BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253C15
Chromosome13 (Build37)
Map Location 106,978,284 - 107,103,798
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOlfr717-ps1
Upstream geneRnf180, Htr1a, EG668025
Downstream geneLOC631097, EG620949, Ipo11, Dimt1, Kif2a, LOC100040322, LOC100040350
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253C15.bB6Ng01-253C15.g
ACCGA059972GA059973
length1,1931,157
definitionB6Ng01-253C15.b B6Ng01-253C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,102,626 - 107,103,798)(106,978,284 - 106,979,417)
sequence
gaattcttaaaagtaaaatgtgaagtttcaacatggtgatgtttgcagtg
gtcatagttctgtggaacaaaggcccctgggcttcaaccctgtatttatg
cattgctaaggagacagaattcattaatgtgttgccttgtagaaatctta
agttcaaaagtatctttaaactcggttctctagggaacacaatacatgcc
agtaatttggaagttagcaaagcattaaacactaagatgaaatagtctta
ctctaaatgtatccgtgctgggcattattactgaatgtgggctcactgaa
aagcatgtagaaatgacttgatgtagatttaaatgctgctgcagtcatta
gccatcaagttgcttcattttctgagatccagtttccccacctgtgcaat
agaagatttaactcatatgttaatacatataattgttgtattacatatta
taacattactaataaatatattaaaataaaatggagatactggattgtta
aactttatagtataggcctttggcattcatctccttggattgaatcctgc
cttcaccatttactcaaagtctaaacttacacttccatatctaaattagt
gtttcagattgttataaaaattaccacaagagctgggtggtggtggtgca
cgccttattcccagcacttgggaggcagagacaggtggatttctgagttc
aaggccagcctggtctacagagtaagttccaggacagccagggctacaca
gagaaaccctgtctcaccatccccccccaccccccaaattaccacaagac
taaaatgatagtaaacagtcatatagttttgccagctacaattctgaaca
gtcaaagattcccgatggtgtgtggtctctggggttctgtaaaagactct
aatcacctcatcttgctcttggtcatgatagctactcccaactatcttat
tttctggcagtaaccctcaatctctgcctaagcacctagattgataattg
ggataattggaactgttgggttatatgaaggaagcttccacttccacacc
cttcagaagtaattttcttattgtttttcagttaacacacacctatctgg
agttagcatggaacttactttcaccaattccaccgggttcccaccaggaa
ctggagttggtttcttctgcattgaatcacatggtgtccatta
gaattccaagtttgataccagccagggtctacataaaaaaaaaaaaaacc
tgtctcagaaaaagaaaggaaacctcaaacccatccagaaacctttggag
aatattgaatattaaataaaaagaagtttcactacagattattgcagcat
aatgtgctacacatccaagacatttcatgaagtgttaaaacaaagtaaaa
attatctcaatcaccttcatcatccaaatagattcacgccattgtgatag
gaccttgaggtcctatcacacagaaccaacaatactccagaataagggga
gttaatagcatcatctattaaagagtttaacgtagattaacctggcagtt
ggagccacctgtgatagctttagcaaagcaaaatcaacctcacatgttta
tgtaaagatgtatatttacaaatttggaacaatgggtcataaaactaagt
aggtagctagatacggtgtagcagacctgttactccagcattggagacaa
gagaataatgagctgacggctctactgatgttagacagtatctctagaag
tttataaaagaagttatactcctgccttctcacaggactgactgttatgt
ttgctgatgattacacttcaaagagatagcccatgttaatgagaaagaaa
ctcttgaaactttaagttggcatgagaggcttattaactgtctcaaagat
tcatgcacaactcatacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacaattgaagcacaaagctatacaggatccagccagctata
gactatattttcatacaaatatacattattacctgaggttagagaaagca
aggagtaatctgaactgtcaagacatcaacatttggagaacagctgctga
gcatgatgggaaaagctcaacaaactgcatcctctgacaatttgctggag
gcataaaaaatgtcaactcacatgaagtttcagactacaaattttctttt
aaatgacaggtaaacccagaacactctgttaagaaaataataattggttt
gactacctacagttttacaagaataatcaaaaattaaactgttatgccta
gcaaaggaaaaaaccaaaacccaaaaatacattttcaacaattaattaat
tgaaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_107102626_107103798
seq2: B6Ng01-253C15.b_46_1238 (reverse)

seq1  TAATGGACACTGTG-GATACAATGCAGAAGGAAACAACTCATGTTCCTGG  49
      ||||||||||  || ||| ||||||||||| || ||||||  ||||||||
seq2  TAATGGACACCATGTGATTCAATGCAGAAGAAACCAACTCCAGTTCCTGG  50

seq1  TGGGGAACC-GTGGAA-TGGTG-AAGTA--GTCCATGCT-ACT-CAGATA  92
      |||| | || |||||| ||||| |||||   |||||||| ||| ||||||
seq2  TGGGAACCCGGTGGAATTGGTGAAAGTAAGTTCCATGCTAACTCCAGATA  100

seq1  ---GTGTG-TAACTGAAAA--CATA--GAAATTAC-TCTGAA--GTGTGG  131
         ||||| ||||||||||   |||   ||||||| ||||||  ||||||
seq2  GGTGTGTGTTAACTGAAAAACAATAAGAAAATTACTTCTGAAGGGTGTGG  150

seq1  AAAGTGAAGCTTCCTTCATATAA-CCAACAGTTCCAATTATCCCAATTAT  180
      ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAAGCTTCCTTCATATAACCCAACAGTTCCAATTATCCCAATTAT  200

seq1  CAATCTAGGTGCTTAGGCAGAGATTGAGGGTTACTGCCAGAAAATAAGAT  230
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTAGGTGCTTAGGCAGAGATTGAGGGTTACTGCCAGAAAATAAGAT  250

seq1  AGTTGGGAGTAGCTATCATGACCAAGAGCAAGATGAGGTGATTAGAGTCT  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGAGTAGCTATCATGACCAAGAGCAAGATGAGGTGATTAGAGTCT  300

seq1  TTTACAGAACCCCAGAGACCACACACCATCGGGAATCTTTGACTGTTCAG  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGAACCCCAGAGACCACACACCATCGGGAATCTTTGACTGTTCAG  350

seq1  AATTGTAGCTGGCAAAACTATATGACTGTTTACTATCATTTTAGTCTTGT  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTAGCTGGCAAAACTATATGACTGTTTACTATCATTTTAGTCTTGT  400

seq1  GGTAATTTGGGGGGTGGGGGGGGATGGTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAG  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTTGGGGGGTGGGGGGGGATGGTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAG  450

seq1  CCCTGGCTGTCCTGGAACTTACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCA  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGCTGTCCTGGAACTTACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCA  500

seq1  GAAATCCACCTGTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGAATAAGGCGTGCACCA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCACCTGTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGAATAAGGCGTGCACCA  550

seq1  CCACCACCCAGCTCTTGTGGTAATTTTTATAACAATCTGAAACACTAATT  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCCAGCTCTTGTGGTAATTTTTATAACAATCTGAAACACTAATT  600

seq1  TAGATATGGAAGTGTAAGTTTAGACTTTGAGTAAATGGTGAAGGCAGGAT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATGGAAGTGTAAGTTTAGACTTTGAGTAAATGGTGAAGGCAGGAT  650

seq1  TCAATCCAAGGAGATGAATGCCAAAGGCCTATACTATAAAGTTTAACAAT  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCCAAGGAGATGAATGCCAAAGGCCTATACTATAAAGTTTAACAAT  700

seq1  CCAGTATCTCCATTTTATTTTAATATATTTATTAGTAATGTTATAATATG  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATCTCCATTTTATTTTAATATATTTATTAGTAATGTTATAATATG  750

seq1  TAATACAACAATTATATGTATTAACATATGAGTTAAATCTTCTATTGCAC  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAACAATTATATGTATTAACATATGAGTTAAATCTTCTATTGCAC  800

seq1  AGGTGGGGAAACTGGATCTCAGAAAATGAAGCAACTTGATGGCTAATGAC  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGGAAACTGGATCTCAGAAAATGAAGCAACTTGATGGCTAATGAC  850

seq1  TGCAGCAGCATTTAAATCTACATCAAGTCATTTCTACATGCTTTTCAGTG  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAGCATTTAAATCTACATCAAGTCATTTCTACATGCTTTTCAGTG  900

seq1  AGCCCACATTCAGTAATAATGCCCAGCACGGATACATTTAGAGTAAGACT  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACATTCAGTAATAATGCCCAGCACGGATACATTTAGAGTAAGACT  950

seq1  ATTTCATCTTAGTGTTTAATGCTTTGCTAACTTCCAAATTACTGGCATGT  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATCTTAGTGTTTAATGCTTTGCTAACTTCCAAATTACTGGCATGT  1000

seq1  ATTGTGTTCCCTAGAGAACCGAGTTTAAAGATACTTTTGAACTTAAGATT  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTTCCCTAGAGAACCGAGTTTAAAGATACTTTTGAACTTAAGATT  1050

seq1  TCTACAAGGCAACACATTAATGAATTCTGTCTCCTTAGCAATGCATAAAT  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAAGGCAACACATTAATGAATTCTGTCTCCTTAGCAATGCATAAAT  1100

seq1  ACAGGGTTGAAGCCCAGGGGCCTTTGTTCCACAGAACTATGACCACTGCA  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTTGAAGCCCAGGGGCCTTTGTTCCACAGAACTATGACCACTGCA  1150

seq1  AACATCACCATGTTGAAACTTCACATTTTACTTTTAAGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACCATGTTGAAACTTCACATTTTACTTTTAAGAATTC  1193

seq1: chr13_106978284_106979417
seq2: B6Ng01-253C15.g_62_1218

seq1  GAATTCCAAGTTTGATACCAGCCAGGGTCTACATAAAAAAAAAAAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTTTGATACCAGCCAGGGTCTACATAAAAAAAAAAAAAACC  50

seq1  TGTCTCAGAAAAAGAAAGGAAACCTCAAACCCATCCAGAAACCTTTGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAGAAAAAGAAAGGAAACCTCAAACCCATCCAGAAACCTTTGGAG  100

seq1  AATATTGAATATTAAATAAAAAGAAGTTTCACTACAGATTATTGCAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGAATATTAAATAAAAAGAAGTTTCACTACAGATTATTGCAGCAT  150

seq1  AATGTGCTACACATCCAAGACATTTCATGAAGTGTTAAAACAAAGTAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTACACATCCAAGACATTTCATGAAGTGTTAAAACAAAGTAAAA  200

seq1  ATTATCTCAATCACCTTCATCATCCAAATAGATTCACGCCATTGTGATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTCAATCACCTTCATCATCCAAATAGATTCACGCCATTGTGATAG  250

seq1  GACCTTGAGGTCCTATCACACAGAACCAACAATACTCCAGAATAAGGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGAGGTCCTATCACACAGAACCAACAATACTCCAGAATAAGGGGA  300

seq1  GTTAATAGCATCATCTATTAAAGAGTTTAACGTAGATTAACCTGGCAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATAGCATCATCTATTAAAGAGTTTAACGTAGATTAACCTGGCAGTT  350

seq1  GGAGCCACCTGTGATAGCTTTAGCAAAGCAAAATCAACCTCACATGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCACCTGTGATAGCTTTAGCAAAGCAAAATCAACCTCACATGTTTA  400

seq1  TGTAAAGATGTATATTTACAAATTTGGAACAATGGGTCATAAAACTAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGATGTATATTTACAAATTTGGAACAATGGGTCATAAAACTAAGT  450

seq1  AGGTAGCTAGATACGGTGTAGCAGACCTGTTACTCCAGCATTGGAGACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCTAGATACGGTGTAGCAGACCTGTTACTCCAGCATTGGAGACAA  500

seq1  GAGAATAATGAGCTGACGGCTCTACTGATGTTAGACAGTATCTCTAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATAATGAGCTGACGGCTCTACTGATGTTAGACAGTATCTCTAGAAG  550

seq1  TTTATAAAAGAAGTTATACTCCTGCCTTCTCACAGGACTGACTGTTATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAAGAAGTTATACTCCTGCCTTCTCACAGGACTGACTGTTATGT  600

seq1  TTGCTGATGATTACACTTCAAAGAGATAGCCCATGTTAATGAGAAAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGATGATTACACTTCAAAGAGATAGCCCATGTTAATGAGAAAGAAA  650

seq1  CTCTTGAAACTTTAAGTTGGCATGAGAGGCTTATTAACTGTCTCAAAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAAACTTTAAGTTGGCATGAGAGGCTTATTAACTGTCTCAAAGAT  700

seq1  TCATGCACAACTCATACACACACACACACACACACACACACACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCACAACTCATACACACACACACACACACACACACACACACACACA  750

seq1  CACACACACACAATTGAAGCACAAAGCTATACAGGATCCAGCCAGCTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACAATTGAAGCACAAAGCTATACAGGATCCAGCCAGCTATA  800

seq1  GACTATATTTTCATACAAATATACATTATTACCTGAGGTTAGAGAAAGC-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GACTATATTTTCATACAAATATACATTATTACCTGAGGTTAGAGAAAGCA  850

seq1  AGGAGTAATCTGAACTGTCAAGACATCAACATTTGGAGAACAGCTGCTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTAATCTGAACTGTCAAGACATCAACATTTGGAGAACAGCTGCTGA  900

seq1  GCATGATGGGAAAAGCTCAACAAACTGCATCCTCTGACAATTTGCTGGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATGGGAAAAGCTCAACAAACTGCATCCTCTGACAATTTGCTGGAG  950

seq1  GCAT-AAAAATGTCAACTCACATGAAGTTTCAGACTACAAATTT--CTTT  996
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  GCATAAAAAATGTCAACTCACATGAAGTTTCAGACTACAAATTTTCTTTT  1000

seq1  AAATGACAGGTAAACCCAG-ACACTCTG-TAAG-AAATAAT-ATTGG-TT  1041
      ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||| ||
seq2  AAATGACAGGTAAACCCAGAACACTCTGTTAAGAAAATAATAATTGGTTT  1050

seq1  GACTACCTACAG-TTTAC-AGA--TATCAAAA--TAAACTG-TATG-CTA  1083
      |||||||||||| ||||| |||   |||||||  ||||||| |||| |||
seq2  GACTACCTACAGTTTTACAAGAATAATCAAAAATTAAACTGTTATGCCTA  1100

seq1  GCAAAGGAAAAA--CAAAA-CCAAAAATACATTTTCAACA--TTATTAA-  1127
      ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| 
seq2  GCAAAGGAAAAAACCAAAACCCAAAAATACATTTTCAACAATTAATTAAT  1150

seq1  TGAAATT  1134
      |||||||
seq2  TGAAATT  1157