BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247P09
Chromosome13 (Build37)
Map Location 12,953,291 - 13,104,763
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039999, LOC100039754, Prl2c2
Upstream geneRyr2, LOC100039678, Mtr, LOC100039826, Actn2, EG432725, Heatr1, LOC546246, Lgals8, LOC100039900, Edaradd, Ero1lb, LOC664862, EG238507, LOC100039744, EG630757, Prl2c3
Downstream geneLOC434483, LOC674723, Prl2c5, LOC630611, LOC100039786, LOC385049, LOC630663, LOC100040108, Gpr137b, LOC664960, Nid1, Lyst, LOC100039831, Gng4, EG665000, EG665008, LOC630894, LOC100040205, B3galnt2, Tbce
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247P09.bB6Ng01-247P09.g
ACCGA056160GA056161
length1,0961,112
definitionB6Ng01-247P09.b B6Ng01-247P09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,103,685 - 13,104,763)(12,953,291 - 12,954,299)
sequence
gaattcttttgcaatgttaaaaagggaaaaaaaatgtatgcttcctgtct
cctaagaatcaaagggttgggtcttgggatgcttgcggattcataagata
atcaagaggaaagcctgcagtaaatgactggatggatatataaaataaaa
gactggacctcttttctgcagaagatgagctattcagatacattttttag
gattatagggacataactggttggagaacatggacacacaagttaagact
ggtccttgcaccctcacctgatccctcatgttcccatcccacctagcccc
agttcatcctcaaaatcaattgtccttccttcacagtgttgtgcccagat
tgcaaaatccccgaggagaccaccaggaaccacaactccaaagcaagcat
atgagagtctttagaaggcgtttccaagccttgccattacatgattggta
agaggtttatgggaaagttgtttggtttgttttaggtgccaaggacacaa
cggctatggcccagctgggagaggagtaattaataccctttgtgctattt
ccatgaactgctttgtgactcccaagggtcatttgggtgggggattgttg
ctaggaagtggtatctactaagtgcagaaaagtatgtatcaggactggtg
actcccaacagctgcagctggccagatgtttcacacaggcacttggtaat
actcatgtttctggtcctctacttaggtctatcaccagcaagatcctcat
gtttctcttccagaccttcctgttacttagctttttcttggtctgtggac
tgtaacatgtttgtcatttacttatagccaataaccacaggacgtgttta
atcttttctctgatgatatttctcaagatccatccacttgcatgtaaatt
catgatgttactattgttaacagcagggtaatacttccattgtgtaaatg
gataaaaattttatcagttcttcagtttaggtattatctaggaatgtttt
ctaatttctggcttcttaatgaattaagctgctaataaacatagttttag
aaccgttttccttatgatggagaattcttttgagtacaatgtcttg
gaattctcctctgaagaaacagacttggaggaggaagcagctcgttatga
gagaaaaaagtaccagccagataaaatgctagctaatcagttaaggaaaa
agccaaaagcggctggcgaaggccagcatgctgttcagcctccaggcagt
cggcttcaaggtcatagtgcacctccgccctatgcggaggccccgccctg
cataagccgtcagctctgcgcagagaggcaatggacagagaggcaatgcg
cagactcgttcattcctagagaggaacaaaggaaaatgcaacaggcattt
ccggtctttgaaggagccgagggtgggcatgtccatgctccggtagaatt
tgtgcagattaaagagcttgccgagtcggtccgtaaatatggaaccaatg
ctaattttaccttggtgcagttagacaggcttgccggcatggcactaact
cctgccgactggcaaatgattgcaaaagccgctctccctagtatgggcaa
atatatggaatggagagctctatggcaagaggctgcacaagtgcaggcct
gagcaaacgctgctgctttgactccagagcagagagattggacttttggt
aggggtaaacccccgtggcggagaaaaagcctcacatgtgattcaacatt
gccttgaggcatggagtgcttgggggaaacccaaactccttaagactgat
aatggaccagcttatacatatcaaaaattccagcagttctgccgtcagat
ggacgtgacccacctgactggacttccatacaaccctcaaggacagggta
ttgttgagcgtgcgcatcgcaccctcaaatcctatctattaaaacagaaa
gggggaggaggctctacaccgagtaccaagagtgtctgtgtctatggcac
tctttacactcaattttttaaatctgatgctcatggccatactgcggctg
aacgtcattgttcagagccagataggcccaatgagatggtttaaatggaa
aatgtccttgataataatgggtatggcccggatcctatttttgattagat
ctcgggggagctgtttgtgttttttccacaggaatgaagaccaccccatt
tgataccagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_13103685_13104763
seq2: B6Ng01-247P09.b_44_1139 (reverse)

seq1  CAAGACA-TGTACTCAAA--GATCCTCCCATCATAAGGAAA--CGTTCT-  44
      ||||||| ||||||||||   || || ||||||||||||||   ||||| 
seq2  CAAGACATTGTACTCAAAAGAATTCT-CCATCATAAGGAAAACGGTTCTA  49

seq1  AAACTATGTTTA-TAGCAGCTTTATTCA-TAAG-AGCCAGAAATTAG-AA  90
      |||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||
seq2  AAACTATGTTTATTAGCAGCTTAATTCATTAAGAAGCCAGAAATTAGAAA  99

seq1  ACATT-CTAGAT-ATACCTAAACTGAAGAACTGATAAAA-TTTTATCCAT  137
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACATTCCTAGATAATACCTAAACTGAAGAACTGATAAAATTTTTATCCAT  149

seq1  TTACACAATGG-AGTATTACCCTGCTGTTAACAATAGTAACATCATGAAT  186
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAATGGAAGTATTACCCTGCTGTTAACAATAGTAACATCATGAAT  199

seq1  TTACATGCAAGTGGATGGATCTTGAG-AATATCATCAGAG-AAAGATT-A  233
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
seq2  TTACATGCAAGTGGATGGATCTTGAGAAATATCATCAGAGAAAAGATTAA  249

seq1  ACACGTCCTGTGGTTATTGGCTATAAGTAAATGACAAACATGTTACAGTC  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTCCTGTGGTTATTGGCTATAAGTAAATGACAAACATGTTACAGTC  299

seq1  CACAGACCAAG-AAAAGCTAAGTAACAGGAAGGTCTGGAAGAGAAACATG  332
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACCAAGAAAAAGCTAAGTAACAGGAAGGTCTGGAAGAGAAACATG  349

seq1  AGGATCTTGCTGGTGATAGACCTAAGTAGAGGACCAGAAACATGAGTATT  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTTGCTGGTGATAGACCTAAGTAGAGGACCAGAAACATGAGTATT  399

seq1  ACCAAGTGCCTGTGTGAAACATCTGGCCAGCTGCAGCTGTTGGGAGTCAC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTGCCTGTGTGAAACATCTGGCCAGCTGCAGCTGTTGGGAGTCAC  449

seq1  CAGTCCTGATACATACTTTTCTGCACTTAGTAGATACCACTTCCTAGCAA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTGATACATACTTTTCTGCACTTAGTAGATACCACTTCCTAGCAA  499

seq1  CAATCCCCCACCCAAATGACCCTTGGGAGTCACAAAGCAGTTCATGGAAA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCCCACCCAAATGACCCTTGGGAGTCACAAAGCAGTTCATGGAAA  549

seq1  TAGCACAAAGGGTATTAATTACTCCTCTCCCAGCTGGGCCATAGCCGTTG  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACAAAGGGTATTAATTACTCCTCTCCCAGCTGGGCCATAGCCGTTG  599

seq1  TGTCCTTGGCACCTAAAACAAACCAAACAACTTTCCCATAAACCTCTTAC  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTGGCACCTAAAACAAACCAAACAACTTTCCCATAAACCTCTTAC  649

seq1  CAATCATGTAATGGCAAGGCTTGGAAACGCCTTCTAAAGACTCTCATATG  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATGTAATGGCAAGGCTTGGAAACGCCTTCTAAAGACTCTCATATG  699

seq1  CTTGCTTTGGAGTTGTGGTTCCTGGTGGTCTCCTCGGGGATTTTGCAATC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTTGGAGTTGTGGTTCCTGGTGGTCTCCTCGGGGATTTTGCAATC  749

seq1  TGGGCACAACACTGTGAAGGAAGGACAATTGATTTTGAGGATGAACTGGG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACAACACTGTGAAGGAAGGACAATTGATTTTGAGGATGAACTGGG  799

seq1  GCTAGGTGGGATGGGAACATGAGGGATCAGGTGAGGGTGCAAGGACCAGT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTGGGATGGGAACATGAGGGATCAGGTGAGGGTGCAAGGACCAGT  849

seq1  CTTAACTTGTGTGTCCATGTTCTCCAACCAGTTATGTCCCTATAATCCTA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTTGTGTGTCCATGTTCTCCAACCAGTTATGTCCCTATAATCCTA  899

seq1  AAAAATGTATCTGAATAGCTCATCTTCTGCAGAAAAGAGGTCCAGTCTTT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTATCTGAATAGCTCATCTTCTGCAGAAAAGAGGTCCAGTCTTT  949

seq1  TATTTTATATATCCATCCAGTCATTTACTGCAGGCTTTCCTCTTGATTAT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATATATCCATCCAGTCATTTACTGCAGGCTTTCCTCTTGATTAT  999

seq1  CTTATGAATCCGCAAGCATCCCAAGACCCAACCCTTTGATTCTTAGGAGA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGAATCCGCAAGCATCCCAAGACCCAACCCTTTGATTCTTAGGAGA  1049

seq1  CAGGAAGCATACATTTTTTTTCCCTTTTTAACATTGCAAAAGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGCATACATTTTTTTTCCCTTTTTAACATTGCAAAAGAATTC  1096

seq1: chr13_12953291_12954299
seq2: B6Ng01-247P09.g_167_1177

seq1  GCCAAAAGCGGCTGGCGAAGGCCAGCATGCTGTTCAGCCTCCAGGCAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAAGCGGCTGGCGAAGGCCAGCATGCTGTTCAGCCTCCAGGCAGTC  50

seq1  GGCTTCAAGGTCATAGTGCACCTCCGCCCTATGCGGAGGCCCCGCCCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAAGGTCATAGTGCACCTCCGCCCTATGCGGAGGCCCCGCCCTGC  100

seq1  ATAAGCCGTCAGCTCTGCGCAGAGAGGCAATGGACAGAGAGGCAATGCGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCGTCAGCTCTGCGCAGAGAGGCAATGGACAGAGAGGCAATGCGC  150

seq1  AGACTCGTTCATTCCTAGAGAGGAACAAAGGAAAATGCAACAGGCATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCGTTCATTCCTAGAGAGGAACAAAGGAAAATGCAACAGGCATTTC  200

seq1  CGGTCTTTGAAGGAGCCGAGGGTGGGCATGTCCATGCTCCGGTAGAATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCTTTGAAGGAGCCGAGGGTGGGCATGTCCATGCTCCGGTAGAATTT  250

seq1  GTGCAGATTAAAGAGCTTGCCGAGTCGGTCCGTAAATATGGAACCAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGATTAAAGAGCTTGCCGAGTCGGTCCGTAAATATGGAACCAATGC  300

seq1  TAATTTTACCTTGGTGCAGTTAGACAGGCTTGCCGGCATGGCACTAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTACCTTGGTGCAGTTAGACAGGCTTGCCGGCATGGCACTAACTC  350

seq1  CTGCCGACTGGCAAATGATTGCAAAAGCCGCTCTCCCTAGTATGGGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCGACTGGCAAATGATTGCAAAAGCCGCTCTCCCTAGTATGGGCAAA  400

seq1  TATATGGAATGGAGAGCTCTATGGCAAGAGGCTGCACAAGTGCAGGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGAATGGAGAGCTCTATGGCAAGAGGCTGCACAAGTGCAGGCCTG  450

seq1  AGCAAACGCTGCTGCTTTGACTCCAGAGCAGAGAGATTGGACTTTTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACGCTGCTGCTTTGACTCCAGAGCAGAGAGATTGGACTTTTGGTA  500

seq1  GGGGTAAACCCCCGTGGCGGAGAAAAAGCCTCACATGTGATTCAACATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAACCCCCGTGGCGGAGAAAAAGCCTCACATGTGATTCAACATTG  550

seq1  CCTTGAGGCATGGAGTGCTTGGGGGAAACCCAAACTCCTTAAGACTGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGGCATGGAGTGCTTGGGGGAAACCCAAACTCCTTAAGACTGATA  600

seq1  ATGGACCAGCTTATACACATCAAAAATTCCAGCAGTTCTGCCGTCAGATG  650
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCAGCTTATACATATCAAAAATTCCAGCAGTTCTGCCGTCAGATG  650

seq1  GACGTGACCCACCTGACTGGACTTCCATACAACCCTCAAGGACAGGGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGACCCACCTGACTGGACTTCCATACAACCCTCAAGGACAGGGTAT  700

seq1  TGTTGAGCGTGCGCATCGCACCCTCAAATCCTATCTATTAAAACAGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGCGTGCGCATCGCACCCTCAAATCCTATCTATTAAAACAGAAAG  750

seq1  GGGGAGGAGGCTCTACACCGAGTACCAAGAGTGTCTGTGTCTATGGCACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGAGGCTCTACACCGAGTACCAAGAGTGTCTGTGTCTATGGCACT  800

seq1  CTTTACACTCAATTTTTTAAATCTTGATGCTCATGGCCATACTGCGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACACTCAATTTTTTAAATC-TGATGCTCATGGCCATACTGCGGCTG  849

seq1  AACGTCATTGTTCAGAGCCAGATAGGCCCAATGAGATGG-TTAAATGGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  AACGTCATTGTTCAGAGCCAGATAGGCCCAATGAGATGGTTTAAATGG-A  898

seq1  AAATGTCCTTGATAATAAATGGTATGGCCCGGATCCTA-TTTTGATAAGA  948
      ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  AAATGTCCTTGATAATAATGGGTATGGCCCGGATCCTATTTTTGATTAGA  948

seq1  TCTC-GGGGAGCTGTTTGTG-TTTTTCCACA-GAATGAAGACAACCCATT  995
      |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||  |
seq2  TCTCGGGGGAGCTGTTTGTGTTTTTTCCACAGGAATGAAGACCACCCCAT  998

seq1  TTGGATACCAGAAA  1009
      || |||||||||||
seq2  TT-GATACCAGAAA  1011