BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240P17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 99,145,795 - 99,302,799
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039827, LOC100039665
Upstream geneLOC667676, LOC100039691, LOC100039704, EG328314, LOC100039526, LOC100039740, Rgnef, LOC667703, Utp15, Ankra2, EG667718, Btf3, Foxd1
Downstream geneLOC100039854, LOC218501, Tmem174, Tmem171, LOC669675, Fcho2, Tnpo1, EG432798, LOC100039771, 1700024P04Rik, LOC100039967, LOC100039797, Zfp366, Ptcd2, Mrps27, Mtap1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240P17.bB6Ng01-240P17.g
ACCGA051011GA051012
length1,1421,142
definitionB6Ng01-240P17.b B6Ng01-240P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,301,658 - 99,302,799)(99,145,795 - 99,146,925)
sequence
gaattcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacat
tcacagaaacgatccggttgcttgattcattgttaggaagtagattgcag
agatctacagcaaggggcagacagtgaagaaagctctatgatgtggtctg
cacccaaaggcagccttagccacagcagctgagggcagatgataagaagg
gctggtgacctaaatgataaccttggcaggggtgtgataaatctagattg
gctgatgtcctttaaatgatgtttgagactcttgctgggttccatgggtt
ggatctgtgggaatggctgagaccatgaccctggagggactttcctctgt
gatggttacaagcgtaggttctgaaactagactttgcaggttttgaatct
gagccctacagcttgactgtgaacacacctacagcgtgactttggacagt
acactcaattttactgtgcccccatcccttctgctgcacaaggggtaacg
taacaggacataacagtcactgtgactgttagatgcatatcccgattggt
aaccgtgtcaaccgcgaagattgttctgttttcccgatagctcctatgat
taagacacaacgagttaaaggtcatacccaacaaggacaagggtgtggct
ggcatatactgtggggatgcagaagagactggagtcagccaagtaaggtg
cctggaggactggctcagtggcaagagtgcgttatctgcaagtttggaga
actgctttcaaatccctggcatctttgtaaaatgccaggcaagggttgtg
cccctgaaacattaccgctatagggagaggaaactggagggttgctgtgg
ttcactggctgccagcctagctccagggtcagtgagagagcctatctcaa
gggaatagaatgaagaatgatgtaactgtacacccaacaccctccgctta
cctccatgccctcacagacatgtgcgagcacacacacagagggaaggagg
gggacagcacattacagagaagtcagcggaagggctttgtagagcgggtg
ggggagaacttgaagctgggcacaattctgcttctccctcagcttcagaa
cactgcttctaagctcagcaaagccttgcccaagcgccttct
gaattccaggacagtcagggttacacagagaaaccctatcttgaaatccc
aaaccgagagagagagagagagagagagagagagagagagagacagagac
agagacagagacagagacagagacagagacagacagagagagacagagag
agagagagattcttcccctcttgtactgctgacataagagataatgttcc
tgatgctggaccgggtacccctggatagcttttatctcgtttagtctcaa
cctcaagtcttctcattgatcagcacactctacaaagtaacttctcaaga
cccagcctcactatcagccagagttgaccttaagcgctggtccttctgct
gaacccctccagcgctaagcttcaggtgtgcaaccccatgtctgtcttct
agaaagttccctgtcttgccatacttctgctcaagaactgaaagagactt
cctagttgctataaactgtcagttctaatctgaacatgcatttacttttt
gtttgcttgagcctcaaactcatagattcacctgtctctgcctcccgagt
tgctagggttaaaggcctactctaccactgtcctgttaacctgtataagt
gggctctgcaaacgtcccatgttttgcactatcgatgctcagagtcctta
cttgagtgtgttctcctcttaacctctgctgtagctgtcattaccgacct
ggctgagatttttttaccttcttttgaaacattgttacatcacgagtctg
tcactgtgtaagttaccactgtggaatatttctggggaggctgcatatga
attaggttataggaaaccttgtcatttgactctcacagggtgtcctacca
ggcacactggattttcagatgggacattgcagctcagagagcccaggctg
ttttcattatcaagtaagtgggatgagctaacactcaggatccaactcta
gggtggcctcatcattgtcatctgtcttcagtggaaaatggtgtacccca
attttctgatgatctattgtctgtcccactatttgacactattctggata
atagactattggtgactggcattctttacggtaagtttactggtgcactt
cccacccacatctatctgcttaatgtcaaggcctatacctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_99301658_99302799
seq2: B6Ng01-240P17.b_44_1185 (reverse)

seq1  AGAAGGGCGC-TGGGCAGGCTTTTGCTGAAGGCTTAGAAGGCAGTG-TCT  48
      |||| ||||| |||||| |  ||||||||  |||||||| |||||| |||
seq2  AGAA-GGCGCTTGGGCAAGGCTTTGCTGA--GCTTAGAA-GCAGTGTTCT  46

seq1  GAGGCTGAGGGAG-AGCAG-ATTGTGCCCAGCTTCAAAGTCTCCCC--AC  94
      || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||   |
seq2  GAAGCTGAGGGAGAAGCAGAATTGTGCCCAGCTTCAAGTTCTCCCCCACC  96

seq1  CGCTCCTACAAAGCCCTTTCCGCTGACTTCTCTGTTAATGTGCTGTCCCC  144
      |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CGCT-CTACAAAGCCC-TTCCGCTGACTTCTCTG-TAATGTGCTGTCCCC  143

seq1  CTCCTT-CCTCTGTGTGTGTGCTCGCACATGTCTGTGAGGGCATGGAGGT  193
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCCTCTGTGTGTGTGCTCGCACATGTCTGTGAGGGCATGGAGGT  193

seq1  AAGCGGAGGGTGTTGGGTGTACAGTTACATCATTCTTCATTCTATTCCCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGGAGGGTGTTGGGTGTACAGTTACATCATTCTTCATTCTATTCCCT  243

seq1  TGAGATAGGCTCTCTCACTGAACCTGGAGCTAGGCTGGCAGCCAGTGAAC  293
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGGCTCTCTCACTGACCCTGGAGCTAGGCTGGCAGCCAGTGAAC  293

seq1  CACAGCAACCCTCCAGTTTCCTCTCCCTATAGCGGTAATGTTTCAGGGGC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAACCCTCCAGTTTCCTCTCCCTATAGCGGTAATGTTTCAGGGGC  343

seq1  ACAACCCTTGCCTGGCATTTTACAAAGATGCCAGGGATTTGAAAGCAGTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCTTGCCTGGCATTTTACAAAGATGCCAGGGATTTGAAAGCAGTT  393

seq1  CTCCAAACTTGCAGATAACGCACTCTTGCCACTGAGCCAGTCCTCCAGGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAACTTGCAGATAACGCACTCTTGCCACTGAGCCAGTCCTCCAGGC  443

seq1  ACCTTACTTGGCTGACTCCAGTCTCTTCTGCATCCCCACAGTATATGCCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTACTTGGCTGACTCCAGTCTCTTCTGCATCCCCACAGTATATGCCA  493

seq1  GCCACACCCTTGTCCTTGTTGGGTATGACCTTTAACTCGTTGTGTCTTAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACCCTTGTCCTTGTTGGGTATGACCTTTAACTCGTTGTGTCTTAA  543

seq1  TCATAGGAGCTATCGGGAAAACAGAACAATCTTCGCGGTTGACACGGTTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGGAGCTATCGGGAAAACAGAACAATCTTCGCGGTTGACACGGTTA  593

seq1  CCAATCGGGATATGCATCTAACAGTCACAGTGACTGTTATGTCCTGTTAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCGGGATATGCATCTAACAGTCACAGTGACTGTTATGTCCTGTTAC  643

seq1  GTTACCCCTTGTGCAGCAGAAGGGATGGGGGCACAGTAAAATTGAGTGTA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCCCTTGTGCAGCAGAAGGGATGGGGGCACAGTAAAATTGAGTGTA  693

seq1  CTGTCCAAAGTCACGCTGTAGGTGTGTTCACAGTCAAGCTGTAGGGCTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAAAGTCACGCTGTAGGTGTGTTCACAGTCAAGCTGTAGGGCTCA  743

seq1  GATTCAAAACCTGCAAAGTCTAGTTTCAGAACCTACGCTTGTAACCATCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAAAACCTGCAAAGTCTAGTTTCAGAACCTACGCTTGTAACCATCA  793

seq1  CAGAGGAAAGTCCCTCCAGGGTCATGGTCTCAGCCATTCCCACAGATCCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAAAGTCCCTCCAGGGTCATGGTCTCAGCCATTCCCACAGATCCA  843

seq1  ACCCATGGAACCCAGCAAGAGTCTCAAACATCATTTAAAGGACATCAGCC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGGAACCCAGCAAGAGTCTCAAACATCATTTAAAGGACATCAGCC  893

seq1  AATCTAGATTTATCACACCCCTGCCAAGGTTATCATTTAGGTCACCAGCC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGATTTATCACACCCCTGCCAAGGTTATCATTTAGGTCACCAGCC  943

seq1  CTTCTTATCATCTGCCCTCAGCTGCTGTGGCTAAGGCTGCCTTTGGGTGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTATCATCTGCCCTCAGCTGCTGTGGCTAAGGCTGCCTTTGGGTGC  993

seq1  AGACCACATCATAGAGCTTTCTTCACTGTCTGCCCCTTGCTGTAGATCTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACATCATAGAGCTTTCTTCACTGTCTGCCCCTTGCTGTAGATCTC  1043

seq1  TGCAATCTACTTCCTAACAATGAATCAAGCAACCGGATCGTTTCTGTGAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATCTACTTCCTAACAATGAATCAAGCAACCGGATCGTTTCTGTGAA  1093

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTC  1142

seq1: chr13_99145795_99146925
seq2: B6Ng01-240P17.g_64_1205

seq1  GAATTCCAGGACAGTCAGGGTTACACAGAGAAACCCTATCTTGAAATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGTCAGGGTTACACAGAGAAACCCTATCTTGAAATCCC  50

seq1  AAACCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGAC  100

seq1  AGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGACAGAGAGAGACAGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGACAGAGAGAGACAGAGAG  150

seq1  AGAGAGAGATTCTTCCCCTCTTGTACTGCTGACATAAGAGATAATGTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGATTCTTCCCCTCTTGTACTGCTGACATAAGAGATAATGTTCC  200

seq1  TGATGCTGGACCGGGTACCCCTGGATAGCTTTTATCTCGTTTAGTCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTGGACCGGGTACCCCTGGATAGCTTTTATCTCGTTTAGTCTCAA  250

seq1  CCTCAAGTCTTCTCATTGATCAGCACACTCTACAAAGTAACTTCTCAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAGTCTTCTCATTGATCAGCACACTCTACAAAGTAACTTCTCAAGA  300

seq1  CCCAGCCTCACTATCAGCCAGAGTTGACCTTAAGCGCTGGTCCTTCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTCACTATCAGCCAGAGTTGACCTTAAGCGCTGGTCCTTCTGCT  350

seq1  GAACCCCTCCAGCGCTAAGCTTCAGGTGTGCAACCCCATGTCTGTCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCTCCAGCGCTAAGCTTCAGGTGTGCAACCCCATGTCTGTCTTCT  400

seq1  AGAAAGTTCCCTGTCTTGCCATACTTCTGCTCAAGAACTGAAAGAGACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTTCCCTGTCTTGCCATACTTCTGCTCAAGAACTGAAAGAGACTT  450

seq1  CCTAGTTGCTATAAACTGTCAGTTCTAATCTGAACATGCATTTACTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTGCTATAAACTGTCAGTTCTAATCTGAACATGCATTTACTTTTT  500

seq1  GTTTGCTTGAGCCTCAAACTCATAGATTCACCTGTCTCTGCCTCCCGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTGAGCCTCAAACTCATAGATTCACCTGTCTCTGCCTCCCGAGT  550

seq1  TGCTAGGGTTAAAGGCCTACTCTACCACTGTCCTGTTAACCTGTATAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGGTTAAAGGCCTACTCTACCACTGTCCTGTTAACCTGTATAAGT  600

seq1  GGGCTCTGCAAACGTCCCATGTTTTGCACTATCGATGCTCAGAGTCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGCAAACGTCCCATGTTTTGCACTATCGATGCTCAGAGTCCTTA  650

seq1  CTTGAGTGTGTTCTCCTCTTAACCTCTGCTGTAGCTGTCATTACCGACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGTGTGTTCTCCTCTTAACCTCTGCTGTAGCTGTCATTACCGACCT  700

seq1  GGCTGAGATTTTTTTACCTTCTTTTGAAACATTGTTACATCACGAGTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGATTTTTTTACCTTCTTTTGAAACATTGTTACATCACGAGTCTG  750

seq1  TCACTGTGTAAGTTACCACTGTGGAATATTTCTGGGGAGGCTGCATATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGTAAGTTACCACTGTGGAATATTTCTGGGGAGGCTGCATATGA  800

seq1  ATTAGGTTATA-GAAACCTTGTCATTTGACTCCCACA-GGTGTCCTACCA  848
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  ATTAGGTTATAGGAAACCTTGTCATTTGACTCTCACAGGGTGTCCTACCA  850

seq1  GGCACACTGGATTTTCAGATGGGACATTGCAGCTCAGAGAGCCCAGGCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACTGGATTTTCAGATGGGACATTGCAGCTCAGAGAGCCCAGGCTG  900

seq1  TTTTTCATTATCAAGTAAGT-GGATGAGCTAACACTCAGGATCCAACTCT  947
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTCATTATCAAGTAAGTGGGATGAGCTAACACTCAGGATCCAACTCT  949

seq1  A-GGTGGCCTCATCATTGTCATCTGTCTTCAGTGGAAAAT-GTGTACCCC  995
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGGTGGCCTCATCATTGTCATCTGTCTTCAGTGGAAAATGGTGTACCCC  999

seq1  CA-TTTCTGATGATCTATTGTCTGTCCCACTTATTTGACACTA-TCT-GA  1042
       | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||
seq2  AATTTTCTGATGATCTATTGTCTGTCCCAC-TATTTGACACTATTCTGGA  1048

seq1  TTATAGACTATT-GTGAACTGCA-TCTTTACGGTA--GTTACT-GTGCAC  1087
      | |||||||||| ||||   ||| |||||||||||   ||||| ||||||
seq2  TAATAGACTATTGGTGACTGGCATTCTTTACGGTAAGTTTACTGGTGCAC  1098

seq1  TTCCCA-CCACATTCCTATCTGCTTAAATGT-AAGG-CTATACCTAG  1131
      |||||| ||||||  |||||||||| ||||| |||| ||||||||||
seq2  TTCCCACCCACAT--CTATCTGCTT-AATGTCAAGGCCTATACCTAG  1142