BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249H10
Chromosome13 (Build37)
Map Location 42,447,773 - 42,627,421
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHn1-ps4
Upstream geneNedd9, EG621976, EG328231, 9530008L14Rik, LOC100039272, Hivep1, Edn1
Downstream genePhactr1, Tbc1d7, Gfod1, Sirt5, Nol7, Ranbp9, LOC637627
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249H10.bB6Ng01-249H10.g
ACCGA057276GA057277
length8431,087
definitionB6Ng01-249H10.b B6Ng01-249H10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,626,584 - 42,627,421)(42,447,773 - 42,448,851)
sequence
gaattctgatttgattggttgatgaagagtcagtgaatgcttaaacctct
ttcaacaagagcagtctgtgggtagcacattgatgagatgtggctctttt
gctaaatgtaattggtgcttttgaatcaaagagcagccatttggatttag
tgtatcttacaaatagcttcagatatcatttcttagcttcttgttagtgg
tgtgactttaacttgtaactcagataaggatggtcattccagatttttat
catttaaacagttatttcctgaatacctatcacctgccagacacatgcta
cgagtgacagaggaccgggatcccggaagtgaaatgatgaaggatgttag
aaagaacagacctgaatgtaccatatgctgttggtgtaggatttgatgac
aaagtcattggtaacctagtggaatgctagggaaaccctggggagggtgt
agggctgataggaaagtgtttggattaatgggagaaaagaatctgacaaa
agtttgggaggaaatttgcttcatagaagtgttaagagctgtagcaacag
gagaagtttttagtgacgagaaaagatttagtagagtggaatgaagtcat
gcttgtaagacaacagcaaccagcaatagaaacaaacaaacatacagaca
aactaacaaaaaagtagctggtgctacaaagagagggagaaggatatttt
gctcactgtttacctagaagcagaatacagaaagtacagagcatgtttat
tatctaagaacagttattggtgcttgtcataaaaaccattaaaagcaatg
gaaaaccatagtgtgtacttgaggggattagaaaataaagctt
gaattcctgcctgccttagcttaaatagtccatctgcagaggaggcatca
aagacgggagcctgggaacaaagggttaacagtgtctgtgtttgctctgg
catgaagggacacatgcaagcttttagttgtttcttaatgatcctttgtt
gtcagagactctgcaggatcttccatgctctaggctcacacagtggccat
ggcttcctattttatccccctctattcccctattgcttctgtcctacagt
aatgttgaaaagttcccatgaacctgttctcttgtcaccaatatttctta
tcaagaatattgagattatctatgttgaaaatgaacctgagccaggcgtg
gtggcacacgcctttaatcccagcactggggaggcagaggcaagcggatc
tctgagtttgaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacagccag
ggctacacagagaaaccgtgtcttgaaaaaaacaaaaaacaaaaaaaagg
caaaacaaaacaaaacaaaacaataaaaataaaaaaaaaaagaaaaaaga
aaaaagaaaagaaaatgaacctgagattgatttccaacccactctttcca
tgcataccatgggaactttgggttgcctgagatcacaagcacgatgcttg
tatgggttatagttctcgctatgcttcgttgattagggagtaatgagaag
aaaaaagtctgaatgttaaaaacagaagcaactattgcaggactatatta
gtccttttttattattgttgttgttgttgaaattattaaattcctaacaa
gaagcagttgatggaaggacacttctacttgggctcacagtttgagggta
ctgtccagcatgtccagtaatggtacttttcataggggtgatagatgtcg
ctcttcactgtgacagagaaacactcaagttgcttgcttgcaccttgggt
gcaccaggaaaacagaagagatgatggaatcaaggcccagctataaatct
ctacctcccacctaacatacttgctttcagctaggcctccactgaaacag
catcaaagcagaattaggttctattgggtattgtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_42626584_42627421
seq2: B6Ng01-249H10.b_44_886 (reverse)

seq1  AAGCTTTATTTTCTAAT-CCCTCACGTACACACTCTGG-TTTCCATTGCT  48
      ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||
seq2  AAGCTTTATTTTCTAATCCCCTCAAGTACACACTATGGTTTTCCATTGCT  50

seq1  TTCTATGG-TTTTATGACAAGCACC-ATAACTGTTCTTAGATAATAAACC  96
      ||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTAATGGTTTTTATGACAAGCACCAATAACTGTTCTTAGATAATAAACA  100

seq1  TGCTCTGTACTTTCTGT-TTCTGCTTCTAGGTAAACAGTGAGCAAAATAT  145
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGTACTTTCTGTATTCTGCTTCTAGGTAAACAGTGAGCAAAATAT  150

seq1  CCTTCTCCCTCTCTTTGTAGCACCAGCTACTTTTTTGTTAGTTTGTCTGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCCCTCTCTTTGTAGCACCAGCTACTTTTTTGTTAGTTTGTCTGT  200

seq1  ATGTTTGTTTGTTTCTATTGCTGGTTGCTGTTGTCTTACAAGCATGACTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGTTTGTTTCTATTGCTGGTTGCTGTTGTCTTACAAGCATGACTT  250

seq1  CATTCCACTCTACTAAATCTTTTCTCGTCACTAAAAACTTCTCCTGTTGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCACTCTACTAAATCTTTTCTCGTCACTAAAAACTTCTCCTGTTGC  300

seq1  TACAGCTCTTAACACTTCTATGAAGCAAATTTCCTCCCAAACTTTTGTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCTTAACACTTCTATGAAGCAAATTTCCTCCCAAACTTTTGTCA  350

seq1  GATTCTTTTCTCCCATTAATCCAAACACTTTCCTATCAGCCCTACACCCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTTTCTCCCATTAATCCAAACACTTTCCTATCAGCCCTACACCCT  400

seq1  CCCCAGGGTTTCCCTAGCATTCCACTAGGTTACCAATGACTTTGTCATCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGGTTTCCCTAGCATTCCACTAGGTTACCAATGACTTTGTCATCA  450

seq1  AATCCTACACCAACAGCATATGGTACATTCAGGTCTGTTCTTTCTAACAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTACACCAACAGCATATGGTACATTCAGGTCTGTTCTTTCTAACAT  500

seq1  CCTTCATCATTTCACTTCCGGGATCCCGGTCCTCTGTCACTCGTAGCATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATCATTTCACTTCCGGGATCCCGGTCCTCTGTCACTCGTAGCATG  550

seq1  TGTCTGGCAGGTGATAGGTATTCAGGAAATAACTGTTTAAATGATAAAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGCAGGTGATAGGTATTCAGGAAATAACTGTTTAAATGATAAAAA  600

seq1  TCTGGAATGACCATCCTTATCTGAGTTACAAGTTAAAGTCACACCACTAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATGACCATCCTTATCTGAGTTACAAGTTAAAGTCACACCACTAA  650

seq1  CAAGAAGCTAAGAAATGATATCTGAAGCTATTTGTAAGATACACTAAATC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGCTAAGAAATGATATCTGAAGCTATTTGTAAGATACACTAAATC  700

seq1  CAAATGGCTGCTCTTTGATTCAAAAGCACCAATTACATTTAGCAAAAGAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGCTGCTCTTTGATTCAAAAGCACCAATTACATTTAGCAAAAGAG  750

seq1  CCACATCTCATCAATGTGCTACCCACAGACTGCTCTTGTTGAAAGAGGTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTCATCAATGTGCTACCCACAGACTGCTCTTGTTGAAAGAGGTT  800

seq1  TAAGCATTCACTGACTCTTCATCAACCAATCAAATCAGAATTC  838
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATTCACTGACTCTTCATCAACCAATCAAATCAGAATTC  843

seq1: chr13_42447773_42448851
seq2: B6Ng01-249H10.g_67_1153

seq1  GAATTCCTGCCTGCCTTAGCTTAAATAGTCCATCTGCAGAGGAGGCATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCTGCCTTAGCTTAAATAGTCCATCTGCAGAGGAGGCATCA  50

seq1  AAGACGGGAGCCTGGGAACAAAGGGTTAACAGTGTCTGTGTTTGCTCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGGGAGCCTGGGAACAAAGGGTTAACAGTGTCTGTGTTTGCTCTGG  100

seq1  CATGAAGGGACACATGCAAGCTTTTAGTTGTTTCTTAATGATCCTTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGGGACACATGCAAGCTTTTAGTTGTTTCTTAATGATCCTTTGTT  150

seq1  GTCAGAGACTCTGCAGGATCTTCCATGCTCTAGGCTCACACAGTGGCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGACTCTGCAGGATCTTCCATGCTCTAGGCTCACACAGTGGCCAT  200

seq1  GGCTTCCTATTTTATCCCCCTCTATTCCCCTATTGCTTCTGTCCTACAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCCTATTTTATCCCCCTCTATTCCCCTATTGCTTCTGTCCTACAGT  250

seq1  AATGTTGAAAAGTTCCCATGAACCTGTTCTCTTGTCACCAATATTTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGAAAAGTTCCCATGAACCTGTTCTCTTGTCACCAATATTTCTTA  300

seq1  TCAAGAATATTGAGATTATCTATGTTGAAAATGAACCTGAGCCAGGCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAATATTGAGATTATCTATGTTGAAAATGAACCTGAGCCAGGCGTG  350

seq1  GTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAAGCGGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTGGGGAGGCAGAGGCAAGCGGATC  400

seq1  TCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAG  450

seq1  GGCTACACAGAGAAACCGTGTCTTGAAAAAAACAAAAAACAAAAAAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACACAGAGAAACCGTGTCTTGAAAAAAACAAAAAACAAAAAAAAGG  500

seq1  CAAAACAAAACAAAACAAAACAATAAAAATAAAAAAAAAAAGAAAAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAACAAAACAATAAAAATAAAAAAAAAAAGAAAAAAGA  550

seq1  AAAAAGAAAAGAAAATGAACCTGAGATTGATTTCCAACCCACTCTTTCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAAGAAAATGAACCTGAGATTGATTTCCAACCCACTCTTTCCA  600

seq1  TGCATACCATGGGAACTTTGGGTTGCCTGAGATCACAAGCACGATGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATACCATGGGAACTTTGGGTTGCCTGAGATCACAAGCACGATGCTTG  650

seq1  TATGGGTTATAGTTCTCGCTATGCTTCGTTGATTAGGGAGTAATGAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTTATAGTTCTCGCTATGCTTCGTTGATTAGGGAGTAATGAGAAG  700

seq1  AAAAAAGTCTGAATGTTAAAAACAGAAGCAACTATTGCAGGACTATATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTCTGAATGTTAAAAACAGAAGCAACTATTGCAGGACTATATTA  750

seq1  GTCCTTTTTTATTATTGTTGTTGTTGTTGAAATTATTAAATTCCTAACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTTTATTATTGTTGTTGTTGTTGAAATTATTAAATTCCTAACAA  800

seq1  GAAGCAGTTGATGGAAGGACACTTCTACTTGGGCTCACAGTTTGAGGGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTTGATGGAAGGACACTTCTACTTGGGCTCACAGTTTGAGGGTA  850

seq1  CTGTCCAGCATGTCCAGTAATGGTACTTTTCATA-GGGTGATAGATGTCG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGTCCAGCATGTCCAGTAATGGTACTTTTCATAGGGGTGATAGATGTCG  900

seq1  CTCTTCACTGTGACAAGAGAAACACTCAAAGTTGCTTGCTTGCACC-TGG  948
      |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  CTCTTCACTGTGAC-AGAGAAACACTC-AAGTTGCTTGCTTGCACCTTGG  948

seq1  GTGCACCAGG-AAACAG-AGAGATGATGGAATC-AGGCCCAGCTATAAAT  995
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGCACCAGGAAAACAGAAGAGATGATGGAATCAAGGCCCAGCTATAAAT  998

seq1  CTCTA-CTCCCA-CTAACATACTTGC-TTCAGCTAGGCTCCAACTTGAAA  1042
      ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||  | || |||||
seq2  CTCTACCTCCCACCTAACATACTTGCTTTCAGCTAGGCCTCCAC-TGAAA  1047

seq1  CAGCA-CCAAGCAGAA-TAGGTCCTAT--GGTATTGGTGGG  1079
      ||||| | |||||||| ||||| ||||  |||||| |||||
seq2  CAGCATCAAAGCAGAATTAGGTTCTATTGGGTATT-GTGGG  1087