BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238K23
Chromosome13 (Build37)
Map Location 83,289,563 - 83,442,861
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC238756, LOC667018
Downstream geneMef2c, LOC100043111, LOC623241, LOC432789, 2810049E08Rik, LOC100043119, LOC667081, LOC667101, Tmem161b, LOC666795
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238K23.bB6Ng01-238K23.g
ACCGA049315GA049316
length1,206619
definitionB6Ng01-238K23.b B6Ng01-238K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,441,687 - 83,442,861)(83,289,563 - 83,290,355)
sequence
gaattcctttgaaattttgttttaattagttaattaatcttgtattgctg
catattgaacacaggtttacatcataaatatgtctatggttgggatatta
attaggagtacctgacaacttaacatctacttttattgtagaatatatgt
gtttggacctttataaagataatgtaaagttgtgttatcctgtgtttgga
ggacaaataacacacccttacttacccagtgactgtcaggcaaatgttcc
atgccttggtagctgtgtgtattaatgagccagtgcttctgtgagcctag
attgagtggcctaaagaatacattttaatttccttcctagttctggagac
aaatctgagatgagggatggagagattactcattggctaaagtacctact
cctcttagagaggacccatttggtttccagaatccataactggtggttca
caaccatctgtatctctagtttcagggaattgtagacactcttgccatga
tagactcctgcctaatttattcatgtgcatcaatgtatacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacatcaaccaatccatccat
ccatccatccatccatccatccatccattttttataaagatacatgtgag
atcaagatgaggctttggtctctagtgaagctttccttccaggcttgcag
ccagaatcctcctttgcccctttacttgctgttagcgggcagagaaagga
gtccctggaatcttctttctatcatataaggacacaaacagtctcatggg
tctccattgttattcccacaatcataccttcatctctatgctatccctat
agattctaaatatgtaaatttatattatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatcctatacatattctaaaaatatgaaataagtttt
aacttataacatgctataagaaaaacaaaatctataaattctggggtgag
ttttgcacttattaccttgcttaagaaacaagagagcgcacacattttaa
ccaccttaaaataacacttcttgaaggtggaaggtctccctgccggtgaa
tgactggccatggttagatggatttttgacacccacacgcgactctccgt
tcgccgggaacaggaccacatggtttaacacttctggacaaaatttcaaa
aaaaaa

gaattcctcatcaaatgagaaaacacataatgcaaaatagcctttaatgt
ctatttatcttgagtccttaatcatagagcattaactcagcataagcttt
tactacacactaaaagtggaaagctttagattttgcaacacacacacaca
cacacacacatatacaaacatgtgcacacacacacagacacacacacaca
cacacaaatgaagggggcaggtagagggagacagagagaggccggcagga
attatatatatcttcttcctgactttatgagcaatactgtcttcatgctt
cctttaactgaagctgtttcaaaagtgacatactgtgtcaaatgcataat
ggttatgtaatgtggtcaaaaatccagggcaacagtacagaacacatcaa
aatcactccctgtaagacattatatactcatttgatctaacaatattcat
ccagtaaggtttgatgtactaagatgcacccatgtactcatgatgggaac
attaactgggtaccaacatgtgacttctcagtgaaagtggcattactgtg
ctccgtgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatatagat
acacacacacacacacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_83441687_83442861
seq2: B6Ng01-238K23.b_46_1251 (reverse)

seq1  TTTTCTTTTGAAA-TTTGTCC--CAGTGTTAA--CATCTGGTCCTGT--C  43
      |||| |||||||| |||||||   ||||||||  ||| |||||||||  |
seq2  TTTTTTTTTGAAATTTTGTCCAGAAGTGTTAAACCATGTGGTCCTGTTCC  50

seq1  CTGC-AACTGAATG----CTGTGGGT----AAAATACAACTAA-CATGAC  83
      | || ||| ||  |     |||||||    ||||| || |||| |||| |
seq2  CGGCGAACGGAGAGTCGCGTGTGGGTGTCAAAAATCCATCTAACCATGGC  100

seq1  CAGT-ACTCA-CAGCAGAGAGAACTTC--ACATCA--AAATGTTATTTTA  127
      |||| | ||| | |||| |||| ||||   | |||  || ||||||||||
seq2  CAGTCATTCACCGGCAGGGAGACCTTCCACCTTCAAGAAGTGTTATTTTA  150

seq1  TGTTG--TTAAATGTGTGCGCTC-CTTGTTTC-TAAGCAAGGTAAT-AGT  172
       | ||  | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||
seq2  AGGTGGTTAAAATGTGTGCGCTCTCTTGTTTCTTAAGCAAGGTAATAAGT  200

seq1  GCAAAACTCA-CCCAGA--TTAT-GATTTTG-TTTTCTTATAGCATGTTA  217
      |||||||||| ||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACTCACCCCAGAATTTATAGATTTTGTTTTTCTTATAGCATGTTA  250

seq1  TAAGTTAAAACTTATTTCATATATTTAGAATATGTATAGGATATATATAT  267
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TAAGTTAAAACTTATTTCATATTTTTAGAATATGTATAGG--ATATATAT  298

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATAATATAAATTTACATATT  317
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATAATATAAATTTACATATT  348

seq1  TAGAATCTATAGGGATAGCATAGAGATGAAGGTATGATTGTGGGAATAAC  367
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCTATAGGGATAGCATAGAGATGAAGGTATGATTGTGGGAATAAC  398

seq1  AATGGAGACCCATGAGACTGTTTGTGTCCTTATATGATAGAAAGAAGATT  417
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGACCCATGAGACTGTTTGTGTCCTTATATGATAGAAAGAAGATT  448

seq1  CCAGGGACTCCTTTCTCTGCCCGCTAACAGCAAGTAAAGGGGCAAAGGAG  467
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGACTCCTTTCTCTGCCCGCTAACAGCAAGTAAAGGGGCAAAGGAG  498

seq1  GATTCTGGCTGCAAGCCTGGAAGGAAAGCTTCACTAGAGACCAAAGCCTC  517
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGGCTGCAAGCCTGGAAGGAAAGCTTCACTAGAGACCAAAGCCTC  548

seq1  ATCTTGATCTCACATGTATCTTTATAAAAAATGGATGGATGGATGGATGG  567
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGATCTCACATGTATCTTTATAAAAAATGGATGGATGGATGGATGG  598

seq1  ATGGATGGATGGATGGATTGGTTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  617
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGGATGGATGGATTGGTTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  648

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATTGATGCACATGAATAAATTAGGCA  667
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATTGATGCACATGAATAAATTAGGCA  698

seq1  GGAGTCTATCATGGCAAGAGTGTCTACAATTCCCTGAAACTAGAGATACA  717
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTATCATGGCAAGAGTGTCTACAATTCCCTGAAACTAGAGATACA  748

seq1  GATGGTTGTGAACCACCAGTTATGGATTCTGGAAACCAAATGGGTCCTCT  767
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTGTGAACCACCAGTTATGGATTCTGGAAACCAAATGGGTCCTCT  798

seq1  CTAAGAGGAGTAGGTACTTTAGCCAATGAGTAATCTCTCCATCCCTCATC  817
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGGAGTAGGTACTTTAGCCAATGAGTAATCTCTCCATCCCTCATC  848

seq1  TCAGATTTGTCTCCAGAACTAGGAAGGAAATTAAAATGTATTCTTTAGGC  867
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTTGTCTCCAGAACTAGGAAGGAAATTAAAATGTATTCTTTAGGC  898

seq1  CACTCAATCTAGGCTCACAGAAGCACTGGCTCATTAATACACACAGCTAC  917
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAATCTAGGCTCACAGAAGCACTGGCTCATTAATACACACAGCTAC  948

seq1  CAAGGCATGGAACATTTGCCTGACAGTCACTGGGTAAGTAAGGGTGTGTT  967
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCATGGAACATTTGCCTGACAGTCACTGGGTAAGTAAGGGTGTGTT  998

seq1  ATTTGTCCTCCAAACACAGGATAACACAACTTTACATTATCTTTATAAAG  1017
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCCTCCAAACACAGGATAACACAACTTTACATTATCTTTATAAAG  1048

seq1  GTCCAAACACATATATTCTACAATAAAAGTAGATGTTAAGTTGTCAGGTA  1067
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAACACATATATTCTACAATAAAAGTAGATGTTAAGTTGTCAGGTA  1098

seq1  CTCCTAATTAATATCCCAACCATAGACATATTTATGATGTAAACCTGTGT  1117
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAATTAATATCCCAACCATAGACATATTTATGATGTAAACCTGTGT  1148

seq1  TCAATATGCAGCAATACAAGATTAATTAACTAATTAAAACAAAATTTCAA  1167
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATGCAGCAATACAAGATTAATTAACTAATTAAAACAAAATTTCAA  1198

seq1  AGGAATTC  1175
      ||||||||
seq2  AGGAATTC  1206


seq1: chr13_83289563_83290355
seq2: B6Ng01-238K23.g_68_686

seq1  GAATTCCTCATCAAATGAGAAAACACATAATGCAAAATAGCCTTTAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATCAAATGAGAAAACACATAATGCAAAATAGCCTTTAATGT  50

seq1  CTATTTATCTTGAGTCCTTAATCATAGAGCATTAACTCAGCATAAGCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATCTTGAGTCCTTAATCATAGAGCATTAACTCAGCATAAGCTTT  100

seq1  TACTACACACTAAAAGTGGAAAGCTTTAGATTTTGCAACACACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACACACTAAAAGTGGAAAGCTTTAGATTTTGCAACACACACACACA  150

seq1  CACACACACATATACAAACATGTGCACACACACACAGACACACACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACATATACAAACATGTGCACACACACACAGACACACACACACA  200

seq1  CACACAAATGAAGGGGGCAGGTAGAGGGAGACAGAGAGAGGCCGGCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAAATGAAGGGGGCAGGTAGAGGGAGACAGAGAGAGGCCGGCAGGA  250

seq1  ATTATATATATCTTCTTCCTGACTTTATGAGCAATACTGTCTTCATGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATATCTTCTTCCTGACTTTATGAGCAATACTGTCTTCATGCTT  300

seq1  CCTTTAACTGAAGCTGTTTCAAAAGTGACATACTGTGTCAAATGCATAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAACTGAAGCTGTTTCAAAAGTGACATACTGTGTCAAATGCATAAT  350

seq1  GGTTATGTAATGTGGTCAAAAATCCAGGGCAACAGTACAGAACACATCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGTAATGTGGTCAAAAATCCAGGGCAACAGTACAGAACACATCAA  400

seq1  AATCACTCCCTGTAAGACATTATATACTCATTTGATCTAACAATATTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTCCCTGTAAGACATTATATACTCATTTGATCTAACAATATTCAT  450

seq1  CCAGTAAGGTTTGATGTACTAAGATGCACCCATGTACTCATGATGGGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAGGTTTGATGTACTAAGATGCACCCATGTACTCATGATGGGAAC  500

seq1  ATTAACTGGGTACCAACATGTGACTTCTCAGTGAAAGTGGCATTACTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTGGGTACCAACATGTGACTTCTCAGTGAAAGTGGCATTACTGTG  550

seq1  CTCCGTGTATA----TGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATAT  596
      |||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCCGTGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATAGAT  600

seq1  ATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  646
      | | | | | | | | | |                               
seq2  ACACACACACACACACACA-------------------------------  619

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGT  696
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  619

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATATAT  746
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  619

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATACACACACACACACACACA  793
                                                     
seq2  -----------------------------------------------  619


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |