BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240L18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 20,306,145 - 20,414,369
singlet/doubletdoublet
Overlap geneElmo1
Upstream geneTcrg-V4, LOC624071, Tcrg, Tcrg-C, Stard3nl, Epdr1, Sfrp4, Txndc3, A530099J19Rik, Gpr141, LOC432730
Downstream geneLOC100040226, LOC665381, LOC665386, Aoah, Olfr1370, Olfr1369-ps1, Olfr42, Olfr1368, Trim27, Gpx5, LOC625752, Gpx6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240L18.bB6Ng01-240L18.g
ACCGA050826GA050827
length1,1681,048
definitionB6Ng01-240L18.b B6Ng01-240L18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,413,193 - 20,414,369)(20,306,145 - 20,307,192)
sequence
gaattcttcaaaaacgttggactccaaaggtaataatatcaggaacagag
ctggagagatggctcaatggctaagagcacttactgctcttatacaggac
cagggtccagttcccagcacccacatggcagcttcatgttccagaggatg
ggacactctcccctggctcctgagatcgcctgcaggagtgtagtgcatat
gaactcatgtatacacacacacacacacacacacacacacacacacacag
ggacataaaaattatagataaaattaaagcgcaaaaaaaaaagaagtttc
acaaacaaatggcagctgagttatttcccgggtgctttctgtgtgtttac
tgtagatgtctgtgtatcacggagtccattagagcttattcgagtgcata
aaaagatttgagagatctaagtgatgagaggcagtggataatagttcaaa
agattagggttgaacaaaatgtacccttccttcaatggcataaggaaccc
atttccatatgcatgtagatgccgaaagatgattcaattcactaactaca
aataatccatttgtttattcctaaaaccaggtcttgcttttcttctacta
cctcttcaatttatgagaacttgcaaagtgagtgtctgtagcttaacgag
tgtatgtatacctcaccttcccctgagtaagatcagatctaaataaaaaa
ctaaaattcagcaacaaagctgggaatgatcctggcctctatagcagaga
aaaagcagatctagaaggaaagtggtaggggatgctgaccgagctgtacc
ttttagagctgtggactatgctccattcagtaaaagtacagctagtgacc
acacattcaagagtaatcacttgccatctcaagaacatagcgaccacata
gaacccatagaggacacaaatgatcagccagtaattggagtcggagtgac
aggagcctccaggaaaccgtctgtagataattctcaccacaggagtttct
tagggccacagggagggcaattgtcagagaaaacagcattcttctgatgc
agtgtagatctagatggtttctctgccactccatctctggtctcttctcg
ttgaaaactgaatctagaatttgtaggctgagttggaaagagatcgtctt
gtggcttcatttttaaaa
gaattctctgcttgcctcgtgatgaaacaggacatttgttaacattgctt
tgtagaggctgtgttagctacttgactatctattcgcagactttgtcaag
cacaggactctggaagacatggtaagttccccagtgtgttccaggcactg
cgctaagtgctaagtttgtgtacagttcaacagttccagtcttcctgatt
ctcacagaccccagtcacttgattacaatggcagtaagggccacagacga
aaaatgtgcctgaacttaatgaagtcctcaacaagtgttatttaagtgaa
agtctaaagaaaacagggtacttgtatggacaacagtaacatgactcaga
ttagtagctggctgtcaattctcatggcaaggccttggtaagagtagtgc
cctgcatttgagaccagcctggtctatatagcgagattctgtcttagata
aaacaagtcaaacctaatcaaataataaagctacacaaacaaaacacacc
tgggttgtttacttacaaagaacaggcagcaagagccaaggctaagggct
aaatatggctggaccgtgtggcacaagccacaacttttcaggccctttta
gggtgttgtaagatgtttagcttcattctaaaattatatgaaagctctga
ggtaatttgaagctggacatgaccacaaatgtttgggctattattattct
gattgattgtgttggaagcataagtcagtcaatggcagaaattatgaaaa
aaaaaaaaaacaattcattgtggataggaaaagaattcagggttagcttg
gaatgccacatagactagcataaatgctggtttcttattcttgaattcaa
ggagaaaatgggaccagatagcagagtcgaaatatctactttcatcaggt
gtgttggctctttgcctttaatctcagcacttaagaagcaaaggctggta
gatcctctgagttatacctggtcttcaagagaagtcccaaactagctagg
gctgcaaagaagaactatctgcttcatgagtactgttcatcacctcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_20413193_20414369
seq2: B6Ng01-240L18.b_45_1212 (reverse)

seq1  -TTTTAAAATGAAACCAC-AGACGATCTCTCTCCAACCTCAGCCTTTACA  48
       ||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||  ||| 
seq2  TTTTAAAAATGAAGCCACAAGACGATCTCTTTCCAA-CTCAGCC--TAC-  46

seq1  AAATTCTAAAGATCAAGGTTTTTCAAAGGAGAAGAGACCCAGAGATGAAG  98
      |||||||  ||||  ||  ||||| || ||||||||| ||||||||| | 
seq2  AAATTCT--AGATTCAG--TTTTC-AACGAGAAGAGA-CCAGAGATGGA-  89

