BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258B18
Chromosome13 (Build37)
Map Location 117,782,489 - 117,927,389
singlet/doubletdoublet
Overlap geneParp8, LOC668288, LOC623312
Upstream geneEG623174, Isl1, EG668276, Gm280, LOC100041169
Downstream geneEmb, EG623365, LOC382807, Hcn1, LOC100041695, LOC674926
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258B18.bB6Ng01-258B18.g
ACCGA063633GA063634
length1,1591,116
definitionB6Ng01-258B18.b B6Ng01-258B18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,926,226 - 117,927,389)(117,782,489 - 117,783,615)
sequence
gaattcacaggggagagtttaagaatggaccagggtagggtggggaaagg
ccagtgaggggctcatgaatgttgtggttcatgttggcataagatatata
caagaaagtaagatcaagccattccaccatgaataggtgaaggcattact
agttgttgaagagctaccggaaggtggctgatgctgggacagggagagcc
aattttcttcagggacatggccactgataagttactcatgctccagtggt
cggctctacacccaggtccatatgggcaacactgattaaacctaatagaa
tatatttatattctatatctataatactattgattatacactataaaaat
acactgtatattttatatactcaactttatatattatatacaaaatacat
aatatataaatataatatattgtagtttatatataatatactctatatat
ctatgtatacacacacacatacacacatatgaaatagacatgaatcaaga
agagaatttggagtgggaaaagtgaggagtggatataatcaacatgcagc
ccgcacagtacttgggtatgaaatcctcaacaaataaagtaaataacaat
ttggtaattaaataactttaatgttgcaacacagctccaaaatattctat
agtagaactatttttactatagtaatatcaacataagcatttaaaacctt
aatgaattatcagtgctagacttatttgttttgtttctaaattaataact
tctttgaattgattttaaaaacatgttttcatgcacagtgtcacaaactt
atagtcttaatatttgtgagcttgaggcaagaggattgcttcaagtttag
gtcaggccggactacagagtaggaccttatctcaaataaataaataaaac
cagacagaaaatacaccattggtccctgcttccttaaaggtagtacccga
gtatcagaagttttgcattccttctgattagcataagtggggggagggag
gtcagtatgcatagtgggttcttaatgctccacaggctgcctcttcagtt
tggtcagtttagtgcgatctgcagcccttcttgatgatctttgcctgcgc
ctcctcaacagcccactcaaggttcagccagtttatatccaacgtccaat
cctgaccat

gaattcagcagatattagaaataaaaggtaggaaccctgctggaaattaa
tatttgaacacgtaagacttggatatcaattcctttttaatataaattct
aatgtaagaagaaattctccgtggcatcatctggggaatttccactgact
cagagatttaaaaaaaaaaaaaaattcacaaactccagaaacagcaaaaa
gtgttccagtgcgtgctgctaggtctcaggtgctctgcctcaggtttgag
agtgaggattatagatgtaatgattatccagaggagatttttgcaagatt
aataagaacagctagaaaagcataagacaggagcctaaataagcattatc
acattaattgaacatggttcccattggcaggaagcagaatgtttcagaaa
tgatgacaaacctcatcttattcaatataagaaacggcccacagattcca
aacagtgaagagaagaagagagttgagcttgagctctaattattactcat
ttaaataattgcctgaaagctttatttgggaaattcagaacacagttgtt
tacttccttatagtggatccaattaagtatacaaactttctgcgctacag
gaagacaaagagccaaacaagaattgaggctgggaaaccatagagcactc
aaggaacacaatatttttgtgtaaattcctggtgtatgaaacttagagct
gtgatcatcacgcactgtaccatcagagaccagatgaaacttatctaagt
ttgaagagtccagctctctttgtagctcaaaggtttaatgatggcttttc
tgtcacctctgactcacagtttctccttgaagaagtctatgctggtgcct
ctggcctctcctacagtacagggagtggacttgaaccactaaccatatct
gaaagcctcatttctctcaccataatgcctgctgtggactttgaacaatg
gatacacatttagttttgtttgtttcctcagttctcaaagctgacagatg
ctatgatacacggtcaacaaaatttatccatgtgccttatcctatcagaa
accagatgatgctgagtgaagctggaggggctgcttgagtcttgtattcc
agcactaatatcactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_117926226_117927389
seq2: B6Ng01-258B18.b_46_1204 (reverse)

seq1  ATGGTCAGGAATTTTGAAGTGTGGATATTAAACTGGCTGAAACTTGGAGT  50
      ||||||||||  || || || |||||| ||||||||||||| ||| ||||
seq2  ATGGTCAGGA--TTGGACGT-TGGATA-TAAACTGGCTGAACCTT-GAGT  45

seq1  TGGCTGTGGAGGGAGCGCAGGCAAAGATCATC-AGA--GGCTGCAGATCC  97
       |||||| ||||  |||||||||||||||||| |||  |||||||||| |
seq2  GGGCTGTTGAGGAGGCGCAGGCAAAGATCATCAAGAAGGGCTGCAGAT-C  94

seq1  GCACCTAAACCTGAACAAACTGAAGAGGCAGCTTGTGGAGCATTAAGAAC  147
      ||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCA-CTAAA-CTGACCAAACTGAAGAGGCAGCCTGTGGAGCATTAAGAAC  142

seq1  CCACTATGCATACTGACCTCCCTCCCCCACCTTATGCTAATCAGAAGGAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATGCATACTGACCTCCCTCCCCCCACTTATGCTAATCAGAAGGAA  192

seq1  TGCAAAACTTCTGATACTCGGGTACTACCTTTAAGGAAGCAGGGACCAAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAACTTCTGATACTCGGGTACTACCTTTAAGGAAGCAGGGACCAAT  242

seq1  GGTGTATTTTCTGTCTGGTTTTATTTATTTATTTGAGATAAGGTCCTACT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATTTTCTGTCTGGTTTTATTTATTTATTTGAGATAAGGTCCTACT  292

seq1  CTGTAGTCCGGCCTGACCTAAACTTGAAGCAATCCTCTTGCCTCAAGCTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTCCGGCCTGACCTAAACTTGAAGCAATCCTCTTGCCTCAAGCTC  342

seq1  ACAAATATTAAGACTATAAGTTTGTGACACTGTGCATGAAAACATGTTTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATATTAAGACTATAAGTTTGTGACACTGTGCATGAAAACATGTTTT  392

seq1  TAAAATCAATTCAAAGAAGTTATTAATTTAGAAACAAAACAAATAAGTCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCAATTCAAAGAAGTTATTAATTTAGAAACAAAACAAATAAGTCT  442

seq1  AGCACTGATAATTCATTAAGGTTTTAAATGCTTATGTTGATATTACTATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGATAATTCATTAAGGTTTTAAATGCTTATGTTGATATTACTATA  492

seq1  GTAAAAATAGTTCTACTATAGAATATTTTGGAGCTGTGTTGCAACATTAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAATAGTTCTACTATAGAATATTTTGGAGCTGTGTTGCAACATTAA  542

seq1  AGTTATTTAATTACCAAATTGTTATTTACTTTATTTGTTGAGGATTTCAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTTAATTACCAAATTGTTATTTACTTTATTTGTTGAGGATTTCAT  592

seq1  ACCCAAGTACTGTGCGGGCTGCATGTTGATTATATCCACTCCTCACTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGTACTGTGCGGGCTGCATGTTGATTATATCCACTCCTCACTTTT  642

seq1  CCCACTCCAAATTCTCTTCTTGATTCATGTCTATTTCATATGTGTGTATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCCAAATTCTCTTCTTGATTCATGTCTATTTCATATGTGTGTATG  692

seq1  TGTGTGTGTATACATAGATATATAGAGTATATTATATATAAACTACAATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTATACATAGATATATAGAGTATATTATATATAAACTACAATA  742

seq1  TATTATATTTATATATTATGTATTTTGTATATAATATATAAAGTTGAGTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATATTTATATATTATGTATTTTGTATATAATATATAAAGTTGAGTA  792

seq1  TATAAAATATACAGTGTATTTTTATAGTGTATAATCAATAGTATTATAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATATACAGTGTATTTTTATAGTGTATAATCAATAGTATTATAGA  842

seq1  TATAGAATATAAATATATTCTATTAGGTTTAATCAGTGTTGCCCATATGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAATATAAATATATTCTATTAGGTTTAATCAGTGTTGCCCATATGG  892

seq1  ACCTGGGTGTAGAGCCGACCACTGGAGCATGAGTAACTTATCAGTGGCCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGTGTAGAGCCGACCACTGGAGCATGAGTAACTTATCAGTGGCCA  942

seq1  TGTCCCTGAAGAAAATTGGCTCTCCCTGTCCCAGCATCAGCCACCTTCCG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGAAGAAAATTGGCTCTCCCTGTCCCAGCATCAGCCACCTTCCG  992

seq1  GTAGCTCTTCAACAACTAGTAATGCCTTCACCTATTCATGGTGGAATGGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCTTCAACAACTAGTAATGCCTTCACCTATTCATGGTGGAATGGC  1042

seq1  TTGATCTTACTTTCTTGTATATATCTTATGCCAACATGAACCACAACATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTACTTTCTTGTATATATCTTATGCCAACATGAACCACAACATT  1092

seq1  CATGAGCCCCTCACTGGCCTTTCCCCACCCTACCCTGGTCCATTCTTAAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCCCCTCACTGGCCTTTCCCCACCCTACCCTGGTCCATTCTTAAA  1142

seq1  CTCTCCCCTGTGAATTC  1164
      |||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCTGTGAATTC  1159


seq1: chr13_117782489_117783615
seq2: B6Ng01-258B18.g_67_1182

seq1  GAATTCAGCAGATATTAGAAATAAAAGGTAGGAACCCTGCTGGAAATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGATATTAGAAATAAAAGGTAGGAACCCTGCTGGAAATTAA  50

seq1  TATTTGAACACGTAAGACTTGGATATCAATTCCTTTTTAATATAAATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAACACGTAAGACTTGGATATCAATTCCTTTTTAATATAAATTCT  100

seq1  AATGTAAGAAGAAATTCTCCGTGGCATCATCTGGGGAATTTCCACTGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAGAAGAAATTCTCCGTGGCATCATCTGGGGAATTTCCACTGACT  150

seq1  CAGAGATTTAAAAAAAAAAAAAAATTCACAAACTCCAGAAACAGCAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTTAAAAAAAAAAAAAAATTCACAAACTCCAGAAACAGCAAAAA  200

seq1  GTGTTCCAGTGCGTGCTGCTAGGTCTCAGGTGCTCTGCCTCAGGTTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCAGTGCGTGCTGCTAGGTCTCAGGTGCTCTGCCTCAGGTTTGAG  250

seq1  AGTGAGGATTATAGATGTAATGATTATCCAGAGGAGATTTTTGCAAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGATTATAGATGTAATGATTATCCAGAGGAGATTTTTGCAAGATT  300

seq1  AATAAGAACAGCTAGAAAAGCATAAGACAGGAGCCTAAATAAGCATTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAACAGCTAGAAAAGCATAAGACAGGAGCCTAAATAAGCATTATC  350

seq1  ACATTAATTGAACATGGTTCCCATTGGCAGGAAGCAGAATGTTTCAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAATTGAACATGGTTCCCATTGGCAGGAAGCAGAATGTTTCAGAAA  400

seq1  TGATGACAAACCTCATCTTATTCAATATAAGAAACGGCCCACAGATTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACAAACCTCATCTTATTCAATATAAGAAACGGCCCACAGATTCCA  450

seq1  AACAGTGAAGAGAAGAAGAGAGTTGAGCTTGAGCTCTAATTATTACTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGAAGAGAAGAAGAGAGTTGAGCTTGAGCTCTAATTATTACTCAT  500

seq1  TTAAATAATTGCCTGAAAGCTTTATTTGGGAAATTCAGAACACAGTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAATTGCCTGAAAGCTTTATTTGGGAAATTCAGAACACAGTTGTT  550

seq1  TACTTCCTTATAGTGGATCCAATTAAGTATACAAACTTTCTGCGCTACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTTATAGTGGATCCAATTAAGTATACAAACTTTCTGCGCTACAG  600

seq1  GAAGACAAAGAGCCAAACAAGAATTGAGGCTGGGAAACCATAGAGCACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAAAGAGCCAAACAAGAATTGAGGCTGGGAAACCATAGAGCACTC  650

seq1  AAGGAACACAATATTTTTGTGTAAATTCCTGGTGTATGAAACTTAGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACACAATATTTTTGTGTAAATTCCTGGTGTATGAAACTTAGAGCT  700

seq1  GTGATCATCACGCACTGTACCATCAGAGACCAGATGAAACTTATCTAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCATCACGCACTGTACCATCAGAGACCAGATGAAACTTATCTAAGT  750

seq1  TTGAAGAGTCCAGCTCTCTTTGTAGCTCAAAGGTTTAATGATGGCTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGTCCAGCTCTCTTTGTAGCTCAAAGGTTTAATGATGGCTTTTC  800

seq1  TGTCACCTCTGACTCACAGTTTCTCCTTGAAGAAGTCTATGCTGGTGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTCTGACTCACAGTTTCTCCTTGAAGAAGTCTATGCTGGTGCCT  850

seq1  CTGGCCTCTCCTACAGTACAGGGAGTGGACTTGAACCACTAACCATATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTCTCCTACAGTACAGGGAGTGGACTTGAACCACTAACCATATCT  900

seq1  GAAAGCCTCATTTCTCTCACCATAATGCCTGCTGTGGACTTTGAACAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCTCATTTCTCTCACCATAATGCCTGCTGTGGACTTTGAACAATG  950

seq1  GATACACATTTAGTTTTGTTTGTTTCCTCAGTTCTCAAAGCTGACAGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACATTTAGTTTTGTTTGTTTCCTCAGTTCTCAAAGCTGACAGATG  1000

seq1  CTATGATACACGGTCAACAAAATTTATCCAATGGTGGCCTTATCCTATCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||
seq2  CTATGATACACGGTCAACAAAATTTATCC-ATG--TGCCTTATCCTATCA  1047

seq1  AGGAAACCAGATGAATGCTGAGTGAAAGGCCTGAGGGGCTGCTGAAGTCT  1100
        ||||||||||| ||||||||||||  ||  |||||||||||  |||| 
seq2  --GAAACCAGATG-ATGCTGAGTGAA--GCTGGAGGGGCTGCTTGAGTC-  1091

seq1  TTGTATCCCAGCAACCTAATATCACTC  1127
      |||||| ||||||  ||||||||||||
seq2  TTGTATTCCAGCA--CTAATATCACTC  1116


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |