAACCTCGTTATCAGTTAGTGGAGGGGAGTCAGCACCCACTGTT  945

seq1  GTCACTGTTCACTCATTGGAATGACTGGGCTGGACACTAACACTGTAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTGTTCACTCATTGGAATGACTGGGCTGGACACTAACACTGTAACA  995

seq1  GCACAGTATGCCCATGTGTCTTCAGAGAGGTCAGGACACTCATAGTGTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTATGCCCATGTGTCTTCAGAGAGGTCAGGACACTCATAGTGTGA  1045

seq1  CAGAAGGAATTC  1061
      ||||||||||||
seq2  CAGAAGGAATTC  1057


seq1: chr13_71144630_71145788
seq2: B6Ng01-231J17.g_67_1232

seq1  GAATTCAGGGCAGGCTTTTGTTACTCTTTAAAAGGTAACCAAACTGCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGCAGGCTTTTGTTACTCTTTAAAAGGTAACCAAACTGCAGC  50

seq1  CCACCACAGTGAACTGCCCACAGCACAGCTTCCCCAGGCTTGCCTTCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACAGTGAACTGCCCACAGCACAGCTTCCCCAGGCTTGCCTTCCAC  100

seq1  ACTTGCTCTTGGTTTTAGCTCTTGGTCCCTAGCTCTGGCTCCTGGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTCTTGGTTTTAGCTCTTGGTCCCTAGCTCTGGCTCCTGGAGACA  150

seq1  GGGACAGCTGTGTCTTCCAGGCTGGAGCCCCTGGCTGTGCCCACGACCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGCTGTGTCTTCCAGGCTGGAGCCCCTGGCTGTGCCCACGACCAG  200

seq1  GAATCCTCCTTCTGAATGTCAGGGTGATCCTGTGTTCCCAGCCAATCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTCCTTCTGAATGTCAGGGTGATCCTGTGTTCCCAGCCAATCAAG  250

seq1  ACAGTATGATTTCTTTCTTTTTTTTTCAGGACACATAATTAACTGCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATGATTTCTTTCTTTTTTTTTCAGGACACATAATTAACTGCAGAG  300

seq1  TAAAGAGAAAGATTCACTTGGGGCTTTGCAAAAGAACAAGAAAGAAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGAAAGATTCACTTGGGGCTTTGCAAAAGAACAAGAAAGAAATGA  350

seq1  TTAGAAATTAAATTTGTCCAACAAATGGTCTTTATTCATCTGAAAGATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATTAAATTTGTCCAACAAATGGTCTTTATTCATCTGAAAGATAT  400

seq1  TAATCTGGTTTGGATAAAAGTGTCTCCATTCAGAGAACACATACATCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGGTTTGGATAAAAGTGTCTCCATTCAGAGAACACATACATCCCA  450

seq1  GCCCACACGTCTCCAGACTGACAAAACCCTTTACCTGCATTCACTTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACACGTCTCCAGACTGACAAAACCCTTTACCTGCATTCACTTTCCT  500

seq1  CAATGCCTCCAGTCACTTTCAGGGTGGTTTAATGTAAGGCCATTGGTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCTCCAGTCACTTTCAGGGTGGTTTAATGTAAGGCCATTGGTGTC  550

seq1  TTGTTCTTAGCTCAGCAGTGCCCTCTTGTGGTATGTAGAGGGCTGACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTAGCTCAGCAGTGCCCTCTTGTGGTATGTAGAGGGCTGACTCT  600

seq1  GAACAGCACTACTCACACCTGGGGGTTTTGAGTAAGTATGCCTCAAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCACTACTCACACCTGGGGGTTTTGAGTAAGTATGCCTCAAATAT  650

seq1  CTTCTTGCTTATAACACTTGTGAGTAACATTTACATCTAAAGAGGGATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGCTTATAACACTTGTGAGTAACATTTACATCTAAAGAGGGATAG  700

seq1  TTTGAAAAGCAAAGTCATGTCACTCTGTCAGTACAGAGCCAATATCAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAGCAAAGTCATGTCACTCTGTCAGTACAGAGCCAATATCAGAT  750

seq1  GGAATGCTAGTAGCCAATGACGGATGCCCTACTATGTATTAGACAGAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCTAGTAGCCAATGACGGATGCCCTACTATGTATTAGACAGAGAC  800

seq1  TTCGTTGGATTATTTTTCCTCTTTTTATTATAGCACTTAAAATATATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTGGATTATTTTTCCTCTTTTTATTATAGCACTTAAAATATATTTA  850

seq1  TTATTTGTGTGCATGTACATATGTGAATATAATGTATGAATAGTGTATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTGTGCATGTACATATGTGAATATAATGTATGAATAGTGTATAT  900

seq1  ATGTATACATGTGGGCA-CCTCTGTGTGTGGAAGCCAGAGATGTAT-GTG  948
      ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGTATACATGTGGGCATCTTCTGTGTGTGGAAGCCAGAGATGTATGGTG  950

seq1  TATCTTTCCCATG-ATTCTCTT-GGTATCTTTGCTTTGTG-TGCTTGGGT  995
      ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TATCTTT-CCATGAATTCTCTTGGGTATCTTTGCTTTGTGTTGCTTGGGT  999

seq1  TACAGACACACACGACCCG-ATCACAGGCACATACAACTTGAGCTACACA  1044
      |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TACAGACACACACGACTCGAATCACAGGCACATAC-ACTTGAGCTACACA  1048

seq1  CAC-ACATTACTCCC-ATTACAGACA-CGCACCACCCTGTTACAGA--CA  1089
      ||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||  ||
seq2  CACAACATTACTCCCAATTACAGAAACCGCACCACCCTGTTACAGAACCA  1098

seq1  CACACCATCCCTGTTATAGAAACA-TAGCACCTTTTAGAAACATATCACC  1138
      ||||| || |||| ||| | |||| | |||||  ||||||   ||||| |
seq2  CACACAAT-CCTGGTATGGGAACATTGGCACC--TTAGAA--CTATCAAC  1143

seq1  TTAGTTACA---CTCACACACTGT  1159
      |||| ||||   ||||||||||||
seq2  TTAG-TACACCTCTCACACACTGT  1166


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |