BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242B16
Chromosome13 (Build37)
Map Location 33,917,008 - 34,096,463
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOTTMUSG00000000720, Serpinb6c, Serpinb6a, Nqo2, 4930482L21Rik, Ripk1
Upstream geneSerpinb1a, Serpinb1-ps1, Serpinb1c, Serpinb6b, Serpinb9, Serpinb9b, Serpinb1b, LOC628301, Serpinb9c, Serpinb9d, Serpinb9e, Serpinb9f, OTTMUSG00000000724, Serpinb9g, LOC100041370, EG619715, LOC382743, OTTMUSG00000000712, LOC193403, Vmn2r-ps94
Downstream geneBphl, Tubb2a, LOC100042686, Tubb2b, 2310047M15Rik, 3110004L20Rik, LOC620132, EG666666, 1300014I06Rik, D0H6S2654E, EG432746, LOC666677, Prpf4b, 4933417A18Rik, LOC666697, 1810022C23Rik, Peci
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242B16.bB6Ng01-242B16.g
ACCGA051842GA051843
length8971,161
definitionB6Ng01-242B16.b B6Ng01-242B16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,917,008 - 33,917,636)(34,095,294 - 34,096,463)
sequence
gaattcagcctcaagactccttcctgtctcccattgataggcccctaccc
atgctccaaggacaccacaaagatatagccctgttactgttttaataaag
cttcaggaagtcccatggttgggacttctagtcacaagagaaagtgggga
gggagatgctaaatcttttaaattcaggctccattttagagaacctagcc
taagtttgaactcggcaaactaacagtctggtacctaacattagtttcca
agccccccccccaaaaaaaacccttgaccctaactccagtctctaggcta
atgcccaataagaccagtatctccaggttattcctccaacaaatctgcac
cccaggtaacaagcccactccttgcgaccactaatgcagaggggagcaga
agttaagtttatgatatgactcccagcaccaaacaattacattaaagacc
acaacagcttcccaattagatgatcgttcatgtactccctgtttgctgct
tactataaaatctttcaccaacagacattcagggctccctcaccaccaaa
actgtcctgtgtgatggtggtgcagtggggttggggggcaagccagctca
aatagaataaagaccctgttgtattgcatcagattggctcctgtctgttt
ttgagggtggggatcactcacatttccctggtacaacattccaaagataa
ccaagattgtatctcctccagcagttgtacttttttaatgtgtcactcaa
gtggtactggttttgaaggtataaaggtgtcatgaagaacagctgagctt
ggcaccgtgggaggccatggaaagccatttgtgaaggtgcagcctcagtt
gtagttgatagcccaggactgaaggggtcaagcaaaaggaattgatt
gaattctgattttactcaggtaagtgacatatcagtggctcgctgcatcc
aaggttctttaattaaaacagcctgtgcttgtttcacaaaagggcattga
acaaggaatcaaaccaccaacaaaagacaaggtggaataaaatttaacaa
agtatgatcaaacacatcagcacattgtggtctgtgaattaatttatcaa
gactattttcaatttacaaataaagaaattacaagttgaggttaaatgat
tcacccgaattgaattcaccttaccccttctctcaggctttcactctcag
ttctttaatatttttttctagaaaggcaactaataattttcttttgaaaa
cccccaatgcaaagacgaaattgttgccaggcatagtgtgccatggtatt
ccaggcatagtgacacatgccttccatccggacaccaggaagacagaggc
aggtagatctctgggaattcaaggccagcctggccttctacatagctagc
ttcaggatagcaaaggctacacaaagagacccagtctcaaaaacaataaa
caaacaaacaaacaaacatataaaatcatatggacttacccagattaatt
gaatattctacattttaaaaacatggggatgtacagattaaatttaaaaa
aaacttagtattatatccatgtttttatagtaagacacatctgccagaat
gatatcctaccgatgtgtgggaaactatatatttgcttcaaattccagat
cctactggagatattaaggagacattaactaaggtgtaatagtactgtgc
ccagtttgtaagttgttaccttgggcacatatcttattacaatcttgaaa
gcttaacattatgtgtaaggctcaaagtagcaaagaatgagaaaaatgga
aattaaagttaagaattgttactactgtttttgtcagtcatacaacaaac
atcccaatttcattttcataagactagtatatttctacatacaatacagc
tgtgatagttcacctttctcacaagcccttagtagtatctttcagggcta
cagaattacacataagtcattgcattcccaaggttcactctaccaatcga
gtctcatgtgtaagaaaggaattctttctaacggtcttttgtgaattctg
gactaaaacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_33917008_33917636
seq2: B6Ng01-242B16.b_45_673

seq1  GAATTCAGCCTCAAGACTCCTTCCTGTCTCCCATTGATAGGCCCCTACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTCAAGACTCCTTCCTGTCTCCCATTGATAGGCCCCTACCC  50

seq1  ATGCTCCAAGGACACCACAAAGATATAGCCCTGTTACTGTTTTAATAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCAAGGACACCACAAAGATATAGCCCTGTTACTGTTTTAATAAAG  100

seq1  CTTCAGGAAGTCCCATGGTTGGGACTTCTAGTCACAAGAGAAAGTGGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGAAGTCCCATGGTTGGGACTTCTAGTCACAAGAGAAAGTGGGGA  150

seq1  GGGAGATGCTAAATCTTTTAAATTCAGGCTCCATTTTAGAGAACCTAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATGCTAAATCTTTTAAATTCAGGCTCCATTTTAGAGAACCTAGCC  200

seq1  TAAGTTTGAACTCGGCAAACTAACAGTCTGGTACCTAACATTAGTTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTGAACTCGGCAAACTAACAGTCTGGTACCTAACATTAGTTTCCA  250

seq1  AGCCCCCCCCCCAAAAAAAACCCTTGACCCTAACTCCAGTCTCTAGGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCCCCCCAAAAAAAACCCTTGACCCTAACTCCAGTCTCTAGGCTA  300

seq1  ATGCCCAATAAGACCAGTATCTCCAGGTTATTCCTCCAACAAATCTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCAATAAGACCAGTATCTCCAGGTTATTCCTCCAACAAATCTGCAC  350

seq1  CCCAGGTAACAAGCCCACTCCTTGCGACCACTAATGCAGAGGGGAGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTAACAAGCCCACTCCTTGCGACCACTAATGCAGAGGGGAGCAGA  400

seq1  AGTTAAGTTTATGATATGACTCCCAGCACCAAACAATTACATTAAAGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGTTTATGATATGACTCCCAGCACCAAACAATTACATTAAAGACC  450

seq1  ACAACAGCTTCCCAATTAGATGATCGTTCATGTACTCCCTGTTTGCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGCTTCCCAATTAGATGATCGTTCATGTACTCCCTGTTTGCTGCT  500

seq1  TACTATAAAATCTTTCACCAACAGACATTCAGGGCTCCCTCACCACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATAAAATCTTTCACCAACAGACATTCAGGGCTCCCTCACCACCAAA  550

seq1  ACTGTCCTGTGTGATGGTGGTGCAGTGGGGTTGGGGGGCAAGCCAGCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCTGTGTGATGGTGGTGCAGTGGGGTTGGGGGGCAAGCCAGCTCA  600

seq1  AATAGAATAAAGACCCTGTTGTATTGCAT  629
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATAAAGACCCTGTTGTATTGCAT  629

seq1: chr13_34095294_34096463
seq2: B6Ng01-242B16.g_69_1229 (reverse)

seq1  CTGTTTTAATCAAGAAATTCCACAAAAGACCTTTAGGAAAGTATT-CTTT  49
      |||||||| || ||||  | ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||
seq2  CTGTTTTAGTCCAGAA--TTCACAAAAGACCGTTA-GAAAGAATTCCTTT  47

seq1  CTTAACACATGAAGACTCGA-TGGTAGAGTGAACTTTGGG-ATGCAATGA  97
      ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  CTT-ACACATG-AGACTCGATTGGTAGAGTGAACCTTGGGAATGCAATGA  95

seq1  CTTAATTGTGTAATTCTGTAGCCCCTGGAAAGATACTACTAA-GGCTTGT  146
      ||||  ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTA--TGTGTAATTCTGTAGCCC--TGAAAGATACTACTAAGGGCTTGT  141

seq1  GAGAAAGGTGAACTATCACAGCTGTATTGTATGTAGAAATATACTAGTCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGTGAACTATCACAGCTGTATTGTATGTAGAAATATACTAGTCT  191

seq1  TATTGAAAATGAAATTTGGGATGTTTTGTTTGTATGACTGACAAAAACAG  246
      || ||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  TA-TGAAAATGAAA-TTGGGATGTTT--GTTGTATGACTGACAAAAACAG  237

seq1  TAGTAACAATTCTTAACTTTAATTTCCATTTTTCTCATTCTTTGCTACTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAACAATTCTTAACTTTAATTTCCATTTTTCTCATTCTTTGCTACTT  287

seq1  TGAGCCTTACACATAATGTTAAGCTTTCAAGATTGTAATAAGATATGTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTTACACATAATGTTAAGCTTTCAAGATTGTAATAAGATATGTGC  337

seq1  CCAAGGTAACAACTTACAAACTGGGCACAGTACTATTACACCTTAGTTAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTAACAACTTACAAACTGGGCACAGTACTATTACACCTTAGTTAA  387

seq1  TGTCTCCTTAATATCTCCAGTAGGATCTGGAATTTGAAGCAAATATATAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCTTAATATCTCCAGTAGGATCTGGAATTTGAAGCAAATATATAG  437

seq1  TTTCCCACACATCGGTAGGATATCATTCTGGCAGATGTGTCTTACTATAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCACACATCGGTAGGATATCATTCTGGCAGATGTGTCTTACTATAA  487

seq1  AAACATGGATATAATACTAAGTTTTTTTTAAATTTAATCTGTACATCCCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGATATAATACTAAGTTTTTTTTAAATTTAATCTGTACATCCCC  537

seq1  ATGTTTTTAAAATGTAGAATATTCAATTAATCTGGGTAAGTCCATATGAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTAAAATGTAGAATATTCAATTAATCTGGGTAAGTCCATATGAT  587

seq1  TTTATATGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATTGTTTTTGAGACTGGGTCTCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATTGTTTTTGAGACTGGGTCTCT  637

seq1  TTGTGTAGCCTTTGCTATCCTGAAGCTAGCTATGTAGAAGGCCAGGCTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGCCTTTGCTATCCTGAAGCTAGCTATGTAGAAGGCCAGGCTGG  687

seq1  CCTTGAATTCCCAGAGATCTACCTGCCTCTGTCTTCCTGGTGTCCGGATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAATTCCCAGAGATCTACCTGCCTCTGTCTTCCTGGTGTCCGGATG  737

seq1  GAAGGCATGTGTCACTATGCCTGGAATACCATGGCACACTATGCCTGGCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATGTGTCACTATGCCTGGAATACCATGGCACACTATGCCTGGCA  787

seq1  ACAATTTCGTCTTTGCATTGGGGGTTTTCAAAAGAAAATTATTAGTTGCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTCGTCTTTGCATTGGGGGTTTTCAAAAGAAAATTATTAGTTGCC  837

seq1  TTTCTAGAAAAAAATATTAAAGAACTGAGAGTGAAAGCCTGAGAGAAGGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGAAAAAAATATTAAAGAACTGAGAGTGAAAGCCTGAGAGAAGGG  887

seq1  GTAAGGTGAATTCAATTCGGGTGAATCATTTAACCTCAACTTGTAATTTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTGAATTCAATTCGGGTGAATCATTTAACCTCAACTTGTAATTTC  937

seq1  TTTATTTGTAAATTGAAAATAGTCTTGATAAATTAATTCACAGACCACAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGTAAATTGAAAATAGTCTTGATAAATTAATTCACAGACCACAA  987

seq1  TGTGCTGATGTGTTTGATCATACTTTGTTAAATTTTATTCCACCTTGTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGATGTGTTTGATCATACTTTGTTAAATTTTATTCCACCTTGTCT  1037

seq1  TTTGTTGGTGGTTTGATTCCTTGTTCAATGCCCTTTTGTGAAACAAGCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGGTGGTTTGATTCCTTGTTCAATGCCCTTTTGTGAAACAAGCAC  1087

seq1  AGGCTGTTTTAATTAAAGAACCTTGGATGCAGCGAGCCACTGATATGTCA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTTTTAATTAAAGAACCTTGGATGCAGCGAGCCACTGATATGTCA  1137

seq1  CTTACCTGAGTAAAATCAGAATTC  1170
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTGAGTAAAATCAGAATTC  1161