BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269F17
Chromosome13 (Build37)
Map Location 15,197,947 - 15,285,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC670994
Upstream geneArid4b, LOC100039916, Hecw1, Mrpl32, Psma2, AW209491, EG665099
Downstream geneEG625121, Gli3, LOC665157, Inhba, LOC625181
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269F17.bB6Ng01-269F17.g
ACCGA071977GA071978
length1,0931,113
definitionB6Ng01-269F17.b B6Ng01-269F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,197,947 - 15,199,047)(15,284,719 - 15,285,832)
sequence
gaattcatcattttaagagctgagtagtactccattgtgtaaatgtatca
cgttttctatatccattcctctgttgaaggacatctgggttctttccagc
tccaggctatcataaataaggctgctatgaacatagaggagcatggaaca
ctacttttaaaagttcaacaatcatcaaaattaacaacatgataaaatcc
acatcaccagcgttggaggggggacttatattgtaccctaatattgtgaa
cctaagagacacagcaatacttctgtggcaaatctgcacaaatatatgat
ggaaatataattgcaaagaagtaagaaataaaccaatttggacagatagc
ctgcacaaactaagaaactgcttcattttaaagaacctaaagagacaaag
atctaaatgcaaaggtttgatcagtgtttgttgactagttcatacaaaag
tgaaagcaagtaggaatatatacaattacaattgctataaggatgaacta
taaaggtacaataagtggtgttcacatgtcagttgcaaccagcaactgtt
taattggacttcagtcccaccaaacaggagggaatccatttctggtactg
gaaagctagccagcttactgaggttagtgaggtcataaatcttagaacac
aggctattcaccaccagttctcttgactggtataatttttactacattct
aaatcttaccactatattctcagataagtatagctaccatccctcctcag
agaagcctctctttaaaacaaatagagaccatcacagaaaaacacaacag
gaaaaagtgtagaaatcaacccatcatggtggagcccagccccaagtggt
agatccacacatcacagctcatgtgtttacggctcagaaatattgccaaa
aagggaaagcgttgtagagttccttccattgtatagccctactatcatca
gtcagatttatgtccctgtatgcaatagaaaacctgggcatgatatgagc
aagcacccaggtcccaatgtgtgctccattccaatttaacagctattgtc
aaaactcatcttagaggaggctatgcacatagctaatagcgac

gaattcattaattcaaatgaacccaaacacaaaatctacttgtctatctg
gggttttgggactctattttctgggacctaaaattgaggcctggaatagt
ccattcccttagctgtggattctagaatctactgaagtccttgggtgcta
cctctggagatgtgtggtaagacgatagatacaaatgtaaatattgttag
cttttagtcattctgtactttgttgattgtaatggctattcctggttgtc
aacttgactatatctgaatgaactgcaatccagaatgactcacctgtgat
ctagatcttgaggctggaagacacaagtttctcaccaggatcttgggata
gagatcttgaggtatagtgaccatgaaatgcttaggcctgggtaaggtag
tacacacctttaaccccaggacactaaggcaaggagatctatgagttcaa
ggtcagcctgggacaaagcaagtcccagatccaggcatggtggtacacat
ctttaatctgggccacaccttctgctggagacctacataaggacattgga
agaagaaagatttgctcttctttgcctgcttccatttactttccagcaca
tttgttggaatcttcttctacagaagaccagctgaaataagtagcctgtg
agactgagcacctactagattcttgcactttccactcccatctgaccatt
gttagggtagactatagactatgagtcaacacaaaagttccctcaatata
gagagacattccataagttttctggctctagagaaccctgactaatacat
tgaccaagtgtgatagaatgaactcttcctgaaagcaagcagaggggaat
gagctccttttcagagtgtatgctagtgggatgtgtcctgaaccaagaga
ggaacttggcattgggcaaccctttgtctcaatttgactgcattatggga
tccccagagcagctcatatgcaattcaattgattgatgatgaagacctat
ccttccagtgtggggtgggcgcaatcttcttggctagagagaccatcagc
cagagaacagtgatgtgcactctctactgcagagatccctgtttcctgcc
atctcctagagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_15197947_15199047
seq2: B6Ng01-269F17.b_45_1137

seq1  GAATTCATCATTTTAAGAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAAATGTATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATTTTAAGAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAAATGTATCA  50

seq1  CGTTTTCTATATCCATTCCTCTGTTGAAGGACATCTGGGTTCTTTCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTCTATATCCATTCCTCTGTTGAAGGACATCTGGGTTCTTTCCAGC  100

seq1  TCCAGGCTATCATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGAGGAGCATGGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCTATCATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGAGGAGCATGGAACA  150

seq1  CTACTTTTAAAAGTTCAACAATCATCAAAATTAACAACATGATAAAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTAAAAGTTCAACAATCATCAAAATTAACAACATGATAAAATCC  200

seq1  ACATCACCAGCGTTGGAGGGGGGACTTATATTGTACCCTAATATTGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACCAGCGTTGGAGGGGGGACTTATATTGTACCCTAATATTGTGAA  250

seq1  CCTAAGAGACACAGCAATACTTCTGTGGCAAATCTGCACAAATATATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGAGACACAGCAATACTTCTGTGGCAAATCTGCACAAATATATGAT  300

seq1  GGAAATATAATTGCAAAGAAGTAAGAAATAAACCAATTTGGACAGATAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATATAATTGCAAAGAAGTAAGAAATAAACCAATTTGGACAGATAGC  350

seq1  CTGCACAAACTAAGAAACTGCTTCATTTTAAAGAACCTAAAGAGACAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAAACTAAGAAACTGCTTCATTTTAAAGAACCTAAAGAGACAAAG  400

seq1  ATCTAAATGCAAAGGTTTGATCAGTGTTTGTTGACTAGTTCATACAAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAATGCAAAGGTTTGATCAGTGTTTGTTGACTAGTTCATACAAAAG  450

seq1  TGAAAGCAAGTAGGAATATATACAATTACAATTGCTATAAGGATGAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCAAGTAGGAATATATACAATTACAATTGCTATAAGGATGAACTA  500

seq1  TAAAGGTACAATAAGTGGTGTTCACATGTCAGTTGCAACCAGCAACTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTACAATAAGTGGTGTTCACATGTCAGTTGCAACCAGCAACTGTT  550

seq1  TAATTGGACTTCAGTCCCACCAAACAGGAGGGAATCCATTTCTGGTACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGACTTCAGTCCCACCAAACAGGAGGGAATCCATTTCTGGTACTG  600

seq1  GAAAGCTAGCCAGCTTACTGAGGTTAGTGAGGTCATAAATCTTAGAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTAGCCAGCTTACTGAGGTTAGTGAGGTCATAAATCTTAGAACAC  650

seq1  AGGCTATTCACCACCAGTTCTCTTGACTGGTATAATTTTTACTACATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATTCACCACCAGTTCTCTTGACTGGTATAATTTTTACTACATTCT  700

seq1  AAATCTTACCACTATATTCTCAGATAAGTATAGCTACCATCCCTCCTCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTACCACTATATTCTCAGATAAGTATAGCTACCATCCCTCCTCAG  750

seq1  AGAAGCCTCTCTTTAAAACAAATAGAGACCATCACAGAAAAACACAACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCTCTCTTTAAAACAAATAGAGACCATCACAGAAAAACACAACAG  800

seq1  GAAAAAGTGTAGAAATCAACCCATCATGGTGGAGCCCAGCCCCAAGTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGTGTAGAAATCAACCCATCATGGTGGAGCCCAGCCCCAAGTGGT  850

seq1  AGATCCACACATCACAGCTCATGTGTTTACGGCTCAGGAAATATTGCCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGATCCACACATCACAGCTCATGTGTTTACGGCTCA-GAAATATTGCCAA  899

seq1  AAAGGGAAAGCGTTGTAGAGTTCCTTCCATTGTATAGCCCTACTATCATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAAGCGTTGTAGAGTTCCTTCCATTGTATAGCCCTACTATCATC  949

seq1  AGTCAGATTTATGTCCTTGTATGCAATAGAAAACCTGGGCATGAATATGA  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGTCAGATTTATGTCCCTGTATGCAATAGAAAACCTGGGCATG-ATATGA  998

seq1  GGCAAGCACCCAGGTCCCAATGTGGTGCTCCATTTCCAATTT-ACAGCTA  1049
       |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||
seq2  -GCAAGCACCCAGGTCCCAATGT-GTGCTCCA-TTCCAATTTAACAGCTA  1045

seq1  TTGTCAAAACTCCATCTTTAGAGGAGGCTATTGGCACATAGCTTATAGCG  1099
      ||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||
seq2  TTGTCAAAACT-CATC-TTAGAGGAGGCTAT--GCACATAGCTAATAGCG  1091

seq1  AC  1101
      ||
seq2  AC  1093


seq1: chr13_15284719_15285832
seq2: B6Ng01-269F17.g_64_1176 (reverse)

seq1  AGCTCTGGGAGATGCAGGGAAACA-GGATCTCTGCAGTAGAGAGTGCACA  49
      |||||| |||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGGAGATGGCAGGAAACAGGGATCTCTGCAGTAGAGAGTGCACA  50

seq1  TCACTGTTCCTCTGCCTGGTGGTTCTCTCTAGGCCAAGAAGATTGCGCCC  99
      |||||||| ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTT-CTCTGGCTGATGG-TCTCTCTA-GCCAAGAAGATTGCGCCC  97

seq1  A-CCCACACTGGAAGGATAGGTCTTCATCATCAATCAATTGAATTGCATA  148
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACACTGGAAGGATAGGTCTTCATCATCAATCAATTGAATTGCATA  147

seq1  TGAGCTGCTCTGGGGATCCCATAATGCAGTCAAATTGAGACAAAGGTTTG  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGAGCTGCTCTGGGGATCCCATAATGCAGTCAAATTGAGACAAAGGGTTG  197

seq1  CCCAATGCCAAGTTCCTCTCTTGGTTCAGGACACATCCCACTAGCATACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGCCAAGTTCCTCTCTTGGTTCAGGACACATCCCACTAGCATACA  247

seq1  CTCTGAAAAGGAGCTCATTCCCCTCTGCTTGCTTTCAGGAAGAGTTCATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAAAGGAGCTCATTCCCCTCTGCTTGCTTTCAGGAAGAGTTCATT  297

seq1  CTATCACACTTGGTCAATGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGCCAGAAAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACACTTGGTCAATGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGCCAGAAAAC  347

seq1  TTATGGAATGTCTCTCTATATTGAGGGAACTTTTGTGTTGACTCATAGTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGAATGTCTCTCTATATTGAGGGAACTTTTGTGTTGACTCATAGTC  397

seq1  TATAGTCTACCCTAACAATGGTCAGATGGGAGTGGAAAGTGCAAGAATCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTCTACCCTAACAATGGTCAGATGGGAGTGGAAAGTGCAAGAATCT  447

seq1  AGTAGGTGCTCAGTCTCACAGGCTACTTATTTCAGCTGGTCTTCTGTAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTGCTCAGTCTCACAGGCTACTTATTTCAGCTGGTCTTCTGTAGA  497

seq1  AGAAGATTCCAACAAATGTGCTGGAAAGTAAATGGAAGCAGGCAAAGAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATTCCAACAAATGTGCTGGAAAGTAAATGGAAGCAGGCAAAGAAG  547

seq1  AGCAAATCTTTCTTCTTCCAATGTCCTTATGTAGGTCTCCAGCAGAAGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATCTTTCTTCTTCCAATGTCCTTATGTAGGTCTCCAGCAGAAGGT  597

seq1  GTGGCCCAGATTAAAGATGTGTACCACCATGCCTGGATCTGGGACTTGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCAGATTAAAGATGTGTACCACCATGCCTGGATCTGGGACTTGCT  647

seq1  TTGTCCCAGGCTGACCTTGAACTCATAGATCTCCTTGCCTTAGTGTCCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCAGGCTGACCTTGAACTCATAGATCTCCTTGCCTTAGTGTCCTG  697

seq1  GGGTTAAAGGTGTGTACTACCTTACCCAGGCCTAAGCATTTCATGGTCAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAAAGGTGTGTACTACCTTACCCAGGCCTAAGCATTTCATGGTCAC  747

seq1  TATACCTCAAGATCTCTATCCCAAGATCCTGGTGAGAAACTTGTGTCTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTCAAGATCTCTATCCCAAGATCCTGGTGAGAAACTTGTGTCTTC  797

seq1  CAGCCTCAAGATCTAGATCACAGGTGAGTCATTCTGGATTGCAGTTCATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCAAGATCTAGATCACAGGTGAGTCATTCTGGATTGCAGTTCATT  847

seq1  CAGATATAGTCAAGTTGACAACCAGGAATAGCCATTACAATCAACAAAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATAGTCAAGTTGACAACCAGGAATAGCCATTACAATCAACAAAGT  897

seq1  ACAGAATGACTAAAAGCTAACAATATTTACATTTGTATCTATCGTCTTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATGACTAAAAGCTAACAATATTTACATTTGTATCTATCGTCTTAC  947

seq1  CACACATCTCCAGAGGTAGCACCCAAGGACTTCAGTAGATTCTAGAATCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATCTCCAGAGGTAGCACCCAAGGACTTCAGTAGATTCTAGAATCC  997

seq1  ACAGCTAAGGGAATGGACTATTCCAGGCCTCAATTTTAGGTCCCAGAAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAAGGGAATGGACTATTCCAGGCCTCAATTTTAGGTCCCAGAAAA  1047

seq1  TAGAGTCCCAAAACCCCAGATAGACAAGTAGATTTTGTGTTTGGGTTCAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCCCAAAACCCCAGATAGACAAGTAGATTTTGTGTTTGGGTTCAT  1097

seq1  TTGAATTAATGAATTC  1114
      ||||||||||||||||
seq2  TTGAATTAATGAATTC  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |