BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247C15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 24,657,948 - 24,823,825
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5830431A10Rik, 6330500D04Rik
Upstream geneHist1h2ae, Hist1h2bg, Hist1h2bf, Hist1h2ad, Hist1h3d, Hist1h4d, Hist1h2be, Hist1h1e, Hist1h2ac, Hist1h2bc, Hist1h1t, Hist1h4c, Hfe, Hist1h1c, Hist1h3c, Hist1h2bb, Hist1h2ab, Hist1h3b, Hist1h4b, Hist1h4a, Hist1h3a, Hist1h1a, Trim38, Slc17a2, Slc17a3, Slc17a1, Slc17a4, Snrp1c-ps2, Hist1h2ba, Hist1h2aa, Scgn, Lrrc16, LOC100042017, Cmah
Downstream geneLOC666145, Gmnn, LOC100040800, BC005537, Them2, Ttrap, D130043K22Rik, Aldh5a1, Gpld1, Mrs2l, LOC675430, Dcdc2a, Nrsn1, Tpi-rs8, LOC214973
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247C15.bB6Ng01-247C15.g
ACCGA055575GA055576
length1,1691,163
definitionB6Ng01-247C15.b B6Ng01-247C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,822,670 - 24,823,825)(24,657,948 - 24,659,094)
sequence
tacagatgaacttccacaaaggcataaagatgactactttcaaactctac
tttgaagtgctgtcagtcaaaactacgatgcagtccagggagttatacac
agccctgttctgtgggctaaggaaaagtagacagtacagtgcaattggac
ttggacatctccgtcttggcagcggcagcagctctctgctgtctggccac
atcacagcaccctcttgagaacaggggccaggtatcatcggaatagcagt
caggcagggttaacgtgaaatttaaaaggctgtggcaacttcggttccat
gacgacctcccactttaacacaatctcgagggaatttgtctaattgctcg
tacgccagtcgcccgtcttctcctggatagggaacattaaacacgactac
attacatatgcatcacacagaatgaaatggaactgtgctatggaaacttt
ctgcacagttcctggggattgaacccagaccctcatgtatgttagaccaa
acactttcccactgagctgcaccttcagcgttgcattgctgtcttagcta
gttactatgttaaggaaaagtgattttccattattcttcactagattatg
ggtttctaggcaacgcttagaaccaccaagaacctttgagttaacattag
agaccagatgaaaggcaaggcacaaaacaaagtacaagcctgtgccaact
gcttccaagtgtacatgccaggttaatttttatttagtgttttagggact
ttagtaaggcttaatcctttgacctcattgtattgaatctttatgtaact
tgaatacagtctatattggttttagtttacattatatcatatacacacaa
cattttacatcctatcattatgtacatcccatgtgactaatggtaaaagt
taggctttcaagtttccgctatagtctttaccccctgtagtggctattcc
tggttgtcaaatggactatatgtggaattgaactacaatccagaattgga
aaggctcatctgtgatcctgattctgaggctaggaaaatatatatgtttt
ctgactgatcttgccattgagattcttgaggccatattgactattgatcc
agaaagactaaggccagggaaatcttcttaattcaaaggtcatctggcac
aaggcacacacctttaatc
gaattccaactatttgggagtcagccctggttttgtatctcatagggagg
tggggaaagttattccacagggaagggaagtggagctatctgcgatagaa
gcctggaacagtgaatgaatgaggccattcagaggccctgggaaaggctg
tatgcctgctctccacacctctgggcctggcctctctctcccacactggt
tggcccagtgatatgcactctggtgtgatttgaagtcaggaggtaggcta
aagtatggaaggaagtgtcagggcagaggcactgtaatgggtcacacctg
aaatcccagcatatcagaagctaaggcaagattgttgtgagtttaagtct
aacctatattacatagtcagtactaagctagcctgggctactgagtgaga
ccctatttcaagacaccatggactggaaagatggttttgtcaataaagat
gtctgccaccaagtctaatgacctgagttccattataggggacttgcatg
gtactagaatagaaatgactctggaaaattgccctctgatctctatacat
gtgcccattcccacaattcatgcatacatacatacatacgtacgtaaatg
taactttaaaatattaaatacagaatttaaaggtacatccatagcatcca
gggactcttgtgaccagctcttagtcctgcttgtacccctgtgtggcagg
tgctctctgtgctccaacagacttgactcaggttgtgttcctaccactcc
ttgttaggctgtacctcataggtgtgaagagctgattattttcctaagtc
ataaccaatagtcacattttggacatggcaagaggagaagggagggaaga
caaccacaggcttcgatagacccttatttttcacacaccaggggaggtat
ataatgctattttttaaaaatcgatttatggggctaatgaggtgatttgt
caaggcaagagctcttggccaagcctgacagcccgagtttctattccctg
ggaattcgcatgggaaaaagaaaaagaacctaactcctgcaaaatcatcc
tttgacctccacaatgtgacgtgcactacagcatgagcccacccaccaat
gcaactaaaatgtattacttgtacagatcattgtcacaaacctggtcata
ctttggtaaatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_24822670_24823825
seq2: B6Ng01-247C15.b_54_1222 (reverse)

seq1  GATTAAAGGTGTGTGCTTTGTCCCAGATGACC-TTGAATTTAG-AGATCT  48
      |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| || |||| |
seq2  GATTAAAGGTGTGTGCCTTGTGCCAGATGACCTTTGAATTAAGAAGATTT  50

seq1  -CCTTGCCTTAGTCTTCTGGGATTCATAGTCACTAT-GCCTCAAG-ATCT  95
       ||| |||||||||||   ||||  ||||||| ||| |||||||| ||||
seq2  CCCTGGCCTTAGTCTTTCTGGATCAATAGTCAATATGGCCTCAAGAATCT  100

seq1  CCATGCCAAGATCCAGGTCAG-AAACATATA---TCTCCTAGCCTCAAGA  141
      | ||| |||||||   ||||| |||||||||   | |||||||||||  |
seq2  CAATGGCAAGATC--AGTCAGAAAACATATATATTTTCCTAGCCTCAGAA  148

seq1  TCAGGATCACAGATGAGCC-TTCCAATTCTGGATTGTAGTTC-ATTCCAC  189
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCAGGATCACAGATGAGCCTTTCCAATTCTGGATTGTAGTTCAATTCCAC  198

seq1  ATATAGTCCATTTGACAACCAGGAATAGCCACTACAGGGGGTAAAGACTA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTCCATTTGACAACCAGGAATAGCCACTACAGGGGGTAAAGACTA  248

seq1  TAGCGGAAACTTGAAAGCCTAACTTTTACCATTAGTCACAT-GGATGTAC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGCGGAAACTTGAAAGCCTAACTTTTACCATTAGTCACATGGGATGTAC  298

seq1  ATAATGATAGGATGTAAAATGTTGTGTGTATATGATATAATGT-AACT-A  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  ATAATGATAGGATGTAAAATGTTGTGTGTATATGATATAATGTAAACTAA  348

seq1  AACCAATATAGACTGTATTCAAGTTACATAAAGATTCAATACAATGAGGT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATATAGACTGTATTCAAGTTACATAAAGATTCAATACAATGAGGT  398

seq1  C-AAGGATTAAGCCTTACTAAAGTCCCTAAAACACTAAATAAAAATTAAC  435
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGATTAAGCCTTACTAAAGTCCCTAAAACACTAAATAAAAATTAAC  448

seq1  CTGGCATGTACACTTGGAAGCAGTTGGCACAGGCTTGTACTTTGTTTTGT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATGTACACTTGGAAGCAGTTGGCACAGGCTTGTACTTTGTTTTGT  498

seq1  GCCTTGCCTTTCATCTGGTCTCTAATGTTAACTCAAAGGTTCTTGGTGGT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCCTTTCATCTGGTCTCTAATGTTAACTCAAAGGTTCTTGGTGGT  548

seq1  TCTAAGCGTTGCCTAGAAACCCATAATCTAGTGAAGAATAATGGAAAATC  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCGTTGCCTAGAAACCCATAATCTAGTGAAGAATAATGGAAAATC  598

seq1  ACTTTTCCTTAACATAGTAACTAGCTAAGACAGCAATGCAACGCTGAAGG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCCTTAACATAGTAACTAGCTAAGACAGCAATGCAACGCTGAAGG  648

seq1  TGCAGCTCAGTGGGAAAGTGTTTGGTCTAACATACATGAGGGTCTGGGTT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTCAGTGGGAAAGTGTTTGGTCTAACATACATGAGGGTCTGGGTT  698

seq1  CAATCCCCAGGAACTGTGCAGAAAGTTTCCATAGCACAGTTCCATTTCAT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCCAGGAACTGTGCAGAAAGTTTCCATAGCACAGTTCCATTTCAT  748

seq1  TCTGTGTGATGCATATGTAATGTAGTCGTGTTTAATGTTCCCTATCCAGG  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGATGCATATGTAATGTAGTCGTGTTTAATGTTCCCTATCCAGG  798

seq1  AGAAGACGGGCGACTGGCGTACGAGCAATTAGACAAATTCCCTCGAGATT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACGGGCGACTGGCGTACGAGCAATTAGACAAATTCCCTCGAGATT  848

seq1  GTGTTAAAGTGGGAGGTCGTCATGGAACCGAAGTTGCCACAGCCTTTTAA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAAGTGGGAGGTCGTCATGGAACCGAAGTTGCCACAGCCTTTTAA  898

seq1  ATTTCACGTTAACCCTGCCTGACTGCTATTCCGATGATACCTGGCCCCTG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACGTTAACCCTGCCTGACTGCTATTCCGATGATACCTGGCCCCTG  948

seq1  TTCTCAAGAGGGTGCTGTGATGTGGCCAGACAGCAGAGAGCTGCTGCCGC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAGAGGGTGCTGTGATGTGGCCAGACAGCAGAGAGCTGCTGCCGC  998

seq1  TGCCAAGACGGAGATGTCCAAGTCCAATTGCACTGTACTGTCTACTTTTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGACGGAGATGTCCAAGTCCAATTGCACTGTACTGTCTACTTTTC  1048

seq1  CTTAGCCCACAGAACAGGGCTGTGTATAACTCCCTGGACTGCATCGTAGT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCCACAGAACAGGGCTGTGTATAACTCCCTGGACTGCATCGTAGT  1098

seq1  TTTGACTGACAGCACTTCAAAGTAGAGTTTGAAAGTAGTCATCTTTATGC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGACAGCACTTCAAAGTAGAGTTTGAAAGTAGTCATCTTTATGC  1148

seq1  CTTTGTGGAAGTTCATCTGTA  1156
      |||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGGAAGTTCATCTGTA  1169

seq1: chr13_24657948_24659094
seq2: B6Ng01-247C15.g_64_1226

seq1  GAATTCCAACTATTTGGGAGTCAGCCCTGGTTTTGTATCTCATAGGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTATTTGGGAGTCAGCCCTGGTTTTGTATCTCATAGGGAGG  50

seq1  TGGGGAAAGTTATTCCACAGGGAAGGGAAGTGGAGCTATCTGCGATAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAAGTTATTCCACAGGGAAGGGAAGTGGAGCTATCTGCGATAGAA  100

seq1  GCCTGGAACAGTGAATGAATGAGGCCATTCAGAGGCCCTGGGAAAGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAACAGTGAATGAATGAGGCCATTCAGAGGCCCTGGGAAAGGCTG  150

seq1  TATGCCTGCTCTCCACACCTCTGGGCCTGGCCTCTCTCTCCCACACTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTGCTCTCCACACCTCTGGGCCTGGCCTCTCTCTCCCACACTGGT  200

seq1  TGGCCCAGTGATATGCACTCTGGTGTGATTTGAAGTCAGGAGGTAGGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGTGATATGCACTCTGGTGTGATTTGAAGTCAGGAGGTAGGCTA  250

seq1  AAGTATGGAAGGAAGTGTCAGGGCAGAGGCACTGTAATGGGTCACACCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGGAAGGAAGTGTCAGGGCAGAGGCACTGTAATGGGTCACACCTG  300

seq1  AAATCCCAGCATATCAGAAGCTAAGGCAAGATTGTTGTGAGTTTAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCAGCATATCAGAAGCTAAGGCAAGATTGTTGTGAGTTTAAGTCT  350

seq1  AACCTATATTACATAGTCAGTACTAAGCTAGCCTGGGCTACTGAGTGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATATTACATAGTCAGTACTAAGCTAGCCTGGGCTACTGAGTGAGA  400

seq1  CCCTATTTCAAGACACCATGGACTGGAAAGATGGTTTTGTCAATAAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTTCAAGACACCATGGACTGGAAAGATGGTTTTGTCAATAAAGAT  450

seq1  GTCTGCCACCAAGTCTAATGACCTGAGTTCCATTATAGGGGACTTGCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCACCAAGTCTAATGACCTGAGTTCCATTATAGGGGACTTGCATG  500

seq1  GTACTAGAATAGAAATGACTCTGGAAAATTGCCCTCTGATCTCTATACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAGAATAGAAATGACTCTGGAAAATTGCCCTCTGATCTCTATACAT  550

seq1  GTGCCCATTCCCACAATTCATGCATACATACATACATACGTACGTAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCATTCCCACAATTCATGCATACATACATACATACGTACGTAAATG  600

seq1  TAACTTTAAAATATTAAATACAGAATTTAAAGGTACATCCATAGCATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTAAAATATTAAATACAGAATTTAAAGGTACATCCATAGCATCCA  650

seq1  GGGACTCTTGTGACCAGCTCTTAGTCCTGCTTGTACCCCTGTGTGGCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCTTGTGACCAGCTCTTAGTCCTGCTTGTACCCCTGTGTGGCAGG  700

seq1  TGCTCTCTGTGCTCCAACAGACTTGACTCAGGTTGTGTTCCTACCACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCTGTGCTCCAACAGACTTGACTCAGGTTGTGTTCCTACCACTCC  750

seq1  TTGTTAGGCTGTACCTCATAGGTGTGAAGAGCTGATTATTTTCCTAAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTAGGCTGTACCTCATAGGTGTGAAGAGCTGATTATTTTCCTAAGTC  800

seq1  ATAACCAATAGTCACATTTTGGACATGGCAAGAGGAGAAGGGAGGGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCAATAGTCACATTTTGGACATGGCAAGAGGAGAAGGGAGGGAAGA  850

seq1  CAACCACAGGCTTCGATAGACCCTTA-TTTTCACACACCA-GGGAGGTAT  898
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  CAACCACAGGCTTCGATAGACCCTTATTTTTCACACACCAGGGGAGGTAT  900

seq1  ATAATGCTATTTTTTAAAAATCGATTTAT-GGGCTAATGAGGTGATTTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCTATTTTTTAAAAATCGATTTATGGGGCTAATGAGGTGATTTGT  950

seq1  C-AGGCAAGAGCTCTT-GCCAAGCCTGACAGCCCGAG-TTCTA-TCCCTG  993
      | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  CAAGGCAAGAGCTCTTGGCCAAGCCTGACAGCCCGAGTTTCTATTCCCTG  1000

seq1  GG-ATTCGCATGGG-AGAAGAAAA--GACCTAACTCCTGC-AAATCATCC  1038
      || ||||||||||| | |||||||   ||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAATTCGCATGGGAAAAAGAAAAAGAACCTAACTCCTGCAAAATCATCC  1050

seq1  TTTGACCTCCAC-ATGTGCCGTGCACTACAGCATGAGCCCACCCAC--AT  1085
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TTTGACCTCCACAATGTGACGTGCACTACAGCATGAGCCCACCCACCAAT  1100

seq1  GCAAACTAAATGTA-TACGTGTACAGATCCATGGTCACAAAACTGTGCAT  1134
      ||||   ||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| |||  |||
seq2  GCAACTAAAATGTATTACTTGTACAGAT-CATTGTCACAAACCTGGTCAT  1149

seq1  A-TTTGGTAAATTA  1147
      | ||||||||||||
seq2  ACTTTGGTAAATTA  1163