seq1  GTGGCAAGAGAAACCATCTAGAATCTACACTGCACCAAGAGAATGCTGTT  148
      ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||
seq2  GTGGC-AGAGAAACCATCTAG-ATCTACACTGCATCAGAAGAATGCTGTT  137

seq1  TTCTCCTGAC-ATTGCCCTCCCTGTGGCCCT-AGAAACTCCCTGT-GTGA  195
      |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  TTCT-CTGACAATTGCCCTCCCTGTGGCCCTAAGAAACT-CCTGTGGTGA  185

seq1  GAATTATCTACAGAACGGTTCCTGGAGGCTCCTGTCACTCCGACTCCAAT  245
      ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATCTACAGACGGTTTCCTGGAGGCTCCTGTCACTCCGACTCCAAT  235

seq1  TACTGGCTGATCATTTGTGTCCTCTATGGGTTCTATGTGGTCGCTATGTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCTGATCATTTGTGTCCTCTATGGGTTCTATGTGGTCGCTATGTT  285

seq1  CTTGAGATGGCAAGTGATTACTCTTGAATGTGTGGTCACTAGCTGTACTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATGGCAAGTGATTACTCTTGAATGTGTGGTCACTAGCTGTACTT  335

seq1  TTACTGAATGGAGCATAGTCCACAGCTCT-AAAGGTACAGCTCGGTCAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAATGGAGCATAGTCCACAGCTCTAAAAGGTACAGCTCGGTCAGC  385

seq1  ATCCCCTACCACTTTCCTTCTAGATCTGCTTTTTCTCTGCTATAGAGGCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTACCACTTTCCTTCTAGATCTGCTTTTTCTCTGCTATAGAGGCC  435

seq1  AGGATCATTCCCAGCTTTGTTGCTGAATTTTAGTTTTTTATTTAGATCTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCATTCCCAGCTTTGTTGCTGAATTTTAGTTTTTTATTTAGATCTG  485

seq1  ATCTTACTCAGGGGAAGGTGAGGTATACATACACTCGTTAAGCTACAGAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACTCAGGGGAAGGTGAGGTATACATACACTCGTTAAGCTACAGAC  535

seq1  ACTCACTTTGCAAGTTCTCATAAATTGAAGAGGTAGTAGAAGAAAAGCAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTTTGCAAGTTCTCATAAATTGAAGAGGTAGTAGAAGAAAAGCAA  585

seq1  GACCTGGTTTTAGGAATAAACAAATGGATTATTTGTAGTTAGTGAATTGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGTTTTAGGAATAAACAAATGGATTATTTGTAGTTAGTGAATTGA  635

seq1  ATCATCTTTCGGCATCTACATGCATATGGAAATGGGTTCCTTATGCCATT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTTTCGGCATCTACATGCATATGGAAATGGGTTCCTTATGCCATT  685

seq1  GAAGGAAGGGTACATTTTGTTCAACCCTAATCTTTTGAACTATTATCCAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGGGTACATTTTGTTCAACCCTAATCTTTTGAACTATTATCCAC  735

seq1  TGCCTCTCATCACTTAGATCTCTCAAATCTTTTTATGCACTCGAATAAGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCATCACTTAGATCTCTCAAATCTTTTTATGCACTCGAATAAGC  785

seq1  TCTAATGGACTCCGTGATACACAGACATCTACAGTAAACACACAGAAAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGGACTCCGTGATACACAGACATCTACAGTAAACACACAGAAAGC  835

seq1  ACCCGGGAAATAACTCAGCTGCCATTTGTTTGTGAAACTTCTTTTTTTTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGGAAATAACTCAGCTGCCATTTGTTTGTGAAACTTCTTTTTTTTT  885

seq1  TGCGCTTTAATTTTATCTATAATTTTTATGTCCCTGTGTGTGTGTGTGTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCTTTAATTTTATCTATAATTTTTATGTCCCTGTGTGTGTGTGTGTG  935

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATGAGTTCATATGCACTACACTCCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATGAGTTCATATGCACTACACTCCT  985

seq1  GCAGGCGATCTCAGGAGCCAGGGGAGAGTGTCCCATCCTCTGGAACATGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCGATCTCAGGAGCCAGGGGAGAGTGTCCCATCCTCTGGAACATGA  1035

seq1  AGCTGCCATGTGGGTGCTGGGAACTGGACCCTGGTCCTGTATAAGAGCAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCATGTGGGTGCTGGGAACTGGACCCTGGTCCTGTATAAGAGCAG  1085

seq1  TAAGTGCTCTTAGCCATTGAGCCATCTCTCCAGCTCTGTTCCTGATATTA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCTCTTAGCCATTGAGCCATCTCTCCAGCTCTGTTCCTGATATTA  1135

seq1  TTACCTTTGGAGTCCAACGTTTTTGAAGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTGGAGTCCAACGTTTTTGAAGAATTC  1168

seq1: chr13_20306145_20307192
seq2: B6Ng01-240L18.g_69_1116

seq1  GAATTCTCTGCTTGCCTCGTGATGAAACAGGACATTTGTTAACATTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTTGCCTCGTGATGAAACAGGACATTTGTTAACATTGCTT  50

seq1  TGTAGAGGCTGTGTTAGCTACTTGACTATCTATTCGCAGACTTTGTCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGGCTGTGTTAGCTACTTGACTATCTATTCGCAGACTTTGTCAAG  100

seq1  CACAGGACTCTGGAAGACATGGTAAGTTCCCCAGTGTGTTCCAGGCACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGACTCTGGAAGACATGGTAAGTTCCCCAGTGTGTTCCAGGCACTG  150

seq1  CGCTAAGTGCTAAGTTTGTGTACAGTTCAACAGTTCCAGTCTTCCTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAAGTGCTAAGTTTGTGTACAGTTCAACAGTTCCAGTCTTCCTGATT  200

seq1  CTCACAGACCCCAGTCACTTGATTACAATGGCAGTAAGGGCCACAGACGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGACCCCAGTCACTTGATTACAATGGCAGTAAGGGCCACAGACGA  250

seq1  AAAATGTGCCTGAACTTAATGAAGTCCTCAACAAGTGTTATTTAAGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGCCTGAACTTAATGAAGTCCTCAACAAGTGTTATTTAAGTGAA  300

seq1  AGTCTAAAGAAAACAGGGTACTTGTATGGACAACAGTAACATGACTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAAGAAAACAGGGTACTTGTATGGACAACAGTAACATGACTCAGA  350

seq1  TTAGTAGCTGGCTGTCAATTCTCATGGCAAGGCCTTGGTAAGAGTAGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGCTGGCTGTCAATTCTCATGGCAAGGCCTTGGTAAGAGTAGTGC  400

seq1  CCTGCATTTGAGACCAGCCTGGTCTATATAGCGAGATTCTGTCTTAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATTTGAGACCAGCCTGGTCTATATAGCGAGATTCTGTCTTAGATA  450

seq1  AAACAAGTCAAACCTAATCAAATAATAAAGCTACACAAACAAAACACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGTCAAACCTAATCAAATAATAAAGCTACACAAACAAAACACACC  500

seq1  TGGGTTGTTTACTTACAAAGAACAGGCAGCAAGAGCCAAGGCTAAGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGTTTACTTACAAAGAACAGGCAGCAAGAGCCAAGGCTAAGGGCT  550

seq1  AAATATGGCTGGACCGTGTGGCACAAGCCACAACTTTTCAGGCCCTTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGGCTGGACCGTGTGGCACAAGCCACAACTTTTCAGGCCCTTTTA  600

seq1  GGGTGTTGTAAGATGTTTAGCTTCATTCTAAAATTATATGAAAGCTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTGTAAGATGTTTAGCTTCATTCTAAAATTATATGAAAGCTCTGA  650

seq1  GGTAATTTGAAGCTGGACATGACCACAAATGTTTGGGCTATTATTATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTTGAAGCTGGACATGACCACAAATGTTTGGGCTATTATTATTCT  700

seq1  GATTGATTGTGTTGGAAGCATAAGTCAGTCAATGGCAGAAATTATG-AAA  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATTGATTGTGTTGGAAGCATAAGTCAGTCAATGGCAGAAATTATGAAAA  750

seq1  AAAAAAAAAACAATTCATTGTGGATAGGAAAAGAATTCAGGGTTAGCTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAACAATTCATTGTGGATAGGAAAAGAATTCAGGGTTAGCTTG  800

seq1  GAATG-CACATAGACTAGCATAAATGCTGGTTTC-TATTCTTGAATTCAA  847
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAATGCCACATAGACTAGCATAAATGCTGGTTTCTTATTCTTGAATTCAA  850

seq1  GGAGAAAATGGGACCAGATAGCAGAGTCGAAATATCTACTTTCATCAGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGAGAAAATGGGACCAGATAGCAGAGTCGAAATATCTACTTTCATCA-GG  899

seq1  TGTGTTGGCTC-TTGCCTTTAATCTCAGCACTTAGGAAGCAAAGGCTGGT  946
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGCTCTTTGCCTTTAATCTCAGCACTTAAGAAGCAAAGGCTGGT  949

seq1  AGAT-CTCTGAG-TATACCTGGTCTTCAAGAG-AGTCCCAGACTAGCTAG  993
      |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  AGATCCTCTGAGTTATACCTGGTCTTCAAGAGAAGTCCCAAACTAGCTAG  999

seq1  GGCTGCAAAAGGAAGAACTATCTGCCTTCATGAAGTTTACTGTTCATCAC  1043
      |||||||||  ||||||||||||| ||||||||    |||||||||||||
seq2  GGCTGCAAA--GAAGAACTATCTG-CTTCATGA---GTACTGTTCATCAC  1043

seq1  CTCCT  1048
      |||||
seq2  CTCCT  1048