BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272M06
Chromosome13 (Build37)
Map Location 30,826,381 - 30,994,589
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIrf4, Exoc2
Upstream geneCdkal1, E2f3, Mboat1, Agtr1a, Uqcrfs1, Dusp22, LOC666443
Downstream geneHus1b, EG432743, LOC100041257, LOC100041266, G630018N14Rik, LOC100042491, Foxq1, LOC100041312, Foxf2, Foxc1, 4930548F15Rik, Gmds, LOC666212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272M06.bB6Ng01-272M06.g
ACCGA074509GA074510
length1,130913
definitionB6Ng01-272M06.b B6Ng01-272M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,993,452 - 30,994,589)(30,826,381 - 30,827,291)
sequence
gaattcctcatactaagctaaatgtaatttgttggaatgtggctttcttc
tgagggtagtgctcttataaatgaggaaggcttataggtgccttctttat
atgggtaaaatcctttttcttttttaaagttggcttcctaccttctagca
cataaacatagctgtttgcagcctgtggacagtcacagggagggcagacg
gccatcatggtgctgatctggcagagttctgctctctggggagtcaggtc
tctgagctattagctcctgaaggtcagggttgcctggcgcattcctaatg
catgtcaggtttctattcaacatcttgtttgttgtgaacttattacaaaa
tggatttgtttctcctctaattagctgctaattgagatgtctgagtaatg
agtccccactactgaagaaatgtgggtatgccccacagtgattaggacac
ggctaaggtcacagcttgtaaccatcaatgaacattttcatagaccacaa
atttttaacctcaaggcaaatgttagctgagggttaaagtattttagtgc
aataagttcatttgaaaatacttctagagttgatatgtgtgtattatata
agggctcagaaccaaacgagtaatatttgacagaaaaattttgattgaaa
tatatttaaattttctacaaggatttgagtatttcttatacaaagaaaac
tttaaatattttaagaactgttgaaagttaagaaagcatccatttgcttt
acattttatagagaaatagtttctcagttgtaaattaatttaccctctag
aggtaagtgcatgctgtcaaaaaaaccttaaatcttagtggcctcatact
gaagtcattgtagaatagtgtcacattgccatccagtggctgtattttgt
atagaagagattgggggcagggacattcaccccagtttcctctgctggct
ccctacctagggaaatgaagtttaatgaaatgactcttgaataatagaaa
aaacttgagaagaagtgactgtttataaatgtaaagtagttttcttccct
ctgcttcaacaatgagaaaaactgcccccgcgctttgcattgcacaggtt
gtgcgaacgctctgcaatggtgcttgtgga
gaattccatccagaccaaaaaaatatggatttctggggtcctatgcacag
tatgataaatatggttaatggtatgcaaatcaagaagaggaaagtcatgc
ttttgtaacaacagggaatgtggaagccacaattgaaatagaccaggccc
agcaagataccactgtggaacctcgttgtatgtggaatctaaagacatcc
aacttagaagcaaagactagaatggttaacagagacagggcaggagagga
atgggagagatgttagttaaaggacccggaatgtcagtcagaaaagaaga
gcaattctgtgggatctcatggcgactatggttaaagacaatgaattatg
cacttgaaaattactggctaagtagatacacgaatgaggaaatgcagatc
agtctgtttaatccagtccctccacaatctatccagacaccagattatac
tactgtgcacggtacatcggtggtttggaacgtccccccaagggctctgc
caccatctattgaactactgtaggaccttaaaaggtggagtctagtggag
agaagctgggccagttgtagttaccacaggaaggggctatgggcacagaa
cgcattgtctctcttgcttcccagctgccgtgatgggacagccttctctc
tgcgtacctttgacatgctttgctgtcacagaatcaaagtgggaccagga
gctatgggataactcataatccaacacaagattgtcttccgttcaattaa
ttggatcacatgttttgtcacagaaatggaaagtgaactaacaatacatt
tgtatgtttttttatttgttggttcaaattgagggaaagaaggaagggat
ggacagggaggggaaagcaaagaaaggaagtgagggagagagggaggaaa
gggagaaatggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_30993452_30994589
seq2: B6Ng01-272M06.b_42_1171 (reverse)

seq1  TCCACAAGTCACAAACCACATTGCAGGAAGCGTTCGCCACAA-CTGTGCA  49
      |||||||| |||      ||||||||  |||||||| ||||| |||||||
seq2  TCCACAAG-CAC------CATTGCAG--AGCGTTCG-CACAACCTGTGCA  40

seq1  ATGCAAAAGCGCCGGGGGCAGGTTTTCTCATTTGTTTGAGGCAGAGGG-A  98
      |||| |||||| ||||||||| ||||||||||   |||| |||||||| |
seq2  ATGC-AAAGCG-CGGGGGCAGTTTTTCTCATT--GTTGAAGCAGAGGGAA  86

seq1  GAAACTAACTTTACATTTATAAACAGTCACTTC-TCTCAAGTTTTTTCTA  147
      ||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAAACTACTTTACATTTATAAACAGTCACTTCTTCTCAAGTTTTTTCTA  136

seq1  TTATTCAAGAGTCATTTCATT-AACTTCATTTCCCTAGGT-GGGAGCCAG  195
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTATTCAAGAGTCATTTCATTAAACTTCATTTCCCTAGGTAGGGAGCCAG  186

seq1  CAGAGGAAACT-GGGTGAATGTCCCTGCCCCCAATCTCTTCTATACAAAA  244
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAAACTGGGGTGAATGTCCCTGCCCCCAATCTCTTCTATACAAAA  236

seq1  TACAGCCACTGGATGGCAATGTGACACTATTCTACAATGACTTCAGTATG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCACTGGATGGCAATGTGACACTATTCTACAATGACTTCAGTATG  286

seq1  AGGCCACTAAGATTTAAGGTTTTTTTGACAGCATGCACTTACCTCTAGAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACTAAGATTTAAGGTTTTTTTGACAGCATGCACTTACCTCTAGAG  336

seq1  GGTAAATTAATTTACAACTGAGAAACTATTTCTCTATAAAATGTAAAGCA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATTAATTTACAACTGAGAAACTATTTCTCTATAAAATGTAAAGCA  386

seq1  AATGGATGCTTTCTTAACTTTCAACAGTTCTTAAAATATTTAAAGTTTTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATGCTTTCTTAACTTTCAACAGTTCTTAAAATATTTAAAGTTTTC  436

seq1  TTTGTATAAGAAATACTCAAATCCTTGTAGAAAATTTAAATATATTTCAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATAAGAAATACTCAAATCCTTGTAGAAAATTTAAATATATTTCAA  486

seq1  TCAAAATTTTTCTGTCAAATATTACTCGTTTGGTTCTGAGCCCTTATATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTTTTCTGTCAAATATTACTCGTTTGGTTCTGAGCCCTTATATA  536

seq1  ATACACACATATCAACTCTAGAAGTATTTTCAAATGAACTTATTGCACTA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACATATCAACTCTAGAAGTATTTTCAAATGAACTTATTGCACTA  586

seq1  AAATACTTTAACCCTCAGCTAACATTTGCCTTGAGGTTAAAAATTTGTGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTTAACCCTCAGCTAACATTTGCCTTGAGGTTAAAAATTTGTGG  636

seq1  TCTATGAAAATGTTCATTGATGGTTACAAGCTGTGACCTTAGCCGTGTCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAAAATGTTCATTGATGGTTACAAGCTGTGACCTTAGCCGTGTCC  686

seq1  TAATCACTGTGGGGCATACCCACATTTCTTCAGTAGTGGGGACTCATTAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACTGTGGGGCATACCCACATTTCTTCAGTAGTGGGGACTCATTAC  736

seq1  TCAGACATCTCAATTAGCAGCTAATTAGAGGAGAAACAAATCCATTTTGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACATCTCAATTAGCAGCTAATTAGAGGAGAAACAAATCCATTTTGT  786

seq1  AATAAGTTCACAACAAACAAGATGTTGAATAGAAACCTGACATGCATTAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTTCACAACAAACAAGATGTTGAATAGAAACCTGACATGCATTAG  836

seq1  GAATGCGCCAGGCAACCCTGACCTTCAGGAGCTAATAGCTCAGAGACCTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCGCCAGGCAACCCTGACCTTCAGGAGCTAATAGCTCAGAGACCTG  886

seq1  ACTCCCCAGAGAGCAGAACTCTGCCAGATCAGCACCATGATGGCCGTCTG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCAGAGAGCAGAACTCTGCCAGATCAGCACCATGATGGCCGTCTG  936

seq1  CCCTCCCTGTGACTGTCCACAGGCTGCAAACAGCTATGTTTATGTGCTAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCTGTGACTGTCCACAGGCTGCAAACAGCTATGTTTATGTGCTAG  986

seq1  AAGGTAGGAAGCCAACTTTAAAAAAGAAAAAGGATTTTACCCATATAAAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGGAAGCCAACTTTAAAAAAGAAAAAGGATTTTACCCATATAAAG  1036

seq1  AAGGCACCTATAAGCCTTCCTCATTTATAAGAGCACTACCCTCAGAAGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACCTATAAGCCTTCCTCATTTATAAGAGCACTACCCTCAGAAGAA  1086

seq1  AGCCACATTCCAACAAATTACATTTAGCTTAGTATGAGGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACATTCCAACAAATTACATTTAGCTTAGTATGAGGAATTC  1130

seq1: chr13_30826381_30827291
seq2: B6Ng01-272M06.g_70_982

seq1  GAATTCCATCCAGACCAAAAAAATATGGATTTCTGGGGTCCTATGCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCAGACCAAAAAAATATGGATTTCTGGGGTCCTATGCACAG  50

seq1  TATGATAAATATGGTTAATGGTATGCAAATCAAGAAGAGGAAAGTCATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAAATATGGTTAATGGTATGCAAATCAAGAAGAGGAAAGTCATGC  100

seq1  TTTTGTAACAACAGGGAATGTGGAAGCCACAATTGAAATAGACCAGGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAACAACAGGGAATGTGGAAGCCACAATTGAAATAGACCAGGCCC  150

seq1  AGCAAGATACCACTGTGGAACCTCGTTGTATGTGGAATCTAAAGACATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGATACCACTGTGGAACCTCGTTGTATGTGGAATCTAAAGACATCC  200

seq1  AACTTAGAAGCAAAGACTAGAATGGTTAACAGAGACAGGGCAGGAGAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGAAGCAAAGACTAGAATGGTTAACAGAGACAGGGCAGGAGAGGA  250

seq1  ATGGGAGAGATGTTAGTTAAAGGACCCGGAATGTCAGTCAGAAAAGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGAGATGTTAGTTAAAGGACCCGGAATGTCAGTCAGAAAAGAAGA  300

seq1  GCAATTCTGTGGGATCTCATGGCGACTATGGTTAAAGACAATGAATTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTCTGTGGGATCTCATGGCGACTATGGTTAAAGACAATGAATTATG  350

seq1  CACTTGAAAATTACTGGCTAAGTAGATACACGAATGAGGAAATGCAGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAAAATTACTGGCTAAGTAGATACACGAATGAGGAAATGCAGATC  400

seq1  AGTCTGTTTAATCCAGTCCCTCCACAATCTATCCAGACACCAGATTATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTTTAATCCAGTCCCTCCACAATCTATCCAGACACCAGATTATAC  450

seq1  TACTGTGCACGGTACATCGGTGGTTTGGAACGTCCCCCCAAGGGCTCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGCACGGTACATCGGTGGTTTGGAACGTCCCCCCAAGGGCTCTGC  500

seq1  CACCATCTATTGAACTACTGTAGGACCTTAAAAGGTGGAGTCTAGTGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTATTGAACTACTGTAGGACCTTAAAAGGTGGAGTCTAGTGGAG  550

seq1  AGAAGCTGGGCCAGTTGTAGTTACCACAGGAAGGGGCTATGGGCACAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTGGGCCAGTTGTAGTTACCACAGGAAGGGGCTATGGGCACAGAA  600

seq1  CGCATTGTCTCTCTTGCTTCCCAGCTGCCGTGATGGGACAGCCTTCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATTGTCTCTCTTGCTTCCCAGCTGCCGTGATGGGACAGCCTTCTCTC  650

seq1  TGCGTACCTTTGACATGCTTTGCTGTCACAGAATCAAAGTGGGACCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTACCTTTGACATGCTTTGCTGTCACAGAATCAAAGTGGGACCAGGA  700

seq1  GCTATGGGATAACTCATAATCCAACACAAGATTGTCTTCCGTTCAATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGGATAACTCATAATCCAACACAAGATTGTCTTCCGTTCAATTAA  750

seq1  TTGGATCACATGTTTTGTCACAGAAATGGAAAGTGAACTAAACAATACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTGGATCACATGTTTTGTCACAGAAATGGAAAGTGAACT-AACAATACAT  799

seq1  TTGTATGTTTTTTTATTTGTTGGTTCAAATTGAGGGAAAGAAGGAAGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTTTTTTTATTTGTTGGTTCAAATTGAGGGAAAGAAGGAAGGGA  849

seq1  TGGACAGGGAGGGGAAAGCAAAG-AAGGAAGTGAGGGAGAGAGGGAGGAA  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGGGAGGGGAAAGCAAAGAAAGGAAGTGAGGGAGAGAGGGAGGAA  899

seq1  A-GGAGAAA-GGGA  911
      | ||||||| ||||
seq2  AGGGAGAAATGGGA  913