BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272H02
Chromosome13 (Build37)
Map Location 26,121,132 - 26,298,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666221
Upstream geneDcdc2a, Nrsn1, Tpi-rs8, LOC214973
Downstream geneLOC100042180, LOC100042191, Hdgfl1, LOC100040939, LOC100040945, LOC100040957, Prl, Prl3d1, Prl3d2, Prl3d3, Prl3c1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272H02.bB6Ng01-272H02.g
ACCGA074267GA074268
length1,1591,174
definitionB6Ng01-272H02.b B6Ng01-272H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,297,799 - 26,298,942)(26,121,132 - 26,122,311)
sequence
gaattccacactcctaagccccttaccccataaacacccctagctttcga
gccttgtggccggcatccgttatctcctgtgtgggatacatgtcggccca
gagctctgtcattaaactgcctcattacagcaagatggattcttgtgttt
ctttgggtgctctctcactcccaagactagagtgggggtccccaaaaggg
ggtcttacacttccacatccactgccagctccctttactttagtgtaagt
gtctaagagagaacacagagatcttctggcccacctactcatataatgtg
acaaaaaaaaatgtcaatttaagtttcacaatccatggacattaccagtc
atgtttacctacaatgacagtccctaacattttcctaatgaactctttct
gcattgggtagtactcaatgttctatccataacaaccaaaagttatggct
gctagccatggcatcccagaatgatagtcaccaatctctcccctgctaag
cctaggagatacatagttctgtttaaaatatagtcatccatgaccttatt
tgattcagttcctgatgcacttactgatggaaaataggattatgccaatc
ttgtctctttgtttcaagtgctttgcagacttgttaagtttagctgtaaa
taacctcactccctttgttctgtcatgtttagaagttctttgctgaagac
agggatcaatctttcaccatggataatgtaaaatgagcaaagggacagat
ttataaagttaagaagatatggaatataaacaaaagactcttgctttgct
aacctagatatagatacacaaaagtggaatgaagtttcaggattgtagta
gccaagtcgattctaattttcacaagaagagtttgcctcagatagttcca
ctgagagcatcaggattttagttaaagtattgtacatctcttcttcatct
gaaacttaagtttcatgcagattgttacatatcctatgatggagagtctt
ccaaagaagggaagtggttttcctttgttgtcagcttgttaataaactca
agcagtatgccagccttgcagcctgaaatccaatttgcttacatttaggt
tgacttttcctcatatattcctttcagcaggaatagccgaacctgttata
ttccatttg

gaattctctgctacttctctagtactatgtttgattgagtgctggcatgt
tcctcgccatgagaacaaacctctgaacctataagaaagcacccaattaa
acatattattttaataagagtttcctacaacaacgtatctctttttaaca
aaaggataatcttttcaacaaaaggataatgactaagacagttgtgcacc
tactgtcatcctgatcaaatgatgtcatagatctctttttatgcagattt
tgaatgtttttctgtaagtagcaatgaaagacctttttccacaggactat
tgcccagagccctagaagtatgacagctattctaggcttacccttttaat
tgaaacttcatttctagaggctgtaagatggaacaatgggtaggaactct
tgctacacaaacatcatatgaatttgaatccccagaacacatgtaaaatt
caagagttagcatgtgcttggtgcatgtgggtactggggcaagaagattg
ctagggctggctggaagcaagccttgctctaagtgtggggaaaaggctct
gtctcagagaaataaggccaagagtggtaaatgaggacaccgtgtgttct
cctctgacctctgcatgtttccacatatgtgctctcagatgcatattcta
ccctacacaggtacaatgcgcatatcacactcatttgcaaacaaagaagt
tctttcgagaccgggtctgtagaccagactgattttaaatacagaaagat
ctatcaacacgtgactccagagttagaattaaaggtaagctccatacacc
tagccctgttttaatttagactctagagaatttgttttctactcaaatct
cttttgaggattgctagataagtaaagacaagaaaaaaaatgttgaaaat
gacatttcaataactgagaagtttagggggtgctaggcttaccctgatat
gataagaataggtgacatattggcataattgggacagggaattatttgac
ttgatctcagcgttacacatgttgaaatggggtgtgaacagtcatcagaa
aaatttatctgcaggtaagaaatcagataagcagccatcatggcctggcg
tgcacattctcctctcagtctctgaactttaaattattgcagatagcttc
acatcataagttcaaggagaggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_26297799_26298942
seq2: B6Ng01-272H02.b_48_1206 (reverse)

seq1  CAAATGG-ATAT-ACAG--TCTGCTATTCCTGCTGAAAG--ATATATGAG  44
      ||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||  |||||||||
seq2  CAAATGGAATATAACAGGTTCGGCTATTCCTGCTGAAAGGAATATATGAG  50

seq1  --AAAGTCAACCT-AATGTAAGCAAATGGGATTTCAGGCTGCAAGGCTGC  91
        ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAAAGTCAACCTAAATGTAAGCAAATTGGATTTCAGGCTGCAAGGCTGG  100

seq1  CTTACCTGCTTTGAGTTTATTA--CAGCTGAC-ACAAAGG-AAACCACTT  137
      | || |||| ||||||||||||   ||||||| ||||||| |||||||||
seq2  CATA-CTGC-TTGAGTTTATTAACAAGCTGACAACAAAGGAAAACCACTT  148

seq1  TCCCTCTTTGGAAGACTCTCCATCATAGGATATGTAAC-ATCTGCATG-A  185
       || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CCCTTCTTTGGAAGACTCTCCATCATAGGATATGTAACAATCTGCATGAA  198

seq1  ACTTAAGTTTCAGATG-AGAAGAGATGTACAATACTTT-ACTAAAATCCT  233
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTTAAGTTTCAGATGAAGAAGAGATGTACAATACTTTAACTAAAATCCT  248

seq1  GATGCTCTCAGTGGAACTATCTGAGGCAAACTCTTCTTGTGAAAATTAGA  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCTCAGTGGAACTATCTGAGGCAAACTCTTCTTGTGAAAATTAGA  298

seq1  ATCGACTTGGCTACTACAATCCTGAAACTTCATTCCACTTTTGTGTATCT  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGACTTGGCTACTACAATCCTGAAACTTCATTCCACTTTTGTGTATCT  348

seq1  ATATCTAGGTTAGCAAAGCAAGAGTCTTTTGTTTATATTCCATATCTTCT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAGGTTAGCAAAGCAAGAGTCTTTTGTTTATATTCCATATCTTCT  398

seq1  TAACTTTATAAATCTGTCCCTTTGCTCATTTTACATTATCCATGGTGAAA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTATAAATCTGTCCCTTTGCTCATTTTACATTATCCATGGTGAAA  448

seq1  GATTGATCCCTGTCTTCAGCAAAGAACTTCTAAACATGACAGAACAAAGG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATCCCTGTCTTCAGCAAAGAACTTCTAAACATGACAGAACAAAGG  498

seq1  GAGTGAGGTTATTTACAGCTAAACTTAACAAGTCTGCAAAGCACTTGAAA  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGGTTATTTACAGCTAAACTTAACAAGTCTGCAAAGCACTTGAAA  548

seq1  CAAAGAGACAAGATTGGCATAATCCTATTTTCCATCAGTAAGTGCATCAG  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGACAAGATTGGCATAATCCTATTTTCCATCAGTAAGTGCATCAG  598

seq1  GAACTGAATCAAATAAGGTCATGGATGACTATATTTTAAACAGAACTATG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAATCAAATAAGGTCATGGATGACTATATTTTAAACAGAACTATG  648

seq1  TATCTCCTAGGCTTAGCAGGGGAGAGATTGGTGACTATCATTCTGGGATG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCTAGGCTTAGCAGGGGAGAGATTGGTGACTATCATTCTGGGATG  698

seq1  CCATGGCTAGCAGCCATAACTTTTGGTTGTTATGGATAGAACATTGAGTA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTAGCAGCCATAACTTTTGGTTGTTATGGATAGAACATTGAGTA  748

seq1  CTACCCAATGCAGAAAGAGTTCATTAGGAAAATGTTAGGGACTGTCATTG  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCAATGCAGAAAGAGTTCATTAGGAAAATGTTAGGGACTGTCATTG  798

seq1  TAGGTAAACATGACTGGTAATGTCCATGGATTGTGAAACTTAAATTGACA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAAACATGACTGGTAATGTCCATGGATTGTGAAACTTAAATTGACA  848

seq1  TTTTTTTTTGTCACATTATATGAGTAGGTGGGCCAGAAGATCTCTGTGTT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTGTCACATTATATGAGTAGGTGGGCCAGAAGATCTCTGTGTT  898

seq1  CTCTCTTAGACACTTACACTAAAGTAAAGGGAGCTGGCAGTGGATGTGGA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTAGACACTTACACTAAAGTAAAGGGAGCTGGCAGTGGATGTGGA  948

seq1  AGTGTAAGACCCCCTTTTGGGGACCCCCACTCTAGTCTTGGGAGTGAGAG  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAGACCCCCTTTTGGGGACCCCCACTCTAGTCTTGGGAGTGAGAG  998

seq1  AGCACCCAAAGAAACACAAGAATCCATCTTGCTGTAATGAGGCAGTTTAA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCAAAGAAACACAAGAATCCATCTTGCTGTAATGAGGCAGTTTAA  1048

seq1  TGACAGAGCTCTGGGCCGACATGTATCCCACACAGGAGATAACGGATGCC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAGCTCTGGGCCGACATGTATCCCACACAGGAGATAACGGATGCC  1098

seq1  GGCCACAAGGCTCGAAAGCTAGGGGTGTTTATGGGGTAAGGGGCTTAGGA  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAAGGCTCGAAAGCTAGGGGTGTTTATGGGGTAAGGGGCTTAGGA  1148

seq1  GTGTGGAATTC  1144
      |||||||||||
seq2  GTGTGGAATTC  1159


seq1: chr13_26121132_26122311
seq2: B6Ng01-272H02.g_65_1238

seq1  GAATTCTCTGCTACTTCTCTAGTACTATGTTTGATTGAGTGCTGGCATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTACTTCTCTAGTACTATGTTTGATTGAGTGCTGGCATGT  50

seq1  TCCTCGCCATGAGAACAAACCTCTGAACCTATAAGAAAGCACCCAATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGCCATGAGAACAAACCTCTGAACCTATAAGAAAGCACCCAATTAA  100

seq1  ACATATTATTTTAATAAGAGTTTCCTACAACAACGTATCTCTTTTTAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTATTTTAATAAGAGTTTCCTACAACAACGTATCTCTTTTTAACA  150

seq1  AAAGGATAATCTTTTCAACAAAAGGATAATGACTAAGACAGTTGTGCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATAATCTTTTCAACAAAAGGATAATGACTAAGACAGTTGTGCACC  200

seq1  TACTGTCATCCTGATCAAATGATGTCATAGATCTCTTTTTATGCAGATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCATCCTGATCAAATGATGTCATAGATCTCTTTTTATGCAGATTT  250

seq1  TGAATGTTTTTCTGTAAGTAGCAATGAAAGACCTTTTTCCACAGGACTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTTTTCTGTAAGTAGCAATGAAAGACCTTTTTCCACAGGACTAT  300

seq1  TGCCCAGAGCCCTAGAAGTATGACAGCTATTCTAGGCTTACCCTTTTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGAGCCCTAGAAGTATGACAGCTATTCTAGGCTTACCCTTTTAAT  350

seq1  TGAAACTTCATTTCTAGAGGCTGTAAGATGGAACAATGGGTAGGAACTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTCATTTCTAGAGGCTGTAAGATGGAACAATGGGTAGGAACTCT  400

seq1  TGCTACACAAACATCATATGAATTTGAATCCCCAGAACACATGTAAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACACAAACATCATATGAATTTGAATCCCCAGAACACATGTAAAATT  450

seq1  CAAGAGTTAGCATGTGCTTGGTGCATGTGGGTACTGGGGCAAGAAGATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTTAGCATGTGCTTGGTGCATGTGGGTACTGGGGCAAGAAGATTG  500

seq1  CTAGGGCTGGCTGGAAGCAAGCCTTGCTCTAAGTGTGGGGAAAAGGCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGCTGGCTGGAAGCAAGCCTTGCTCTAAGTGTGGGGAAAAGGCTCT  550

seq1  GTCTCAGAGAAATAAGGCCAAGAGTGGTAAATGAGGACACCGTGTGTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGAGAAATAAGGCCAAGAGTGGTAAATGAGGACACCGTGTGTTCT  600

seq1  CCTCTGACCTCTGCATGTTTCCACATATGTGCTCTCAGATGCATATTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGACCTCTGCATGTTTCCACATATGTGCTCTCAGATGCATATTCTA  650

seq1  CCCTACACAGGTACAATGCGCATATCACACTCATTTGCAAACAAAGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACACAGGTACAATGCGCATATCACACTCATTTGCAAACAAAGAAGT  700

seq1  TCTTTCGAGACCGGGTCTGTAGACCAGACTGATTTTAAATACAGAAAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCGAGACCGGGTCTGTAGACCAGACTGATTTTAAATACAGAAAGAT  750

seq1  CTATCAACACGTGACTCCAGAGTTAGAATTAAAGGTAAGCTCCATACACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAACACGTGACTCCAGAGTTAGAATTAAAGGTAAGCTCCATACACC  800

seq1  TAGCCCTGTTTTAATTTAGACTCTAGAGAATTTGTTTTCTACTCAAATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTGTTTTAATTTAGACTCTAGAGAATTTGTTTTCTACTCAAATCT  850

seq1  CTTTTGAGGATTGCTAGATAAGTAAAGACAAAGAAAAAAATGTTGAAAAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGGATTGCTAGATAAGTAAAGACAAGAAAAAAAATGTTGAAAAT  900

seq1  GACATTTCAATAACTGAGAAGTTTAGGGGGTGCTAGGCTTACCCTGATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTCAATAACTGAGAAGTTTAGGGGGTGCTAGGCTTACCCTGATAT  950

seq1  GATAAGAATAGGTGACATATTGGCATAATT-GGACAGG--AATATTTGAC  997
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||
seq2  GATAAGAATAGGTGACATATTGGCATAATTGGGACAGGGAATTATTTGAC  1000

seq1  TTGATTCTCAGGCCGTTACACATGTTGAAAT-GGGTGTGAACAGTCATCC  1046
      |||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TTGA-TCTCAG--CGTTACACATGTTGAAATGGGGTGTGAACAGTCAT-C  1046

seq1  AGAAAAATTTATCTTGGAGGTAAGAAATCAGAATAAAGCAGGCATCATGG  1096
      ||||||||||||| || |||||||||||||||   |||||| ||||||||
seq2  AGAAAAATTTATC-TGCAGGTAAGAAATCAGA--TAAGCAGCCATCATGG  1093

seq1  GCT-GCGTGCACCATTCT-CTCTCAGTCTCCTGACTTTTATAAATAATTG  1144
       || ||||||| |||||| |||||||||||   ||||   ||||| ||||
seq2  CCTGGCGTGCA-CATTCTCCTCTCAGTCTCTGAACTT---TAAATTATTG  1139

seq1  CAGGGATAGCTTCACCATCATTAGT--CAGGAGAGGCA  1180
      ||  |||||||||| |||||| |||   ||||||||||
seq2  CA--GATAGCTTCA-CATCATAAGTTCAAGGAGAGGCA  1174


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |