BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238P19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 59,484,504 - 59,601,965
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAgtpbp1
Upstream geneHnrpk, Rmi1, LOC100041086, Slc28a3, LOC100041510, LOC435361, Ntrk2, LOC100041533
Downstream geneMak10, Golph2, 4921517D22Rik, 1700013B16Rik, EG238662, 4932411G14Rik, Isca1, Zcchc6, LOC100041267, Gas1, EG328264
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238P19.bB6Ng01-238P19.g
ACCGA049536GA049537
length1,1001,002
definitionB6Ng01-238P19.b B6Ng01-238P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,484,504 - 59,485,603)(59,600,973 - 59,601,965)
sequence
gaattccacattttaccagacgagataacaagataacttaatgacataat
atagtcaaaaattaaatacatcataggctgtttcttagaggtaaatatta
ctgagtatatcaacatctatgctctagaacacagggtaatttcaaattat
aatgggaaagtgttcaggactattacgttttaaagcaggtttaaagccgt
ggtcatattatttacacgtacttactttgcagggctggggaccaaaccca
aggccttggacttactaagcaaacatcataccactgagttttacccttag
gtcctgtcatgtacttacaaacagtaatttttattaataattcatatgca
aatgtaatacatgcatatgtaaattgttcttgacttacaatggagttgtc
cccaatactgaaattggaaatgtcctatggtttccatagcttagcaacac
agcacacagtgagtggggtggcagttgcttcctctggtgactaaatgtcc
agcctggcactcaagtgggccagatttaaaatgcaacctctcacaaaacg
catggctctcacaggaccacaaatagaaatgtcaaaccaaaccaagctga
gttgaggaatgacttatgtatttcaagtgataacttgctttctttgcaga
gtttataaacattctataagcttgtaaacactaggtttgttagtaacatt
ctaaaatgtaacaaaaacatttaaacgacaaaccacaaggcttacatttc
tcccaccaaactaagtggcttccattgactatttccatagtggaggctgc
tctttctctcctttcccgtgacatgcatccagctcttaacaattcccttc
tcattatgaaaggaattatctggaaccccaagctcactcattcaatttgc
tcccaacctctcccttactcactattcaataacatgactcattttaagtc
ttgctatttaaaacgcgctctgctaatccatctgttgtcatggagtttcc
ctttgtcctcatgagtcttcaccatcatcgcatacacgaggatgtctgtg
aataagctgatatccaccaacgatgaccatctcacccctctagtggtttg

gaattcagggagcgtaaagaaaggagtggtaatgaaggagagagcaagtc
ctaaaggagaggaagccaaggaagaccctaagggccacgacaggacactg
ccgcagcagctgggtggccagagcagagtggccccctcagcccacagctt
caacaatgatcttgtgaaggccctagaccgaatcacactgcagaatgttc
cttcgcaagtagcctcgggcttgaacgcaggaatgaggaaggactttggt
ctccctctcactgtcctctcatgcacgaaagcttgtcctcacgtggctaa
gtgtggaagtactctctttgaagggcggacggtacatcttgggaagctgt
gttgtactggagttgaaacggaagatgacgaagacactgagtcccactca
tcaacagagcaggccccctctgttgaagcctctgatggaccaacactgca
cgacccagacctctatattgagattgtgaaaaatacgaagtccgttccag
aatactcagaggtggcttatcctgattattttggtcacattccacctccc
ttcaaagagcctattttataaaggccttatggtgtacaaaggtgagtcac
agacttccttcccctcccaagtagggccaccgccaagtgtaaggaacact
tacagattctatttgggtctttagggaaaagttactatgaattctaggtt
cactttctaggatgctttgtgtggctttgaaatcgtccatgttgtggtgg
gaaaatgttgtatgattgctgtactttggatttaagtttattacacgtgt
agcaagataggaagagaacttatagcatgtagcggataacagagcatcgg
atcaggcatttaaaatattcactagaaatgtccagagaagtcttcctgaa
catgtggagccgtatgaattagtttagagtctccagcaatgccctccatt
ctagttaacctctcaggcatactacgagactttgtttggacagactccca
ta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_59484504_59485603
seq2: B6Ng01-238P19.b_42_1141

seq1  GAATTCCACATTTTACCAGACGAGATAACAAGATAACTTAATGACATAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATTTTACCAGACGAGATAACAAGATAACTTAATGACATAAT  50

seq1  ATAGTCAAAAATTAAATACATCATAGGCTGTTTCTTAGAGGTAAATATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCAAAAATTAAATACATCATAGGCTGTTTCTTAGAGGTAAATATTA  100

seq1  CTGAGTATATCAACATCTATGCTCTAGAACACAGGGTAATTTCAAATTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTATATCAACATCTATGCTCTAGAACACAGGGTAATTTCAAATTAT  150

seq1  AATGGGAAAGTGTTCAGGACTATTACGTTTTAAAGCAGGTTTAAAGCCGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAAAGTGTTCAGGACTATTACGTTTTAAAGCAGGTTTAAAGCCGT  200

seq1  GGTCATATTATTTACACGTACTTACTTTGCAGGGCTGGGGACCAAACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATATTATTTACACGTACTTACTTTGCAGGGCTGGGGACCAAACCCA  250

seq1  AGGCCTTGGACTTACTAAGCAAACATCATACCACTGAGTTTTACCCTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTGGACTTACTAAGCAAACATCATACCACTGAGTTTTACCCTTAG  300

seq1  GTCCTGTCATGTACTTACAAACAGTAATTTTTATTAATAATTCATATGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTCATGTACTTACAAACAGTAATTTTTATTAATAATTCATATGCA  350

seq1  AATGTAATACATGCATATGTAAATTGTTCTTGACTTACAATGGAGTTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAATACATGCATATGTAAATTGTTCTTGACTTACAATGGAGTTGTC  400

seq1  CCCAATACTGAAATTGGAAATGTCCTATGGTTTCCATAGCTTAGCAACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATACTGAAATTGGAAATGTCCTATGGTTTCCATAGCTTAGCAACAC  450

seq1  AGCACACAGTGAGTGGGGTGGCAGTTGCTTCCTCTGGTGACTAAATGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACAGTGAGTGGGGTGGCAGTTGCTTCCTCTGGTGACTAAATGTCC  500

seq1  AGCCTGGCACTCAAGTGGGCCAGATTTAAAATGCAGCCTCTCACAAAACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCCTGGCACTCAAGTGGGCCAGATTTAAAATGCAACCTCTCACAAAACG  550

seq1  CATGGCTCTCACAGGACCACAAATAGAAATGTCAAACCAAACCAAGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTCTCACAGGACCACAAATAGAAATGTCAAACCAAACCAAGCTGA  600

seq1  GTTGAGGAATGACTTATGTATTTCAAGTGATAACTTGCTTTCTTTGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGAATGACTTATGTATTTCAAGTGATAACTTGCTTTCTTTGCAGA  650

seq1  GTTTATAAACATTCTATAAGCTTGTAAACACTAGGTTTGTTAGTAACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAAACATTCTATAAGCTTGTAAACACTAGGTTTGTTAGTAACATT  700

seq1  CTAAAATGTAACAAAAACATTTAAACAACAAACCACAAGGCTTACATTTC  750
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATGTAACAAAAACATTTAAACGACAAACCACAAGGCTTACATTTC  750

seq1  TCCCACCAAACTAAGTGGCTTCCATTGACTATTTCCATAGTGGAGGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCAAACTAAGTGGCTTCCATTGACTATTTCCATAGTGGAGGCTGC  800

seq1  TCTTTCTCTCC-TTCCCCTGACATGCATCCAGCTCTTAACAATTCCCTTC  849
      ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTCCTTTCCCGTGACATGCATCCAGCTCTTAACAATTCCCTTC  850

seq1  TCATTATG-AAGGAATTATCCGGAACCCCAAGCTCACTCATTCAATTTGC  898
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATGAAAGGAATTATCTGGAACCCCAAGCTCACTCATTCAATTTGC  900

seq1  TCCCAACCTCTCCCTTACTCACTATTCAATTAACATTGACTCATTTTAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TCCCAACCTCTCCCTTACTCACTATTCAA-TAACA-TGACTCATTTTAAG  948

seq1  TCTTGCTATTTTAAAACCCGCTCTGCTTAATCCATCTGTTTGTTCATGGG  998
      |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||   |||| ||
seq2  TCTTGCTA-TTTAAAACGCGCTCTGC-TAATCCATCTGTT--GTCAT-GG  993

seq1  AGTTTCCCTTTGTCCTCCTGAGTCTTCACCCTCATCAGAATACAAGAGGA  1048
      ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| |||||
seq2  AGTTTCCCTTTGTCCTCATGAGTCTTCACCATCATC-GCATACACGAGGA  1042

seq1  TGTCTGTGAATAAG-TGTTATCCA-CAGAGAT-ACC-TC-CACCCCTCTA  1093
      |||||||||||||| || |||||| ||  ||| ||| || ||||||||||
seq2  TGTCTGTGAATAAGCTGATATCCACCAACGATGACCATCTCACCCCTCTA  1092

seq1  GT-GTTTG  1100
      || |||||
seq2  GTGGTTTG  1100

seq1: chr13_59600973_59601965
seq2: B6Ng01-238P19.g_66_1067 (reverse)

seq1  TATGGGAGTCTTTCC-AACAAAG-CT-GTAGGATGCCTGA---GGTAACT  44
      ||||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||   | |||||
seq2  TATGGGAGTCTGTCCAAACAAAGTCTCGTAGTATGCCTGAGAGGTTAACT  50

seq1  AG-ATGGAGGGCATTGCTGGAGACTCTAAACT-ATTCCTACGGCT-CACT  91
      || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| 
seq2  AGAATGGAGGGCATTGCTGGAGACTCTAAACTAATTCATACGGCTCCACA  100

seq1  GTTTCAGGAAGACTTCTCTGGACATTTCTAGTGAATATTTTAAATGCCTG  141
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGGAAGACTTCTCTGGACATTTCTAGTGAATATTTTAAATGCCTG  150

seq1  ATCCGATGCTCTGTTATCTGCTACTTGCTATATGTTCTTTTCCTTTCTTG  191
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |||||
seq2  ATCCGATGCTCTGTTATCCGCTACATGCTATAAGTTCTCTTCCTATCTTG  200

seq1  CTACACGTGTAATAAACTTAAATCCAAAGTACAGCAATCATACAACATTT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACGTGTAATAAACTTAAATCCAAAGTACAGCAATCATACAACATTT  250

seq1  TCCCACCACAACATGGACGATTTCAAAGCCACACAAAGCATCCTAGAAAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCACAACATGGACGATTTCAAAGCCACACAAAGCATCCTAGAAAG  300

seq1  TGAACCTAGAATTCATAGTAACTTTTCCCTAAAGACCCAAATAGAATCTG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTAGAATTCATAGTAACTTTTCCCTAAAGACCCAAATAGAATCTG  350

seq1  TAAGTGTTCCTTACACTTGGCGGTGGCCCTACTTGGGAGGGGAAGGAAGT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTCCTTACACTTGGCGGTGGCCCTACTTGGGAGGGGAAGGAAGT  400

seq1  CTGTGACTCACCTTTGTACACCATAAGGCCTTTCTAAAATAGGCTCTTTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTCACCTTTGTACACCATAAGGCCTTTATAAAATAGGCTCTTTG  450

seq1  AAGGGAGGTGGAATGTGACCAAAATAATCAGGATAAGCCACCTCTGAGTA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGGTGGAATGTGACCAAAATAATCAGGATAAGCCACCTCTGAGTA  500

seq1  TTCTGGAACGGACTTCGTATTTTTCACAATCTCAATATAGAGGTCTGGGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAACGGACTTCGTATTTTTCACAATCTCAATATAGAGGTCTGGGT  550

seq1  CGTGCAGTGTTGGTCCATCAGAGGCTTCAACAGAGGGGGCCTGCTCTGTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCAGTGTTGGTCCATCAGAGGCTTCAACAGAGGGGGCCTGCTCTGTT  600

seq1  GATGAGTGGGACTCAGTGTCTTCGTCATCTTCCGTTTCAACTCCAGTACA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTGGGACTCAGTGTCTTCGTCATCTTCCGTTTCAACTCCAGTACA  650

seq1  ACACAGCTTCCCAAGATGTACCGTCCGCCCTTCAAAGAGAGTACTTCCAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCTTCCCAAGATGTACCGTCCGCCCTTCAAAGAGAGTACTTCCAC  700

seq1  ACTTAGCCACGTGAGGACAAGCTTTCGTGCATGAGAGGACAGTGAGAGGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGCCACGTGAGGACAAGCTTTCGTGCATGAGAGGACAGTGAGAGGG  750

seq1  AGACCAAAGTCCTTCCTCATTCCTGCGTTCAAGCCCGAGGCTACTTGCGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAAGTCCTTCCTCATTCCTGCGTTCAAGCCCGAGGCTACTTGCGA  800

seq1  AGGAACATTCTGCAGTGTGATTCGGTCTAGGGCCTTCACAAGATCATTGT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACATTCTGCAGTGTGATTCGGTCTAGGGCCTTCACAAGATCATTGT  850

seq1  TGAAGCTGTGGGCTGAGGGGGCCACTCTGCTCTGGCCACCCAGCTGCTGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTGTGGGCTGAGGGGGCCACTCTGCTCTGGCCACCCAGCTGCTGC  900

seq1  GGCAGTGTCCTGTCGTGGCCCTTAGGGTCTTCCTTGGCTTCCTCTCCTTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGTCCTGTCGTGGCCCTTAGGGTCTTCCTTGGCTTCCTCTCCTTT  950

seq1  AGGACTTGCTCTCTCCTTCATTACCACTCCTTTCTTTACGCTCCCTGAAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTGCTCTCTCCTTCATTACCACTCCTTTCTTTACGCTCCCTGAAT  1000

seq1  TC  993
      ||
seq2  TC  1002