BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232P13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 89,479,163 - 89,578,647
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667230, EG435375, Edil3
Downstream geneHapln1, EG667266, Vcan, LOC100042940, Xrcc4, Tmem167, LOC100043170
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232P13.bB6Ng01-232P13.g
ACCGA045169GA045170
length1,145843
definitionB6Ng01-232P13.b B6Ng01-232P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,479,163 - 89,480,319)(89,577,805 - 89,578,647)
sequence
gaattctttcacccactatgtggacttgaaaaggagactgtagaacacaa
tcatattaaaactgtttaatactttcacgtgccttttaaagctagaactg
ctgtatattgttttaaccagcatacttgtgcttgtaatgaagtaaatgat
tatgtaagtagacaggaggatttctctccaaacatctactaagtaccttg
agaaggtgccattcacgatttccacccaaaataagttaaatagtgtttcc
tttaggaaaaaaattcttcctattttcactatttttaatcagcaaatggg
ataacttggctcacaggacatttctatttcctaacccctgtgacaactat
tctctgtgattataatatccctctcccttgctgtccagctccggaagtaa
tctgtggtcattagaggtcagcactgtcatcttatatttgtgtcaaccac
actgaatgatcacatggattgaaagtatcatggctaaactccagttcctc
aaatctctccttcctacaatattacacagctcggaaagctgtttcgtttt
tcaggatcacatcaccctcaaagatgtataacttcttagatactttaact
ttaatgacccattatctggtcatgacttgctatttggtagcatcttcacc
tattttggcagaaaaatcgattaatactattctaagtcctaccttagtag
catttaagaatcctccaacaaatgaccattgaaggtctggcacacaaaag
ataagaatgagagccatgttgcaactgagtgtgtgccctctaattttggt
ttgtgcttcttgcacaataatttctgaatgcctctactcctaaaccagtt
caatggtgtctatatggactggtgtctccacagaataaactcatagagcc
atacatattgctataaaaatgcatctccatttcattactgatttctaagc
caatgttgctcagtaatcatggtgcatatcctcatgcatattcatcccca
tggtgttacacacagtgttcttaattgagctgctaatatccttagtattt
cagctctatgagacctcatgtgcagagcacagggattgtgtgaatacatg
cccttcctcgctggcatgttcatcagcctcagagaaatctaccat

gaattctgtgaaactagatgttccttgatgtaatgattcttaaacaatta
aaaactgaggcatggggcacagcacaacacagccctaatggcccaggtgc
atgctgtgtgttctcatcttggagacaatgtaataactacacaatggcag
ttccagattaatgcttgacttgtgaagaaagtttgaaaaaattattagaa
aatgaaatagagcaaacactgggaccccaagaaaggaaaaacaattatta
aagttatcaaataagttttgcataacatttgagagtggttcctgggtaag
caagtatagaatatgtaaaatcttatattagtaaaactaagttaaaacac
tgggactcttaggagagtcattgtgtgcaatgtgcagaagcagaaagcta
gtggaactattgagttaagggttaacttgattctttctggctattgccta
gcagctttgcccatgtcatttatcattagagcttcacaagaaaatgcaag
tagttggcctcagagctctgttctctgaagtataataagttaaaatttaa
ataataataagtttgccattattattattttggctataggcctggaaata
gggaagcttgaaacttgggaacaattttaattcttgattttttgtgtgat
gtggttaatcctttaaatttgatttggcgatgattatacaatgtctattt
ttacccacttttgaggtatcaataaaagagtgaggcaaaaaaaggtgaga
gagcatgagaagagcatgtgaagagtgagtgaaggaagaatgtgaagagt
gagtgaagagagaaggtgaagagtgagtgaagagagaatgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_89479163_89480319
seq2: B6Ng01-232P13.b_45_1189

seq1  GAATTCTTTCACCCACTATGTGGACTTGAAAAGGAGACTGTAGAACACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCACCCACTATGTGGACTTGAAAAGGAGACTGTAGAACACAA  50

seq1  TCATATTAAAACTGTTTAATACTTTCACGTGCCTTTTAAAGCTAGAACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTAAAACTGTTTAATACTTTCACGTGCCTTTTAAAGCTAGAACTG  100

seq1  CTGTATATTGTTTTAACCAGCATACTTGTGCTTGTAATGAAGTAAATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATATTGTTTTAACCAGCATACTTGTGCTTGTAATGAAGTAAATGAT  150

seq1  TATGTAAGTAGACAGGAGGATTTCTCTCCAAACATCTACTAAGTACCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAGTAGACAGGAGGATTTCTCTCCAAACATCTACTAAGTACCTTG  200

seq1  AGAAGGTGCCATTCACGATTTCCACCCAAAATAAGTTAAATAGTGTTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTGCCATTCACGATTTCCACCCAAAATAAGTTAAATAGTGTTTCC  250

seq1  TTTAGGAAAAAAATTCTTCCTATTTTCACTATTTTTAATCAGCAAATGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAAAAAAATTCTTCCTATTTTCACTATTTTTAATCAGCAAATGGG  300

seq1  ATAACTTGGCTCACAGGACATTTCTATTTCCTAACCCCTGTGACAACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTGGCTCACAGGACATTTCTATTTCCTAACCCCTGTGACAACTAT  350

seq1  TCTCTGTGATTATAATATCCCTCTCCCTTGCTGTCCAGCTCCGGAAGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGATTATAATATCCCTCTCCCTTGCTGTCCAGCTCCGGAAGTAA  400

seq1  TCTGTGGTCATTAGAGGTCAGCACTGTCATCTTATATTTGTGTCAACCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGTCATTAGAGGTCAGCACTGTCATCTTATATTTGTGTCAACCAC  450

seq1  ACTGAATGATCACATGGATTGAAAGTATCATGGCTAAACTCCAGTTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGATCACATGGATTGAAAGTATCATGGCTAAACTCCAGTTCCTC  500

seq1  AAATCTCTCCTTCCTACAATATTACACAGCTCGGAAAGCTGTTTCGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTCCTTCCTACAATATTACACAGCTCGGAAAGCTGTTTCGTTTT  550

seq1  TCAGGATCACATCACCCTCAAAGATGTATAACTTCTTAGATACTTTAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATCACATCACCCTCAAAGATGTATAACTTCTTAGATACTTTAACT  600

seq1  TTAATGACCCATTATCTGGTCATGACTTGCTATTTGGTAGCATCTTCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGACCCATTATCTGGTCATGACTTGCTATTTGGTAGCATCTTCACC  650

seq1  TATTTTGGCAGAAAAATCGATTAATACTATTCTAAGTCCTACCTTAGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGGCAGAAAAATCGATTAATACTATTCTAAGTCCTACCTTAGTAG  700

seq1  CATTTAAGAATCCTCCAACAAATGACCATTGAAGGTCTGGCACACAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAGAATCCTCCAACAAATGACCATTGAAGGTCTGGCACACAAAAG  750

seq1  ATAAGAATGAGAGCCATGTTGCAACTGAGTGTGTGCCCTCTAATTTTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAATGAGAGCCATGTTGCAACTGAGTGTGTGCCCTCTAATTTTGGT  800

seq1  TTGTGCTTCTTGCACAATAA-TTCTGAATGCCTCTACTCCTAAACCAGTT  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTTCTTGCACAATAATTTCTGAATGCCTCTACTCCTAAACCAGTT  850

seq1  CAATGGTGTCTATATGGACTGGTGTCTCCACAGAATAAACTCATAGAGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTGTCTATATGGACTGGTGTCTCCACAGAATAAACTCATAGAGCC  900

seq1  ATACATATTGCTATAAAAATGCATCTCCATTTCATTACTGATTTCTAAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATTGCTATAAAAATGCATCTCCATTTCATTACTGATTTCTAAGC  950

seq1  CAATGTTGCTCAGTAATCATGGTGCATATCCTCATGCATATTCATCCCCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAATGTTGCTCAGTAATCATGGTGCATATCCTCATGCATATTCAT-CCCC  999

seq1  ATGGTGTTACACAACAGTGTTCTTAATTGAAGCTGCTAATAATTCCTTAA  1049
      |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |
seq2  ATGGTGTTACAC-ACAGTGTTCTTAATTG-AGCTGCTAATA--TCCTT-A  1044

seq1  GTATTTCAGCTCTATGAAGAACCCCATGTGCAGAGCACAGGGAATTGTGG  1099
      |||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||| ||||| |
seq2  GTATTTCAGCTCTATGA--GACCTCATGTGCAGAGCACAGGG-ATTGT-G  1090

seq1  TGAATACATGCCCTT-CTCGCTGGCAAATGTTCCATCAGGGCCTCAGAGA  1148
      ||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||  ||||||||||
seq2  TGAATACATGCCCTTCCTCGCTGGC--ATGTT-CATCA--GCCTCAGAGA  1135

seq1  TA-CTACCAT  1157
       | |||||||
seq2  AATCTACCAT  1145


seq1: chr13_89577805_89578647
seq2: B6Ng01-232P13.g_68_910 (reverse)

seq1  TCACATTCTCTCTTCACTCACTCTTCACCTTCTCTCTTCACTCACTCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTCTCTCTTCACTCACTCTTCACCTTCTCTCTTCACTCACTCTTC  50

seq1  ACATTCTTCCTTCACTCACTCTTCACATGCTCTTCTCATGCTCTCTCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTCCTTCACTCACTCTTCACATGCTCTTCTCATGCTCTCTCACC  100

seq1  TTTTTTTGCCTCACTCTTTTATTGATACCTCAAAAGTGGGTAAAAATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGCCTCACTCTTTTATTGATACCTCAAAAGTGGGTAAAAATAGA  150

seq1  CATTGTATAATCATCGCCAAATCAAATTTAAAGGATTAACCACATCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTATAATCATCGCCAAATCAAATTTAAAGGATTAACCACATCACAC  200

seq1  AAAAAATCAAGAATTAAAATTGTTCCCAAGTTTCAAGCTTCCCTATTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCAAGAATTAAAATTGTTCCCAAGTTTCAAGCTTCCCTATTTCC  250

seq1  AGGCCTATAGCCAAAATAATAATAATGGCAAACTTATTATTATTTAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTATAGCCAAAATAATAATAATGGCAAACTTATTATTATTTAAATT  300

seq1  TTAACTTATTATACTTCAGAGAACAGAGCTCTGAGGCCAACTACTTGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTATTATACTTCAGAGAACAGAGCTCTGAGGCCAACTACTTGCAT  350

seq1  TTTCTTGTGAAGCTCTAATGATAAATGACATGGGCAAAGCTGCTAGGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTGAAGCTCTAATGATAAATGACATGGGCAAAGCTGCTAGGCAA  400

seq1  TAGCCAGAAAGAATCAAGTTAACCCTTAACTCAATAGTTCCACTAGCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGAAAGAATCAAGTTAACCCTTAACTCAATAGTTCCACTAGCTTT  450

seq1  CTGCTTCTGCACATTGCACACAATGACTCTCCTAAGAGTCCCAGTGTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTGCACATTGCACACAATGACTCTCCTAAGAGTCCCAGTGTTTT  500

seq1  AACTTAGTTTTACTAATATAAGATTTTACATATTCTATACTTGCTTACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGTTTTACTAATATAAGATTTTACATATTCTATACTTGCTTACCC  550

seq1  AGGAACCACTCTCAAATGTTATGCAAAACTTATTTGATAACTTTAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCACTCTCAAATGTTATGCAAAACTTATTTGATAACTTTAATAAT  600

seq1  TGTTTTTCCTTTCTTGGGGTCCCAGTGTTTGCTCTATTTCATTTTCTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTCCTTTCTTGGGGTCCCAGTGTTTGCTCTATTTCATTTTCTAAT  650

seq1  AATTTTTTCAAACTTTCTTCACAAGTCAAGCATTAATCTGGAACTGCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTCAAACTTTCTTCACAAGTCAAGCATTAATCTGGAACTGCCAT  700

seq1  TGTGTAGTTATTACATTGTCTCCAAGATGAGAACACACAGCATGCACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGTTATTACATTGTCTCCAAGATGAGAACACACAGCATGCACCTG  750

seq1  GGCCATTAGGGCTGTGTTGTGCTGTGCCCCATGCCTCAGTTTTTAATTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATTAGGGCTGTGTTGTGCTGTGCCCCATGCCTCAGTTTTTAATTGT  800

seq1  TTAAGAATCATTACATCAAGGAACATCTAGTTTCACAGAATTC  843
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAATCATTACATCAAGGAACATCTAGTTTCACAGAATTC  843


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |