BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245G17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 13,710,632 - 13,852,124
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLyst
Upstream geneLOC664862, EG238507, LOC100039744, EG630757, Prl2c3, LOC100039999, LOC100039754, Prl2c2, LOC434483, LOC674723, Prl2c5, LOC630611, LOC100039786, LOC385049, LOC630663, LOC100040108, Gpr137b, LOC664960, Nid1
Downstream geneLOC100039831, Gng4, EG665000, EG665008, LOC630894, LOC100040205, B3galnt2, Tbce, Ggps1, LOC100040243, Arid4b, LOC100039916, Hecw1, Mrpl32, Psma2, AW209491
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245G17.bB6Ng01-245G17.g
ACCGA054309GA054310
length9721,121
definitionB6Ng01-245G17.b B6Ng01-245G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,710,632 - 13,711,556)(13,850,992 - 13,852,124)
sequence
gaattcactgtatagaccagagaggcctcaaatccatagaaacttgtcct
cctctgcctcccaagtgctaagattaaagacatacaccactacatcctgg
tccactcttaaatcttaggtgacttcaaggtatattattaactctggctg
aggttcagcaaaagatctagtcttataaaatggaagaaacattttcttaa
taatgcatctccatagcttttgacttttaatagcatgagattaccatgct
tattcatagaaacataggattatgattcaaaagaggaatttatgttttta
gtaaaaatcagaatgcagttttagaagtttaatgtgaattagatacattt
ttctttttcttttttcttcactcaatccttttcctcctcctctcctcagc
tcccaagttattagaaacaaggttttagatctcacaatataacccaggcc
agcctagaactcttgatcctcctacctgagttccctggtactaggagtat
aggagtataggtatagacaccatatctagcttctctttttaaagatacta
tataaatagcaacagaaatatatttaaccaagcccactcagtcaacaggt
tctccagcatgggagtgaggattaaaaagaaaaagacagaccacattgta
gcatgaccccagtcaattctgaaactggagtcaaatttaattttcccaat
ccgctttttataccattttaattacatgcaagtattaagggcaagcagta
caataaagaaataacaaggcagtaagcaaagtccggggattactgccgtg
acagttgtttaaaagtgcttgtcataatgaccaaaatacttgagcccact
tcccagtccaagcccaaaatcttgcccgaagcctacttcttttgttgcac
cctaagattaaaattcctgccttaccctacttcctttttatagcctaagt
tagattcttactgaaacttact
gaattcagtccccagaacccacacatgactgactgaaggaaagaatccta
aataatgtcctctgagctccacatgtgcagcatgaaaaagcccaaatgca
aagcagataataaatcaaaatattatctgtctctgaagcaaaaataggac
ctttatgattattttatttatgtatttatttatttattttcaaaattctt
catcactcttagtaaacctaaatctaatgagttaggaacatgaccttcca
ttttctaggagctagaaaagggaaggactaacacatgttttaagttagcc
ttaagcaaggatacctcacatcatcttggcttttctcaatgacataaaag
tcctatcatgtgccagtgagccaggacctaccgtgctgctggtgagcctg
ttggtataggctgtgatgacaccacacttgctcccagtgaagagctgaca
actgtcaggcacccaggcacaactggttacctttgaaaggacaaatcaaa
gacaagcttccaggtaaacattttccttgatatgatcagagcagaagcat
atatagccatagtactttcaacagtttagagcaaaaatctttaataattg
tttccagattacaaggttttaaaaacaacagtgtacaatgttatacattt
tttcagttatttatttattgacttttaatttcatttgagctagattatcc
ctgcaatccctcttccacttgtcaccagccattcactgtgggctcctagt
atatgtatgtgtgtctgtctgcctcacaattttatttttatacacacttg
tgacttagaaatttaacaaaataatacaggatcgatcaaagcttgagtat
caatgtgtgaggggttcaaacattaatgtactggtcttctgttctgaaat
agggtctaaatatgtatcccgggttgtctaggaactgaaggttctcaagt
ctaagcctcttaagttgttagagccacaagctgggctactagtttttact
tatgtgcatctcctctgctctctgtaggaagcagtgtgtatgtaaaaaat
agtatcacgttacagttgtaaatgttgtaattggaagggagaattaaggt
aaggattactcttgcttaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_13710632_13711556
seq2: B6Ng01-245G17.b_47_971

seq1  GAATTCACTGTATAGACCAGAGAGGCCTCAAATCCATAGAAACTTGTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTATAGACCAGAGAGGCCTCAAATCCATAGAAACTTGTCCT  50

seq1  CCTCTGCCTCCCAAGTGCTAAGATTAAAGACATACACCACTACATCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCCCAAGTGCTAAGATTAAAGACATACACCACTACATCCTGG  100

seq1  TCCACTCTTAAATCTTAGGTGACTTCAAGGTATATTATTAACTCTGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCTTAAATCTTAGGTGACTTCAAGGTATATTATTAACTCTGGCTG  150

seq1  AGGTTCAGCAAAAGATCTAGTCTTATAAAATGGAAGAAACATTTTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAGCAAAAGATCTAGTCTTATAAAATGGAAGAAACATTTTCTTAA  200

seq1  TAATGCATCTCCATAGCTTTTGACTTTTAATAGCATGAGATTACCATGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCATCTCCATAGCTTTTGACTTTTAATAGCATGAGATTACCATGCT  250

seq1  TATTCATAGAAACATAGGATTATGATTCAAAAGAGGAATTTATGTTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATAGAAACATAGGATTATGATTCAAAAGAGGAATTTATGTTTTTA  300

seq1  GTAAAAATCAGAATGCAGTTTTAGAAGTTTAATGTGAATTAGATACATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAATCAGAATGCAGTTTTAGAAGTTTAATGTGAATTAGATACATTT  350

seq1  TTCTTTTTCTTTTTTCTTCACTCAATCCTTTTCCTCCTCCTCTCCTCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCTTTTTTCTTCACTCAATCCTTTTCCTCCTCCTCTCCTCAGC  400

seq1  TCCCAAGTTATTAGAAACAAGGTTTTAGATCTCACAATATAACCCAGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGTTATTAGAAACAAGGTTTTAGATCTCACAATATAACCCAGGCC  450

seq1  AGCCTAGAACTCTTGATCCTCCTACCTGAGTTCCCTGGTACTAGGAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGAACTCTTGATCCTCCTACCTGAGTTCCCTGGTACTAGGAGTAT  500

seq1  AGGAGTATAGGTATAGACACCATATCTAGCTTCTCTTTTTAAAGATACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTATAGGTATAGACACCATATCTAGCTTCTCTTTTTAAAGATACTA  550

seq1  TATAAATAGCAACAGAAATATATTTAACCAAGCCCACTCAGTCAACAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAGCAACAGAAATATATTTAACCAAGCCCACTCAGTCAACAGGT  600

seq1  TCTCCAGCATGGGAGTGAGGATTAAAAAGAAAAAGACAGACCACATTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCATGGGAGTGAGGATTAAAAAGAAAAAGACAGACCACATTGTA  650

seq1  GCATGACCCCAGTCAATTCTGAAACTGGAGTCAAATTTAATTTTCCCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGACCCCAGTCAATTCTGAAACTGGAGTCAAATTTAATTTTCCCAAT  700

seq1  CCGCTTTTTATACCATTTTAATTACATGCAAGTATTAAGGGCAAGCAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTTTTTATACCATTTTAATTACATGCAAGTATTAAGGGCAAGCAGTA  750

seq1  CAATAAAGAAATAACAAGGCAGTAAGCAAAGTCCGGGGATTACTGCCGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAGAAATAACAAGGCAGTAAGCAAAGTCCGGGGATTACTGCCGTG  800

seq1  ACAGTTGTTTAAAAGTGCTTGTCATAATGACCAAAATACTTGAGCCCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTGTTTAAAAGTGCTTGTCATAATGACCAAAATACTTGAGCCCACT  850

seq1  TCCCAGTCCAAGCCCAAAATCTTGCCCGAAGCCTACTTCTTTTGTTGCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTCCAAGCCCAAAATCTTGCCCGAAGCCTACTTCTTTTGTTGCAC  900

seq1  CCTAAGATTAAAATTCCTGCCTTAC  925
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGATTAAAATTCCTGCCTTAC  925

seq1: chr13_13850992_13852124
seq2: B6Ng01-245G17.g_67_1187 (reverse)

seq1  TTTTTAGCAAGAGTAATCCTTCACCTTTATCTTCCCTTCTCCTATTTAAC  50
      |||| |||||||||||||||| ||||| ||  |||||  ||| |||  ||
seq2  TTTTAAGCAAGAGTAATCCTT-ACCTTAATTCTCCCT--TCCAATT--AC  45

seq1  AACATTTACAACTGTTAACGTGATACCTATTTTTTACATACACACTGCTT  100
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTACAACTG-TAACGTGATA-CTATTTTTTACATACACACTGCTT  93

seq1  CCCTACAGAGAAACAGAAAGAGAATGCACATAAGTAAAAACTAGTAGCCC  150
       ||||||||| | ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCTACAGAG-AGCAG-AGGAG-ATGCACATAAGTAAAAACTAGTAGCCC  139

seq1  AGCTTGGTGGCTTCTAAC-ACTTAAGAGGCTTAGACTTGAGAACCTTCAG  199
      ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTT-GTGGC-TCTAACAACTTAAGAGGCTTAGACTTGAGAACCTTCAG  187

seq1  TTCCTAGACAACCCGGGATACATATTTAGACCCTATTTCAGAACAGAAGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGACAACCCGGGATACATATTTAGACCCTATTTCAGAACAGAAGA  237

seq1  CCAGTACATTAATGTTTGAACCCCTCACACATTGATACTCAAGCTTTGAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACATTAATGTTTGAACCCCTCACACATTGATACTCAAGCTTTGAT  287

seq1  CGATCCTGTATTATTTTGTTAAATTTCTAAGTCACAAGTGTGTATAAAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCTGTATTATTTTGTTAAATTTCTAAGTCACAAGTGTGTATAAAAA  337

seq1  TAAAATTGTGAGGCAGACAGACACACATACATATACTAGGAGCCCACAGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGTGAGGCAGACAGACACACATACATATACTAGGAGCCCACAGT  387

seq1  GAATGGCTGGTGACAAGTGGAAGAGGGATTGCAGGGATAATCTAGCTCAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCTGGTGACAAGTGGAAGAGGGATTGCAGGGATAATCTAGCTCAA  437

seq1  ATGAAATTAAAAGTCAATAAATAAATAACTGAAAAAATGTATAACATTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATTAAAAGTCAATAAATAAATAACTGAAAAAATGTATAACATTGT  487

seq1  ACACTGTTGTTTTTAAAACCTTGTAATCTGGAAACAATTATTAAAGATTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTTGTTTTTAAAACCTTGTAATCTGGAAACAATTATTAAAGATTT  537

seq1  TTGCTCTAAACTGTTGAAAGTACTATGGCTATATATGCTTCTGCTCTGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTAAACTGTTGAAAGTACTATGGCTATATATGCTTCTGCTCTGAT  587

seq1  CATATCAAGGAAAATGTTTACCTGGAAGCTTGTCTTTGATTTGTCCTTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAAGGAAAATGTTTACCTGGAAGCTTGTCTTTGATTTGTCCTTTC  637

seq1  AAAGGTAACCAGTTGTGCCTGGGTGCCTGACAGTTGTCAGCTCTTCACTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTAACCAGTTGTGCCTGGGTGCCTGACAGTTGTCAGCTCTTCACTG  687

seq1  GGAGCAAGTGTGGTGTCATCACAGCCTATACCAACAGGCTCACCAGCAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAGTGTGGTGTCATCACAGCCTATACCAACAGGCTCACCAGCAGC  737

seq1  ACGGTAGGTCCTGGCTCACTGGCACATGATAGGACTTTTATGTCATTGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTAGGTCCTGGCTCACTGGCACATGATAGGACTTTTATGTCATTGAG  787

seq1  AAAAGCCAAGATGATGTGAGGTATCCTTGCTTAAGGCTAACTTAAAACAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCAAGATGATGTGAGGTATCCTTGCTTAAGGCTAACTTAAAACAT  837

seq1  GTGTTAGTCCTTCCCTTTTCTAGCTCCTAGAAAATGGAAGGTCATGTTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGTCCTTCCCTTTTCTAGCTCCTAGAAAATGGAAGGTCATGTTCC  887

seq1  TAACTCATTAGATTTAGGTTTACTAAGAGTGATGAAGAATTTTGAAAATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCATTAGATTTAGGTTTACTAAGAGTGATGAAGAATTTTGAAAATA  937

seq1  AATAAATAAATACATAAATAAAATAATCATAAAGGTCCTATTTTTGCTTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATACATAAATAAAATAATCATAAAGGTCCTATTTTTGCTTC  987

seq1  AGAGACAGATAATATTTTGATTTATTATCTGCTTTGCATTTGGGCTTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGATAATATTTTGATTTATTATCTGCTTTGCATTTGGGCTTTTT  1037

seq1  CATGCTGCACATGTGGAGCTCAGAGGACATTATTTAGGATTCTTTCCTTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTGCACATGTGGAGCTCAGAGGACATTATTTAGGATTCTTTCCTTC  1087

seq1  AGTCAGTCATGTGTGGGTTCTGGGGACTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTCATGTGTGGGTTCTGGGGACTGAATTC  1121