BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236I03
Chromosome13 (Build37)
Map Location 51,006,299 - 51,160,268
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC676997, EG667717
Upstream geneLOC100040099, LOC625110, LOC676907, LOC667546, LOC667552, LOC100040085, LOC100040159, LOC100040176, LOC100040118, Gm906, 2310081J21Rik, LOC676954, LOC667625, LOC667632, EG667637, Fbxw17, Gm806, EG639044, Gm904, LOC100040315, EG667693, LOC100040161, LOC100040190, EG667712
Downstream geneSpin1, 4930519N16Rik, EG667728, LOC667733, Ppia-ps13_636.1, LOC625524, Edg3, Shc3, Cks2, Secisbp2, Sema4d, Gadd45g
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236I03.bB6Ng01-236I03.g
ACCGA047709GA047710
length8711,091
definitionB6Ng01-236I03.b B6Ng01-236I03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,159,398 - 51,160,268)(51,006,299 - 51,007,383)
sequence
gaattcagggtcttgcaaatgctctcaggccatcaactgaaacaggcatc
agagggtgcttctgctaacaaccactggctccttgcttgagtagacacag
actgaaagcagaagaaaagctctgcatctccagttcatttcatggtattt
tggcccaggatgcagagacaaaggatgacgcttcagctgttaacataata
acaacttaacctctctgcccacctggcagggtgaaccagaactgagaaga
cggtgggttatgggtcagtgatgggcaggacccccctcccccaccacaca
cacacaccagggctagtcagttgtacacacctcatactctctttaaaccc
gagcctcttctaggcttttgactcagaattagagtgctagcctggcatgc
aagcctgggtttgatccttagcatcacaaaagtgtttgcatacacctgtc
agtaccctgaatacagaactcagggttcctctttgcaatgagatcatatt
gaataaatctctctctgctttcccttatcggctttttaaatttgagtact
ggggacaagtcactgaatgtagcttgttagggggctttcagagagcccag
gcttttagcctaaaaattctggtaactgtatcatagatcatcctgtactc
atggtttccactgttctgtgtgatgaatgctatttcttcagtcacctgtg
catgcatggcgagtgtttctacactatgagaagggaaacatggaggttgg
ctcaaggcatccaagacaaagttctcagcacagagcagattaatttgggc
cagagggacaaaaggcaggtaacaagagacaaggacaggaagtagaggat
gggggagaaggggaagggaac
gaattcccaaggataagatcaatgtgaaggatcacatagggtttcattcc
catgaagagaggcagagtaatataatatctatagggataagaaagggaga
aaggattgggaaactaaggccttttattccaagctccactaagctcaagg
atacagccaacacttccctatatataccaggaaaaggagaggctcctcct
aataccttttgaaagaacatcttaagcaatgatatggaacaatatggaaa
tctcagcacaaaatacaaggggaaggttcattctttgaagaacaaaagcc
caacactaactactaagcacagaacttactaacaagagagaagacaatct
actctatggcagctgaactgcaagccctcatgaatgctctggtccatatc
ctggtgagtaacatacataagccatcaaaggtacaaaaatgaaaagtaga
atctgtgacgactcagctgggtggctcataccacacttctgaggttctct
atgacctacaccatagcagaccagcaagcaagatgagctgtagccaagtc
agaacagagaggagcacaaccatccattcacatacaggggaattggaatc
aaactgaagtcagacattgatgccagaggacctgtgaccatcatctaacc
aagtgaagagaggaatgaccattcatgttggtagaggggaattggagatg
accaggtcttgctgaccagagattctgtgacctaggtcaaattaaaacaa
agattggaatgggtggatgtccacatagagtccagaggggcacagccatg
cattcagatatagagaaattggagtcaacagcagccatgcattatgcatg
aagccattgatgccaggagacatctaggagaaactcaaacctagcaggtg
atcttcccgagatggtttccctcatgaattataaaggatgttcggattcg
cttctttaggcaaggccaagaagattaagtaggagaaaaagaattccctg
ctattaaatttatattggttattataaatttatataggaaacactaggca
ataggcccacccttcgtagacatttctggcaggcaaggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_51159398_51160268
seq2: B6Ng01-236I03.b_44_914 (reverse)

seq1  GTTCCCTTCCCCTTCTCCCCCATCCTCTACTTCCTGTCCTTGTCTCTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTTCCCCTTCTCCCCCATCCTCTACTTCCTGTCCTTGTCTCTTGT  50

seq1  TACCTGCCTTTTGTCCCTCTGGCCCAAATTAATCTGCTCTGTGCTGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCCTTTTGTCCCTCTGGCCCAAATTAATCTGCTCTGTGCTGAGAA  100

seq1  CTTTGTCTTGGATGCCTTGAGCCAACCTCCATGTTTCCCTTCTCATAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTTGGATGCCTTGAGCCAACCTCCATGTTTCCCTTCTCATAGTG  150

seq1  TAGAAACACTCGCCATGCATGCACAGGTGACTGAAGAAATAGCATTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACACTCGCCATGCATGCACAGGTGACTGAAGAAATAGCATTCATC  200

seq1  ACACAGAACAGTGGAAACCATGAGTACAGGATGATCTATGATACAGTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAACAGTGGAAACCATGAGTACAGGATGATCTATGATACAGTTAC  250

seq1  CAGAATTTTTAGGCTAAAAGCCTGGGCTCTCTGAAAGCCCCCTAACAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTTTTAGGCTAAAAGCCTGGGCTCTCTGAAAGCCCCCTAACAAGC  300

seq1  TACATTCAGTGACTTGTCCCCAGTACTCAAATTTAAAAAGCCGATAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCAGTGACTTGTCCCCAGTACTCAAATTTAAAAAGCCGATAAGGG  350

seq1  AAAGCAGAGAGAGATTTATTCAATATGATCTCATTGCAAAGAGGAACCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGAGAGAGATTTATTCAATATGATCTCATTGCAAAGAGGAACCCT  400

seq1  GAGTTCTGTATTCAGGGTACTGACAGGTGTATGCAAACACTTTTGTGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTGTATTCAGGGTACTGACAGGTGTATGCAAACACTTTTGTGATG  450

seq1  CTAAGGATCAAACCCAGGCTTGCATGCCAGGCTAGCACTCTAATTCTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGATCAAACCCAGGCTTGCATGCCAGGCTAGCACTCTAATTCTGAG  500

seq1  TCAAAAGCCTAGAAGAGGCTCGGGTTTAAAGAGAGTATGAGGTGTGTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCCTAGAAGAGGCTCGGGTTTAAAGAGAGTATGAGGTGTGTACA  550

seq1  ACTGACTAGCCCTGGTGTGTGTGTGTGGTGGGGGAGGGGGGTCCTGCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTAGCCCTGGTGTGTGTGTGTGGTGGGGGAGGGGGGTCCTGCCCA  600

seq1  TCACTGACCCATAACCCACCGTCTTCTCAGTTCTGGTTCACCCTGCCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACCCATAACCCACCGTCTTCTCAGTTCTGGTTCACCCTGCCAGG  650

seq1  TGGGCAGAGAGGTTAAGTTGTTATTATGTTAACAGCTGAAGCGTCATCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGAGAGGTTAAGTTGTTATTATGTTAACAGCTGAAGCGTCATCCT  700

seq1  TTGTCTCTGCATCCTGGGCCAAAATACCATGAAATGAACTGGAGATGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTGCATCCTGGGCCAAAATACCATGAAATGAACTGGAGATGCAG  750

seq1  AGCTTTTCTTCTGCTTTCAGTCTGTGTCTACTCAAGCAAGGAGCCAGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTCTTCTGCTTTCAGTCTGTGTCTACTCAAGCAAGGAGCCAGTGG  800

seq1  TTGTTAGCAGAAGCACCCTCTGATGCCTGTTTCAGTTGATGGCCTGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAGCAGAAGCACCCTCTGATGCCTGTTTCAGTTGATGGCCTGAGAG  850

seq1  CATTTGCAAGACCCTGAATTC  871
      |||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCAAGACCCTGAATTC  871

seq1: chr13_51006299_51007383
seq2: B6Ng01-236I03.g_66_1156

seq1  GAATTCCCAAGGATAAGATCAATGTGAAGGATCACATAGGGTTTCATTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGGATAAGATCAATGTGAAGGATCACATAGGGTTTCATTCC  50

seq1  CATGAAGAGAGGCAGAGTAATATAATATCTATAGGGATAAGAAAGGGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGAGAGGCAGAGTAATATAATATCTATAGGGATAAGAAAGGGAGA  100

seq1  AAGGATTGGGAAACTAAGGCCTTTTATTCCAAGCTCCACTAAGCTCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTGGGAAACTAAGGCCTTTTATTCCAAGCTCCACTAAGCTCAAGG  150

seq1  ATACAGCCAACACTTCCCTATATATACCAGGAAAAGGAGAGGCTCCTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCCAACACTTCCCTATATATACCAGGAAAAGGAGAGGCTCCTCCT  200

seq1  AATACCTTTTGAAAGAACATCTTAAGCAATGATATGGAACAATATGGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTTTTGAAAGAACATCTTAAGCAATGATATGGAACAATATGGAAA  250

seq1  TCTCAGCACAAAATACAAGGGGAAGGTTCATTCTTTGAAGAACAAAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCACAAAATACAAGGGGAAGGTTCATTCTTTGAAGAACAAAAGCC  300

seq1  CAACACTAACTACTAAGCACAGAACTTACTAACAAGAGAGAAGACAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTAACTACTAAGCACAGAACTTACTAACAAGAGAGAAGACAATCT  350

seq1  ACTCTATGGCAGCTGAACTGCAAGCCCTCATGAATGCTCTGGTCCATATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATGGCAGCTGAACTGCAAGCCCTCATGAATGCTCTGGTCCATATC  400

seq1  CTGGTGAGTAACATACATAAGCCATCAAAGGTACAAAAATGAAAAGTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAGTAACATACATAAGCCATCAAAGGTACAAAAATGAAAAGTAGA  450

seq1  ATCTGTGACGACTCAGCTGGGTGGCTCATACCACACTTCTGAGGTTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGACGACTCAGCTGGGTGGCTCATACCACACTTCTGAGGTTCTCT  500

seq1  ATGACCTACACCATAGCAGACCAGCAAGCAAGATGAGCTGTAGCCAAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTACACCATAGCAGACCAGCAAGCAAGATGAGCTGTAGCCAAGTC  550

seq1  AGAACAGAGAGGAGCACAACCATCCATTCACATACAGGGGAATTGGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGAGAGGAGCACAACCATCCATTCACATACAGGGGAATTGGAATC  600

seq1  AAACTGAAGTCAGACATTGATGCCAGAGGACCTGTGACCATCATCTAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAAGTCAGACATTGATGCCAGAGGACCTGTGACCATCATCTAACC  650

seq1  AAGTGAAGAGAGGAATGACCATTCATGTTGGTAGAGGGGAATTGGAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAGAGAGGAATGACCATTCATGTTGGTAGAGGGGAATTGGAGATG  700

seq1  ACCAGGTCTTGCTGACCAGAGATTCTGTGACCTAGGTCAAATTAAAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTCTTGCTGACCAGAGATTCTGTGACCTAGGTCAAATTAAAACAA  750

seq1  AGATTGGAATGGGTGGATGTCCACATAGAGTCCAGAGGGGCACAGCCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGAATGGGTGGATGTCCACATAGAGTCCAGAGGGGCACAGCCATG  800

seq1  CATTCAGATATAGAGAAATTGGAGTCAACAGCAGCCATGCATTATGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGATATAGAGAAATTGGAGTCAACAGCAGCCATGCATTATGCATG  850

seq1  AAGCCATTGATGCCAGGAGACATCTAGGAGAAACTCAAACCTAGCAGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCATTGATGCCAGGAGACATCTAGGAGAAACTCAAACCTAGCAGGTG  900

seq1  ATCTTCCCGAGATGG-TTCCCTCATGAATTATAAAGGATG-TCGGATTCG  948
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCTTCCCGAGATGGTTTCCCTCATGAATTATAAAGGATGTTCGGATTCG  950

seq1  CTTCTTTAGGCAAGGCCAAGAAGATTAAGTAGGAG-AAAAGA--TTCCTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||
seq2  CTTCTTTAGGCAAGGCCAAGAAGATTAAGTAGGAGAAAAAGAATTCCCTG  1000

seq1  CTATT-AATTTATATTGGTTATTATTAAATTTATATAAGAAACACTAGGC  1044
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTATTAAATTTATATTGGTTATTA-TAAATTTATATAGGAAACACTAGGC  1049

seq1  ATTA-GCCCACCCTTCGTAGACATTTCTGCAGGGCAAGGAAA  1085
      | || ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  AATAGGCCCACCCTTCGTAGACATTTCTGGCAGGCAAGGAAA  1091