BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257D19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 70,668,031 - 70,798,871
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC018507, EG620473
Upstream genePols, A530095I07Rik, Srd5a1, Nsun2, LOC100042260, 3110006E14Rik, 4930547H16Rik, Med10, EG620143, LOC100042291, 4930520P13Rik, EG633042
Downstream geneAdamts16, 8030423J24Rik, LOC627230, LOC100042360
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257D19.bB6Ng01-257D19.g
ACCGA062988GA062989
length1,0961,096
definitionB6Ng01-257D19.b B6Ng01-257D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,797,837 - 70,798,871)(70,668,031 - 70,669,260)
sequence
gaattccctagaaagagaagggacagaggacatgaacaggtaaagtgggc
tggacacatggccaagaagtgcatgtgacctcgtggtgataagtaagcag
gatccagacaatgatgtgtttgtcggtgaggacttcataaagaggaactg
taaccttcatgttggattggctaagagatgatcagttgacagcctggccc
catgtgtgcagtcagtagcttcctctagggcttttgtgaggactttcacc
acacccttccccactttcctcctgggccactgagtatccccctgcatgaa
gtaaaatgtgaaggatcacttcacctctgtttctgcctacaagccgtttc
acatctgtatcaacctgacccagttgctattatagggacactcatgattg
catttaggtccttccctgaaaaacaagagcaaaccttctatcccaagatc
acatcttccaagtctccattgccacaggagggacagaggttgaacatgac
agaagcagttatgatgcagcccaccacccggcattagcaagagtgacagc
acctactgctgattggtgtgttggaatccacaggtagtatgcttaactac
tttactttacttcactctatctatctatctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctctgtgtctgt
ctgtctgtctatccatccatcactatctatctacctctctatctctctct
ctatcctatctatcactatctatctacctctctatctcctatctatctgt
ctatctgtctgtctgtctatctatctatctatctatctatctatctatct
atctatctatctatctatctacttacctacctacctacctgtactggctg
ggtttgggtgtcaacttgacacagtctggagttatcacagagaagggagc
ttcagctggggagatgcctccatgagatccaactgtaggcattttctcaa
ttagtgatcaaggggaaggcccttgtgggtgggaccatcttctgggctgg
tagttcttggtttctataagagagcaggctgagcagccagggaggc

gaattcccaccagtccttatgggttgctggaaagtataattatgtctgaa
tatggacttacagagtctatgaattaacaatgttcatggtttttttttgc
tttctatgggggaaaaaaaattaccaagttcctggaaacagcccaaagca
acttaaaccctcattttctcagtctgcctcagtcttgcattggcagaata
gctcctacctgaaccaaaagcttctaccttccaaccaccccactgtaacc
tggggcagggagagtccaggctgagaaagtagaagcatggttctcgtgag
catctgtgagggaaaccccgctttgagggtgatggtgctgaaacccttct
ccacatcctgagtgctgtgctacctgattcagaagcaaaggatgacccca
ggacagttctccagctcagcctaaagcaaacttacttggctctctgctct
accacacgacagagttcctgaggtcctaaagtgaaattgaagcccattct
cttcacagggctcagtgcaggtgtgttatattctgggcacctagaatgca
gtcttcgctgatcttgggtgaggggtttactcttgaagattcataaatgg
gggccttgcttacccttggggcttcaaacacagccttgtgtgggaaagag
atcctttcaggtgtagttggatagattatgaggaggtcacgttggagcag
tatgaggcaaatgcacaatagaaaaggaggacgtgcacacaggcacaggg
agaaggaggatgtgcacacaggcacagggagatggaggatgtgcacacag
tcacagggagaaggaggatgtgcacacaggcacaggggagaagaaggatg
tgcacacaggcacagggagatggaggatgtgcacacaggcacagggagaa
ggaggatgtgcacacaggcacagggagatggaggatgtgcacacaggcac
agggagaagaaagatgtgcacaacaggcacaggagatggatggatgtggc
acacaggccaccagggagaagaggatggtgccaaccatgcacatggggag
aagtagtatgtgtgcacacaggcacaggagatgggaggattgtgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_70797837_70798871
seq2: B6Ng01-257D19.b_115_1141 (reverse)

seq1  GCCTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAAG-ACTACC  49
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  GCCT-CCCTGGC-TGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAAACCAAGAACTACC  48

seq1  AGCCCAG-AGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTA  98
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||
seq2  AGCCCAGAAGATGGTCCCACCCACAA-GGGCCTT--CCCCTTGATCACTA  95

seq1  ATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATCTCCCCAGCTG  148
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGAAAATGCC-TACAGTTGGATCTCATGGAGGCATCTCCCCAGCTG  144

seq1  AAGCTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGACTGTGTCAAGTTGACACCCAAA  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCCCTTCTCTGTGATAACTCCAGACTGTGTCAAGTTGACACCCAAA  194

seq1  ACCAGCCAGTACAGGTAGGTAGGTAGGTAAGTAGATAGATAGATAGATAG  248
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCAGTACAGGTAGGTAGGTAGGTAAGTAGATAGATAGATAGATAG  244

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACAGAT  294

seq1  AGACAGATAGATAGGAGATAGAGAGGTAGATAGATAGTGATAGATAGGAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATAGATAGGAGATAGAGAGGTAGATAGATAGTGATAGATAGGAT  344

seq1  AGAGAGAGAGATAGAGAGGTAGATAGATAGTGATGGATGGATAGACAGAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGATAGAGAGGTAGATAGATAGTGATGGATGGATAGACAGAC  394

seq1  AGACAGACACAGAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  448
      ||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACACAG----AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  440

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGTGAAGTAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAGTGAAGTAA  490

seq1  AGTAAAGTAGTTAAGCATACTACCTGTGGATTCCAACACACCAATCAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGTAGTTAAGCATACTACCTGTGGATTCCAACACACCAATCAGCA  540

seq1  GTAGGTGCTGTCACTCTTGCTAATGCCGGGTGGTGGGCTGCATCATAACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTGCTGTCACTCTTGCTAATGCCGGGTGGTGGGCTGCATCATAACT  590

seq1  GCTTCTGTCATGTTCAACCTCTGTCCCTCCTGTGGCAATGGAGACTTGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGTCATGTTCAACCTCTGTCCCTCCTGTGGCAATGGAGACTTGGA  640

seq1  AGATGTGATCTTGGGATAGAAGGTTTGCTCTTGTTTTTCAGGGAAGGACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGATCTTGGGATAGAAGGTTTGCTCTTGTTTTTCAGGGAAGGACC  690

seq1  TAAATGCAATCATGAGTGTCCCTATAATAGCAACTGGGTCAGGTTGATAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCAATCATGAGTGTCCCTATAATAGCAACTGGGTCAGGTTGATAC  740

seq1  AGATGTGAAACGGCTTGTAGGCAGAAACAGAGGTGAAGTGATCCTTCACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGAAACGGCTTGTAGGCAGAAACAGAGGTGAAGTGATCCTTCACA  790

seq1  TTTTACTTCATGCAGGGGGATACTCAGTGGCCCAGGAGGAAAGTGGGGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTTCATGCAGGGGGATACTCAGTGGCCCAGGAGGAAAGTGGGGAA  840

seq1  GGGTGTGGTGAAAGTCCTCACAAAAGCCCTAGAGGAAGCTACTGACTGCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGTGAAAGTCCTCACAAAAGCCCTAGAGGAAGCTACTGACTGCA  890

seq1  CACATGGGGCCAGGCTGTCAACTGATCATCTCTTAGCCAATCCAACATGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGGGCCAGGCTGTCAACTGATCATCTCTTAGCCAATCCAACATGA  940

seq1  AGGTTACAGTTCCTCTTTATGAAGTCCTCACCGACAAACACATCATTGTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTACAGTTCCTCTTTATGAAGTCCTCACCGACAAACACATCATTGTC  990

seq1  TGGATCCTGCTTACTTATCACCACGAGGTCACATGCA  1035
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCTGCTTACTTATCACCACGAGGTCACATGCA  1027


seq1: chr13_70668031_70669260
seq2: B6Ng01-257D19.g_69_1164

seq1  GAATTCCCACCAGTCCTTATGGGTTGCTGGAAAGTATAATTATGTCTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACCAGTCCTTATGGGTTGCTGGAAAGTATAATTATGTCTGAA  50

seq1  TATGGACTTACAGAGTCTATGAATTAACAATGTTCATGGTTTTTTTTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACTTACAGAGTCTATGAATTAACAATGTTCATGGTTTTTTTTTGC  100

seq1  TTTCTATGGGGGAAAAAAAATTACCAAGTTCCTGGAAACAGCCCAAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGGGGGAAAAAAAATTACCAAGTTCCTGGAAACAGCCCAAAGCA  150

seq1  ACTTAAACCCTCATTTTCTCAGTCTGCCTCAGTCTTGCATTGGCAGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAACCCTCATTTTCTCAGTCTGCCTCAGTCTTGCATTGGCAGAATA  200

seq1  GCTCCTACCTGAACCAAAAGCTTCTACCTTCCAACCACCCCACTGTAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTACCTGAACCAAAAGCTTCTACCTTCCAACCACCCCACTGTAACC  250

seq1  TGGGGCAGGGAGAGTCCAGGCTGAGAAAGTAGAAGCATGGTTCTCGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAGGGAGAGTCCAGGCTGAGAAAGTAGAAGCATGGTTCTCGTGAG  300

seq1  CATCTGTGAGGGAAACCCCGCTTTGAGGGTGATGGTGCTGAAACCCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGAGGGAAACCCCGCTTTGAGGGTGATGGTGCTGAAACCCTTCT  350

seq1  CCACATCCTGAGTGCTGTGCTACCTGATTCAGAAGCAAAGGATGACCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCCTGAGTGCTGTGCTACCTGATTCAGAAGCAAAGGATGACCCCA  400

seq1  GGACAGTTCTCCAGCTCAGCCTAAAGCAAACTTACTTGGCTCTCTGCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTTCTCCAGCTCAGCCTAAAGCAAACTTACTTGGCTCTCTGCTCT  450

seq1  ACCACACGACAGAGTTCCTGAGGTCCTAAAGTGAAATTGAAGCCCATTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACGACAGAGTTCCTGAGGTCCTAAAGTGAAATTGAAGCCCATTCT  500

seq1  CTTCACAGGGCTCAGTGCAGGTGTGTTATATTCTGGGCACCTAGAATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGGGCTCAGTGCAGGTGTGTTATATTCTGGGCACCTAGAATGCA  550

seq1  GTCTTCGCTGATCTTGGGTGAGGGGTTTACTCTTGAAGATTCATAAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCGCTGATCTTGGGTGAGGGGTTTACTCTTGAAGATTCATAAATGG  600

seq1  GGGCCTTGCTTACCCTTGGGGCTTCAAACACAGCCTTGTGTGGGAAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTGCTTACCCTTGGGGCTTCAAACACAGCCTTGTGTGGGAAAGAG  650

seq1  ATCCTTTCAGGTGTAGTTGGATAGATTATGAGGAGGTCACGTTGGAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTCAGGTGTAGTTGGATAGATTATGAGGAGGTCACGTTGGAGCAG  700

seq1  TATGAGGCAAATGCACAATAGAAAAGGAGGACGTGCACACAGGCACAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGCAAATGCACAATAGAAAAGGAGGACGTGCACACAGGCACAGGG  750

seq1  AGAAGGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCACACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCACACAG  800

seq1  TCACAGGGAGAAGGAGGATGTGCACACAGGCACA-GGGAGAAGAAGGATG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCACAGGGAGAAGGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGGAGAAGAAGGATG  850

seq1  TGCACACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGAA  900

seq1  GGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCACACAGGCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCACACAGGCAC  950

seq1  AGGGAGAAGAAGGATGTGCAC-ACAGGCACAGGGAGATGGA-GGATGT-G  996
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |
seq2  AGGGAGAAGAAAGATGTGCACAACAGGCACA-GGAGATGGATGGATGTGG  999

seq1  CACACAGGC--ACAGGGAGAAGGAGGAT-GTG-CACACAGGCACA--GGG  1040
      |||||||||   ||||||||| |||||| ||| ||  || |||||  |||
seq2  CACACAGGCCACCAGGGAGAA-GAGGATGGTGCCAACCATGCACATGGGG  1048

seq1  AGAAGGAGGA--TGTGCACACAGGCACAGGGAGAT-GGAGGA-TGTGCAC  1086
      ||||| || |  |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| 
seq2  AGAAGTAGTATGTGTGCACACAGGCACA-GGAGATGGGAGGATTGTGCA-  1096

seq1  ACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGAAGGAGG  1136
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1096

seq1  ATGTGCACACAGGCACAGGGAGAAGGAGGATGTACACACAGGCACAGGGA  1186
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1096

seq1  GAAGGAGGATGTGCACACAGGCACAGGGAGATGGAGGATGTGCA  1230
                                                  
seq2  --------------------------------------------  1096


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |