BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275D19
Chromosome13 (Build37)
Map Location 41,278,304 - 41,409,417
singlet/doubletdoublet
Overlap geneElovl2, LOC268650, BC024659, Nedd9
Upstream geneOfcc1, LOC666894, LOC100039048, Tcfap2a, EG621629, EG637157, LOC100039105, Gcnt2, Pak1ip1, Tmem14c, Mak, EG621771, Gcm2, LOC637277
Downstream geneEG621976, EG328231, 9530008L14Rik, LOC100039272, Hivep1, Edn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275D19.bB6Ng01-275D19.g
ACCGA076332GA076333
length1,1551,122
definitionB6Ng01-275D19.b B6Ng01-275D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,278,304 - 41,279,463)(41,408,297 - 41,409,417)
sequence
gaattcacttgggaaaagacggtttcctgtcagattatagagactttttt
tttatacttctattttagaaaattcacactaagaatgaatgggttaaaaa
tctttccagatggcattttctcagcacagatttcgtagctctgcatggtg
tgtcagcccttgggtggcttaaggcttagtgctgcgctgggctttgcact
gggaggtctaaagctggctggtactgtgagctgccactgttgatctgcta
taggaagataacaccctttgtgctacacagatgtgaggtcatgaaaacag
cctaaactgaaggtacgatgcacagcgcgacttaaacgcctctcactggc
gagcaggaataatctggtacaatggccagtgatgcctcttgagtctcatt
tttacccagaattcattttactaacagatttcagattgtgtttgaaaact
aaagctgaactccagattcaccaaggagtttgttcctttggtcttgtcat
aaaaggacagtaacatactcaaagctaacccttaagatgaattcttggga
aagaaaaacaccaatttgaggctaagtcaccagagatggtggtaagaaag
cacccgggagcagatcagtttgagaaattgtttagaaaatgcactgaagc
ataggtggtcaccagacaggaagagtctgttcaacaggaatgacagacat
ggcacaggacatcggactgtggtggttttcaaaatacaccagtgagaagg
gtggtatagttacgagtttaaaacatcagtacaatttttaacagggaaaa
gttaaaatgggagcttgcccagaaaggaagacaggggtgggcaggccccg
ccgttggcactcgaggaacacctacctggtgcccatgcgctgggtgccag
tgccatgaaccaagaacacatttgctgaaatggaggggaaatagagtaag
ttgtgttttgtgtatgttttggaaatgcccttttcacactggtatagata
acagtggtgatccatcagttgagaaaagagggtggtcattggctgcctca
ggctctgttactagttctcacagagatcacagttctgagtcagggacagc
cattggctgcctgagtagaacacattcattatgctaagttccactccacg
agatc
gaattccagggaatgagatgcaaccaaaaccaaagaaagcaaggactgta
ttcttgatgttctcttccagtatctgccttcttctctactctccaacatt
ttctccaatcacttcactcggttcacatataactttgactcataaatggc
cactcaaagcccttcctatagggctttgtggtattctgtaatgctttgag
ataagttttcacaatgcagtccaggctggtttcaaagttggtattctcct
gcctcaaccttttgactattggccttgcaggtgtgtgcattgagcccaac
ttcaaaacctctgtagatgtcacttcatctaggattccttaaataatggt
caactcccttttgtgcttatcaaactcctaagagagtttgagtctaactc
tcccctagaccccacccctctccctgtcttttgtatggtccagtctaagg
gtcagagggaaggagccaatgtctatcagacatatataagtccatttacc
aagagttctgagcagggggtgttcactcaaaggtttagtttgtatagcag
gtaaggctaggtattgtgaagccaaggatacgaaaacaaagagaaatgga
ctaaagatttatatgcactttaagatgaaatgaaatggcatatcacaaca
tgaagtgacaagatgtctctagcaaatcagagttttccagccaacagctg
tgtagacttgaacatcactgtaatgggccagttccctctcgataaaatgg
aaaagtactaccctctacagacacatgatttgaaatcaaattcataatta
tcaaataatattaagacaccaccctgtatctgctatgcttatattggcag
tcggcccaataggacagcagagtttgggaaagctagcggacactaaggta
attcctaggaagcaagtagtttccatggaatagaaaatcgactatgcact
tcttagcaaggaagcaagatgagggtgtccctgagctgactcggctctga
gtcaggatgaaagattaactgactccaaaatcagtattcttagtaacata
gctagaaatattcattttctatttcgaagaacagtccagtttagggatgc
taatgataggcatcagaaatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr13_41278304_41279463
seq2: B6Ng01-275D19.b_43_1197

seq1  GAATTCACTTGGGAAAAGACGGTTTCCTATCAGATTATAGAGACTTTTTT  50
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGGAAAAGACGGTTTCCTGTCAGATTATAGAGACTTTTTT  50

seq1  TTTATACTTCTATTTTAGAAAATTCACACTAAGAATGAATGGGTTAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACTTCTATTTTAGAAAATTCACACTAAGAATGAATGGGTTAAAAA  100

seq1  TCTTTCCAGATGGCATTTTCTCAGCACAGATTTCGTAGCTCTGCATGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCAGATGGCATTTTCTCAGCACAGATTTCGTAGCTCTGCATGGTG  150

seq1  TGTCAGCCCTTGGGTGGCTTAAGGCTTAGTGCTGCGCTGGGCTTTGCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCCCTTGGGTGGCTTAAGGCTTAGTGCTGCGCTGGGCTTTGCACT  200

seq1  GGGAGGTCTAAAGCTGGCTGGTACTGTGAGCTGCCACTGTTGATCTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTCTAAAGCTGGCTGGTACTGTGAGCTGCCACTGTTGATCTGCTA  250

seq1  TAGGAAGATAACACCCTTTGTGCTACACAGATGTGAGGTCATGAAAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGATAACACCCTTTGTGCTACACAGATGTGAGGTCATGAAAACAG  300

seq1  CCTAAACTGAAGGTACGATGCACAGCGCGACTTAAACGCCTCTCACTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACTGAAGGTACGATGCACAGCGCGACTTAAACGCCTCTCACTGGC  350

seq1  GAGCAGGAATAATCTGGTACAATGGCCAGTGATGCCTCTTGAGTCTCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGAATAATCTGGTACAATGGCCAGTGATGCCTCTTGAGTCTCATT  400

seq1  TTTACCCAGAATTCATTTTACTAACAGATTTCAGATTGTGTTTGAAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCCAGAATTCATTTTACTAACAGATTTCAGATTGTGTTTGAAAACT  450

seq1  AAAGCTGAACTCCAGATTCACCAAGGAGTTTGTTCCTTTGGTCTTGTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAACTCCAGATTCACCAAGGAGTTTGTTCCTTTGGTCTTGTCAT  500

seq1  AGAAGGACAGTAACATACTCAAAGCTAACCCTTAAGATGAATTCTTGGGA  550
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGACAGTAACATACTCAAAGCTAACCCTTAAGATGAATTCTTGGGA  550

seq1  AAGAAAAACACCAATTTGAGGCTAAGTCACCAGAGATGGTGGTAAGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAACACCAATTTGAGGCTAAGTCACCAGAGATGGTGGTAAGAAAG  600

seq1  CACCCGGGAGCAGATCAGTTTGAGAAATTGTTTAGAAAATGCACTGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGGGAGCAGATCAGTTTGAGAAATTGTTTAGAAAATGCACTGAAGC  650

seq1  ATAGGTGGTCACCAGACAGGAAGAGTCTGTTCAACAGGAATGACAGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGGTCACCAGACAGGAAGAGTCTGTTCAACAGGAATGACAGACAT  700

seq1  GGCACAGGACATCGGACTGTGGTGGTTTTCAAAATACACCAGTGAGAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGGACATCGGACTGTGGTGGTTTTCAAAATACACCAGTGAGAAGG  750

seq1  GTGGTATAGTTACGAGTTTAAAACATCAGTACAATTTTTAACAGGGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATAGTTACGAGTTTAAAACATCAGTACAATTTTTAACAGGGAAAA  800

seq1  GTTAAAATGGGAGCTTGCCCAGAAAGGAAGACAGGGGTGGGCAGGCCCCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATGGGAGCTTGCCCAGAAAGGAAGACAGGGGTGGGCAGGCCCCG  850

seq1  CCGTTGGCACTCGAGGAACACCTACCTGGTGCCCATGCGCTGGGTGCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGGCACTCGAGGAACACCTACCTGGTGCCCATGCGCTGGGTGCCAG  900

seq1  TGCCATGAACCAAGAACACATTTGCTGAAATGGAGGGGAAATAGAGTAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGAACCAAGAACACATTTGCTGAAATGGAGGGGAAATAGAGTAAG  950

seq1  TTGTGTTTTGTGTATGTTTTGGGAAATGCCCTTTTTCACACCTGGTATAG  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TTGTGTTTTGTGTATGTTTT-GGAAATGCCC-TTTTCACA-CTGGTATAG  997

seq1  ATTAACAGTGGTGATCCATCAGTTTGAGGAAAAGGAGGTGGTCCATTGCC  1050
      | |||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||| ||||| |
seq2  A-TAACAGTGGTGATCCATCAG-TTGA-GAAAAGAGGGTGGT-CATTGGC  1043

seq1  TTGCTCAGGCTCTG-TACTAGGTTCTCCACAGAGACCACAGTTCTGAG-C  1098
      |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |
seq2  TGCCTCAGGCTCTGTTACTA-GTTCT-CACAGAGATCACAGTTCTGAGTC  1091

seq1  AGGGACAG-CATT-GCTGCTTGAGCCAGACACA-TCATTATGGCTTAGTC  1145
      |||||||| |||| ||||| ||||    ||||| ||||||| ||| ||| 
seq2  AGGGACAGCCATTGGCTGCCTGAGTAGAACACATTCATTAT-GCTAAGTT  1140

seq1  CCACCCCACGAGATC  1160
      |||| ||||||||||
seq2  CCACTCCACGAGATC  1155

seq1: chr13_41408297_41409417
seq2: B6Ng01-275D19.g_61_1182 (reverse)

seq1  AGATTTCTTGATG-CTATCATTAGCATCCCT-AACTGGACTGTTCTTTCG  48
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||   
seq2  AGATTTC-TGATGCCTATCATTAGCATCCCTAAACTGGACTGTTCTTCGA  49

seq1  AATAG-AAATGATAATTTCTAGCTATGTTACTAAGAATACTGATTTTGGG  97
      ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATAGAAAATGAATATTTCTAGCTATGTTACTAAGAATACTGATTTT-GG  98

seq1  AGTCAGTTAATCTTTCATCCTGACTCAGAGCCGAGTCAGCTCAGGGACAC  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTTAATCTTTCATCCTGACTCAGAGCCGAGTCAGCTCAGGGACAC  148

seq1  CCTCATCTTGCTTCCTTGCTAAGAAGTGCATAGTCGATTTTCTATTCCAT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCTTGCTTCCTTGCTAAGAAGTGCATAGTCGATTTTCTATTCCAT  198

seq1  GGAAACTACTTGCTTCCTAGGAATTACCTTAGTGTCCGCTAGCTTTCCCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTACTTGCTTCCTAGGAATTACCTTAGTGTCCGCTAGCTTTCCCA  248

seq1  AACTCTGCTGTCCTATTGGGCCGACTGCCAATATAAGCATAGCAGATACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGCTGTCCTATTGGGCCGACTGCCAATATAAGCATAGCAGATACA  298

seq1  GGGTGGTGTCTTAATATTATTTGATAATTATGAATTTGATTTCAAATCAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTGTCTTAATATTATTTGATAATTATGAATTTGATTTCAAATCAT  348

seq1  GTGTCTGTAGAGGGTAGTACTTTTCCATTTTATCGAGAGGGAACTGGCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTAGAGGGTAGTACTTTTCCATTTTATCGAGAGGGAACTGGCCC  398

seq1  ATTACAGTGATGTTCAAGTCTACACAGCTGTTGGCTGGAAAACTCTGATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTGATGTTCAAGTCTACACAGCTGTTGGCTGGAAAACTCTGATT  448

seq1  TGCTAGAGACATCTTGTCACTTCATGTTGTGATATGCCATTTCATTTCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAGACATCTTGTCACTTCATGTTGTGATATGCCATTTCATTTCAT  498

seq1  CTTAAAGTGCATATAAATCTTTAGTCCATTTCTCTTTGTTTTCGTATCCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGTGCATATAAATCTTTAGTCCATTTCTCTTTGTTTTCGTATCCT  548

seq1  TGGCTTCACAATACCTAGCCTTACCTGCTATACAAACTAAACCTTTGAGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCACAATACCTAGCCTTACCTGCTATACAAACTAAACCTTTGAGT  598

seq1  GAACACCCCCTGCTCAGAACTCTTGGTAAATGGACTTATATATGTCTGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCCCCTGCTCAGAACTCTTGGTAAATGGACTTATATATGTCTGAT  648

seq1  AGACATTGGCTCCTTCCCTCTGACCCTTAGACTGGACCATACAAAAGACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGGCTCCTTCCCTCTGACCCTTAGACTGGACCATACAAAAGACA  698

seq1  GGGAGAGGGGTGGGGTCTAGGGGAGAGTTAGACTCAAACTCTCTTAGGAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGGGTGGGGTCTAGGGGAGAGTTAGACTCAAACTCTCTTAGGAG  748

seq1  TTTGATAAGCACAAAAGGGAGTTGACCATTATCTAAGGAATCCTAGATGA  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTGATAAGCACAAAAGGGAGTTGACCATTATTTAAGGAATCCTAGATGA  798

seq1  AGTGACATCTACAGAGGTTTTGAAGTTGGGCTCAATGCACACACCTGCAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACATCTACAGAGGTTTTGAAGTTGGGCTCAATGCACACACCTGCAA  848

seq1  GGCCAATAGTCAAAAGGTTGAGGCAGGAGAATACCAACTTTGAAACCAGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAATAGTCAAAAGGTTGAGGCAGGAGAATACCAACTTTGAAACCAGC  898

seq1  CTGGACTGCATTGTGAAAACTTATCTCAAAGCATTACAGAATACCACAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTGCATTGTGAAAACTTATCTCAAAGCATTACAGAATACCACAAA  948

seq1  GCCCTATAGGAAGGGCTTTGAGTGGCCATTTATGAGTCAAAGTTATATGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTATAGGAAGGGCTTTGAGTGGCCATTTATGAGTCAAAGTTATATGT  998

seq1  GAACCGAGTGAAGTGATTGGAGAAAATGTTGGAGAGTAGAGAAGAAGGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCGAGTGAAGTGATTGGAGAAAATGTTGGAGAGTAGAGAAGAAGGCA  1048

seq1  GATACTGGAAGAGAACATCAAGAATACAGTCCTTGCTTTCTTTGGTTTTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGGAAGAGAACATCAAGAATACAGTCCTTGCTTTCTTTGGTTTTG  1098

seq1  GTTGCATCTCATTCCCTGGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATCTCATTCCCTGGAATTC  1122