BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266H13
Chromosome13 (Build37)
Map Location 47,414,294 - 47,540,990
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRbm24, Cap2, C78339, Nup153, Kif13a, LOC544928, Nhlrc1, Tpmt, Aof1, Dek, LOC100039761, Ibrdc2
Downstream gene4931429P17Rik, Id4, LOC667351
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266H13.bB6Ng01-266H13.g
ACCGA069859GA069860
length1,187635
definitionB6Ng01-266H13.b B6Ng01-266H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,539,794 - 47,540,990)(47,414,294 - 47,414,928)
sequence
gaattcttaaagctgagaaagcagacacacacagctatatggccaaaacc
acatttatgatatttggccaaggacacaaaagactatgcaaataatctgt
cagaaactgaaaagaatcggctgagatacaatttagctaacaaagtgtct
gccaagcacatgtgagactctgggctcatcccccagcatagcacacacat
gggtgtgatgcatgattgtaatcccagcattcgggaagtagaggcagcaa
aatgagaagttcaagaatgtatgaggacgatctaaaatgcatgagcccat
gtctaaaaaggaaaagaagggaagggtaaagaaaagaggggaaaaaagga
aagaaggggaaaggaagaaagacatcttcatacataacccacccctagct
ctcttggctctatgctaatcaaaatccaaatggttggactgcagtgggtc
ccatgctgaagtttgtgagcagtgtgccatcttgtctggcagccaaggtg
tggtcaagaaggatgccaagaggacattccttcctgtgttttcctcctaa
gagtacctgccaagattgctctgactgcagcctcctgtctcaacaggggt
tgttgagaaatccttgcggctcacatcttgccacagtgtgaggtatgcag
ggctgacatacggagctagctcttgaagagttccacatgtacttgcaata
gatgtgaaactattcttgagcagaatatactcctttggtggcgttaattg
acttccacactgtaggtatgttctcataaggcagagcagttctttgaaca
gcatactagaatagggaagtccatagtgtttcaagagaagataaggtggg
aatcaggaatgactgcttccgggatgtggtatttctctggagagacgacg
taaatgttaaaacaggagaacaataatgattgcacaaaattgtgagcata
ttaagtgttgtaaacttacatcttatgtaaattctactttaaaaaaaatg
aggtcagatacgatgccatatgcctttaatccagccttcaggaggtagag
acagagatagaacttgaagccaggctgggtatataggcagtttgagctag
ccttatataaagattcaatctcattctgtctatggacagcatcttggctc
atgaaagcgtgcaccttcattttatgttgcacctaat

gaattcttcccggtggctttgaggatgttaattaacacaacccaacccaa
ctctacccttcaccttttctggataattcctgattatggaatgctacctg
tgtgcctgcagcgccccattgtgaattctcacagcaatgttatggagtct
gggttacagggtctctagtcctatccttactttgcagacgtgggagcggg
ggctcagcgctgacctactttctgagacgtgggtcaggctgaggcagaac
caggcttgagtccaggcctggcctgaaaatgtactctggtttttattcat
taccttgtattttcatcattctctagaagccagggaccccacaatggaaa
tcggatgtttcccccttattttgaagcatgttcctggtggctgttctctg
tgcagacgataaaagacaagcatcatgtcctttgctggagtggaaaagat
gtgcttatctctgggaaaagcagaggaggggaggaagaaggagctatctc
cctgcaagaaaagcaacttttcagaagactccaagtcataaatgggcaag
gtccttggccagctcattcctgccttttatgtccagacttcatctctgtt
ttgatcaccgtgccctgggggtgggtgaggggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_47539794_47540990
seq2: B6Ng01-266H13.b_45_1231 (reverse)

seq1  ATTAAGTGCAACAT-AAATGAAAGTGAAAGTTTCTGTGAGGCAAAGATGC  49
      |||| ||||||||| ||||||| ||| | | ||   ||| || |||||||
seq2  ATTAGGTGCAACATAAAATGAAGGTGCACGCTTTCATGA-GCCAAGATGC  49

seq1  TGTCAATAGGACAGGATGAGA-TGGATCTTTATAT-AGGCTAGCCTCAAA  97
      |||| ||| ||||| |||||| || |||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGTCCATA-GACAGAATGAGATTGAATCTTTATATAAGGCTAG-CTCAAA  97

seq1  CTGGCTATATAACCCAGCCTGGCCTCAAGTTTCTAATCCTCT-TGTCTCT  146
      ||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||    ||| |||||||
seq2  CTGCCTATAT-ACCCAGCCTGGCTTCAAG-TTCTA----TCTCTGTCTCT  141

seq1  ACCTCCCGAAGGCTGGGATTAAGGGCATATGGCATCGTATCTGACCTCAT  196
      |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACCTCCTGAAGGCT-GGATTAAAGGCATATGGCATCGTATCTGACCTCA-  189

seq1  TTTTTTTTAAAGTAGAATTTACATAAGATGTAAAGTTTAACAACACTTAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  TTTTTTTTAAAGTAGAATTTACATAAGATGT-AAGTTT-ACAACACTTAA  237

seq1  TATGCTCACAATTTTGTGCAATCATTATTGTTCTCCTGTTTTAAACATTT  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TATGCTCACAATTTTGTGCAATCATTATTGTTCTCCTGTTTT-AACATTT  286

seq1  ACGTCGTCTCTCCAGAGAAATACCACATCCCGGAAGCAGTCATTCCTGAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCGTCTCTCCAGAGAAATACCACATCCCGGAAGCAGTCATTCCTGAT  336

seq1  TCCCACCTTATCTTCTCTTGAAACACTATGGACTTCCCTATTCTAGTATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCTTATCTTCTCTTGAAACACTATGGACTTCCCTATTCTAGTATG  386

seq1  CTGTTCAAAGAACTGCTCTGCCTTATGAGAACATACCTACAGTGTGGAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAAAGAACTGCTCTGCCTTATGAGAACATACCTACAGTGTGGAAG  436

seq1  TCAATTAACGCCACCAAAGGAGTATATTCTGCTCAAGAATAGTTTCACAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAACGCCACCAAAGGAGTATATTCTGCTCAAGAATAGTTTCACAT  486

seq1  CTATTGCAAGTACATGTGGAACTCTTCAAGAGCTAGCTCCGTATGTCAGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCAAGTACATGTGGAACTCTTCAAGAGCTAGCTCCGTATGTCAGC  536

seq1  CCTGCATACCTCACACTGTGGCAAGATGTGAGCCGCAAGGATTTCTCAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATACCTCACACTGTGGCAAGATGTGAGCCGCAAGGATTTCTCAAC  586

seq1  AACCCCTGTTGAGACAGGAGGCTGCAGTCAGAGCAATCTTGGCAGGTACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTGTTGAGACAGGAGGCTGCAGTCAGAGCAATCTTGGCAGGTACT  636

seq1  CTTAGGAGGAAAACACAGGAAGGAATGTCCTCTTGGCATCCTTCTTGACC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGAGGAAAACACAGGAAGGAATGTCCTCTTGGCATCCTTCTTGACC  686

seq1  ACACCTTGGCTGCCAGACAAGATGGCACACTGCTCACAAACTTCAGCATG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTGGCTGCCAGACAAGATGGCACACTGCTCACAAACTTCAGCATG  736

seq1  GGACCCACTGCAGTCCAACCATTTGGATTTTGATTAGCATAGAGCCAAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCACTGCAGTCCAACCATTTGGATTTTGATTAGCATAGAGCCAAGA  786

seq1  GAGCTAGGGGTGGGTTATGTATGAAGATGTCTTTCTTCCTTTCCCCTTCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGGGGTGGGTTATGTATGAAGATGTCTTTCTTCCTTTCCCCTTCT  836

seq1  TTCCTTTTTTCCCCTCTTTTCTTTACCCTTCCCTTCTTTTCCTTTTTAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTTTCCCCTCTTTTCTTTACCCTTCCCTTCTTTTCCTTTTTAGA  886

seq1  CATGGGCTCATGCATTTTAGATCGTCCTCATACATTCTTGAACTTCTCAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCTCATGCATTTTAGATCGTCCTCATACATTCTTGAACTTCTCAT  936

seq1  TTTGCTGCCTCTACTTCCCGAATGCTGGGATTACAATCATGCATCACACC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGCCTCTACTTCCCGAATGCTGGGATTACAATCATGCATCACACC  986

seq1  CATGTGTGTGCTATGCTGGGGGATGAGCCCAGAGTCTCACATGTGCTTGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGCTATGCTGGGGGATGAGCCCAGAGTCTCACATGTGCTTGG  1036

seq1  CAGACACTTTGTTAGCTAAATTGTATCTCAGCCGATTCTTTTCAGTTTCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACTTTGTTAGCTAAATTGTATCTCAGCCGATTCTTTTCAGTTTCT  1086

seq1  GACAGATTATTTGCATAGTCTTTTGTGTCCTTGGCCAAATATCATAAATG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATTATTTGCATAGTCTTTTGTGTCCTTGGCCAAATATCATAAATG  1136

seq1  TGGTTTTGGCCATATAGCTGTGTGTGTCTGCTTTCTCAGCTTTAAGAATT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTGGCCATATAGCTGTGTGTGTCTGCTTTCTCAGCTTTAAGAATT  1186

seq1  C  1197
      |
seq2  C  1187


seq1: chr13_47414294_47414928
seq2: B6Ng01-266H13.g_65_699

seq1  GAATTCTTCCCGGTGGCTTTGAGGATGTTAATTAACACAACCCAACCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCGGTGGCTTTGAGGATGTTAATTAACACAACCCAACCCAA  50

seq1  CTCTACCCTTCACCTTTTCTGGATAATTCCTGATTATGGAATGCTACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCCTTCACCTTTTCTGGATAATTCCTGATTATGGAATGCTACCTG  100

seq1  TGTGCCTGCAGCGCCCCATTGTGAATTCTCACAGCAATGTTATGGAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTGCAGCGCCCCATTGTGAATTCTCACAGCAATGTTATGGAGTCT  150

seq1  GGGTTACAGGGTCTCTAGTCCTATCCTTACTTTGCAGACGTGGGAGCGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTACAGGGTCTCTAGTCCTATCCTTACTTTGCAGACGTGGGAGCGGG  200

seq1  GGCTCAGCGCTGACCTACTTTCTGAGACGTGGGTCAGGCTGAGGCAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGCGCTGACCTACTTTCTGAGACGTGGGTCAGGCTGAGGCAGAAC  250

seq1  CAGGCTTGAGTCCAGGCCTGGCCTGAAAATGTACTCTGGTTTTTATTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGAGTCCAGGCCTGGCCTGAAAATGTACTCTGGTTTTTATTCAT  300

seq1  TACCTTGTATTTTCATCATTCTCTAGAAGCCAGGGACCCCACAATGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGTATTTTCATCATTCTCTAGAAGCCAGGGACCCCACAATGGAAA  350

seq1  TCGGATGTTTCCCCCTTATTTTGAAGCATGTTCCTGGTGGCTGTTCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGATGTTTCCCCCTTATTTTGAAGCATGTTCCTGGTGGCTGTTCTCTG  400

seq1  TGCAGACGATAAAAGACAAGCATCATGTCCTTTGCTGGAGTGGAAAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACGATAAAAGACAAGCATCATGTCCTTTGCTGGAGTGGAAAAGAT  450

seq1  GTGCTTATCTCTGGGAAAAGCAGAGGAGGGGAGGAAGAAGGAGCTATCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTATCTCTGGGAAAAGCAGAGGAGGGGAGGAAGAAGGAGCTATCTC  500

seq1  CCTGCAAGAAAAGCAACTTTTCAGAAGACTCCAAGTCATAAATGGGCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAAGAAAAGCAACTTTTCAGAAGACTCCAAGTCATAAATGGGCAAG  550

seq1  GTCCTTGGCCAGCTCATTCCTGCCTTTTATGTCCAGACTTCATCTCTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGGCCAGCTCATTCCTGCCTTTTATGTCCAGACTTCATCTCTGTT  600

seq1  TTGATCACCGTGCCCTGGGGGTGGGTGAGGGGTGG  635
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCACCGTGCCCTGGGGGTGGGTGAGGGGTGG  635


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |