BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252N07
Chromosome13 (Build37)
Map Location 95,430,524 - 95,589,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbca
Upstream geneBhmt2, Dmgdh, Arsb, Cycs-ps3, Lhfpl2, Scamp1, LOC435378, ENSMUSG00000042857, Ap3b1
Downstream geneOtp, Wdr41, Pde8b, Zbed3, Aggf1, Crhbp, S100z, F2rl1, F2r, Iqgap2, F2rl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252N07.bB6Ng01-252N07.g
ACCGA059721GA059722
length1,1681,162
definitionB6Ng01-252N07.b B6Ng01-252N07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,588,039 - 95,589,202)(95,430,524 - 95,431,685)
sequence
gaattcttttaaaaagaaaattgagagtgcctttgaaaccacatgtagac
cactttatgagacttgattctcctggctctgagaacaatcccttagctcc
tgtgcctgtgctgctgaaggcactcactcacctcatacgccacagtaaca
aggaggtccaaagacaacgcaataatgcgtttcacatcttaaatactctg
caaagatgcatgaaatttaaacaccggataatactggtaattacaaaagc
aacttactacaatgtatacctaaggagactggaagtgcccatgttattct
aagactttgttgctataaataaagacgatttttactgtttctaaatattt
taagcaacacttcgattttctcattcaaatagctgcatgtatgatttcgt
caataattccactttatgtactaaatttgccactgtaattagtttcttca
actcacacaaatctcaggcttccttgtgtgtataaatcagagctttcaac
agcagtcatgtaaatactttaggaactagatttacttttatagtaaatgt
gcaaagggcaactgttactggaattattaagctagctggtctccaattcg
ctatttttgcattagcatacatatgtatcaagtacatattcttttaaaag
ctaaaacagaaagaataatacctaaggatataagaaattaataactgaca
taagtcctttacaatattttcaagtcatttaaatcagtggtaactaagca
cctgtaattaaaattctccacactaagtcaacacactccttgtattttat
acaactttacgatagatccaatttagtatgggtacagatcaaacagattc
acttaaattttatgtaaatcacacctaaaagacaacatacaagatgacag
tactatcaagttatcagaatcaaacattttatatagtatggcataaacac
atcatactttatcaatgagctgaaatgacctttgacaaacacttcaggtt
tggtcctcaccattttaccaaagtcataatcaaactccctttacttccct
tacatcaaatagcccaaagcaaccaagaatccatcactataggtaacaat
tattctatagacgctagacacctgagacatccttacaaaactaaactaca
gccatgctcacaccactg
gaattcaaaacacaccacagccaagctgttcctaaagactaatttgacat
tttaggaactatcacacacagtttgaagccatgatcaaggcacctggaat
cataatattcttttggtggcaaatgtcatattacgtttttagggcattac
gtcaatttggtatttcacgtattattaataatgcctcattacatagaatt
attactaaactggcaattaagtggatgtgaaggacccatatgctgcactg
ctcctaacatttcaattacaaacttcacgtcagatgtcttccagtataca
taacaacggtaccaagcaacctgctggtcggaaccacaccgataaattgt
tttgcagtgcaagctattggcatgaagtcattttgtaccattttcctggt
tttagggaactgaggaatctctgcctgtggagcagcatagcactggcgaa
tcctgccctctactcttgctataggaagccttaggtgccacctaggcttc
ttggttgagttttgtaatccctcctttgctttgaataatgacacagagac
ctttgtatttattattaagcttcaggcatgatagctgggcagattctgag
ctattctaactgggctatgctggcctgaaccacttcccagccacatggtc
tgttacctgacgtcttcgtcttctctggcacttcttcattcgtgtcccag
tgagtccctggtcacagtagagagccgctccttctgtctctggattcaga
agtcctgcctcatcttctgcccagttataggttgtcccgctctttatttg
atcagtagaaggtgatggagagcaatgctctaggaatactaagtcaggcc
atgtttcatgattcaggaacatcccccaacaccacagagtctctttctct
tcacttcacattctcccctccaaacgagtaagccccagacagtagctttt
tcacctttctacatgaacgcacgttcattgttcactttcttcaatcacca
acttctgtcttttgggtggttattgctgcaatgatatggtgtgtctgctg
gagactatcctaaaccacaaactcaaatgacaccttggaaaagagctccg
tgaagcttgttccagatgactcttataggattcagttcactccgttggtt
ctttttgtggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_95588039_95589202
seq2: B6Ng01-252N07.b_44_1211 (reverse)

seq1  CAGTGGTGTGAAGCATGGCTGTAGTTTAATGTTTGTAAAGGATGTCTCA-  49
      |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| 
seq2  CAGTGGTGTG-AGCATGGCTGTAGTTTAGT-TTTGT-AAGGATGTCTCAG  47

seq1  GTGTCTAGCGTCTATAGAAATAATGT--ACTATAGTGAATGGATCTTTGG  97
      |||||||||||||||||||  | |||   |||||||| ||||||  ||||
seq2  GTGTCTAGCGTCTATAGAATAATTGTTACCTATAGTG-ATGGATTCTTGG  96

seq1  TTGCTTT-GGCTATTTGATGT-AGGGAGGTAAAGGGAG-TTGATTATGAC  144
      ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TTGCTTTGGGCTATTTGATGTAAGGGAAGTAAAGGGAGTTTGATTATGAC  146

seq1  TTTGTTAAAAT-GTGA-GACCAAACCTGAAGTGTTTGTC-AAGGTCATTT  191
      |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTGGTAAAATGGTGAGGACCAAACCTGAAGTGTTTGTCAAAGGTCATTT  196

seq1  CAGCTCATTGATAAAGTATGATGTGTTTATGCCATACTATATAAAATGTT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCATTGATAAAGTATGATGTGTTTATGCCATACTATATAAAATGTT  246

seq1  TGATTCCTGATAACTTGATAGTACTGTCATCTTGTATGTTGTCTTTTAGG  291
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATT-CTGATAACTTGATAGTACTGTCATCTTGTATGTTGTCTTTTAGG  295

seq1  TGTGATTTACATAAAATTTAAGTGAATCTGTTTGATCTGTACCCATACTA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTTACATAAAATTTAAGTGAATCTGTTTGATCTGTACCCATACTA  345

seq1  AATTGGATCTATCGTAAAGTTGTATAAAATACAAGGAGTGTGTTGACTTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGATCTATCGTAAAGTTGTATAAAATACAAGGAGTGTGTTGACTTA  395

seq1  GTGTGGAGAATTTTAATTACAGGTGCTTAGTTACCACTGATTTAAATGAC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGAGAATTTTAATTACAGGTGCTTAGTTACCACTGATTTAAATGAC  445

seq1  TTGAAAATATTGTAAAGGACTTATGTCAGTTATTAATTTCTTATATCCTT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATATTGTAAAGGACTTATGTCAGTTATTAATTTCTTATATCCTT  495

seq1  AGGTATTATTCTTTCTGTTTTAGCTTTTAAAAGAATATGTACTTGATACA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTATTCTTTCTGTTTTAGCTTTTAAAAGAATATGTACTTGATACA  545

seq1  TATGTATGCTAATGCAAAAATAGCGAATTGGAGACCAGCTAGCTTAATAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGCTAATGCAAAAATAGCGAATTGGAGACCAGCTAGCTTAATAA  595

seq1  TTCCAGTAACAGTTGCCCTTTGCACATTTACTATAAAAGTAAATCTAGTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTAACAGTTGCCCTTTGCACATTTACTATAAAAGTAAATCTAGTT  645

seq1  CCTAAAGTATTTACATGACTGCTGTTGAAAGCTCTGATTTATACACACAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAGTATTTACATGACTGCTGTTGAAAGCTCTGATTTATACACACAA  695

seq1  GGAAGCCTGAGATTTGTGTGAGTTGAAGAAACTAATTACAGTGGCAAATT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCTGAGATTTGTGTGAGTTGAAGAAACTAATTACAGTGGCAAATT  745

seq1  TAGTACATAAAGTGGAATTATTGACGAAATCATACATGCAGCTATTTGAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACATAAAGTGGAATTATTGACGAAATCATACATGCAGCTATTTGAA  795

seq1  TGAGAAAATCGAAGTGTTGCTTAAAATATTTAGAAACAGTAAAAATCGTC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAATCGAAGTGTTGCTTAAAATATTTAGAAACAGTAAAAATCGTC  845

seq1  TTTATTTATAGCAACAAAGTCTTAGAATAACATGGGCACTTCCAGTCTCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATAGCAACAAAGTCTTAGAATAACATGGGCACTTCCAGTCTCC  895

seq1  TTAGGTATACATTGTAGTAAGTTGCTTTTGTAATTACCAGTATTATCCGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTATACATTGTAGTAAGTTGCTTTTGTAATTACCAGTATTATCCGG  945

seq1  TGTTTAAATTTCATGCATCTTTGCAGAGTATTTAAGATGTGAAACGCATT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAATTTCATGCATCTTTGCAGAGTATTTAAGATGTGAAACGCATT  995

seq1  ATTGCGTTGTCTTTGGACCTCCTTGTTACTGTGGCGTATGAGGTGAGTGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCGTTGTCTTTGGACCTCCTTGTTACTGTGGCGTATGAGGTGAGTGA  1045

seq1  GTGCCTTCAGCAGCACAGGCACAGGAGCTAAGGGATTGTTCTCAGAGCCA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTCAGCAGCACAGGCACAGGAGCTAAGGGATTGTTCTCAGAGCCA  1095

seq1  GGAGAATCAAGTCTCATAAAGTGGTCTACATGTGGTTTCAAAGGCACTCT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATCAAGTCTCATAAAGTGGTCTACATGTGGTTTCAAAGGCACTCT  1145

seq1  CAATTTTCTTTTTAAAAGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTCTTTTTAAAAGAATTC  1168

seq1: chr13_95430524_95431685
seq2: B6Ng01-252N07.g_69_1230

seq1  GAATTCAAAACACACCACAGCCAAGCTGTTCCTAAAGACTAATTTGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACACACCACAGCCAAGCTGTTCCTAAAGACTAATTTGACAT  50

seq1  TTTAGGAACTATCACACACAGTTTGAAGCCATGATCAAGGCACCTGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAACTATCACACACAGTTTGAAGCCATGATCAAGGCACCTGGAAT  100

seq1  CATAATATTCTTTTGGTGGCAAATGTCATATTACGTTTTTAGGGCATTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATATTCTTTTGGTGGCAAATGTCATATTACGTTTTTAGGGCATTAC  150

seq1  GTCAATTTGGTATTTCACGTATTATTAATAATGCCTCATTACATAGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTTGGTATTTCACGTATTATTAATAATGCCTCATTACATAGAATT  200

seq1  ATTACTAAACTGGCAATTAAGTGGATGTGAAGGACCCATATGCTGCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAAACTGGCAATTAAGTGGATGTGAAGGACCCATATGCTGCACTG  250

seq1  CTCCTAACATTTCAATTACAAACTTCACGTCAGATGTCTTCCAGTATACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAACATTTCAATTACAAACTTCACGTCAGATGTCTTCCAGTATACA  300

seq1  TAACAACGGTACCAAGCAACCTGCTGGTCGGAACCACACCGATAAATTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAACGGTACCAAGCAACCTGCTGGTCGGAACCACACCGATAAATTGT  350

seq1  TTTGCAGTGCAAGCTATTGGCATGAAGTCATTTTGTACCATTTTCCTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGTGCAAGCTATTGGCATGAAGTCATTTTGTACCATTTTCCTGGT  400

seq1  TTTAGGGAACTGAGGAATCTCTGCCTGTGGAGCAGCATAGCACTGGCGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGAACTGAGGAATCTCTGCCTGTGGAGCAGCATAGCACTGGCGAA  450

seq1  TCCTGCCCTCTACTCTTGCTATAGGAAGCCTTAGGTGCCACCTAGGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCCTCTACTCTTGCTATAGGAAGCCTTAGGTGCCACCTAGGCTTC  500

seq1  TTGGTTGAGTTTTGTAATCCCTCCTTTGCTTTGAATAATGACACAGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGAGTTTTGTAATCCCTCCTTTGCTTTGAATAATGACACAGAGAC  550

seq1  CTTTGTATTTATTATTAAGCTTCAGGCATGATAGCTGGGCAGATTCTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATTTATTATTAAGCTTCAGGCATGATAGCTGGGCAGATTCTGAG  600

seq1  CTATTCTAACTGGGCTATGCTGGCCTGAACCACTTCCCAGCCACATGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTAACTGGGCTATGCTGGCCTGAACCACTTCCCAGCCACATGGTC  650

seq1  TGTTACCTGACGTCTTCGTCTTCTCTGGCACTTCTTCATTCGTGTCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCTGACGTCTTCGTCTTCTCTGGCACTTCTTCATTCGTGTCCCAG  700

seq1  TGAGTCCCTGGTCACAGTAGAGAGCCGCTCCTTCTGTCTCTGGATTCAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCCTGGTCACAGTAGAGAGCCGCTCCTTCTGTCTCTGGATTCAGA  750

seq1  AGTCCTGCCTCATCTTCTGCCCAGTTATAGGTTGTCCCGCTCTTTATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGCCTCATCTTCTGCCCAGTTATAGGTTGTCCCGCTCTTTATTTG  800

seq1  ATCAGTAGAAGGTGATGGAGAGCAATGCTCTAGGAATACTAAGTCAGGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTAGAAGGTGATGGAGAGCAATGCTCTAGGAATACTAAGTCAGGCC  850

seq1  ATGTTTCATGATTCAGGAACATCCCCCAACACCACAGAGTCTCTTTCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCATGATTCAGGAACATCCCCCAACACCACAGAGTCTCTTTCTCT  900

seq1  TCACTTCACATTCTCCCCTCCAAACGAGTAAGCCCCAGACAGTAGCTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTCACATTCTCCCCTCCAAACGAGTAAGCCCCAGACAGTAGCTTTT  950

seq1  TCACCTTTCTACATGAACGCACGTTCCATGTTCACTTTCTTCCATCACCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||
seq2  TCACCTTTCTACATGAACGCACGTTCATTGTTCACTTTCTTCAATCACCA  1000

seq1  AC-TCTGTCTTTTGGTTGTTTTATGCTGCAATGATATGGTGTGTCTGCCT  1049
      || |||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTTCTGTCTTTTGGGTGGTTATTGCTGCAATGATATGGTGTGTCTG-CT  1049

seq1  GGAGACTATCCTTAAACACAAACTCAAATGACACCTTGAAAAGGAAGCTC  1099
      |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| | |||||
seq2  GGAGACTATCCTAAACCACAAACTCAAATGACACCTTGGAAAAG-AGCTC  1098

seq1  CGTGAGGC-TGTTCCAGGGTGGACTCTTATAGGATTCAG-TCACTCCCTT  1147
      ||||| || |||||||  |  |||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  CGTGAAGCTTGTTCCA--GATGACTCTTATAGGATTCAGTTCACTCCGTT  1146

seq1  TGTTC-TTTTGTGGTG  1162
       |||| ||||||||||
seq2  GGTTCTTTTTGTGGTG  1162